genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21678488--21678712	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
21699172--21699220	25	2.0	25	83	0	62	32	14	16	36	1.89
21702866--21703007	41	3.5	41	84	1	169	22	28	19	29	1.98
21702866--21703024	41	3.9	41	83	6	162	23	28	19	28	1.98
21702906--21703039	41	3.3	41	84	4	137	25	27	20	26	1.99
21702866--21703035	82	2.1	82	80	4	182	24	27	18	29	1.98
21713027--21713330	47	6.4	47	90	3	416	33	9	30	26	1.88
21713181--21713302	22	5.3	22	62	21	61	34	11	29	24	1.91
21722353--21722666	44	7.1	44	88	2	452	26	24	21	27	1.99
21726592--21726902	22	13.3	23	75	14	205	44	17	13	25	1.85
21726650--21726741	25	3.8	25	76	16	104	43	17	10	28	1.82
21726592--21726926	47	7.1	47	89	2	397	44	17	12	25	1.84
21727913--21728010	28	3.6	26	86	9	133	29	26	12	31	1.92
21740628--21740683	28	2.0	28	96	0	103	73	8	10	7	1.26
21741456--21741769	44	7.1	44	87	0	432	25	23	21	28	1.99
21762521--21762693	78	2.2	78	85	4	233	19	13	32	33	1.91
21762517--21762693	26	6.8	26	81	6	180	19	13	33	32	1.91
21766019--21766062	19	2.2	21	88	8	65	25	22	15	36	1.94
21769204--21769233	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
21774458--21774532	26	2.9	26	83	0	78	38	13	18	29	1.89
21777419--21777469	20	2.6	19	90	6	75	11	35	1	50	1.50
21786414--21786458	18	2.5	18	88	0	72	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21786437--21786483	24	1.9	25	87	12	71	36	4	2	57	1.30
21803873--21804008	40	3.4	40	78	4	132	39	23	17	19	1.92
21803919--21804045	60	2.1	60	79	2	139	41	22	15	20	1.90
21803919--21804007	20	4.4	20	73	0	61	41	22	15	20	1.90
21811578--21811613	18	2.0	18	100	0	72	38	5	22	33	1.77
21811931--21811963	17	1.9	17	93	0	57	33	24	6	36	1.80
21818323--21818393	34	2.1	35	86	2	99	35	5	11	47	1.63
21823854--21824049	51	3.8	51	81	6	202	34	25	14	26	1.94
21823866--21824049	102	1.8	102	83	7	248	34	25	15	25	1.95
21829504--21829599	31	3.1	31	92	7	167	31	8	13	46	1.73
21830121--21830221	46	2.3	44	93	6	177	65	9	14	9	1.47
21835725--21835820	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
21836121--21836179	29	2.1	27	81	12	66	23	6	1	67	1.24
21836273--21836313	13	3.1	14	83	13	52	75	2	0	21	0.92
21842997--21843064	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
21843166--21843244	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
21853363--21853430	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
21853253--21853578	173	1.9	173	92	1	555	30	24	14	30	1.95
21853531--21853609	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
21863705--21863760	26	2.2	26	84	9	71	35	19	25	19	1.95
21864391--21864428	20	2.0	20	84	5	51	36	10	2	50	1.51
21867185--21867407	41	5.4	41	90	0	347	23	30	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21867186--21867407	123	1.8	123	95	2	401	23	30	17	28	1.97
21871902--21872246	41	8.4	41	89	2	514	23	28	18	29	1.98
21871895--21872246	82	4.3	81	91	2	571	23	28	18	29	1.98
21886789--21886905	62	1.9	61	82	5	148	50	4	2	42	1.35
21886890--21886944	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
21888371--21888401	16	1.9	16	93	0	53	70	6	12	9	1.31
21895952--21896089	66	2.1	66	91	0	222	31	15	28	23	1.95
21902564--21902807	118	2.1	118	97	0	461	26	19	15	37	1.92
21903605--21903647	18	2.4	18	80	7	52	25	30	16	27	1.97
21911527--21911582	29	1.9	29	86	13	80	66	3	3	26	1.25
21912301--21912364	31	2.1	31	96	0	119	26	14	9	50	1.73
21913096--21913143	15	3.3	14	77	8	51	52	2	0	45	1.12
21921211--21921321	58	1.9	58	92	3	188	54	15	10	19	1.70
21923709--21923753	3	15.3	3	90	4	56	26	0	6	66	1.16
21928472--21928762	50	5.7	50	82	5	291	22	27	22	27	1.99
21936453--21936628	77	2.3	79	87	4	241	30	20	27	21	1.98
