genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7465766--7465790	13	1.9	13	100	0	50	12	24	32	32	1.91
7466227--7466268	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
7466218--7466259	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
7466371--7466405	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7466205--7466518	157	2.0	157	96	0	583	47	5	3	44	1.41
7466654--7466708	16	3.4	16	92	0	92	38	34	0	27	1.57
7466639--7466708	32	2.2	32	86	0	95	35	31	0	32	1.58
7467305--7467357	26	2.0	26	85	7	70	50	3	0	45	1.19
7467368--7467398	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
7467387--7467432	17	2.6	19	80	12	55	52	0	2	45	1.13
7470422--7470493	36	2.0	36	97	0	135	23	23	16	36	1.94
7476144--7476238	47	2.0	47	93	0	163	48	3	6	42	1.44
7476298--7476473	59	2.9	62	69	13	168	43	2	3	49	1.36
7480675--7480728	19	2.8	19	88	0	81	38	9	14	37	1.79
7484348--7484406	31	1.9	30	86	3	82	38	8	5	47	1.56
7490612--7490741	65	2.0	65	98	0	251	34	14	10	40	1.81
7493451--7493589	46	3.0	46	89	0	206	30	25	7	36	1.83
7495212--7495252	8	4.9	9	82	11	52	48	19	0	31	1.49
7501745--7501791	23	2.1	21	81	14	51	29	19	4	46	1.68
7502041--7502185	23	6.3	23	90	0	236	31	26	21	20	1.98
7504697--7504729	12	2.8	12	90	0	57	30	3	0	66	1.06
7506322--7506355	16	2.1	16	88	0	50	20	14	20	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7508325--7508369	22	2.0	22	100	0	90	33	8	26	31	1.87
7509607--7509777	41	4.1	41	91	0	270	28	20	27	23	1.99
7513146--7513193	22	2.1	22	92	7	78	66	8	0	25	1.19
7513229--7513270	12	3.4	12	78	15	50	78	0	21	0	0.75
7513186--7513271	15	5.4	15	67	21	50	75	0	19	4	0.97
7514525--7514650	51	2.5	51	86	1	173	27	20	22	29	1.98
7514553--7514785	46	5.0	46	78	8	213	29	19	22	28	1.98
7514604--7514784	91	2.0	92	85	3	249	29	19	22	28	1.98
7514524--7514805	46	5.9	49	71	19	200	29	19	23	28	1.98
7515060--7515090	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
7515144--7515180	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
7515394--7515453	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
7517531--7517580	16	3.1	16	75	13	50	26	2	4	68	1.18
7517722--7517754	12	2.8	12	90	0	57	30	3	0	66	1.06
7518959--7519021	20	3.3	19	80	8	65	55	6	0	38	1.25
7521138--7521275	69	2.0	69	100	0	276	26	27	7	39	1.82
7523036--7523061	9	2.9	9	100	0	52	0	11	19	69	1.18
7525819--7525863	18	2.6	18	82	3	56	33	6	4	55	1.46
7529435--7529473	15	2.7	15	84	4	53	58	0	2	38	1.12
7530258--7530834	114	5.1	114	84	3	687	21	20	26	31	1.98
7530078--7530476	187	2.1	185	82	3	480	20	24	27	28	1.99
7531062--7531095	14	2.4	14	90	5	50	35	0	29	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7531118--7531181	21	3.1	21	88	4	87	20	0	43	35	1.52
7531129--7531182	7	8.0	7	81	8	67	18	0	50	31	1.48
7531130--7531188	14	4.4	14	72	12	52	20	0	45	33	1.51
7531282--7531343	7	8.9	7	87	0	70	20	1	48	29	1.59
7531406--7531435	14	2.1	14	93	0	51	20	0	43	36	1.52
7531595--7531637	20	2.2	20	86	0	59	62	4	6	25	1.40
7531633--7531671	17	2.3	17	86	8	53	82	0	5	12	0.83
7532134--7532558	198	2.2	197	93	1	708	28	16	20	34	1.94
7533848--7533899	7	7.3	7	82	4	68	3	11	11	73	1.23
7533846--7533899	21	2.5	22	90	3	92	5	11	11	72	1.28
7534207--7534297	43	2.1	41	84	11	121	40	4	2	52	1.33
7534448--7534498	13	4.0	13	87	5	68	47	9	1	41	1.48
7534496--7534580	23	3.4	23	67	17	62	35	10	5	48	1.62
7534467--7534600	52	2.6	53	86	3	200	38	11	4	45	1.60
7534746--7534898	9	17.3	9	73	11	129	46	20	3	29	1.68
7534968--7535014	9	5.3	9	78	14	53	42	21	2	34	1.65
