genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  59  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16661150--16661373	119	1.9	119	83	5	292	25	22	27	25	2.00
16665783--16665827	23	2.0	23	86	0	63	28	24	17	28	1.97
16671981--16672023	22	2.0	22	86	9	61	23	20	30	25	1.99
16674958--16674988	14	2.2	14	100	0	62	29	6	38	25	1.81
16675535--16675613	40	1.9	41	84	5	106	46	17	7	27	1.75
16679876--16679908	15	2.1	16	88	5	50	0	27	6	66	1.15
16688722--16688761	21	1.9	21	85	10	55	40	7	5	47	1.54
16688971--16689014	19	2.3	18	77	11	52	68	0	0	31	0.90
16703460--16703601	58	2.4	58	81	9	144	47	6	3	42	1.46
16703510--16703685	61	2.8	60	76	14	149	52	3	3	40	1.37
16703577--16703629	20	2.8	18	81	13	63	50	1	1	45	1.23
16704056--16704095	10	4.2	9	84	9	53	40	0	2	57	1.12
16704056--16704092	19	1.9	19	89	10	58	37	0	2	59	1.12
16704895--16704928	11	3.0	11	86	4	50	52	8	2	35	1.47
16707372--16707421	25	2.0	25	84	0	64	26	14	18	42	1.87
16709774--16709798	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
16713462--16713539	42	1.9	42	82	10	99	48	1	3	46	1.28
16713514--16713542	5	6.0	5	92	8	51	41	0	0	58	0.98
16717811--16717892	31	2.6	31	78	0	101	23	32	24	19	1.97
16717994--16718167	35	5.0	35	80	2	136	44	16	13	26	1.84
16720876--16720999	66	1.9	66	81	6	153	35	19	20	24	1.96
16721970--16722017	17	2.9	17	81	3	62	47	10	18	22	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16722472--16722513	21	2.0	21	90	0	66	21	38	4	35	1.75
16722481--16722515	18	1.9	18	88	0	52	22	37	5	34	1.78
16723133--16723172	17	2.4	17	95	0	71	12	40	22	25	1.89
16724238--16724278	19	2.3	17	87	8	55	82	2	2	12	0.86
16727893--16727932	18	2.2	18	95	0	71	30	25	17	27	1.97
16730218--16730265	20	2.5	20	89	3	71	68	4	10	16	1.33
16734203--16734322	35	3.3	36	81	8	138	26	16	14	42	1.86
16734233--16734330	36	2.8	35	80	7	110	25	16	15	42	1.87
16736594--16736673	22	3.6	22	81	0	97	17	28	21	32	1.96
16737820--16737883	23	2.8	23	90	0	101	15	29	25	29	1.96
16744762--16744818	20	2.8	20	89	0	78	22	29	0	47	1.52
16751616--16751685	26	2.7	26	84	2	97	54	0	1	44	1.09
16762714--16762755	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
16772161--16772214	26	2.1	26	100	0	108	46	35	7	11	1.67
16772281--16772305	12	2.1	12	100	0	50	52	48	0	0	1.00
16779039--16779170	18	6.9	18	73	21	92	56	1	1	40	1.18
16779057--16779149	26	3.5	26	73	8	71	54	2	1	41	1.19
16784880--16784916	6	6.2	6	93	0	65	45	16	2	35	1.61
16785365--16785404	21	1.9	21	90	10	64	47	0	2	50	1.14
16785445--16786146	234	3.0	234	98	0	1354	44	9	3	42	1.53
16786135--16786187	13	4.1	13	85	0	61	33	28	5	32	1.81
16787494--16787545	11	4.2	12	79	16	54	73	3	21	1	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16787499--16787545	24	2.0	24	91	8	78	72	4	21	2	1.12
16805183--16805219	10	3.8	10	92	3	58	29	0	5	64	1.15
16806698--16806774	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
16806714--16806753	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
16806702--16806768	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
16810244--16810468	27	8.4	27	84	1	258	34	19	22	23	1.96
16810243--16810449	81	2.6	81	88	1	290	36	19	21	23	1.95
16810513--16810572	24	2.5	24	83	5	86	21	8	25	45	1.80
16810743--16811041	32	9.4	32	77	6	241	21	21	20	36	1.95
16810740--16811021	64	4.4	64	78	8	288	20	21	21	36	1.96
16810761--16811021	96	2.7	96	80	4	269	21	21	21	36	1.96
16827381--16827428	22	2.2	22	85	7	62	29	39	0	31	1.57
16837129--16837163	18	1.9	17	88	11	52	60	11	0	28	1.32
16837374--16837441	3	22.3	3	96	3	127	32	1	0	66	1.01
16838602--16838632	14	2.2	14	100	0	62	22	22	19	35	1.96
16857357--16857406	26	1.9	26	91	0	82	38	18	6	38	1.75
16865450--16865489	17	2.4	17	86	0	53	17	15	32	35	1.91
16878447--16878493	3	15.7	3	86	8	69	0	27	0	72	0.85