21936454--21936625	39	4.4	39	82	3	213	29	20	27	22	1.99
21960143--21960262	56	2.1	56	96	0	222	45	9	22	23	1.81
21960332--21960363	14	2.1	16	88	11	50	87	0	12	0	0.54
21961721--21962361	47	13.5	47	93	3	925	33	8	29	28	1.87
21961721--21962361	96	6.7	94	91	4	925	33	8	29	28	1.87
21962216--21962337	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21962309--21962407	31	3.2	31	62	18	78	31	8	33	27	1.86
21962340--21962377	16	2.4	16	90	0	58	36	0	28	34	1.58
21962292--21962429	63	2.2	63	98	1	267	34	5	31	28	1.81
21967299--21967426	50	2.5	51	77	3	143	35	21	15	27	1.94
21973830--21974252	40	10.6	39	87	4	560	18	31	17	32	1.94
21982214--21982279	25	2.6	25	75	17	73	28	22	21	27	1.99
21990307--21990488	50	3.7	50	80	3	181	28	23	27	20	1.99
22003902--22003975	26	2.8	27	77	6	80	28	18	20	32	1.96
22003934--22004213	29	9.8	28	75	7	165	26	15	20	38	1.92
22004046--22004239	29	6.7	28	80	5	120	22	17	22	38	1.93
22005969--22005998	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
22006995--22007051	19	2.9	20	75	12	64	38	24	29	7	1.82
22006957--22007057	19	5.2	19	67	13	62	35	19	30	13	1.91
22006951--22007067	39	3.0	39	82	0	153	33	19	32	14	1.92
22014548--22014580	10	3.1	11	86	8	50	0	21	0	78	0.75
22014547--22014576	13	2.2	14	94	5	53	0	20	0	80	0.72
22015554--22015606	28	2.0	26	85	10	72	39	7	3	49	1.49
22015950--22016009	3	21.0	3	86	10	90	65	1	0	33	1.03
22015956--22016018	18	3.3	19	78	8	65	61	3	0	34	1.12
22019827--22019859	17	1.9	17	93	0	57	36	9	3	51	1.49
22032487--22032566	23	3.5	23	68	13	65	33	30	16	20	1.94
22032491--22032601	46	2.4	46	86	0	159	33	30	16	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22032517--22032589	23	3.2	23	67	21	62	31	32	16	19	1.94
22037378--22037462	9	9.4	9	72	12	59	31	1	2	64	1.13
22039703--22039731	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
22046056--22046364	47	6.7	47	87	6	438	31	9	31	27	1.88
22046085--22046354	86	3.1	86	87	8	389	31	10	31	27	1.89
22046056--22046303	133	1.9	133	94	1	444	31	9	30	28	1.88
22046483--22046561	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22048413--22048874	40	11.6	40	87	3	499	24	22	27	25	1.99
22051766--22051941	47	3.7	47	87	1	228	32	9	31	26	1.89
22052060--22052138	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22054684--22054716	10	3.4	10	91	8	59	51	0	9	39	1.34
22054687--22054716	9	3.2	9	95	4	51	50	0	10	40	1.36
22054885--22054944	27	2.2	27	82	8	68	48	1	0	50	1.11
22055254--22055284	12	2.7	12	95	5	55	51	9	0	38	1.35
22061207--22061240	13	2.6	13	85	0	50	64	0	14	20	1.28
22062126--22062169	12	3.7	12	79	8	54	70	2	25	2	1.10
22069447--22069633	54	3.5	53	82	5	223	34	16	24	25	1.95
22069770--22069868	29	3.3	29	90	2	153	18	15	25	41	1.89
22069770--22069893	29	4.2	29	84	7	106	16	16	24	42	1.88
22069886--22069961	30	2.6	30	77	10	77	22	11	27	38	1.89
22072477--22072594	41	3.1	39	71	22	108	25	2	27	44	1.67
22077583--22077767	79	2.3	81	82	7	218	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22077583--22077767	40	4.7	40	82	6	216	24	22	27	25	2.00
22077636--22077790	79	2.0	79	82	7	190	26	20	27	25	1.99
22080459--22080490	10	2.8	12	81	18	50	37	9	9	43	1.69
22088141--22088175	16	2.2	16	100	0	70	34	11	0	54	1.37
22098159--22098208	25	2.0	25	88	3	75	40	20	18	22	1.92
22098173--22098254	25	3.3	25	82	3	85	31	15	24	28	1.96
22098210--22098259	25	2.0	25	96	0	91	24	18	24	34	1.96
22098212--22098267	25	2.2	25	90	0	85	26	19	23	30	1.98
22106285--22106319	5	6.6	5	90	9	52	77	0	20	2	0.90
22108215--22108315	29	3.5	29	79	5	105	28	14	22	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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