genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  53  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14806228--14806354	31	4.1	31	69	11	80	45	15	8	29	1.76
14806209--14806331	62	2.0	62	82	6	151	45	16	9	28	1.79
14806217--14806387	93	1.8	93	88	0	261	43	16	10	29	1.81
14806601--14806648	2	24.0	2	100	0	96	50	50	0	0	1.00
14808021--14808730	348	2.0	348	97	0	1341	35	14	12	37	1.84
14810991--14811096	53	2.0	52	85	1	140	32	12	15	40	1.84
14811269--14811305	18	2.1	18	100	0	74	37	5	5	51	1.48
14812972--14813109	68	2.0	68	100	0	276	28	13	24	34	1.93
14816126--14816234	35	3.1	34	82	5	119	34	11	19	33	1.88
14816084--14816234	70	2.2	70	80	2	160	33	12	20	33	1.90
14817238--14817289	23	2.2	24	82	3	70	19	9	9	61	1.54
14818902--14819088	40	4.6	40	74	13	141	16	19	27	37	1.92
14818921--14819076	82	1.9	80	81	10	183	17	18	26	37	1.93
14819937--14819983	21	2.2	21	92	0	76	34	23	23	19	1.97
14829644--14829701	26	2.2	27	84	6	75	74	3	5	17	1.15
14831204--14831315	40	2.8	39	75	6	109	16	17	28	36	1.93
14831204--14831351	80	1.9	80	84	5	201	16	16	29	36	1.92
14842503--14842690	35	5.4	35	68	12	118	34	23	19	23	1.97
14842468--14842726	70	3.7	69	85	5	326	35	23	16	24	1.95
14850978--14851007	13	2.2	14	94	5	53	43	0	13	43	1.43
14857707--14857759	14	3.7	14	78	12	54	52	0	5	41	1.25
14863447--14863628	51	3.6	50	77	5	188	23	15	28	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14863548--14863628	26	3.2	26	62	22	62	23	14	28	33	1.94
14863635--14863721	45	1.9	45	92	0	147	26	14	21	36	1.93
14866368--14866403	18	1.9	19	88	5	56	52	0	8	38	1.32
14866777--14871749	958	5.2	958	85	1	6684	29	13	22	33	1.93
14871856--14871905	22	2.1	22	82	10	55	2	18	12	68	1.30
14871747--14873829	945	2.2	954	87	3	3027	29	13	22	34	1.92
14875556--14875594	20	2.0	20	89	0	60	43	10	20	25	1.83
14876011--14876079	31	2.2	31	92	0	111	55	7	10	27	1.60
14876191--14876235	19	2.3	20	80	7	56	51	4	15	28	1.63
14876326--14876470	72	2.0	72	97	0	272	33	6	21	39	1.78
14876746--14876866	59	2.0	60	84	9	160	20	29	1	47	1.60
14878663--14878717	24	2.3	24	90	3	85	10	32	0	56	1.34
14879289--14879385	49	2.0	48	95	2	176	47	10	3	39	1.53
14879361--14879409	24	2.2	21	85	10	62	48	12	0	38	1.41
14892388--14892553	78	2.1	78	97	0	314	27	20	21	30	1.98
14902553--14902580	13	2.2	13	100	0	56	50	10	7	32	1.64
14921772--14921848	13	5.9	13	90	0	118	23	10	25	40	1.86
14921772--14921848	39	2.0	39	94	0	136	23	10	25	40	1.86
14922548--14922594	22	2.1	24	84	11	64	57	4	10	27	1.51
14923489--14923559	29	2.4	29	100	0	142	50	15	0	33	1.44
14930420--14930501	27	2.8	28	83	10	94	15	21	31	30	1.95
14930445--14930736	76	3.8	76	89	1	404	21	19	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14941617--14941687	27	2.6	27	86	0	88	26	9	18	45	1.81
14943570--14943621	23	2.3	22	80	9	59	53	0	0	46	1.00
14943583--14943644	28	2.3	27	81	10	65	61	1	0	37	1.06
14945068--14945127	32	1.9	32	86	3	86	31	0	3	65	1.09
14952536--14952572	19	1.9	19	94	0	65	35	18	5	40	1.74
14954067--14954128	30	2.1	30	93	6	108	27	3	11	58	1.48
14954650--14954687	18	2.0	21	85	15	55	31	2	7	57	1.41
14975060--14975084	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
14976667--14976766	41	2.4	41	86	3	139	28	20	25	27	1.99
14980891--14980946	24	2.3	25	87	9	89	32	0	1	66	1.03
14980895--14980947	12	4.5	12	75	11	56	33	0	1	64	1.05
14988659--14988700	21	2.0	22	85	4	59	28	14	2	54	1.52
14990448--14990566	63	1.9	63	80	3	141	33	29	5	31	1.81
14990468--14990592	63	2.0	63	82	3	153	32	29	7	30	1.84
14999375--14999442	34	1.9	35	82	5	84	4	25	17	52	1.63
15002808--15002979	72	2.4	72	88	4	269	25	6	13	54	1.62