16879109--16879134	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
16887456--16887593	60	2.3	59	78	9	140	36	16	6	40	1.75
16887485--16887626	63	2.3	62	85	6	182	34	16	7	41	1.77
16887519--16887626	31	3.5	30	69	17	85	35	15	9	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16905462--16905580	44	2.7	45	85	5	161	43	14	21	21	1.87
16905562--16905603	22	1.9	22	100	0	84	47	14	14	23	1.80
16905584--16905701	45	2.6	45	81	2	130	42	14	16	27	1.86
16910015--16910088	29	2.5	29	82	4	85	27	13	12	47	1.78
16922943--16922975	16	2.1	16	94	0	57	36	3	36	24	1.71
16923189--16923230	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
16923198--16923239	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
16923192--16923727	120	4.4	121	96	1	891	49	5	2	41	1.42
16923308--16923359	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
16923192--16923603	59	6.9	58	68	15	250	49	6	2	41	1.40
16923428--16923479	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
16923237--16923666	59	7.1	64	63	20	226	48	6	2	41	1.44
16923525--16923715	59	3.2	58	68	22	167	49	4	5	41	1.44
16923768--16923828	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
16923775--16923918	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
16923743--16923950	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
16923768--16923910	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
16923793--16923931	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
16930302--16930326	11	2.3	11	100	0	50	24	0	52	24	1.48
16935551--16935597	16	2.9	16	75	12	60	44	10	0	44	1.38
16935576--16935620	22	2.1	21	84	12	56	53	11	0	35	1.37
16939583--16939616	18	1.9	18	88	5	52	11	41	26	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16944549--16944595	16	2.9	16	75	12	60	44	10	0	44	1.38
16944731--16944772	17	2.5	17	88	0	66	19	16	9	54	1.69
16956416--16956448	15	2.1	16	88	11	50	78	0	3	18	0.87
16963970--16964054	27	3.2	26	91	3	125	30	17	24	27	1.97
16968351--16968459	51	2.1	52	89	1	166	44	7	19	28	1.77
16978680--16978865	40	4.7	40	85	5	209	26	26	22	24	2.00
16983107--16983142	17	2.1	17	100	0	72	22	27	5	44	1.75
16990396--16990429	14	2.4	14	86	13	52	2	11	0	85	0.71
16990396--16990428	17	1.9	17	88	11	50	3	12	0	84	0.72
17008113--17008157	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
17015472--17015502	16	1.9	16	100	0	62	25	9	0	64	1.24
17017442--17017511	36	1.9	36	85	0	95	15	12	28	42	1.84
17018422--17018447	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
17026227--17026296	36	1.9	36	88	0	104	20	12	27	40	1.88
17026230--17026318	36	2.5	36	83	0	97	19	11	28	41	1.85
17029655--17029762	55	1.9	56	92	1	182	35	6	13	44	1.70
17030447--17030497	19	2.6	19	77	20	52	52	0	3	43	1.19
17030940--17031025	39	2.2	39	79	4	93	43	6	11	38	1.68
17031684--17031758	22	3.4	22	75	10	64	62	1	1	34	1.12
17031697--17031758	15	4.0	15	72	14	54	64	1	1	32	1.13
17031682--17031743	7	8.9	7	77	5	63	61	0	1	37	1.06
17031690--17031744	8	7.4	8	76	15	55	63	0	1	34	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17031690--17031744	15	3.7	15	85	2	58	63	0	1	34	1.05
17031767--17031797	7	4.4	7	100	0	62	38	0	48	12	1.42
17031767--17031808	14	3.1	14	89	3	50	38	0	50	11	1.40
17032541--17032598	29	2.0	30	86	10	84	53	5	1	39	1.33
17038404--17038659	128	2.0	128	98	0	494	38	12	21	28	1.89
17039440--17039494	22	2.5	22	80	11	60	40	0	1	58	1.09
17043570--17043625	16	3.5	16	80	0	76	39	5	25	30	1.78
17043572--17043844	133	2.0	134	87	2	397	35	4	24	35	1.76
17043905--17043956	26	2.0	26	88	3	79	46	0	3	50	1.20
17043914--17044027	55	2.0	57	84	3	151	51	1	0	45	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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