genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2139466--2139505	20	2.0	20	100	0	80	45	15	5	35	1.68
2139467--2139512	20	2.4	19	92	7	76	41	10	6	41	1.66
2145604--2145651	21	2.5	18	86	10	60	18	43	0	37	1.51
2145608--2145652	18	2.5	18	82	7	56	17	46	0	35	1.49
2156360--2156445	25	3.5	24	78	7	66	30	20	29	19	1.97
2161514--2161565	13	3.7	13	76	18	50	38	5	0	55	1.24
2167948--2167982	17	2.1	18	89	10	56	42	11	0	45	1.40
2178762--2178800	17	2.2	18	86	4	53	61	5	0	33	1.18
2178841--2178893	18	3.1	17	84	10	56	58	5	3	32	1.39
2180113--2180144	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
2184040--2184073	7	5.0	7	85	7	52	85	0	14	0	0.60
2184075--2184117	3	14.3	3	100	0	86	67	32	0	0	0.91
2193047--2193086	20	2.0	20	100	0	80	55	10	10	25	1.64
2202273--2202334	23	2.7	23	69	0	61	32	25	25	16	1.96
2203874--2203932	20	3.0	20	87	9	86	57	1	0	40	1.09
2211710--2211753	21	2.1	21	100	0	88	22	27	9	40	1.84
2213181--2213229	21	2.3	21	89	6	73	30	10	0	59	1.31
2213430--2213462	8	4.1	8	88	11	50	33	3	0	63	1.10
2228951--2229015	30	2.2	30	91	0	112	27	29	3	40	1.71
2228981--2229020	21	1.9	21	84	0	53	27	25	2	45	1.66
2229205--2229236	14	2.1	16	88	11	50	28	0	0	71	0.86
2230162--2230193	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2231135--2231246	58	1.9	59	80	8	131	41	1	7	50	1.40
2234214--2234734	126	4.1	126	89	2	812	28	18	16	36	1.92
2234811--2234896	38	2.2	38	83	6	102	40	15	1	43	1.54
2234992--2235028	15	2.5	15	90	0	56	56	32	0	10	1.34
2237207--2237361	85	1.8	84	87	1	229	43	7	17	30	1.77
2241063--2241114	22	2.4	22	81	9	63	50	1	0	48	1.12
2245315--2245513	104	1.9	104	90	2	319	45	7	18	29	1.75
2246510--2246602	20	4.9	17	72	19	51	65	6	0	27	1.17
2246524--2246606	20	4.2	19	73	17	71	65	6	0	28	1.17
2246535--2246577	12	3.3	13	83	9	52	65	9	0	25	1.22
2254354--2254405	15	3.3	15	77	17	61	42	0	0	57	0.98
2254358--2254405	17	3.0	16	77	20	55	41	0	0	58	0.98
2261732--2261770	12	3.4	12	86	10	55	33	5	0	61	1.18
2263406--2263444	17	2.3	17	86	8	53	69	2	0	28	1.02
2267381--2267424	13	3.8	12	82	14	56	59	0	2	38	1.10
2269807--2269834	13	2.2	13	100	0	56	39	21	10	28	1.87
2277983--2278322	167	2.0	166	97	0	644	45	21	12	21	1.84
2278254--2278498	123	2.0	123	86	1	339	40	20	17	22	1.91
2279430--2279523	48	2.0	48	85	8	129	39	27	13	19	1.89
2281944--2282037	48	2.0	48	85	8	129	39	27	13	19	1.89
2289399--2289425	5	5.4	5	100	0	54	62	0	0	37	0.95
2295064--2295126	22	2.9	23	79	13	71	44	0	1	53	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2296163--2296214	15	3.5	15	78	5	52	50	13	26	9	1.72
2297088--2297126	13	2.9	13	84	3	51	69	2	2	25	1.14
2298479--2298516	14	2.7	14	95	0	67	36	2	0	60	1.11
2298479--2298517	17	2.3	17	86	8	53	35	2	0	61	1.10
2298584--2298631	23	2.1	23	85	11	64	33	2	4	60	1.27
2299240--2299274	18	2.0	17	88	5	52	17	5	17	60	1.55
2299241--2299283	17	2.4	18	84	3	52	16	4	16	62	1.48
2305126--2305163	9	4.2	9	83	12	51	63	0	0	36	0.95
2307016--2307068	20	2.7	20	72	0	52	35	3	3	56	1.35
2307452--2307477	11	2.4	11	100	0	52	34	7	0	57	1.27
2311472--2311550	23	3.5	23	76	8	81	41	20	18	18	1.90
2311449--2311550	46	2.2	45	82	1	114	44	19	16	19	1.87
2314918--2314956	21	1.9	20	89	5	60	53	0	0	46	1.00
2315661--2315747	39	2.2	41	78	15	103	37	0	4	57	1.19
2325424--2325459	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2339655--2339765	27	4.1	27	84	0	132	36	9	19	34	1.85
2348694--2349029	171	2.0	171	92	0	564	26	27	15	30	1.96
2359967--2360075	48	2.3	48	96	0	200	50	12	21	15	1.77
