genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   

This is table  68  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20461196--20461257	33	2.0	32	85	14	87	38	1	12	46	1.52
20473596--20473780	51	3.7	50	77	7	160	23	19	26	30	1.98
20474005--20474036	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
20487450--20487511	30	2.1	30	84	6	81	50	11	6	32	1.64
20501004--20501047	13	3.4	13	87	0	61	40	18	0	40	1.50
20517796--20517863	22	3.3	21	64	27	56	48	23	2	25	1.65
20517774--20517867	39	2.4	39	89	0	134	44	24	2	28	1.65
20530635--20530673	19	2.1	19	85	9	53	33	5	2	58	1.33
20533991--20534034	3	14.7	3	95	0	79	36	0	29	34	1.58
20543590--20544230	126	5.1	125	87	3	889	28	17	16	37	1.91
20544292--20544413	33	3.7	31	80	13	129	46	19	0	33	1.50
20544314--20544403	34	2.8	31	88	8	135	42	17	0	40	1.50
20544436--20544483	6	6.7	7	84	15	55	45	41	0	12	1.42
20547714--20547747	16	2.2	16	89	5	52	55	14	2	26	1.53
20550863--20550896	14	2.4	15	90	9	54	52	32	11	2	1.53
20550931--20551141	41	5.1	41	81	5	210	24	19	24	31	1.98
20550928--20551141	82	2.6	81	78	6	241	24	19	25	30	1.98
20551144--20551185	20	2.2	19	86	4	57	23	4	4	66	1.30
20551582--20551623	14	2.9	15	89	10	70	23	0	47	28	1.52
20551622--20551792	82	2.2	78	82	7	204	28	1	23	46	1.60
20553031--20553099	36	1.9	36	96	0	129	23	2	17	56	1.54
20553025--20553090	19	3.5	19	72	17	66	24	4	18	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20553040--20553102	17	3.3	21	70	25	75	22	3	17	57	1.54
20553648--20553699	2	26.0	2	100	0	104	50	0	50	0	1.00
20557350--20557514	43	3.9	43	82	2	181	23	18	30	27	1.97
20560704--20560737	16	2.2	16	94	5	61	52	14	5	26	1.64
20566260--20566347	28	3.1	28	81	0	104	20	22	15	40	1.90
20568937--20568978	15	2.8	15	82	10	50	54	16	2	26	1.54
20577347--20577445	42	2.3	43	81	8	114	23	33	23	20	1.97
20579440--20579469	11	2.7	11	89	0	51	26	0	6	66	1.16
20583779--20583954	88	2.0	88	100	0	352	35	15	18	30	1.92
20585691--20585743	26	2.1	26	92	3	90	52	3	7	35	1.48
20586425--20586466	16	2.4	18	88	11	70	59	0	0	40	0.97
20586780--20586808	14	2.0	15	93	6	51	55	0	13	31	1.39
20587281--20587451	86	2.0	86	98	0	333	33	5	16	45	1.70
20589027--20589051	12	2.1	12	100	0	50	28	16	40	16	1.89
20599407--20599457	26	2.0	26	92	0	84	17	25	33	23	1.96
20599436--20599662	43	5.4	42	75	11	214	23	15	25	35	1.95
20599435--20599669	85	2.8	84	88	0	326	23	17	24	34	1.96
20602777--20602966	68	2.8	68	85	0	272	36	17	21	24	1.94
20606360--20606548	50	3.6	52	76	12	158	28	19	28	23	1.98
20613661--20613716	28	2.0	28	85	0	76	26	23	19	30	1.98
20627440--20628216	47	16.3	47	94	2	1293	31	8	29	29	1.87
20627440--20628216	96	8.2	94	93	2	1293	31	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20627440--20628216	143	5.4	143	94	0	1351	31	8	29	29	1.87
20630440--20630664	40	5.7	40	86	3	235	25	27	21	24	1.99
20630440--20630664	120	1.9	119	80	11	264	25	27	21	24	1.99
20633758--20634065	40	7.7	40	89	3	433	25	22	27	24	2.00
20637397--20638429	49	21.5	49	95	2	1816	32	8	28	30	1.86
20637397--20638429	96	10.7	98	94	3	1816	32	8	28	30	1.86
20643410--20643649	28	8.6	28	78	3	169	28	28	17	25	1.97
20643450--20643649	56	3.6	56	81	3	224	28	29	17	25	1.97
20648115--20648163	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
20648377--20648606	50	4.5	50	78	6	169	23	26	22	27	1.99
20653087--20653128	23	1.9	21	90	9	66	23	9	14	52	1.71
20660106--20660147	23	1.9	21	90	9	66	23	9	14	52	1.71
20661676--20661852	46	3.8	46	76	5	169	28	20	22	28	1.99
20661681--20661855	93	1.9	93	90	2	280	28	21	22	28	1.99
20662620--20662909	102	2.9	101	81	10	333	28	14	26	30	1.95
20662624--20662911	51	5.7	50	72	13	198	28	14	26	31	1.95
