genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  87  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27170152--27170187	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
27174362--27174558	40	4.9	40	84	0	250	32	16	28	21	1.95
27185100--27185156	26	2.1	28	83	6	73	22	10	3	63	1.42
27188955--27188994	21	1.9	21	84	0	53	35	2	17	45	1.62
27200317--27200474	27	5.9	27	72	11	108	36	21	20	20	1.95
27200293--27200470	54	3.3	54	83	0	212	38	22	20	19	1.94
27203164--27203431	138	1.9	138	84	4	353	19	19	28	33	1.96
27208816--27208855	16	2.4	17	84	16	57	45	0	0	55	0.99
27208816--27208855	17	2.4	16	88	12	55	45	0	0	55	0.99
27214071--27214101	12	2.6	12	100	0	62	29	0	35	35	1.58
27224148--27224199	23	2.3	23	82	0	59	15	13	21	50	1.78
27224164--27224208	23	2.0	23	100	0	90	15	13	22	48	1.79
27224210--27224259	23	2.2	23	81	0	55	36	22	16	26	1.94
27226561--27226617	23	2.5	23	80	5	62	15	17	21	45	1.85
27230027--27230066	20	2.0	20	85	0	53	7	27	0	65	1.20
27236673--27236757	37	2.3	37	89	0	125	35	1	27	36	1.65
27242838--27242955	42	2.8	42	82	5	141	22	25	28	22	1.99
27249209--27249234	12	2.2	12	100	0	52	26	34	23	15	1.94
27249219--27249287	24	2.9	24	84	0	93	27	33	24	14	1.94
27249328--27249431	52	2.0	53	82	1	129	27	24	24	24	2.00
27256772--27256816	23	1.9	23	82	13	56	20	4	28	46	1.69
27262897--27262961	32	2.0	32	100	0	130	30	18	15	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27266116--27266154	20	2.0	19	90	5	60	58	15	10	15	1.62
27267900--27267956	28	2.0	28	93	0	96	33	24	22	19	1.97
27268321--27268410	27	3.3	27	85	0	117	20	15	22	42	1.89
27270550--27270608	25	2.3	27	85	5	77	47	15	0	37	1.45
27270575--27270615	13	3.0	14	78	7	57	39	14	0	46	1.45
27270550--27270615	27	2.5	27	87	4	91	43	15	0	40	1.46
27270674--27270752	13	6.1	13	78	0	86	37	21	2	37	1.67
27274073--27274126	27	2.0	27	85	0	72	35	20	16	27	1.94
27274464--27274845	43	8.9	42	86	5	473	30	31	16	20	1.95
27276884--27276978	27	3.5	28	72	13	76	27	2	3	67	1.17
27278968--27279211	116	2.0	120	84	5	300	31	12	16	39	1.86
27279223--27279311	35	2.6	33	81	11	117	44	4	0	50	1.22
27279279--27279359	23	3.3	23	70	18	74	40	3	0	55	1.17
27279244--27279397	50	2.8	58	80	17	209	41	5	0	52	1.25
27279297--27279379	28	3.2	28	67	19	79	34	7	0	57	1.26
27279302--27279384	23	3.4	23	71	12	76	37	8	0	54	1.31
27279232--27279395	35	4.6	35	69	23	119	42	6	0	51	1.26
27279961--27280006	22	2.1	22	84	8	58	39	39	2	19	1.64
27280017--27280061	15	3.1	15	87	9	67	37	35	0	26	1.57
27280417--27280650	41	5.7	41	88	5	339	30	26	21	20	1.98
27280700--27280775	39	1.9	40	83	5	100	27	14	14	43	1.84
27280697--27280786	40	2.2	40	78	3	101	23	16	17	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27285712--27285770	28	2.1	28	81	3	66	42	1	5	50	1.34
27285982--27286010	15	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
27286763--27286802	21	1.9	21	84	0	53	32	10	5	52	1.56
27291951--27291991	17	2.4	18	76	15	52	31	0	7	60	1.24
27294350--27294380	14	2.1	15	94	5	55	61	3	12	22	1.46
27295632--27295683	19	2.7	19	87	0	77	46	9	17	26	1.79
27296756--27296804	26	1.9	25	95	4	89	46	6	10	36	1.63
27298748--27298932	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
27298748--27298932	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
27298802--27298955	79	1.9	79	84	7	206	25	20	27	26	1.99
27304343--27304384	17	2.5	17	82	14	52	0	14	4	80	0.86
27310173--27310690	257	2.0	257	99	0	1027	32	16	22	28	1.96
27313624--27313991	185	2.0	185	91	1	603	27	14	17	40	1.88
27317654--27317720	34	1.9	35	90	3	109	44	14	19	20	1.86
27320021--27320237	45	4.9	45	82	1	249	27	15	24	32	1.95
27325192--27325367	45	4.0	45	84	1	239	27	15	24	32	1.96
27339706--27339752	23	2.0	23	100	0	94	38	4	12	44	1.62