7540362--7540406	23	2.0	23	82	8	56	35	17	6	40	1.76
7548189--7548220	12	2.7	12	95	0	55	62	0	3	34	1.11
7550188--7550231	23	1.9	23	81	9	54	56	9	6	27	1.55
7550545--7550618	38	1.9	38	81	10	89	58	4	1	36	1.26
7550878--7550928	15	3.4	15	88	0	75	19	7	0	72	1.08
7550878--7550928	5	10.2	5	91	0	66	19	7	0	72	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7550878--7550924	10	4.7	10	91	0	76	19	8	0	72	1.10
7558788--7559068	132	2.1	133	93	1	485	29	23	18	28	1.98
7559051--7559542	44	11.3	44	69	16	183	28	21	19	30	1.98
7559054--7559555	217	2.3	217	87	1	731	28	21	19	30	1.98
7559165--7559544	44	8.7	45	73	11	204	28	22	19	29	1.98
7574993--7575027	9	4.0	9	88	3	54	74	0	2	22	0.95
7576103--7576141	16	2.4	17	86	4	53	53	2	17	25	1.56
7578626--7578671	22	2.0	24	84	16	62	36	0	28	34	1.58
7585099--7585132	16	2.1	16	100	0	68	50	0	11	38	1.39
7585445--7585476	13	2.5	13	94	0	55	43	6	6	43	1.54
7587148--7587242	34	2.7	34	88	4	127	32	16	6	44	1.73
7589810--7589888	29	2.7	30	76	7	83	53	2	10	34	1.48
7591733--7592009	50	5.5	49	72	6	223	24	15	22	37	1.93
7591678--7591841	51	3.2	51	72	5	188	28	18	20	32	1.96
7591669--7592017	101	3.5	101	91	0	493	24	16	22	35	1.95
7592089--7592822	173	4.2	174	92	0	1177	29	20	17	32	1.96
7592033--7592692	46	15.1	46	68	15	253	29	20	17	32	1.96
7592089--7592822	348	2.1	348	92	2	1206	29	20	17	32	1.96
7595296--7595369	38	2.0	37	86	7	105	32	21	1	44	1.61
7595498--7595572	23	3.3	23	90	0	114	33	25	20	21	1.97
7596592--7596638	23	2.0	24	87	4	69	12	19	0	68	1.21
7598252--7598317	25	2.6	25	85	9	80	57	6	16	19	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7601550--7601615	29	2.3	30	78	7	82	53	3	12	31	1.53
7614123--7614181	31	1.9	31	85	0	82	42	6	8	42	1.61
7620998--7621038	20	2.0	21	90	4	66	51	2	4	41	1.36
7621676--7621706	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
7621727--7621771	24	1.9	24	86	4	65	71	11	2	15	1.24
7626129--7626188	26	2.3	26	82	5	77	20	11	36	31	1.88
7633647--7633685	20	1.9	21	89	5	62	43	5	7	43	1.55
7637995--7638072	34	2.3	34	86	4	104	28	12	15	43	1.83
7638299--7638389	45	2.0	45	86	0	128	24	23	19	32	1.97
7643729--7643774	19	2.2	22	85	11	62	41	0	10	47	1.38
7645302--7645465	62	2.6	62	86	1	213	29	11	12	45	1.78
7645996--7646090	29	3.2	29	80	3	109	43	15	10	30	1.81
7646774--7646844	35	2.0	35	100	0	142	30	8	21	39	1.83
7665370--7665457	9	9.1	9	71	18	61	62	2	1	34	1.15
7665389--7665433	21	2.1	22	91	4	74	66	0	0	33	0.92
7665399--7665433	10	3.4	10	84	7	52	68	0	0	31	0.90
7674782--7674846	25	2.8	24	84	9	80	41	1	0	56	1.08
7674820--7674846	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
7675217--7675257	11	3.9	11	79	20	52	53	0	2	43	1.13
7675632--7675693	25	2.4	25	94	2	106	38	3	1	56	1.25
7684183--7684207	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
7685206--7685259	28	1.9	28	88	7	83	20	16	5	57	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7685440--7685482	21	2.1	21	86	4	61	65	2	0	32	1.06
7685450--7685516	21	3.0	21	82	6	62	58	0	0	41	0.98
7686835--7686861	6	4.5	6	100	0	54	0	66	0	33	0.92
7687572--7687623	21	2.4	21	83	3	68	15	34	26	23	1.94
7690449--7690759	43	7.3	42	74	6	248	29	15	21	33	1.94
7690446--7690763	129	2.5	128	91	0	501	29	15	22	33	1.94
7691161--7691357	98	2.0	98	90	0	313	38	24	8	28	1.85
7694599--7694700	48	2.1	48	100	0	204	42	7	27	22	1.81
7706978--7707019	20	2.1	20	90	0	66	42	7	0	50	1.30
7712073--7712114	20	2.1	20	90	0	66	42	7	0	50	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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