genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  31  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8150237--8150325	44	2.0	44	93	0	151	29	21	20	29	1.98
8150309--8150426	51	2.3	51	76	12	118	30	18	19	31	1.96
8155597--8155629	15	2.1	16	88	5	50	75	0	3	21	0.93
8165454--8165555	40	2.5	40	78	12	102	29	14	19	36	1.92
8165488--8165640	41	3.8	41	80	8	152	27	13	24	33	1.93
8165485--8165640	81	1.9	83	84	5	210	27	13	25	33	1.93
8166300--8166529	22	10.0	22	72	12	88	27	12	16	43	1.85
8166310--8166512	46	4.4	46	85	1	264	27	13	17	41	1.86
8166338--8166530	22	8.5	22	76	14	169	27	12	17	41	1.86
8177586--8177748	45	3.6	45	87	3	193	44	16	17	20	1.86
8177673--8177787	45	2.6	45	85	2	142	42	13	18	25	1.87
8180005--8180343	27	12.6	27	76	11	277	18	19	20	42	1.90
8179989--8180343	81	4.4	79	80	7	333	19	19	19	41	1.90
8183410--8183459	3	16.7	3	87	0	73	6	26	0	68	1.13
8183410--8183662	9	28.4	9	91	2	161	16	16	0	66	1.25
8183458--8183585	3	42.7	3	96	0	220	29	3	0	67	1.06
8183584--8183662	3	26.3	3	100	0	158	0	32	0	67	0.91
8189817--8189844	8	3.5	8	100	0	56	10	0	0	89	0.49
8189817--8189851	16	2.2	16	89	0	52	14	0	2	82	0.77
8193252--8193293	15	2.8	16	82	17	54	59	0	2	38	1.10
8203122--8203208	8	10.4	8	85	7	57	56	0	3	40	1.16
8203166--8203206	16	2.6	16	92	0	73	43	0	7	48	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8205636--8205674	18	2.2	18	100	0	78	30	20	17	30	1.96
8206806--8206862	29	2.0	29	89	0	87	26	21	8	43	1.81
8208536--8208586	5	10.2	5	75	8	50	0	23	1	74	0.92
8208543--8208594	15	3.3	15	73	7	50	0	23	1	75	0.91
8208536--8208594	20	2.8	21	79	5	66	0	23	1	74	0.91
8208536--8208596	12	5.2	11	78	20	54	0	22	1	75	0.89
8209174--8209327	63	2.5	62	73	4	148	27	27	20	24	1.99
8214830--8214878	20	2.5	20	86	0	62	32	6	8	53	1.55
8214931--8215732	399	2.0	399	99	0	1595	28	16	14	41	1.87
8215702--8215750	22	2.2	23	85	10	66	38	2	0	59	1.09
8216753--8216805	23	2.3	23	90	0	79	41	1	5	50	1.36
8217439--8217499	21	3.2	20	77	22	76	21	13	6	59	1.57
8218525--8218568	22	2.0	22	86	4	63	54	0	2	43	1.12
8220268--8220315	20	2.3	21	85	3	71	16	4	6	72	1.20
8221333--8221362	15	2.0	15	93	0	51	50	16	6	26	1.70
8222203--8222262	30	2.1	29	81	12	70	58	10	0	31	1.31
8222515--8222777	43	6.1	42	85	4	330	27	31	16	24	1.97
8222515--8222757	86	2.8	86	89	1	364	27	30	16	25	1.97
8225158--8225253	49	2.0	49	89	2	149	29	16	14	39	1.88
8230290--8230391	41	2.5	40	87	6	141	27	25	19	27	1.99
8230290--8230406	41	2.9	41	82	5	112	28	25	20	25	1.99
8231969--8231993	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8233041--8233221	61	3.0	61	71	12	192	43	1	5	49	1.33
8233041--8233256	120	1.8	120	96	0	405	43	0	5	50	1.30
8233400--8233490	45	2.0	45	87	6	132	35	28	5	30	1.80
8233469--8233522	16	3.4	16	84	0	72	25	33	3	37	1.74
8234311--8234359	19	2.5	19	96	3	89	16	4	6	73	1.19
8234762--8234808	21	2.2	22	88	3	69	40	40	0	19	1.51
8234796--8234831	14	2.6	14	90	0	54	50	30	0	19	1.48
8235545--8235608	22	2.9	22	79	4	58	48	28	1	21	1.59
8235866--8235986	41	2.9	41	85	1	152	30	31	19	18	1.96
8235920--8236052	68	2.0	68	85	5	180	30	35	16	17	1.92
8235882--8236092	109	1.9	109	83	3	273	30	31	17	20	1.96
8235995--8236096	40	2.5	40	85	6	134	30	30	17	21	1.96
8242718--8242752	16	2.2	16	100	0	70	31	28	17	22	1.96
8242813--8242865	3	17.7	3	96	0	97	33	1	0	64	1.05
8244674--8244739	11	6.5	11	73	19	56	39	1	0	59	1.07
8244673--8244738	19	3.2	21	83	12	77	37	1	0	60	1.06
8244673--8244738	21	3.2	20	81	12	73	37	1	0	60	1.06
