genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  61  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17338123--17338162	20	2.1	19	86	9	55	57	2	2	37	1.26
17338370--17338412	20	2.2	20	86	0	59	41	9	9	39	1.69
17343284--17343325	19	2.2	19	87	8	59	78	2	4	14	1.01
17344457--17344484	6	4.7	6	100	0	56	71	0	14	14	1.15
17346215--17346265	20	2.5	20	93	0	84	33	21	17	27	1.96
17361624--17361676	23	2.3	23	83	6	72	20	18	26	33	1.96
17367852--17367908	19	2.7	22	84	10	66	36	8	15	38	1.79
17368112--17368156	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
17368846--17368874	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
17377037--17377127	23	4.0	23	91	0	146	31	24	28	15	1.95
17377131--17377216	23	3.7	23	95	0	154	33	22	23	20	1.97
17404026--17404056	13	2.4	13	94	0	53	45	3	0	51	1.17
17420644--17420710	33	2.0	33	97	0	125	35	11	10	41	1.76
17422798--17422843	20	2.2	21	88	3	67	52	13	26	8	1.69
17429100--17429151	21	2.5	20	73	14	52	38	13	23	25	1.91
17429380--17429418	18	2.2	18	86	9	53	48	0	0	51	1.00
17429424--17429460	19	2.0	19	89	5	58	40	0	5	54	1.24
17435924--17435962	21	2.0	20	90	10	62	10	2	10	76	1.10
17438036--17438079	22	2.0	22	86	0	61	36	15	11	36	1.84
17439151--17439189	7	5.6	7	84	0	51	48	15	2	33	1.58
17439151--17439189	14	2.8	14	92	0	60	48	15	2	33	1.58
17442421--17442445	7	3.6	7	100	0	50	56	0	28	16	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17445642--17445727	45	1.9	45	87	0	127	36	22	19	22	1.96
17451785--17451809	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
17456361--17456400	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
17457952--17458044	46	2.1	45	84	11	120	37	26	4	31	1.76
17458026--17458076	16	3.2	16	86	5	68	33	25	0	41	1.56
17458113--17458178	13	5.1	13	72	7	53	39	16	6	37	1.74
17460495--17460687	97	2.0	97	88	3	291	39	12	8	39	1.74
17464694--17465742	527	2.0	525	90	1	1656	33	17	14	34	1.90
17471141--17471179	20	2.0	20	85	10	53	17	23	5	53	1.63
17471444--17471561	50	2.4	50	82	0	128	24	28	20	26	1.99
17471472--17471573	50	2.0	50	88	3	152	19	32	22	25	1.97
17474485--17474695	113	1.9	113	81	2	262	27	24	22	26	2.00
17475320--17475353	17	2.1	17	88	5	52	73	2	14	8	1.19
17476771--17476868	48	2.0	48	100	0	196	35	22	12	29	1.91
17476985--17477450	232	2.0	232	98	0	905	29	17	19	34	1.94
17498540--17498846	43	7.3	42	76	10	261	23	15	24	36	1.94
17498570--17498854	85	3.4	85	92	0	473	23	16	24	35	1.95
17504349--17504398	26	2.0	24	88	7	73	24	30	0	46	1.53
17504623--17504907	51	5.6	51	77	4	240	30	25	17	25	1.98
17504623--17504907	101	2.8	101	92	1	446	30	25	17	25	1.98
17507488--17507558	29	2.6	27	82	8	83	16	8	9	64	1.47
17507731--17507755	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17514594--17514840	40	6.2	40	88	1	318	29	27	19	23	1.98
17523038--17523288	40	6.3	40	89	2	337	27	27	20	23	1.99
17528852--17529002	43	3.5	43	75	13	150	25	18	25	31	1.98
17532154--17532223	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
17532154--17532251	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
17539353--17539390	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
17548255--17548337	42	2.0	42	97	0	157	33	18	9	38	1.83
17554746--17554828	42	2.0	42	95	0	148	34	18	8	38	1.81
17567440--17567525	28	3.1	28	79	0	100	22	18	13	45	1.85
17567648--17567958	58	5.6	58	65	13	159	22	27	12	37	1.90
17567638--17568004	109	3.4	110	83	1	479	23	27	12	36	1.90
17568436--17568494	27	2.2	27	90	0	91	22	10	30	37	1.87
17568444--17568501	27	2.1	27	87	0	80	24	15	29	31	1.95
17581562--17581701	57	2.5	57	86	0	181	33	17	22	26	1.96
17581589--17581674	28	3.0	28	63	9	66	37	17	19	25	1.94
17581710--17581766	28	2.0	28	90	6	89	29	17	21	31	1.96