2360974--2361029	29	1.9	29	100	0	112	37	12	17	32	1.88
2361949--2362038	40	2.2	39	79	11	101	34	18	25	21	1.96
2361966--2362102	40	3.4	40	77	7	116	37	20	23	18	1.94
2362140--2362566	41	10.4	41	85	0	494	22	19	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2364446--2364484	19	2.1	19	100	0	78	30	17	35	15	1.91
2365452--2365489	16	2.4	16	95	0	67	39	7	31	21	1.82
2365471--2365580	46	2.6	41	74	20	118	32	4	28	34	1.77
2365702--2365942	103	2.4	102	92	0	401	51	4	1	41	1.33
2365899--2365985	26	3.5	25	70	23	76	57	0	1	41	1.06
2365927--2366009	18	4.9	18	78	14	104	59	0	1	39	1.05
2365909--2366026	49	2.5	47	87	5	173	55	0	1	41	1.15
2365824--2366132	169	1.8	171	95	2	559	54	3	1	40	1.28
2365956--2366447	122	4.1	122	95	2	868	53	4	1	41	1.30
2366067--2366229	28	5.5	28	64	25	84	54	3	1	41	1.24
2366067--2366131	18	4.2	16	72	18	57	60	0	1	38	1.07
2366094--2366131	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
2366189--2366253	18	4.2	16	72	18	57	60	0	1	38	1.07
2366216--2366253	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
2365956--2366447	239	2.0	243	94	1	866	53	4	1	41	1.30
2366445--2366483	20	2.0	20	84	0	51	43	2	12	41	1.56
2366695--2366722	13	2.2	13	100	0	56	39	7	14	39	1.73
2369717--2369742	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
2369778--2369805	14	2.0	14	100	0	56	64	0	28	7	1.20
2369781--2369825	19	2.5	18	82	17	58	66	0	26	6	1.16
2370119--2370515	23	17.5	23	73	13	252	31	5	22	40	1.76
2370109--2370766	91	7.3	89	72	14	351	31	5	22	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2370119--2370509	114	3.4	114	92	2	628	31	5	22	40	1.77
2370106--2370754	46	14.4	45	70	13	385	31	5	22	40	1.77
2370200--2370766	137	4.2	137	83	8	648	31	5	22	40	1.77
2370242--2370768	68	7.9	68	71	15	357	31	5	22	40	1.77
2370494--2370524	15	2.1	15	100	0	62	32	12	19	35	1.90
2370574--2370766	23	8.4	23	77	14	159	32	6	23	38	1.80
2371676--2371906	43	5.4	42	89	3	300	19	18	31	30	1.96
2376223--2376248	9	2.9	9	100	0	52	11	0	0	88	0.52
2380503--2380776	57	4.9	56	80	3	282	30	45	3	21	1.68
2380503--2380763	111	2.3	112	82	3	301	29	45	3	21	1.68
2381628--2381784	29	5.4	29	74	6	120	51	31	3	14	1.57
2381664--2381785	28	4.2	29	77	10	97	50	32	2	13	1.55
2381665--2381740	15	5.1	15	71	9	57	52	34	2	10	1.50
2381940--2382001	2	31.0	2	100	0	124	0	50	0	50	1.00
2382412--2382509	9	10.7	9	68	17	51	31	3	3	62	1.26
2382406--2382445	18	2.1	20	86	9	57	27	2	7	62	1.35
2383474--2383533	19	3.1	20	76	4	61	43	28	5	23	1.74
2384059--2384087	14	2.0	15	93	6	51	48	0	10	41	1.37
2384364--2384421	29	2.0	29	96	0	107	36	22	3	37	1.71
2393042--2393297	127	2.0	129	93	1	435	39	12	16	31	1.86
2394911--2395019	34	3.2	34	65	27	86	44	8	24	22	1.80
2394745--2395074	68	4.9	67	74	12	228	43	9	21	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2397092--2397213	21	5.8	21	80	0	136	35	31	29	4	1.76
2397092--2397189	42	2.3	42	91	0	151	33	29	31	5	1.79
2398199--2398230	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
2402467--2402534	27	2.5	27	83	4	84	29	35	1	33	1.67
2408886--2408933	18	2.7	18	96	0	87	12	4	25	58	1.52
2426056--2426472	205	2.0	205	95	0	753	29	21	19	29	1.98
2428712--2428866	36	4.3	36	85	3	204	38	36	9	16	1.80
2429274--2429317	24	1.9	23	81	9	54	27	9	2	61	1.38
2432744--2432867	30	4.1	30	92	1	194	26	23	6	43	1.78
2432754--2432861	15	7.2	15	68	12	78	26	21	7	44	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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