8244675--8244737	10	6.4	10	72	17	51	39	1	0	58	1.07
8245049--8245114	29	2.2	29	84	7	80	37	1	0	60	1.06
8245050--8245121	30	2.4	31	79	6	85	37	1	0	61	1.05
8247224--8247266	23	2.0	22	86	9	61	48	11	13	25	1.77
8252111--8252187	32	2.4	32	82	0	100	45	6	23	24	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8252196--8252282	36	2.3	38	86	5	115	37	14	14	32	1.88
8256624--8256700	32	2.4	32	77	0	82	46	6	20	25	1.75
8256709--8256795	39	2.3	39	86	5	117	39	14	13	32	1.86
8258456--8258505	26	1.9	26	100	0	100	50	10	12	28	1.71
8262433--8262503	14	5.0	14	73	10	54	14	0	33	52	1.42
8262693--8262982	126	2.3	126	88	0	438	33	18	20	26	1.96
8264077--8264163	43	2.0	43	100	0	174	40	18	16	25	1.90
8266542--8266584	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
8268997--8269060	30	2.1	30	94	0	110	28	28	3	40	1.71
8272309--8272569	126	2.1	126	86	2	373	27	16	18	37	1.92
8298548--8298620	19	3.9	18	77	16	78	45	4	1	49	1.29
8301659--8301715	26	2.2	26	96	0	105	26	8	17	47	1.77
8302711--8302767	17	3.3	17	85	2	78	63	0	22	14	1.30
8302711--8302767	18	3.3	18	85	7	82	63	0	22	14	1.30
8313213--8313264	3	17.3	3	95	0	68	0	7	32	59	1.26
8318341--8318383	22	2.0	22	90	0	68	44	23	4	27	1.73
8318333--8318393	32	1.9	32	86	0	86	40	24	3	31	1.71
8318353--8318403	5	9.8	5	87	8	75	43	21	0	35	1.53
8318333--8318403	15	4.6	15	81	6	70	40	23	2	32	1.69
8321951--8321977	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
8328721--8328780	28	2.1	28	81	6	68	28	0	5	66	1.12
8330782--8330850	34	2.0	34	91	0	111	40	7	11	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8339400--8339424	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8362748--8362846	28	3.6	27	78	9	110	31	11	28	29	1.91
8363785--8364089	25	13.0	22	74	15	195	24	13	18	43	1.85
8363789--8364090	47	6.4	47	84	7	353	25	13	17	43	1.86
8363800--8364070	25	11.4	25	76	11	232	24	13	17	45	1.84
8370472--8370570	28	3.6	25	74	17	90	31	11	28	29	1.91
8371516--8371662	47	3.1	47	96	2	262	25	12	18	44	1.84
8371523--8371840	72	4.5	70	79	9	283	25	13	17	43	1.85
8371547--8371840	47	6.2	46	85	5	206	25	13	17	43	1.86
8371523--8371821	95	3.2	94	80	8	261	24	12	17	44	1.84
8378244--8378268	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
8378265--8378304	9	4.4	9	84	9	55	12	10	0	77	0.99
8378233--8378304	27	2.6	26	77	20	67	16	6	0	76	0.99
8382212--8382244	17	1.9	17	93	0	57	48	6	6	39	1.53
8401530--8401731	42	4.8	42	89	0	289	22	21	20	35	1.96
8402049--8402102	21	2.6	21	90	0	81	5	46	16	31	1.70
8402049--8402119	21	3.4	21	84	3	72	5	43	16	33	1.72
8407319--8407379	16	3.7	16	76	8	68	29	0	19	50	1.48
8407330--8407569	9	27.6	9	69	18	111	31	1	19	47	1.59
8407315--8407450	34	4.0	34	75	14	136	30	1	19	47	1.59
8407343--8407500	68	2.3	68	95	0	289	32	2	18	46	1.63
8407388--8407540	34	4.4	34	73	16	127	33	1	17	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8407790--8407884	33	3.2	32	65	30	84	46	11	6	35	1.66
8407803--8407851	22	2.2	22	85	0	62	51	10	4	34	1.55
8407813--8407861	22	2.2	22	89	7	73	48	6	6	38	1.53
8407790--8407905	55	2.1	55	96	0	214	46	10	6	36	1.65
8407870--8407968	22	4.6	22	72	19	59	50	6	4	39	1.46
8409156--8409193	19	2.0	19	100	0	76	21	5	10	63	1.46
8409522--8409572	16	3.2	16	70	8	50	21	25	41	11	1.87
8410052--8410106	28	2.0	28	88	0	83	30	5	7	56	1.49
8410846--8411769	388	2.4	382	88	4	1393	41	23	4	30	1.74
8418240--8418284	18	2.5	19	89	7	67	68	2	0	28	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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