genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  6  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1608420--1608492	18	4.1	17	72	8	65	38	1	5	54	1.32
1608455--1608504	19	2.6	20	84	15	70	30	0	8	62	1.24
1608429--1608503	18	4.2	18	76	8	66	36	0	6	57	1.25
1608978--1609024	19	2.5	18	80	16	51	55	10	0	34	1.35
1622384--1622413	12	2.5	12	88	0	51	73	0	10	16	1.09
1630547--1630620	37	2.0	37	89	0	112	37	10	16	35	1.83
1641770--1641823	27	2.0	27	89	7	83	51	0	0	48	1.00
1643198--1643249	14	3.7	14	82	14	54	48	26	1	23	1.62
1643649--1643689	21	2.0	21	85	9	57	41	26	0	31	1.56
1643820--1643981	83	2.0	83	82	2	200	52	25	1	20	1.56
1643977--1644035	20	2.9	19	82	9	64	45	28	1	23	1.63
1644168--1644241	21	3.5	21	76	10	62	51	31	0	17	1.46
1644301--1644327	7	3.9	7	100	0	54	55	29	0	14	1.40
1644282--1644326	15	3.1	15	87	9	58	53	31	0	15	1.43
1644250--1644327	14	5.4	14	76	15	63	53	26	0	19	1.45
1644250--1644336	29	3.0	29	68	25	67	52	26	0	20	1.46
1644683--1644797	35	3.3	34	75	13	110	44	32	0	22	1.59
1644751--1644815	20	3.2	20	84	4	85	49	32	0	18	1.48
1645958--1646000	22	2.0	22	82	13	54	37	0	11	51	1.39
1646278--1646356	30	2.5	31	83	10	106	17	5	20	56	1.59
1648792--1648843	21	2.5	21	83	0	68	36	40	11	11	1.78
1649963--1649993	15	2.1	15	93	0	53	0	54	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1649949--1649999	21	2.3	22	76	6	59	0	43	0	56	0.99
1652559--1652613	28	2.0	28	85	7	76	49	0	1	49	1.11
1652728--1652771	21	2.2	20	87	4	61	61	0	0	38	0.96
1657094--1657125	15	2.1	15	94	0	55	46	3	12	37	1.57
1657976--1658008	16	2.1	16	88	11	50	75	12	9	3	1.14
1659798--1659840	19	2.3	19	88	4	61	67	0	6	25	1.15
1677485--1677550	3	22.3	3	74	9	55	63	3	3	30	1.24
1683954--1683990	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
1684527--1684727	106	1.9	106	95	0	366	32	18	18	30	1.95
1685186--1685291	37	2.8	38	77	16	105	50	0	13	35	1.41
1685578--1685634	22	2.6	23	78	18	75	64	3	7	24	1.34
1686354--1686378	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
1691336--1691415	21	4.2	19	73	17	60	72	2	1	23	1.04
1691336--1691416	18	4.3	18	75	17	76	71	2	1	24	1.05
1691626--1691677	26	2.0	26	88	0	77	42	0	3	53	1.19
1692920--1692944	9	2.8	9	100	0	50	8	0	0	92	0.40
1693380--1693429	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
1693865--1693918	22	2.4	23	75	3	56	31	9	7	51	1.61
1701391--1701427	19	1.9	19	89	10	58	45	10	0	43	1.39
1702851--1702885	16	2.2	16	90	10	54	60	2	0	37	1.12
1703362--1703410	18	2.7	18	84	6	64	63	2	4	30	1.24
1703345--1703401	21	2.7	21	78	13	71	63	5	3	28	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1704939--1705523	89	6.6	89	94	0	967	26	23	19	30	1.98
1708413--1708544	16	8.4	16	72	9	92	34	2	31	31	1.70
1708401--1708591	78	2.4	78	94	0	328	31	3	31	33	1.74
1708778--1708812	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1708804--1708833	15	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
1713573--1713625	16	3.3	16	94	0	97	37	5	33	22	1.78
1713607--1713699	44	2.1	46	93	4	163	27	4	31	36	1.76
1713607--1713712	39	2.5	44	85	11	141	29	3	32	34	1.75
1713858--1714039	54	3.1	57	70	21	151	50	4	1	42	1.33
1713934--1714006	10	7.9	10	66	17	50	56	1	0	42	1.08
1715752--1715782	4	7.8	4	92	0	53	25	3	22	48	1.66
1726031--1726055	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
1727819--1727860	18	2.4	18	92	4	68	61	0	2	35	1.09
1727900--1727933	17	2.0	17	88	11	52	47	0	0	52	1.00
1728829--1728990	46	3.6	46	91	4	260	27	24	14	33	1.94
1734700--1734728	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
