genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23130669--23130702	16	2.1	17	88	5	52	35	5	20	38	1.77
23136630--23136814	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
23136631--23136814	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
23136683--23136847	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
23146229--23146647	138	3.0	138	90	1	644	40	7	4	47	1.52
23148015--23148214	45	4.5	44	77	9	172	25	19	13	43	1.86
23148052--23148258	89	2.3	90	82	4	258	24	18	13	43	1.85
23148052--23148258	45	4.6	44	81	3	218	24	18	13	43	1.85
23152664--23152712	25	2.0	25	83	0	62	34	18	16	30	1.93
23167236--23167281	19	2.3	21	85	11	69	19	17	4	58	1.55
23167242--23167287	19	2.4	18	83	16	58	26	15	2	56	1.50
23168260--23169128	288	3.0	289	86	1	1163	33	18	17	30	1.94
23170720--23170801	26	3.1	26	82	6	94	28	17	20	34	1.95
23170721--23170804	27	3.2	26	83	8	98	28	16	20	34	1.94
23170801--23170871	26	2.7	26	86	0	97	25	11	26	36	1.90
23176758--23177110	27	13.2	27	81	5	344	18	18	19	43	1.88
23176774--23177110	81	4.2	81	82	2	396	18	18	19	43	1.88
23178551--23178580	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
23191190--23191232	18	2.3	19	84	4	52	20	4	6	67	1.33
23194539--23194613	23	3.3	23	88	0	114	16	6	42	34	1.74
23200830--23200860	15	2.1	15	93	0	53	41	25	9	22	1.84
23204086--23204577	247	2.0	246	91	0	797	18	16	16	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23214256--23214488	102	2.3	102	92	0	378	28	28	20	22	1.98
23214436--23214485	26	1.9	26	100	0	100	28	32	24	16	1.96
23214503--23214694	51	3.8	49	80	4	197	29	28	18	24	1.98
23214494--23214694	101	2.0	101	88	3	298	30	27	17	24	1.97
23216713--23216772	26	2.3	26	85	0	75	23	18	18	40	1.92
23216794--23216975	29	6.3	29	74	7	136	24	15	20	40	1.91
23216794--23216975	58	3.1	57	77	4	161	24	15	20	40	1.91
23216738--23217003	29	9.3	28	71	12	109	24	14	21	39	1.91
23216826--23217003	58	3.1	59	73	11	156	22	14	21	41	1.90
23216957--23217021	28	2.3	29	78	7	71	29	13	24	32	1.94
23220801--23220984	39	4.6	41	82	11	206	24	22	27	25	2.00
23220801--23220984	79	2.3	80	83	8	225	24	22	27	25	2.00
23220854--23221017	78	2.1	79	83	7	201	26	21	27	25	1.99
23228700--23228884	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
23228701--23228884	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
23228753--23228917	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
23230307--23230348	22	2.0	22	85	4	59	28	0	11	59	1.33
23232043--23232104	11	5.6	11	81	7	63	38	48	3	9	1.52
23232043--23232104	22	2.8	22	85	0	79	38	48	3	9	1.52
23255086--23255157	10	7.4	10	72	12	51	25	2	5	66	1.27
23255086--23255167	19	4.3	19	78	9	76	24	2	4	68	1.22
23255094--23255214	19	6.3	19	70	11	68	25	1	4	68	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23255155--23255202	18	2.7	17	76	20	53	27	0	4	68	1.07
23256832--23256859	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
23267664--23267719	2	28.0	2	100	0	112	0	50	0	50	1.00
23274017--23274212	29	6.8	30	76	14	132	41	19	11	27	1.86
23274067--23274176	58	1.9	58	88	0	166	40	20	12	26	1.88
23274034--23274205	87	2.0	87	80	6	197	41	19	12	26	1.87
23278008--23278038	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
23281317--23281363	24	2.0	24	87	8	69	46	2	0	51	1.13
23284488--23284516	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
23284906--23285000	48	2.0	48	93	0	163	57	5	6	30	1.45
23285001--23285523	120	4.4	120	95	0	841	43	2	4	49	1.33
23285058--23285488	61	7.2	59	67	20	223	44	2	4	48	1.35
23285469--23285503	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23292346--23292391	6	8.0	6	83	9	60	65	0	2	32	1.05
23292348--23292391	22	2.0	22	90	0	70	63	0	2	34	1.07
