genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  78  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24115619--24115659	21	2.0	21	85	4	57	29	0	2	68	1.03
24115858--24116058	43	4.7	43	86	1	280	23	25	19	30	1.98
24116489--24116540	21	2.5	21	93	0	86	1	42	19	36	1.62
24118627--24118680	22	2.5	21	76	8	54	59	14	3	22	1.51
24122496--24122569	22	3.3	22	72	12	62	43	17	20	18	1.88
24122681--24122743	27	2.4	27	97	2	119	34	23	22	19	1.96
24122813--24122864	24	2.2	24	96	0	95	51	15	7	25	1.69
24122993--24123185	27	7.1	28	79	12	140	26	16	17	39	1.91
24123007--24123185	54	3.3	54	83	9	238	26	16	18	38	1.92
24123011--24123185	81	2.2	81	87	4	246	26	16	17	38	1.91
24124841--24124950	45	2.4	45	83	0	121	34	20	19	25	1.96
24129893--24129931	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
24130233--24130374	50	2.7	52	82	8	171	23	30	21	24	1.99
24132385--24146376	516	27.1	516	92	4	22631	36	8	20	35	1.83
24133794--24134034	124	1.9	127	87	5	355	38	6	21	34	1.79
24143502--24146376	485	5.8	486	87	6	4208	36	8	19	35	1.82
24148091--24148184	47	2.0	47	91	0	152	44	12	17	25	1.84
24153719--24153776	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
24153980--24154024	23	2.0	23	86	0	63	22	0	11	66	1.22
24161101--24161384	44	6.7	44	82	10	358	25	16	27	29	1.97
24161179--24161402	122	1.8	122	86	5	328	25	16	25	31	1.97
24161553--24161820	50	5.4	50	69	5	182	30	20	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24161558--24161855	100	3.0	99	85	3	375	29	21	21	27	1.98
24167719--24167763	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
24170397--24170470	36	2.0	36	87	7	105	36	8	22	32	1.84
24173512--24173558	20	2.4	19	89	3	67	44	4	8	42	1.54
24177076--24177106	16	1.9	16	93	0	53	32	25	12	29	1.93
24187158--24187205	19	2.5	19	75	0	51	14	25	29	31	1.95
24189526--24189674	27	5.6	27	78	6	142	30	21	12	35	1.91
24189512--24189674	54	3.0	53	77	5	175	29	21	12	36	1.91
24193870--24194049	50	3.5	50	85	4	207	22	29	22	25	1.99
24201515--24201709	50	3.9	50	86	0	237	22	30	22	25	1.99
24206405--24206462	28	2.1	28	86	0	80	39	20	20	18	1.92
24206901--24207114	27	7.8	27	80	5	171	31	8	18	41	1.80
24206899--24207178	82	3.4	82	83	3	314	30	8	20	40	1.83
24206897--24207171	55	5.0	55	80	5	252	31	8	18	41	1.81
24207008--24207178	28	6.2	26	83	9	164	29	8	21	40	1.82
24209143--24209202	20	2.9	21	77	5	77	11	26	20	41	1.86
24209143--24209204	21	3.0	21	78	4	81	11	25	20	41	1.86
24214676--24214811	30	4.6	29	76	12	116	40	11	23	25	1.87
24214643--24214871	89	2.6	89	84	4	300	39	11	22	26	1.88
24214643--24214783	59	2.4	58	80	7	158	38	10	24	26	1.88
24214710--24214836	30	4.3	30	76	6	114	38	12	22	25	1.90
24222519--24222649	55	2.4	54	83	6	156	27	23	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24225340--24225397	21	2.6	21	71	17	55	31	20	6	41	1.79
24228012--24228057	21	2.2	21	84	0	56	28	34	15	21	1.94
24237100--24237138	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
24237367--24237485	23	5.2	23	85	4	159	21	17	26	33	1.96
24237364--24237478	46	2.5	46	92	0	194	21	18	26	33	1.96
24244306--24244534	50	4.5	50	80	9	225	26	22	29	22	1.99
24244362--24244555	99	2.0	100	81	3	230	25	22	30	22	1.99
24251930--24252128	50	3.9	50	78	7	188	26	21	28	23	1.99
24252378--24252419	20	2.1	20	86	0	57	57	7	19	16	1.62
24257939--24258007	35	2.0	35	85	5	95	18	18	27	34	1.95
24260740--24260774	11	3.3	11	92	4	54	25	0	0	74	0.82
24260969--24261006	17	2.2	17	95	0	67	44	21	13	21	1.85
24271634--24271667	17	2.0	17	100	0	68	41	11	0	47	1.40
24276144--24276168	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
24277273--24277358	43	2.0	45	90	4	140	37	0	12	50	1.41
24277384--24278223	29	31.4	29	76	19	752	44	26	0	28	1.56
