genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   

This is table  66  of  173  ( 20651 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19376213--19376253	17	2.5	17	80	15	50	21	12	2	63	1.40
19384970--19385043	25	3.3	24	64	28	63	44	9	5	40	1.60
19384965--19385056	42	2.2	42	96	0	166	46	8	5	39	1.58
19390490--19390524	11	3.1	11	88	8	52	5	8	25	60	1.49
19395515--19395560	19	2.3	20	75	14	51	28	2	10	58	1.43
19400930--19401028	40	2.5	40	84	0	126	24	13	27	35	1.92
19401008--19401096	40	2.2	40	83	0	106	29	14	22	33	1.94
19402854--19402968	20	5.8	19	70	10	79	10	26	20	42	1.84
19409339--19409380	7	6.3	7	83	10	61	57	14	0	28	1.38
19410555--19410601	24	2.0	24	83	8	60	23	14	19	42	1.88
19425540--19425591	25	2.1	25	85	7	70	25	15	3	55	1.57
19426670--19426736	21	3.2	21	77	6	57	74	1	16	7	1.11
19426690--19426736	7	6.6	7	90	4	58	72	0	19	8	1.10
19427934--19428176	88	2.8	88	82	2	272	27	20	23	28	1.99
19428259--19428933	50	13.5	50	72	1	431	33	20	20	25	1.97
19428259--19428933	150	4.5	150	74	3	543	33	20	20	25	1.97
19428268--19428801	100	5.3	101	88	2	758	32	21	21	24	1.98
19434702--19434842	43	3.4	42	78	6	151	34	23	18	23	1.96
19434822--19434874	26	2.0	26	89	7	81	24	32	22	20	1.98
19434848--19435039	41	4.7	41	89	3	289	25	25	19	30	1.98
19436520--19436548	13	2.1	14	93	6	51	68	13	6	10	1.37
19446000--19446085	20	4.2	20	79	11	77	39	20	27	11	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19453545--19453582	20	2.0	20	89	5	60	36	15	13	34	1.87
19461237--19461540	47	6.4	47	90	3	416	27	30	9	32	1.88
19470680--19470765	44	2.0	44	88	0	127	31	22	22	24	1.98
19470684--19470970	142	2.0	142	91	0	466	34	18	19	27	1.95
19471038--19472464	100	14.2	100	77	8	1265	33	22	20	24	1.97
19471045--19472464	301	4.7	301	91	1	2100	33	22	20	24	1.97
19471046--19472464	50	28.3	49	67	10	593	33	22	20	24	1.97
19477251--19477300	24	2.1	24	100	0	100	44	16	0	40	1.47
19480725--19481107	50	7.7	50	87	3	470	20	30	22	26	1.98
19480725--19481104	99	3.8	98	83	4	375	20	30	22	26	1.98
19480725--19481104	149	2.5	150	84	3	464	20	30	22	26	1.98
19483579--19483765	51	3.7	51	80	5	184	26	16	26	31	1.96
19510030--19510141	43	2.6	42	83	2	134	16	25	16	40	1.90
19510070--19510129	21	2.8	21	71	2	66	15	30	18	36	1.91
19516477--19516505	11	2.6	11	100	0	58	48	0	17	34	1.47
19517290--19517322	11	2.8	12	90	9	50	78	3	0	18	0.87
19520625--19520683	21	2.8	20	82	5	55	16	10	18	54	1.70
19536770--19537061	50	5.7	50	81	6	259	22	28	21	26	1.99
19536770--19537066	100	2.9	100	81	3	326	22	28	21	27	1.99
19538092--19538495	202	2.0	202	96	0	738	40	14	11	33	1.81
19545222--19545320	42	2.4	42	87	3	137	26	23	29	21	1.99
19545810--19545859	24	2.1	24	100	0	100	42	28	4	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19546956--19547102	72	2.0	72	98	0	285	25	10	27	36	1.89
19547923--19548107	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
19547924--19548107	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
19547976--19548140	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
19555898--19556081	78	2.3	81	84	8	236	23	22	27	25	2.00
19555898--19556081	40	4.7	40	84	8	234	23	22	27	25	2.00
19555899--19556114	79	2.7	77	80	9	197	25	22	27	24	2.00
19555950--19556114	79	2.1	78	82	7	201	25	21	27	25	1.99
19563887--19564071	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
19563888--19564071	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
19563888--19564104	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
19569900--19569961	30	2.1	30	81	0	70	53	9	6	30	1.59
19577612--19577731	60	2.0	60	91	0	195	32	32	15	19	1.93
19581823--19581873	21	2.4	21	83	0	57	11	0	35	52	1.38
19582091--19582382	126	2.3	126	88	1	424	32	19	20	27	1.97
