genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  79  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24437472--24437742	143	1.9	147	93	4	478	46	2	3	46	1.34
24437627--24437661	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24437823--24437917	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
24437896--24437928	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
24437909--24437951	21	2.0	21	90	0	68	34	37	2	25	1.69
24444261--24444309	20	2.4	21	82	3	55	61	8	22	8	1.51
24448149--24448191	16	2.7	16	92	0	68	27	11	32	27	1.92
24456412--24456534	30	4.1	29	80	10	131	29	25	26	19	1.99
24456412--24456534	60	2.0	60	82	3	149	29	25	26	19	1.99
24456901--24457161	27	9.7	27	83	6	316	26	16	17	39	1.90
24456901--24457154	107	2.4	107	84	7	361	26	16	18	38	1.91
24456912--24457161	134	1.9	134	87	1	367	26	16	16	40	1.90
24462754--24462861	42	2.5	43	79	5	112	32	23	17	26	1.97
24462741--24462910	43	4.0	43	75	7	130	33	25	15	25	1.95
24464169--24464259	46	2.0	46	97	0	173	36	7	10	45	1.68
24470071--24470096	12	2.2	12	100	0	52	26	42	15	15	1.87
24472961--24472999	19	2.1	19	85	0	51	30	5	10	53	1.56
24477579--24477657	30	2.6	30	87	0	104	24	25	12	37	1.90
24477573--24477777	89	2.3	90	81	2	241	23	25	13	37	1.91
24477726--24477803	30	2.6	30	87	0	111	19	29	11	39	1.87
24478616--24478643	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24479242--24479295	21	2.5	21	87	3	81	22	33	5	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24496167--24496271	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
24496127--24496290	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
24496127--24496277	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
24504127--24504310	40	4.7	40	82	8	209	24	22	27	25	2.00
24504127--24504310	79	2.3	81	83	8	227	24	22	27	25	2.00
24504179--24504343	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
24509362--24509535	39	4.6	37	76	15	153	24	28	22	24	1.99
24509362--24509486	37	3.3	38	84	11	161	25	28	22	23	1.99
24517266--24517392	39	3.4	39	85	11	151	25	28	20	25	1.99
24522920--24523103	41	4.7	39	84	8	196	25	28	21	24	1.99
24522901--24523103	40	5.1	40	82	8	220	25	28	21	25	1.99
24528580--24528764	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
24528561--24528764	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
24536520--24536704	40	4.7	40	82	6	216	25	27	22	25	2.00
24536520--24536704	79	2.3	82	82	7	220	25	27	22	25	2.00
24550022--24550055	10	3.4	10	92	8	52	73	8	0	17	1.08
24571404--24571819	27	15.4	27	81	7	445	43	18	19	18	1.89
24571993--24572084	26	3.5	26	73	4	78	20	19	20	39	1.93
24572206--24572303	30	3.3	30	86	2	135	24	26	19	29	1.98
24574901--24574935	11	3.2	11	95	0	61	37	34	2	25	1.71
24576437--24576494	29	2.0	29	89	0	89	25	5	31	37	1.78
24576557--24576655	50	2.0	50	84	4	128	31	13	12	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24576977--24577014	20	1.9	20	88	0	58	47	2	7	42	1.46
24576982--24577072	20	4.7	20	77	8	71	38	6	14	40	1.72
24577015--24577070	18	2.9	19	76	10	69	28	8	17	44	1.79
24576998--24577070	38	1.9	38	91	0	119	32	6	16	43	1.74
24577756--24577825	36	1.9	36	91	0	113	31	17	14	37	1.89
24587601--24587675	36	2.1	37	84	2	98	56	4	4	36	1.37
24596717--24597486	47	16.4	47	95	0	1265	32	8	29	29	1.87
24597605--24597683	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
24602647--24602686	16	2.4	17	87	4	55	52	0	5	42	1.23
24607749--24607796	23	2.1	23	88	7	71	37	18	10	33	1.85
24612380--24612410	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
24612638--24612829	51	3.8	51	76	8	203	31	27	16	25	1.97
24614884--24614984	48	2.1	49	90	1	159	27	13	22	35	1.92
24616554--24616603	25	2.0	26	84	4	66	28	40	0	32	1.57