20669671--20669960	51	5.7	51	75	8	236	28	14	26	30	1.95
20669671--20669960	102	2.9	102	83	6	340	28	14	26	30	1.95
20673294--20673352	25	2.3	26	82	2	66	30	27	6	35	1.83
20683605--20683678	26	2.8	26	75	0	76	33	16	8	41	1.77
20697200--20697258	20	3.0	20	71	0	55	11	30	23	33	1.91
20699206--20699247	18	2.4	18	80	15	52	35	7	2	54	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20712604--20712642	21	1.9	19	85	10	51	25	12	7	53	1.65
20737831--20737870	20	2.0	20	85	0	53	57	15	0	27	1.38
20742349--20742643	63	4.7	62	82	4	317	37	8	24	29	1.85
20742349--20742625	125	2.2	126	83	4	346	38	8	23	29	1.84
20756990--20757057	34	2.0	35	85	8	95	14	5	29	50	1.67
20771225--20771277	27	2.0	27	85	7	72	16	22	20	39	1.92
20773538--20773571	16	2.1	16	88	0	50	26	2	20	50	1.63
20774022--20774062	20	2.1	19	90	4	64	48	7	7	36	1.59
20774389--20774429	4	9.8	4	84	10	55	48	2	0	48	1.14
20774389--20774429	13	3.2	12	86	10	55	48	2	0	48	1.14
20774389--20774429	9	4.9	8	85	5	55	48	2	0	48	1.14
20793974--20794014	20	2.1	19	86	4	55	41	4	7	46	1.53
20815541--20815573	15	2.2	15	100	0	66	48	6	6	39	1.53
20822225--20822259	18	1.9	18	88	0	52	82	2	8	5	0.91
20840996--20841025	12	2.5	12	94	0	51	36	6	0	56	1.26
20846390--20846427	20	1.9	20	94	0	67	23	28	2	44	1.67
20851198--20851437	50	4.7	51	81	4	227	28	21	27	22	1.99
20857807--20858048	50	4.7	50	78	7	177	26	21	28	23	1.99
20858262--20858377	58	2.0	58	100	0	232	51	6	18	22	1.70
20865017--20865123	19	5.8	18	70	18	60	51	2	2	42	1.31
20871995--20872193	28	7.3	28	77	8	196	30	22	23	23	1.99
20872050--20872213	53	3.0	53	75	11	188	32	21	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20872007--20872213	109	1.9	109	89	0	324	30	22	23	23	1.99
20875316--20875480	51	3.2	50	75	8	127	26	16	26	30	1.96
20875344--20875486	51	2.8	51	83	2	180	23	17	27	30	1.97
20877601--20877647	25	2.0	23	83	8	58	31	0	4	63	1.13
20879479--20879585	26	4.1	26	83	4	126	38	22	18	20	1.94
20879837--20880176	27	12.6	27	80	4	301	20	18	19	41	1.90
20879837--20880153	81	3.9	82	83	4	333	19	19	19	41	1.91
20880664--20880706	19	2.3	19	79	0	50	58	4	32	4	1.39
20886014--20886143	41	3.2	40	79	17	158	25	29	25	20	1.99
20887781--20887950	38	4.1	41	76	17	126	27	25	19	27	1.99
20895957--20896133	39	4.7	38	78	14	152	27	25	19	27	1.99
20900656--20900787	45	2.9	45	93	5	221	29	26	9	34	1.87
20905421--20905517	42	2.4	43	91	8	159	25	34	16	23	1.95
20907305--20907383	37	2.1	37	84	9	99	24	30	18	26	1.98
20907552--20907688	47	3.0	47	92	6	219	29	27	8	34	1.86
20912386--20913078	47	14.6	47	93	2	1131	32	8	29	29	1.86
20912386--20913078	96	7.3	94	93	3	1131	32	8	29	29	1.86
20920729--20920758	14	2.1	14	93	0	51	10	6	13	70	1.34
20922513--20922572	16	3.8	16	76	12	61	41	5	1	51	1.33
20922499--20922573	16	4.7	16	71	12	55	44	4	1	50	1.29
20926892--20927234	102	3.4	101	87	3	451	28	16	26	28	1.97
20926892--20927228	51	6.7	50	79	7	351	28	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20927426--20927498	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
20931568--20931616	18	2.6	19	80	6	64	46	6	30	16	1.71
20937570--20937603	17	2.0	17	100	0	68	23	23	17	35	1.95
20948369--20948410	19	2.3	19	83	4	50	35	0	35	28	1.58
20948381--20948419	19	2.1	19	100	0	78	30	0	38	30	1.58
20955151--20955220	30	2.3	30	82	0	86	32	12	25	28	1.93
20956784--20956885	39	2.7	38	76	10	109	25	32	14	27	1.95
20958288--20958331	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
20958430--20958574	23	6.3	23	90	0	236	31	24	21	22	1.98
20963475--20963584	54	2.0	54	87	7	157	43	6	20	29	1.77

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