19584222--19584246	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
19585412--19585466	28	1.9	29	92	3	94	50	5	5	38	1.48
19585466--19585538	11	6.6	11	78	10	69	42	1	32	23	1.63
19588054--19588135	20	4.2	19	71	17	60	59	1	1	37	1.13
19588248--19588297	22	2.3	22	80	16	59	48	0	0	52	1.00
19589580--19589699	43	2.9	40	85	7	159	34	20	20	25	1.97
19589616--19589705	43	2.1	43	97	2	173	35	15	22	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19589788--19590290	41	12.5	41	82	5	551	17	19	34	27	1.95
19594615--19594705	43	2.1	43	86	6	123	35	10	9	43	1.73
19594973--19595280	43	7.3	41	84	5	359	25	19	28	25	1.99
19594973--19595261	128	2.2	128	84	4	359	26	19	28	25	1.99
19603722--19603789	31	2.2	31	84	5	84	20	22	17	39	1.92
19607005--19607049	22	2.0	22	100	0	90	26	8	17	46	1.78
19608197--19608224	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
19628542--19628586	15	2.9	16	83	12	58	60	4	0	35	1.17
19635888--19635930	19	2.2	20	92	8	72	34	27	16	20	1.94
19806437--19806466	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
19809969--19810002	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
19811900--19811939	21	1.9	21	85	10	55	30	10	12	47	1.74
19812584--19812657	25	3.0	24	78	5	76	28	24	16	31	1.96
19819510--19819538	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
19823402--19823451	25	2.0	25	100	0	100	28	28	4	40	1.74
19823393--19823462	25	2.5	30	73	23	89	30	24	4	41	1.74
19827327--19827356	12	2.4	13	94	5	53	36	0	0	63	0.95
19827483--19827539	30	1.9	30	96	0	105	56	12	3	28	1.52
19827584--19827631	22	2.2	22	88	7	71	54	6	20	18	1.65
19827583--19827621	11	3.5	11	78	0	51	48	10	20	20	1.78
19828043--19828090	23	2.1	23	100	0	96	20	27	4	47	1.68
19828423--19828485	21	3.0	21	73	19	67	33	3	0	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19828425--19828482	10	5.5	11	80	12	52	32	3	0	63	1.11
19828396--19828509	43	2.8	40	76	18	94	32	4	1	61	1.26
19829070--19829418	125	2.8	124	89	3	524	28	15	22	33	1.94
19832445--19832662	116	1.9	116	97	0	409	43	8	9	38	1.68
19832664--19832709	22	2.2	20	88	11	67	26	0	28	45	1.54
19832688--19833477	29	28.4	29	78	14	766	27	0	26	44	1.58
19832848--19833477	59	11.2	58	86	8	787	27	0	26	44	1.59
19833077--19833120	22	2.1	21	91	8	72	31	0	25	43	1.55
19832688--19833471	301	2.6	301	88	4	1142	28	0	26	45	1.58
19833493--19833604	25	4.7	25	69	18	96	41	13	0	43	1.50
19833493--19833647	69	2.3	69	93	1	258	43	13	0	41	1.48
19834759--19834796	7	5.4	7	100	0	76	57	13	0	28	1.36
19835975--19836027	22	2.4	22	96	3	97	41	0	32	26	1.56
19861657--19862291	317	2.0	317	90	0	993	34	19	14	30	1.92
19865722--19865799	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
19865752--19866078	173	1.9	174	92	0	548	30	14	23	31	1.94
19886288--19886342	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
19886480--19886574	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
19886555--19886606	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
19899180--19899227	24	2.0	24	91	0	78	20	31	18	29	1.97
19921723--19921800	38	2.1	35	81	11	86	32	19	11	37	1.87
19934215--19934362	64	2.3	64	86	0	206	29	22	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19934309--19934355	24	2.0	24	86	0	67	29	21	19	29	1.97
19934444--19934554	42	2.6	42	82	0	123	36	18	16	27	1.92
19940934--19940985	17	3.2	16	86	7	70	44	9	17	28	1.80
19946796--19946834	20	2.0	20	94	0	69	43	0	5	51	1.24
19952558--19952598	19	2.2	19	91	8	66	31	9	7	51	1.62
19957023--19957066	15	2.9	15	82	0	61	43	4	20	31	1.72
19959105--19959145	19	2.2	19	91	8	66	31	9	7	51	1.62
19961005--19961042	20	1.9	20	88	0	58	34	0	2	63	1.09
19965718--19965758	19	2.2	19	91	8	66	31	9	7	51	1.62
19994688--19994870	40	4.6	40	93	0	303	26	22	28	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173