24618550--24618601	26	2.0	26	85	7	70	36	17	5	40	1.73
24618746--24618831	25	3.5	25	77	4	86	34	19	23	22	1.96
24619687--24619725	17	2.4	16	86	4	51	38	12	0	48	1.42
24623609--24623832	40	5.7	40	83	6	260	25	27	21	25	1.99
24623609--24623832	79	2.8	79	82	7	267	25	27	21	25	1.99
24632021--24632108	36	2.5	36	92	1	142	64	2	26	6	1.30
24632037--24632094	18	3.2	18	70	18	57	60	3	27	8	1.42
24632045--24632107	19	3.4	18	72	12	58	65	3	25	6	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24637397--24637804	48	8.5	48	97	0	753	33	7	28	30	1.85
24637974--24638113	37	3.8	37	97	0	253	23	19	32	25	1.98
24640447--24640523	26	2.9	27	84	1	102	18	23	20	37	1.94
24641055--24641081	14	1.9	14	100	0	54	29	37	11	22	1.89
24642066--24642100	15	2.3	15	90	9	54	40	11	17	31	1.85
24642454--24642489	9	4.0	9	96	0	63	41	0	25	33	1.55
24644790--24644836	19	2.5	20	75	10	53	31	6	17	44	1.73
24644830--24644871	22	2.0	21	90	4	66	33	0	11	54	1.37
24654648--24654697	23	2.2	23	88	0	73	52	14	20	14	1.75
24655176--24655208	13	2.7	13	90	9	52	36	12	15	36	1.84
24657436--24657768	50	6.6	51	80	7	342	29	15	26	28	1.96
24658163--24658323	43	3.7	43	82	0	187	24	31	17	26	1.97
24662408--24662443	18	2.0	18	100	0	72	44	16	16	22	1.86
24663907--24663963	30	1.9	30	92	0	96	33	19	17	29	1.95
24670666--24670704	20	1.9	21	84	5	53	41	12	2	43	1.56
24670721--24670760	19	2.1	19	86	9	55	32	5	2	60	1.32
24672034--24672087	28	2.0	28	88	3	83	50	0	5	44	1.25
24684644--24684689	23	2.0	24	82	4	58	32	26	0	41	1.56
24685917--24685961	9	5.1	9	82	15	58	53	2	0	44	1.13
24692486--24692517	12	2.7	12	90	0	55	6	21	43	28	1.77
24698358--24698400	21	2.0	21	100	0	86	44	13	13	27	1.83
24703942--24704017	9	8.4	9	85	0	107	40	23	10	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24703941--24704013	27	2.7	27	95	0	128	41	24	10	23	1.86
24704114--24704157	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
24705680--24705824	64	2.2	64	80	12	188	20	11	36	31	1.88
24709905--24709956	27	1.9	27	96	0	95	46	9	21	23	1.80
24710728--24710791	27	2.4	27	81	0	74	18	26	31	23	1.98
24712467--24712533	3	22.3	3	100	0	134	67	0	32	0	0.91
24719552--24719585	17	2.0	17	88	0	50	23	14	5	55	1.61
24721639--24722411	275	2.8	277	88	2	1176	27	20	16	35	1.94
24725873--24725912	20	2.0	20	85	0	53	42	20	7	30	1.79
24732897--24732992	21	4.3	21	69	17	68	56	3	1	39	1.22
24732896--24732966	22	3.3	22	78	4	90	54	4	0	40	1.20
24746706--24746753	21	2.3	20	79	10	51	33	0	2	64	1.05
24748163--24748201	17	2.3	17	95	0	69	35	12	25	25	1.92
24753031--24753069	19	2.1	19	85	9	53	61	5	0	33	1.18
24758968--24759262	50	5.9	50	88	0	401	21	30	22	26	1.99
24758968--24759315	100	3.4	100	86	4	410	21	29	22	27	1.99
24765875--24766213	50	6.7	50	83	2	363	23	28	20	27	1.99
24765825--24766168	150	2.3	150	85	4	437	23	28	20	27	1.99
24775083--24775161	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24775280--24775803	47	11.1	47	92	1	735	28	30	9	31	1.89
24775331--24775800	234	2.0	235	91	1	753	28	30	9	31	1.88
24778257--24778434	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24778278--24778433	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24783469--24783493	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
24784783--24785422	47	13.6	47	95	0	1082	33	8	29	28	1.86
24785541--24785619	37	2.1	37	86	4	106	26	18	30	24	1.98
24786882--24786984	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
24786966--24787039	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
24787350--24787625	40	6.9	40	82	3	254	25	23	27	23	2.00
24787350--24787626	120	2.3	121	80	4	292	24	23	27	23	2.00
24790987--24791186	40	5.3	38	87	8	259	25	21	29	24	1.99
24790987--24791186	75	2.7	76	88	5	291	25	21	29	24	1.99

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