17584875--17584953	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
17585072--17585209	47	2.9	47	87	0	195	27	31	8	32	1.87
17593491--17593584	48	2.0	48	85	8	129	39	27	13	19	1.89
17596005--17596098	48	2.0	48	85	8	129	39	27	13	19	1.89
17597721--17597962	118	2.0	119	85	5	321	25	23	14	36	1.93
17603062--17603148	45	1.9	45	88	0	129	36	14	26	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17608320--17608382	29	2.2	29	85	2	83	41	22	12	23	1.88
17613754--17613808	27	2.0	27	92	0	92	38	25	20	16	1.92
17620321--17620368	25	1.9	25	100	0	96	22	0	16	60	1.36
17621163--17621194	16	2.0	16	100	0	64	25	18	18	37	1.94
17624506--17624704	89	2.2	92	85	3	260	47	18	18	16	1.83
17625226--17625298	20	3.7	20	83	9	87	56	8	1	34	1.38
17627085--17627112	14	2.0	14	100	0	56	50	0	21	28	1.49
17638683--17641739	576	5.3	576	91	1	4930	35	16	18	29	1.93
17646320--17646371	23	2.3	23	89	0	77	42	23	7	26	1.81
17648750--17648836	27	3.2	27	93	0	147	47	22	12	17	1.81
17657633--17657665	16	2.1	16	100	0	66	39	18	18	24	1.92
17657860--17658522	329	2.0	329	97	0	1236	31	17	12	38	1.88
17662403--17662756	78	4.6	78	81	4	394	34	16	11	37	1.84
17662808--17663027	84	2.6	84	83	6	261	29	13	12	44	1.81
17672541--17672567	7	3.9	7	100	0	54	29	0	55	14	1.40
17678384--17678476	10	9.9	10	81	16	119	38	1	0	60	1.04
17678610--17678648	21	1.9	21	94	5	71	30	23	10	35	1.88
17680569--17680605	15	2.5	15	90	0	56	45	8	2	43	1.47
17680578--17680607	15	2.0	15	100	0	60	40	6	6	46	1.56
17684561--17685649	560	1.9	559	88	2	1634	33	16	14	35	1.89
17685642--17685684	7	5.9	7	78	10	50	16	48	0	34	1.46
17685642--17685690	16	3.1	16	85	8	57	14	48	0	36	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17694815--17694854	15	2.7	15	88	0	53	25	37	0	37	1.56
17694826--17694863	19	2.0	19	90	10	60	23	36	0	39	1.55
17696041--17696191	35	4.3	35	88	1	214	38	29	12	19	1.89
17709288--17709561	27	10.0	27	77	8	248	28	24	13	33	1.93
17709301--17709561	81	3.2	80	82	7	315	27	24	13	34	1.92
17709294--17709521	113	2.0	113	86	0	321	27	26	13	32	1.94
17718397--17718445	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
17718711--17718833	50	2.5	50	80	0	129	20	28	24	26	1.99
17721903--17722101	30	6.7	30	77	3	114	22	22	15	39	1.91
17722080--17722155	29	2.6	30	89	2	127	18	30	11	39	1.87
17721901--17722189	119	2.4	118	80	2	355	21	25	14	38	1.92
17721933--17722155	59	3.8	60	75	10	190	20	24	15	39	1.91
17734151--17734445	50	5.9	50	88	0	392	23	30	20	26	1.98
17734208--17734488	50	5.5	50	88	2	328	23	30	19	26	1.98
17742948--17743005	17	3.2	17	79	13	71	46	1	1	50	1.22
17742913--17743047	69	2.0	68	83	4	173	44	2	5	46	1.43
17756291--17756324	14	2.7	12	83	16	50	73	5	2	17	1.16
17756296--17756322	14	1.9	14	100	0	54	74	7	3	14	1.18
17756576--17756606	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
17767141--17767170	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
17775199--17775251	23	2.3	24	87	6	83	11	7	7	73	1.24
17775233--17775266	14	2.4	14	95	0	59	11	8	5	73	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17775361--17775394	17	2.0	17	88	0	50	29	0	0	70	0.87
17780071--17780118	25	1.9	25	86	0	69	25	22	20	31	1.98
17781689--17781881	101	1.9	102	91	3	318	25	17	25	30	1.97
17781688--17781881	51	3.8	51	82	4	232	25	17	26	30	1.97
17782103--17782127	8	3.1	8	100	0	50	64	0	24	12	1.27
17790084--17790151	30	2.2	31	84	2	84	26	17	7	48	1.73
17792468--17792759	50	5.9	50	80	4	288	30	21	26	22	1.99
17796869--17797015	36	4.1	36	88	0	204	34	11	20	34	1.89
17796869--17796996	18	7.1	18	69	10	91	33	10	20	35	1.86
17796874--17797012	18	7.7	18	72	9	68	35	12	20	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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