genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  7  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1843606--1843664	23	2.6	23	91	0	100	3	25	44	27	1.70
1843777--1843848	21	3.3	21	94	5	117	5	19	50	25	1.69
1843866--1843916	8	6.1	8	80	17	50	7	5	0	86	0.71
1843889--1843920	7	4.4	7	92	7	55	0	12	0	87	0.54
1843889--1843920	15	2.2	15	94	5	57	0	12	0	87	0.54
1844284--1844371	29	3.0	30	75	12	92	39	1	19	39	1.59
1844295--1844409	30	3.9	30	78	7	94	41	3	17	37	1.66
1844407--1844436	8	3.6	8	91	8	51	10	0	3	86	0.67
1844400--1844451	17	2.7	19	77	17	63	23	0	1	75	0.91
1844629--1844783	75	2.1	75	92	0	256	23	19	27	29	1.98
1844755--1844811	28	2.0	28	100	0	114	31	21	26	21	1.98
1844684--1844886	103	2.0	103	97	0	379	26	20	26	27	1.99
1844629--1844962	178	1.9	179	91	1	546	23	19	26	29	1.98
1844787--1845017	75	3.1	74	89	3	354	23	20	26	29	1.99
1847238--1847274	19	2.0	18	89	5	56	24	2	2	70	1.14
1849326--1849409	31	2.9	29	77	16	77	65	0	2	32	1.05
1849361--1849420	13	4.1	14	74	21	61	60	0	5	35	1.19
1849406--1849442	11	3.4	11	88	0	56	51	5	8	35	1.55
1849434--1849471	16	2.3	17	86	4	51	63	0	0	36	0.95
1852485--1852525	20	2.0	21	90	4	66	58	0	0	41	0.98
1854010--1854086	39	2.0	39	82	5	93	35	18	29	16	1.93
1857621--1857657	16	2.2	17	95	4	67	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1864923--1865046	59	2.1	60	85	7	164	24	24	4	46	1.71
1865441--1865465	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
1865560--1865647	29	2.9	31	75	8	83	53	2	19	25	1.57
1865708--1865748	19	2.0	21	86	9	59	36	0	48	14	1.44
1869185--1869305	61	2.0	60	98	1	233	44	13	20	21	1.85
1884754--1884805	26	2.0	26	88	7	79	40	7	13	38	1.73
1895023--1895130	45	2.4	45	73	6	119	40	17	18	23	1.91
1897207--1897237	15	2.0	16	93	6	55	35	6	0	58	1.24
1897975--1898012	20	1.9	20	88	0	58	65	0	0	34	0.93
1897975--1898017	9	4.6	9	80	11	50	67	0	0	32	0.91
1904529--1904632	44	2.4	44	83	0	136	36	11	15	36	1.84
1923739--1924053	125	2.5	129	86	7	453	31	13	17	37	1.89
1923800--1924064	125	2.1	125	95	1	469	32	11	18	37	1.86
1934888--1934926	20	1.9	21	89	5	62	28	2	2	66	1.18
1938865--1938898	16	2.1	16	88	0	50	35	8	14	41	1.77
1948819--1948888	31	2.3	31	82	0	86	37	12	8	41	1.74
1962385--1962448	30	2.1	30	97	0	119	32	10	23	32	1.89
1964128--1964165	16	2.2	17	86	9	51	73	0	15	10	1.09
1968599--1968658	19	3.2	20	74	6	54	61	0	3	35	1.12
1970600--1970667	34	2.0	35	82	2	84	30	11	10	47	1.74
1970786--1971098	86	3.6	85	84	3	394	33	18	19	27	1.96
1971627--1971737	57	1.9	57	96	0	204	37	9	3	48	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1972119--1972179	32	1.9	31	83	12	79	62	3	1	32	1.21
1972319--1972363	18	2.4	18	81	3	54	37	2	2	57	1.23
1972527--1972569	18	2.4	18	88	0	68	46	2	0	51	1.13
1973606--1973636	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1973814--1973908	47	2.0	47	97	0	181	25	13	8	52	1.68
1975980--1976031	19	2.8	20	86	11	67	50	11	9	28	1.70
1975980--1976033	18	3.0	18	78	5	56	50	11	11	27	1.72
1975894--1976511	124	4.8	123	82	10	733	47	8	5	38	1.58
1975924--1976258	122	2.8	113	89	6	370	47	8	5	39	1.56
1976222--1976275	17	3.2	17	86	2	74	42	11	9	37	1.73
1976222--1976294	17	4.2	18	79	6	71	42	10	9	36	1.73
1976238--1976294	18	3.2	18	78	7	62	38	10	10	40	1.74
1976100--1976511	145	3.0	142	83	10	492	46	8	5	39	1.58
1976367--1976414	17	2.8	18	87	9	73	43	10	14	31	1.79
1976832--1976873	16	2.5	17	92	7	68	0	19	0	80	0.70
1980756--1980830	27	2.8	27	93	0	123	32	20	26	21	1.97
1983116--1983177	21	3.0	20	75	17	63	19	24	14	41	1.88
1983166--1983257	42	2.2	42	80	3	105	15	23	18	42	1.88