15013573--15013655	42	2.0	42	95	0	148	34	16	9	38	1.82
15021099--15021139	19	2.2	19	86	0	55	26	2	7	63	1.33
15023506--15023575	34	2.2	31	87	7	95	21	22	20	35	1.96
15023858--15023924	26	2.5	26	80	2	80	34	17	16	31	1.93
15026673--15026716	17	2.7	17	89	6	65	36	2	18	43	1.63
15026930--15027099	41	4.1	41	93	0	277	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15026937--15027099	82	2.0	82	98	0	317	28	19	28	23	1.98
15027180--15027248	36	1.9	36	100	0	138	33	5	17	43	1.73
15027322--15027439	37	3.5	34	78	15	113	28	10	25	35	1.89
15027350--15027439	37	2.5	37	85	7	116	28	10	25	35	1.88
15034984--15035049	30	2.1	30	83	11	78	78	1	13	6	1.00
15038434--15038515	42	2.0	42	82	4	103	39	10	9	40	1.74
15039213--15039299	44	2.0	44	93	0	147	27	12	4	55	1.57
15049114--15049215	41	2.5	40	87	6	141	27	25	19	27	1.99
15049114--15049230	41	2.9	41	82	5	112	28	25	20	25	1.99
15050803--15050827	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
15051062--15051103	18	2.3	19	91	4	68	54	0	23	21	1.44
15056029--15056082	17	3.2	17	73	5	56	61	1	0	37	1.07
15056218--15056279	21	2.8	22	72	20	58	56	0	3	40	1.15
15061627--15061666	21	1.9	21	85	10	55	55	2	32	10	1.47
15062105--15062130	11	2.4	11	100	0	52	15	30	26	26	1.96
15062587--15062774	30	6.4	30	79	6	156	42	13	26	17	1.87
15062646--15062714	28	2.4	28	85	4	93	39	10	26	24	1.87
15062557--15062802	117	2.1	118	86	4	345	39	14	26	19	1.90
15063190--15063224	17	2.1	17	94	0	61	11	2	28	57	1.48
15065278--15065347	20	3.5	19	77	12	70	30	20	35	14	1.92
15069539--15069800	17	15.4	17	77	4	215	22	9	24	44	1.81
15073082--15073150	35	1.9	36	85	8	97	55	26	0	18	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15073547--15073618	27	2.7	27	82	0	90	22	22	29	26	1.99
15077419--15077553	50	2.5	51	75	15	123	6	30	1	61	1.30
15084929--15084973	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
15084926--15084983	22	2.6	22	86	7	82	43	18	3	34	1.68
15097134--15097170	6	6.0	6	96	3	65	32	0	32	35	1.58
15100391--15100432	13	3.4	12	84	12	50	50	14	2	33	1.56
15102170--15102210	10	3.7	11	81	18	50	70	0	2	26	0.99
15102170--15102214	22	2.0	23	86	4	65	71	0	2	26	0.98
15102483--15102569	30	2.9	30	84	5	113	14	29	32	22	1.94
15105740--15105771	14	2.4	14	90	10	50	65	6	6	21	1.38
15111574--15111599	7	3.7	7	100	0	52	11	30	26	30	1.92
15113094--15113135	16	2.7	16	81	3	50	35	4	0	59	1.19
15117605--15118377	50	15.6	51	67	10	216	23	20	22	34	1.97
15117765--15117932	89	1.9	89	84	7	225	20	22	20	36	1.95
15117919--15118382	100	4.7	98	82	4	498	22	19	22	34	1.96
15118012--15118406	200	2.0	200	88	1	594	22	18	23	34	1.96
15118018--15118406	100	3.9	99	85	3	519	23	19	22	34	1.96
15118397--15118764	170	2.1	171	87	4	524	29	19	17	33	1.95
15118596--15118707	44	2.6	42	74	14	104	32	21	16	29	1.96
15118786--15118994	44	4.5	44	68	16	111	31	20	16	31	1.95
15118766--15118967	98	2.1	98	96	0	368	30	20	15	33	1.94
15119026--15119390	131	2.8	131	91	0	577	24	24	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15120599--15120649	13	3.8	13	89	2	75	13	15	1	68	1.30
15120599--15120648	20	2.5	20	87	6	75	14	16	2	68	1.31
15120599--15120649	7	7.6	7	86	8	70	13	15	1	68	1.30
15127894--15128086	100	1.9	100	82	4	237	23	29	21	26	1.99
15127894--15128086	50	3.9	50	83	2	208	23	29	21	26	1.99
15129335--15129379	19	2.5	19	86	13	60	66	13	0	20	1.24
15129350--15129391	22	1.9	22	85	0	57	69	9	0	21	1.17
15129378--15129420	22	2.0	22	90	0	68	55	6	11	25	1.60
15130466--15130610	74	2.0	74	97	0	272	31	11	17	40	1.84
15136904--15137029	61	2.1	60	82	7	148	38	19	7	35	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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