genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   

This is table  82  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25575784--25575893	51	2.2	51	81	3	123	25	16	24	33	1.96
25575904--25575989	45	1.9	45	87	0	127	25	13	22	38	1.91
25586505--25586562	20	2.9	20	75	10	57	12	29	15	43	1.83
25590124--25590216	37	2.5	37	82	5	107	30	24	13	31	1.94
25590933--25591148	39	5.5	39	97	0	405	28	2	23	45	1.67
25595584--25595760	51	3.5	51	76	6	207	32	28	16	23	1.96
25598050--25598291	50	4.7	50	79	3	198	28	19	27	24	1.98
25600184--25600397	80	2.7	78	89	2	329	28	2	21	47	1.65
25600180--25600397	39	5.5	39	89	2	337	27	2	22	47	1.65
25600194--25600433	119	2.0	118	81	4	277	30	4	21	44	1.71
25605017--25605433	127	3.3	127	83	3	462	26	20	20	32	1.97
25605062--25605344	44	6.7	42	71	11	150	26	20	21	32	1.97
25605462--25606076	131	4.7	131	87	2	797	24	23	20	31	1.98
25605595--25605909	44	7.2	44	66	8	158	24	22	21	31	1.98
25605755--25605947	44	4.4	44	69	3	111	24	25	21	28	1.99
25607314--25607350	14	2.5	15	86	8	58	13	18	0	67	1.23
25608227--25608320	33	2.9	32	81	9	95	11	6	8	73	1.25
25608256--25608302	21	2.2	21	84	3	58	6	6	8	78	1.08
25614570--25614694	26	5.0	26	74	18	122	38	8	17	36	1.79
25614586--25614680	49	2.0	48	89	2	145	38	6	17	36	1.76
25619042--25619097	27	2.2	26	87	6	78	14	19	21	44	1.86
25625139--25625329	50	3.8	50	85	2	213	20	28	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25625139--25625319	100	1.8	100	84	4	249	20	28	22	27	1.99
25626372--25626397	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
25632798--25632989	50	3.8	50	80	5	199	22	28	21	27	1.99
25634830--25634867	14	2.7	15	88	8	53	26	23	18	31	1.97
25637468--25637652	50	3.7	50	81	1	208	24	17	28	29	1.97
25637468--25637649	101	1.8	101	83	0	247	25	17	28	29	1.97
25645741--25645788	24	2.0	24	91	0	78	31	25	12	31	1.92
25647407--25647594	45	4.2	45	83	6	222	21	17	26	35	1.95
25658594--25658701	42	2.6	42	86	0	153	20	23	36	20	1.95
25664804--25665149	172	2.0	173	97	0	649	28	23	21	26	1.99
25665742--25665781	21	1.9	21	89	0	62	42	0	5	52	1.23
25667273--25667319	15	2.9	17	84	12	55	51	8	4	36	1.52
25669781--25669953	28	6.1	28	77	13	122	56	5	18	20	1.61
25669886--25669960	27	2.8	27	89	6	107	56	6	18	18	1.63
25677785--25677864	28	2.8	28	81	5	90	57	7	10	25	1.57
25681833--25681858	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
25694794--25694819	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
25699095--25699129	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
25700823--25700874	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
25700855--25700964	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
25701090--25701131	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25701099--25701140	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25701330--25701468	47	3.0	47	68	16	128	49	3	2	44	1.31
25701270--25701487	92	2.4	92	85	3	296	45	4	3	46	1.38
25704488--25704672	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
25704489--25704672	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
25704541--25704705	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
25712450--25712634	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
25712451--25712634	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
25712503--25712667	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
25717631--25718086	223	2.0	223	99	0	903	29	10	20	38	1.87
25718536--25718897	164	2.2	164	98	0	697	44	17	18	19	1.87
25720949--25721302	126	2.8	126	93	0	600	29	16	21	32	1.96
25724379--25724567	61	3.2	61	63	14	160	43	10	7	38	1.68
25724330--25724569	116	2.1	116	96	0	444	44	9	7	38	1.66
25724574--25725044	23	19.6	23	72	23	284	28	0	25	46	1.56
25724574--25724872	45	6.4	44	71	20	198	28	0	24	46	1.56