23292339--23292387	16	2.9	16	81	9	53	67	0	4	28	1.09
23298732--23298778	22	2.1	22	100	0	94	38	21	12	27	1.90
23305624--23306049	126	3.4	125	85	2	561	30	16	23	29	1.96
23309058--23309161	53	2.0	53	92	0	172	44	3	8	43	1.53
23309161--23309440	43	6.5	43	85	2	357	25	0	26	48	1.52
23309161--23309440	65	4.3	65	85	1	332	25	0	26	48	1.52
23309161--23309440	22	13.0	22	81	3	320	25	0	26	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23309409--23309463	28	2.0	28	88	0	83	21	0	32	45	1.52
23309698--23309745	21	2.3	21	82	7	62	2	22	37	37	1.66
23310002--23310040	18	2.2	18	85	0	51	43	7	30	17	1.77
23311862--23311938	11	6.9	11	73	19	63	44	0	29	25	1.55
23311862--23311937	33	2.3	35	80	13	88	43	0	30	26	1.55
23312113--23312189	40	1.9	40	89	0	118	24	27	24	23	2.00
23313297--23313340	21	2.2	20	87	4	61	68	2	11	18	1.30
23313297--23313333	19	1.9	20	94	5	67	70	2	10	16	1.27
23315168--23315209	21	2.0	21	85	0	57	28	4	16	50	1.66
23316074--23316119	22	2.1	22	84	8	58	71	0	28	0	0.86
23316416--23316440	13	1.9	13	100	0	50	24	0	20	56	1.43
23318517--23318564	23	2.1	23	85	11	64	41	8	10	39	1.69
23318655--23319054	199	2.0	199	92	1	669	41	12	13	33	1.81
23321439--23321490	26	2.1	24	82	7	59	32	0	1	65	1.04
23326848--23327356	100	5.1	100	89	0	739	23	19	23	33	1.97
23326895--23327356	50	9.2	50	71	6	326	22	19	24	33	1.97
23327411--23327982	131	4.4	130	91	2	914	25	24	20	30	1.99
23327610--23327922	44	7.2	44	65	18	143	24	24	21	29	1.99
23327411--23327982	261	2.2	262	91	1	925	25	24	20	30	1.99
23329234--23329288	15	4.2	13	78	19	51	12	5	7	74	1.20
23329167--23329279	25	4.3	27	75	19	91	10	6	7	75	1.19
23329195--23329268	33	2.3	33	79	11	82	9	5	8	77	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23329259--23329288	15	2.0	15	100	0	60	13	6	6	73	1.24
23329271--23329313	22	2.0	22	82	8	54	23	4	11	60	1.50
23341573--23341674	42	2.4	44	80	8	120	27	22	30	19	1.98
23342308--23342347	21	1.9	21	84	0	53	30	12	20	37	1.89
23343978--23344017	18	2.2	18	81	0	53	72	0	20	7	1.08
23347418--23347466	24	1.9	25	88	12	73	65	4	2	28	1.22
23349712--23349764	27	2.0	27	85	7	72	50	13	7	28	1.68
23360585--23360619	16	2.1	16	94	5	61	57	0	0	42	0.99
23361449--23361509	31	1.9	32	87	9	90	29	14	9	45	1.77
23361801--23361831	7	4.4	7	100	0	62	61	0	0	38	0.96
23361790--23361961	9	19.4	9	75	13	78	62	1	0	35	1.07
23361790--23362009	20	11.7	19	71	18	115	62	1	1	34	1.12
23361855--23361970	27	4.2	27	78	16	96	63	0	0	35	1.00
23361911--23362008	29	3.5	28	72	10	83	64	1	2	32	1.12
23361931--23361973	9	4.7	9	83	16	61	74	0	0	25	0.82
23362427--23362497	29	2.5	28	77	6	70	26	5	2	64	1.29
23362485--23362570	20	4.3	19	75	13	66	31	0	6	61	1.22
23362485--23362658	9	18.3	10	66	15	52	30	1	5	63	1.24
23362548--23362595	26	1.9	26	87	8	73	27	2	2	68	1.11
23362556--23362677	26	4.5	28	69	15	69	30	1	3	64	1.19
23362585--23362673	18	4.9	18	71	16	60	32	1	3	62	1.19
23366460--23366503	22	2.0	22	95	0	79	40	22	20	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23376393--23376447	20	2.7	20	80	11	58	74	3	7	14	1.17
23385974--23394595	516	17.3	485	77	13	6819	35	19	8	36	1.82
23386751--23388503	514	3.4	516	95	1	3140	36	19	8	35	1.82
23395330--23395536	46	4.6	46	93	3	341	33	15	22	28	1.95
23395330--23395536	91	2.3	91	95	1	373	33	15	22	28	1.95
23396550--23396663	21	5.4	21	81	0	129	42	16	24	16	1.88
23398451--23398498	16	2.9	16	84	9	62	50	14	0	35	1.44
23403587--23403630	22	2.0	22	100	0	88	59	18	9	13	1.60
23415837--23415969	50	2.6	51	79	3	135	23	18	26	32	1.97
23415979--23416063	44	1.9	44	95	0	152	25	15	23	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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