1990524--1990585	30	2.1	30	100	0	124	43	6	14	35	1.71
1994550--1994602	13	4.1	13	72	0	52	41	1	18	37	1.62
1995962--1996027	32	2.1	32	88	5	98	65	1	3	30	1.17
1998962--1999012	21	2.4	21	96	0	93	60	7	5	25	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2003439--2003476	18	2.1	18	90	0	58	15	13	7	63	1.51
2003559--2003601	21	2.0	21	90	0	68	16	6	2	74	1.14
2003569--2003593	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
2003731--2003757	12	2.2	12	100	0	54	22	25	0	51	1.48
2008610--2008663	26	2.1	26	83	10	67	62	9	1	25	1.35
2008641--2008715	39	1.9	39	84	10	100	61	1	5	32	1.27
2010363--2010621	140	1.8	141	94	0	457	53	9	18	18	1.71
2010601--2010632	16	1.9	17	93	6	57	68	0	28	3	1.04
2010363--2010661	140	2.1	137	88	5	402	55	8	19	17	1.66
2014355--2014409	24	2.2	25	77	3	58	38	1	0	60	1.08
2014961--2014987	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
2018128--2018160	16	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
2018473--2018505	14	2.3	15	89	5	50	42	3	15	39	1.62
2018647--2018688	10	4.1	11	76	17	54	47	0	0	52	1.00
2021041--2021078	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
2021511--2021720	116	1.8	117	81	9	268	42	5	6	46	1.51
2025296--2025329	12	2.9	11	87	12	50	14	0	0	85	0.60
2025296--2025326	16	1.9	16	93	0	53	12	0	0	87	0.55
2027391--2027932	126	4.3	126	91	0	861	25	21	19	33	1.97
2028101--2028174	14	4.8	14	68	26	51	50	33	0	16	1.45
2029563--2029601	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2029827--2029924	23	4.3	23	89	2	153	21	21	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2029829--2029917	45	2.0	45	93	0	151	20	22	25	31	1.98
2033424--2033474	23	2.2	23	82	6	59	37	21	5	35	1.78
2040914--2040939	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
2044490--2044522	14	2.4	14	94	0	57	27	12	18	42	1.85
2051441--2051482	14	3.2	13	83	9	59	50	2	0	47	1.14
2054111--2054152	17	2.5	17	92	0	66	38	7	4	50	1.51
2055728--2055781	18	3.0	18	80	0	72	38	18	0	42	1.50
2067427--2067477	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
2067290--2067556	104	2.6	104	92	2	439	29	30	20	18	1.97
2074300--2074567	104	2.6	105	93	1	450	29	30	20	18	1.97
2076563--2076874	44	7.2	44	72	11	189	28	24	17	29	1.97
2077128--2077550	87	4.9	87	88	2	580	24	25	23	27	2.00
2079575--2079648	29	2.7	26	78	13	76	12	10	6	70	1.34
2079606--2079677	34	2.1	34	84	7	92	8	6	8	76	1.16
2088509--2088564	22	2.5	22	88	0	76	33	26	16	23	1.95
2092120--2092187	30	2.2	31	84	2	84	48	7	17	26	1.73
2095339--2095374	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2098341--2098407	26	2.6	27	80	13	72	35	0	7	56	1.27
2104764--2104894	67	1.9	68	82	1	165	41	6	7	44	1.60
2105093--2105177	44	1.9	44	92	0	143	45	1	15	37	1.54
2105026--2105245	115	1.9	111	82	8	273	40	5	18	35	1.73
2105194--2105422	93	2.5	93	80	7	250	38	6	19	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2105921--2106013	40	2.3	40	92	0	150	36	5	15	43	1.69
2109065--2109105	22	1.9	22	90	5	66	43	2	9	43	1.50
2109364--2109411	22	2.1	23	88	3	71	35	2	18	43	1.62
2109487--2109788	152	2.0	153	87	3	439	39	8	16	34	1.80
2115351--2115391	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2120780--2120820	13	3.2	13	83	10	50	34	2	0	63	1.08
2120925--2120957	16	2.1	15	94	5	57	36	0	0	63	0.95
2124413--2124476	31	2.1	31	100	0	128	45	26	9	18	1.80
2129515--2129540	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
2132539--2132574	2	18.5	2	94	5	65	0	47	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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