1737303--1737341	20	2.0	20	89	0	60	74	0	12	12	1.08
1737294--1737341	15	3.1	15	78	3	51	75	0	12	12	1.06
1740722--1741062	44	7.8	43	72	8	118	28	21	19	30	1.98
1740945--1741060	44	2.7	43	86	4	153	26	21	24	27	1.99
1740732--1741059	87	3.8	87	73	9	256	28	21	19	29	1.98
1753338--1753386	22	2.1	24	82	14	59	55	2	8	34	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1754467--1754519	21	2.6	20	82	11	54	73	1	15	9	1.17
1756623--1756648	12	2.2	12	100	0	52	23	30	15	30	1.95
1759250--1759319	31	2.3	31	97	0	131	38	15	10	35	1.81
1761483--1761585	37	2.7	39	77	14	101	39	2	3	53	1.34
1761564--1761680	62	1.9	59	87	5	171	40	3	3	52	1.35
1763950--1764003	20	2.7	20	82	11	65	62	0	0	37	0.95
1765532--1765611	33	2.4	33	93	0	133	20	22	17	40	1.92
1770655--1770743	24	3.7	23	79	11	90	29	2	10	58	1.43
1774411--1774608	50	3.7	56	89	6	249	31	15	23	30	1.95
1774460--1774611	50	3.0	50	96	0	277	32	15	23	28	1.95
1774460--1774634	50	3.5	51	91	3	268	34	13	23	28	1.93
1777239--1777289	15	3.3	15	83	5	57	74	5	13	5	1.19
1777262--1777307	16	2.8	16	90	3	65	69	10	19	0	1.17
1777972--1778007	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
1778255--1778327	37	2.0	37	83	2	94	43	1	24	30	1.63
1781008--1781048	15	2.5	17	85	14	52	43	2	0	53	1.13
1781049--1781360	61	5.1	65	64	22	176	41	1	6	50	1.40
1781007--1781416	120	3.4	120	94	2	702	42	1	5	50	1.36
1781132--1781183	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
1781365--1781413	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
1781365--1781419	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
1781564--1781654	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1781635--1781687	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
1782791--1782862	24	3.0	24	93	0	126	18	30	8	43	1.79
1790327--1790419	33	2.8	33	90	0	159	21	24	13	39	1.90
1797240--1797525	142	2.0	142	100	0	572	35	18	16	29	1.93
1802340--1802438	35	2.9	35	89	3	139	37	3	0	59	1.13
1804619--1804667	24	2.1	23	88	3	71	28	16	16	38	1.90
1807187--1807279	21	4.4	21	87	5	143	22	15	41	20	1.89
1807187--1807279	42	2.2	42	94	3	161	22	15	41	20	1.89
1825867--1825901	18	2.0	18	88	5	54	37	20	25	17	1.94
1828202--1828264	18	3.6	17	76	16	67	47	12	14	25	1.79
1828780--1828830	11	4.8	10	79	11	57	0	19	0	80	0.71
1828782--1828828	12	3.8	12	81	13	60	0	19	0	80	0.70
1828966--1829010	19	2.2	22	84	11	60	0	13	53	33	1.40
1829005--1829057	21	2.3	23	84	9	74	5	16	49	28	1.69
1829075--1829124	8	6.2	8	84	13	50	8	6	0	86	0.72
1829075--1829124	15	3.2	15	86	8	64	8	6	0	86	0.72
1829123--1829152	3	10.0	3	92	0	51	3	33	0	63	1.11
1829099--1829130	15	2.1	15	94	0	55	0	15	0	84	0.63
1829515--1829585	29	2.4	29	83	2	106	38	4	21	36	1.73
1829526--1829639	29	3.9	29	80	12	124	41	5	18	35	1.73
1829494--1829640	59	2.5	60	80	7	167	40	5	19	34	1.75
1829526--1829639	30	3.9	29	80	7	122	41	5	18	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1829851--1830998	76	14.7	78	86	7	1309	35	20	16	27	1.94
1829851--1830985	152	7.3	153	87	8	1471	34	21	16	27	1.94
1831850--1831951	1	102.0	1	72	0	51	1	7	6	83	0.88
1831850--1831951	18	5.3	18	75	15	80	1	7	6	83	0.88
1831850--1831933	42	2.0	43	85	2	116	2	7	7	83	0.89
1831866--1831945	42	1.9	42	87	5	117	2	7	8	81	0.96
1842945--1843007	17	3.6	17	80	16	76	49	12	12	25	1.76
1843117--1843159	22	2.0	21	86	8	61	41	9	13	34	1.77
1843525--1843571	12	3.8	12	76	13	51	0	21	0	78	0.75
1843528--1843568	22	1.9	21	90	5	64	0	24	0	75	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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