24277510--24278228	51	13.8	50	75	16	343	44	26	0	28	1.56
24277567--24278243	23	26.5	23	70	24	324	44	26	0	28	1.56
24277621--24278193	240	2.5	223	87	9	750	44	26	0	28	1.55
24277872--24278252	51	7.6	49	81	11	411	45	25	0	29	1.56
24278255--24278460	110	1.9	110	97	0	394	38	9	8	42	1.69
24278436--24278477	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24281492--24281842	126	2.8	124	87	3	535	32	22	16	28	1.95
24283120--24283193	15	4.9	15	69	9	51	66	0	10	22	1.23
24283113--24283215	46	2.3	45	96	1	188	67	0	11	19	1.26
24283222--24283255	17	1.9	18	88	5	52	73	2	2	20	1.09
24286340--24286466	40	3.3	40	68	18	115	40	22	16	20	1.91
24286285--24286485	75	2.7	75	82	3	251	35	24	19	20	1.96
24286969--24287006	11	3.5	11	89	7	51	21	10	0	68	1.19
24288561--24288903	51	6.8	51	76	8	308	29	15	25	30	1.96
24288561--24288903	102	3.4	102	81	7	380	29	15	25	30	1.96
24299489--24299540	22	2.5	20	81	9	61	46	3	17	32	1.66
24308129--24308168	21	2.0	21	85	5	55	15	32	7	45	1.74
24316931--24316975	22	2.0	22	100	0	90	31	26	0	42	1.56
24318264--24318639	125	3.0	125	91	3	607	30	15	22	31	1.95
24319523--24320144	23	27.8	23	87	5	832	26	0	25	47	1.55
24319523--24320144	90	6.9	91	88	4	835	26	0	25	47	1.55
24319523--24320144	67	9.3	68	90	3	808	26	0	25	47	1.55
24320175--24320211	9	4.2	9	93	3	58	59	8	0	32	1.27
24320690--24320729	18	2.2	18	95	0	71	40	7	30	22	1.81
24321379--24321403	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
24321574--24321611	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
24322596--24322635	11	3.6	11	93	6	64	42	0	35	22	1.54
24328510--24328605	48	2.0	48	85	0	129	28	26	26	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24328577--24328646	26	2.7	26	100	0	140	25	21	30	22	1.99
24328579--24328647	13	5.3	13	73	13	70	26	21	31	20	1.98
24331541--24331670	57	2.3	55	81	11	140	41	0	3	54	1.21
24331558--24331699	55	2.5	57	85	6	173	45	0	2	51	1.18
24331866--24331935	16	4.4	16	80	5	79	34	24	2	38	1.70
24331866--24331936	32	2.2	32	85	5	90	33	23	4	38	1.75
24332490--24332539	4	12.0	4	87	8	64	72	0	4	24	1.02
24332490--24332540	13	4.0	13	84	5	77	72	0	3	23	1.01
24334124--24334156	17	2.0	17	94	5	59	30	15	0	54	1.41
24344623--24344656	16	2.1	16	100	0	68	52	5	11	29	1.61
24346313--24346349	10	3.7	10	88	0	56	78	5	2	13	1.03
24346780--24346812	17	1.9	17	93	0	57	18	9	0	72	1.10
24347455--24347490	6	6.2	6	96	3	65	83	0	16	0	0.65
24347484--24347557	33	2.2	34	88	7	107	56	5	27	10	1.55
24347501--24347559	16	3.5	17	72	19	52	55	8	25	10	1.61
24355306--24355393	25	3.5	25	79	0	77	29	21	21	27	1.99
24355827--24355869	22	2.0	22	86	4	61	20	11	25	41	1.86
24362768--24362816	23	2.1	23	85	7	64	36	4	22	36	1.73
24386110--24386145	18	1.9	19	88	5	56	41	0	19	38	1.52
24397172--24397226	17	3.2	17	92	0	92	27	16	27	29	1.97
24403772--24403812	22	1.9	22	85	5	57	21	31	4	41	1.74
24416901--24416949	22	2.2	23	88	7	82	38	4	8	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24416909--24416951	22	2.0	22	100	0	86	32	4	9	53	1.53
24418120--24418145	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
24425569--24425601	12	2.8	12	100	0	66	30	51	18	0	1.46
24435632--24435658	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
24437055--24437248	92	2.1	92	88	5	286	44	4	4	46	1.41
24437226--24437324	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
24437281--24437314	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
24437286--24437333	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
24437484--24437518	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24437484--24437525	17	2.5	17	85	14	52	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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