25724616--25724678	29	2.2	29	100	0	126	25	0	30	44	1.54
25724574--25724820	74	3.5	73	83	13	359	28	0	25	45	1.57
25724617--25725039	52	8.6	52	72	23	325	27	0	25	46	1.55
25724678--25724768	21	4.2	21	76	18	96	29	0	21	48	1.51
25724572--25725071	140	3.5	141	82	12	574	28	0	25	46	1.56
25724763--25724818	29	1.9	29	100	0	112	26	0	26	46	1.53
25724781--25724987	79	2.9	65	73	24	177	27	0	25	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25724876--25725016	29	5.1	29	83	10	179	27	0	25	46	1.58
25724751--25724994	117	2.1	109	76	19	258	27	0	25	46	1.56
25724763--25725140	198	1.9	199	91	6	622	28	0	25	45	1.59
25724979--25725087	23	5.0	21	85	8	89	25	0	27	46	1.53
25725032--25725087	21	2.6	22	88	5	96	26	0	25	48	1.52
25725092--25725159	27	2.8	23	86	10	84	30	2	30	35	1.73
25725088--25725149	27	2.3	27	100	0	124	35	3	25	35	1.72
25725159--25725296	25	5.7	25	76	14	146	43	13	2	41	1.55
25725182--25725349	50	3.7	44	77	13	187	46	12	1	39	1.52
25726461--25726485	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
25727625--25727740	51	2.3	51	93	0	196	43	2	27	25	1.67
25727712--25727762	22	2.3	22	93	0	84	35	0	33	31	1.58
25727710--25727785	11	6.8	12	69	23	58	39	0	32	27	1.57
25741431--25741500	25	2.8	25	93	2	115	28	18	25	27	1.98
25741423--25741520	25	4.0	25	84	2	101	31	18	24	25	1.97
25743937--25743997	30	2.0	30	90	0	95	40	24	9	24	1.85
25747864--25748308	70	6.4	70	79	3	439	28	17	21	33	1.96
25747869--25748308	209	2.1	210	82	2	546	27	17	21	33	1.96
25753671--25753700	15	2.0	15	93	0	51	66	10	10	13	1.44
25753367--25754000	332	1.9	332	98	0	1214	33	18	21	25	1.96
25760069--25760337	46	5.8	46	91	0	430	40	18	14	26	1.89
25761027--25761123	41	2.4	41	87	3	142	31	27	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25766395--25766433	20	2.0	20	100	0	78	43	5	0	51	1.24
25775953--25776294	168	2.0	168	99	0	675	33	17	18	30	1.94
25778381--25778419	20	2.0	20	89	0	60	28	20	35	15	1.93
25782499--25782528	5	5.8	5	92	7	51	60	0	0	40	0.97
25784451--25784483	16	2.1	16	88	11	50	21	3	9	66	1.33
25797703--25798706	217	4.6	217	91	0	1582	29	19	22	28	1.98
25797793--25798707	44	21.1	43	69	13	319	29	19	21	28	1.98
25808087--25808113	11	2.5	11	100	0	54	48	14	18	18	1.82
25808860--25808933	30	2.5	30	84	4	89	31	12	18	37	1.88
25809277--25809331	21	2.6	21	85	0	74	29	9	32	29	1.88
25812737--25813122	44	8.7	45	73	7	335	29	24	15	31	1.95
25812715--25813060	89	3.9	89	82	3	410	30	23	15	30	1.96
25812736--25813156	133	3.2	134	78	5	372	29	23	15	30	1.96
25812869--25813156	44	6.5	44	75	9	210	28	24	17	30	1.97
25812715--25813156	89	5.0	88	80	7	403	29	24	15	30	1.96
25813108--25813946	88	9.6	88	82	3	848	23	25	24	27	2.00
25813204--25813336	45	3.0	45	69	8	137	27	25	20	27	1.99
25813141--25813364	44	5.1	44	67	9	134	25	26	22	25	2.00
25813431--25813933	44	11.5	43	64	11	160	21	24	26	27	1.99
25813135--25813949	351	2.3	350	83	2	1008	23	24	24	27	2.00
25813141--25813949	263	3.1	262	82	3	903	23	24	24	27	2.00
25815260--25815292	14	2.3	15	89	5	50	27	33	12	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25816118--25816182	26	2.5	26	85	5	78	60	4	13	21	1.52
25831096--25831415	47	6.7	48	97	1	549	30	8	30	30	1.87
25831305--25831395	49	2.0	42	89	10	119	30	8	30	29	1.87
25831533--25831611	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
25843615--25844159	44	12.4	45	78	5	497	27	17	25	29	1.98
25843613--25844157	133	4.1	133	93	0	925	27	17	25	29	1.98
25843615--25844157	265	2.1	264	93	1	917	27	17	25	29	1.98
25844142--25844372	88	2.6	88	87	0	336	29	27	22	20	1.98
25844678--25844799	44	2.8	43	81	5	138	28	18	21	31	1.97
25845674--25845707	8	4.0	8	85	14	50	14	2	0	82	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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