27349232--27349257	11	2.4	11	100	0	52	26	23	7	42	1.81
27352227--27352260	16	2.1	17	88	5	52	5	2	14	76	1.09
27365614--27365695	33	2.8	28	76	16	83	30	23	21	24	1.99
27366078--27366149	27	2.7	27	97	0	135	22	18	22	37	1.94
27366079--27366348	26	10.3	26	86	4	305	27	18	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27366079--27366348	78	3.4	77	85	6	339	27	18	17	36	1.94
27368962--27369031	35	2.0	36	85	2	97	28	11	22	37	1.89
27380240--27380385	43	3.5	42	76	11	113	36	23	17	22	1.95
27380362--27380414	26	2.0	26	88	0	79	24	32	24	18	1.97
27385077--27385282	103	2.0	103	100	0	412	26	23	13	36	1.92
27387883--27387971	45	2.0	45	90	0	142	33	23	16	25	1.96
27387982--27388160	51	3.5	50	80	6	200	31	27	16	24	1.96
27387979--27388160	101	1.8	100	86	5	260	32	28	15	23	1.96
27396710--27396858	71	2.1	71	98	0	289	38	8	14	38	1.75
27398492--27398665	94	1.9	94	88	2	269	47	4	8	40	1.52
27398613--27398743	49	2.7	48	90	2	190	48	0	9	41	1.40
27398760--27398870	31	3.3	31	65	18	87	38	3	9	48	1.52
27398757--27398896	70	2.0	70	100	0	280	41	2	8	47	1.49
27400389--27400480	41	2.2	41	86	0	121	32	21	17	28	1.96
27400846--27401003	79	2.0	80	83	3	203	38	13	6	41	1.71
27409017--27409058	12	3.5	12	81	12	50	9	42	26	21	1.83
27411588--27411636	20	2.5	20	81	15	66	57	6	22	14	1.59
27418929--27418969	19	2.1	20	86	4	57	51	0	29	19	1.47
27419047--27419106	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
27419465--27419646	50	3.7	50	78	3	163	28	21	27	23	1.99
27419517--27419637	49	2.4	49	83	6	156	29	19	27	23	1.98
27419846--27419884	20	2.0	20	89	0	60	58	5	17	17	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27421529--27421750	118	1.9	119	84	6	299	25	27	22	24	2.00
27421527--27421750	40	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
27429393--27429613	119	1.9	120	84	6	306	25	27	21	25	1.99
27429391--27429615	40	5.6	41	82	8	259	25	27	21	24	1.99
27434063--27434101	16	2.5	15	83	8	51	43	0	2	53	1.14
27445393--27445422	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
27447943--27447973	15	2.1	15	93	0	53	19	22	6	51	1.69
27449864--27449908	21	2.2	20	84	8	54	62	0	0	37	0.96
27457037--27457067	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
27458421--27458481	29	2.1	29	93	6	106	32	9	0	57	1.32
27459147--27459195	17	2.9	16	85	8	62	30	0	2	67	1.02
27460877--27460921	17	2.6	17	86	10	56	55	4	0	40	1.20
27461429--27461483	24	2.3	24	90	6	85	36	1	5	56	1.33
27461438--27461481	13	3.5	13	75	12	56	36	2	4	56	1.32
27463405--27463456	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
27463986--27464029	23	1.9	23	85	0	61	38	6	9	45	1.63
27469205--27469338	39	3.4	39	85	4	189	14	30	20	34	1.93
27471194--27471218	10	2.5	10	100	0	50	60	0	20	20	1.37
27478580--27478631	26	2.0	26	88	0	77	15	21	23	40	1.91
27478589--27478642	26	2.1	26	85	0	72	18	22	20	38	1.93
27485628--27485933	27	11.3	27	86	1	362	42	17	19	19	1.89
27486111--27486182	26	2.8	25	87	8	92	15	19	23	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27486296--27486353	30	1.9	30	96	0	107	24	25	20	29	1.99
27486298--27486378	28	2.8	28	83	3	72	23	27	22	27	1.99
27487030--27487061	15	2.1	15	94	0	55	37	25	9	28	1.87
27494160--27494686	120	4.4	120	94	1	842	44	1	4	49	1.32
27494160--27494680	241	2.2	239	91	1	844	44	1	4	49	1.32
27494632--27494666	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27494899--27494947	16	3.1	16	93	0	89	20	32	6	40	1.77
27495009--27495072	32	2.0	32	100	0	128	46	6	12	34	1.67
27499997--27500181	101	1.8	102	87	3	275	23	16	28	31	1.96
27499997--27500181	51	3.6	51	78	3	151	23	16	28	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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