genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   

This is table  60  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17044048--17044081	12	2.8	13	86	13	54	50	0	0	50	1.00
17044999--17045038	20	2.0	21	90	5	64	17	2	37	42	1.63
17045001--17045044	20	2.2	20	84	8	54	15	4	34	45	1.67
17046760--17046839	31	2.6	31	92	4	126	18	12	21	47	1.81
17047683--17047716	12	2.8	13	86	13	54	50	0	0	50	1.00
17048946--17048976	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
17052068--17052102	14	2.5	14	90	0	52	28	0	34	37	1.58
17052076--17052104	14	2.1	14	100	0	58	27	0	27	44	1.54
17056921--17056964	15	2.9	15	82	0	61	27	11	4	56	1.53
17056988--17057024	19	1.9	20	94	5	67	54	32	0	13	1.40
17056988--17057029	19	2.2	19	87	8	59	57	28	2	11	1.47
17062476--17062515	15	2.6	16	80	4	55	35	2	20	42	1.65
17062703--17062852	49	3.0	51	84	2	196	27	16	22	34	1.95
17063169--17063230	29	2.1	29	85	11	83	17	8	17	56	1.64
17065188--17065220	17	2.0	17	88	5	50	45	21	0	33	1.52
17066191--17066477	32	9.0	32	76	5	251	40	14	10	34	1.81
17066210--17066477	64	4.2	64	92	0	410	38	14	11	35	1.82
17080502--17080547	19	2.4	18	79	10	56	19	15	21	43	1.87
17082537--17082675	49	2.8	51	85	2	201	25	15	23	34	1.95
17082537--17082675	51	2.8	49	83	6	190	25	15	23	34	1.95
17086089--17086143	22	2.5	22	96	0	101	49	12	10	27	1.74
17091200--17091356	73	2.2	73	94	2	280	33	34	7	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17101904--17101948	19	2.4	19	100	0	90	17	20	0	62	1.33
17103709--17103833	63	2.0	63	100	0	250	28	5	28	36	1.80
17107886--17108021	50	2.7	51	86	4	186	25	15	28	30	1.96
17110994--17111101	4	26.8	4	97	0	198	25	0	25	48	1.58
17113756--17113813	17	3.3	18	72	18	68	60	15	0	24	1.35
17113765--17113828	17	3.7	17	78	17	78	59	14	0	26	1.35
17113762--17113829	34	2.0	34	100	0	136	58	14	0	26	1.36
17124314--17124349	17	2.1	17	94	0	63	33	30	0	36	1.58
17133795--17133914	42	2.9	41	80	8	125	18	21	15	45	1.86
17133789--17133929	21	6.7	21	70	5	79	17	22	15	44	1.86
17136628--17136696	28	2.4	29	78	7	79	30	21	17	30	1.96
17136574--17136851	57	4.9	57	79	7	244	28	23	15	33	1.94
17136688--17136837	29	5.3	29	67	13	96	28	23	14	34	1.94
17136988--17137146	53	3.0	52	79	6	194	28	26	10	34	1.90
17145336--17145370	18	1.9	18	100	0	70	48	0	5	45	1.26
17145425--17145714	120	2.4	120	91	3	485	42	3	4	50	1.37
17145555--17145610	15	4.1	14	78	14	55	41	0	0	58	0.98
17145486--17145672	61	3.1	61	67	20	183	40	3	6	49	1.44
17145666--17145700	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17145654--17145928	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.32
17145813--17145847	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17146009--17146103	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17146084--17146151	16	4.2	16	94	0	109	36	35	0	27	1.58
17148154--17148186	17	1.9	17	88	11	50	42	0	15	42	1.46
17150370--17150427	23	2.6	21	76	12	62	60	1	3	34	1.24
17151064--17151099	18	2.1	18	90	10	58	58	0	0	41	0.98
17156996--17157067	33	2.2	33	89	0	90	27	26	18	27	1.98
17156996--17157101	33	3.3	32	80	7	83	28	28	16	27	1.97
17164515--17164567	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
17176289--17176349	12	5.4	12	73	21	53	47	0	3	49	1.18
17176286--17176319	12	2.8	13	86	13	54	50	0	0	50	1.00
17176318--17176445	61	2.1	60	85	4	168	43	0	3	53	1.16
17176628--17176687	16	3.8	16	88	0	93	33	23	0	43	1.54
17176619--17176687	32	2.2	32	92	5	113	31	24	1	42	1.64
17177977--17178056	25	3.2	25	81	10	76	33	3	5	57	1.38
17177994--17178070	26	3.1	26	83	5	88	36	2	5	55	1.36
17178582--17178616	10	3.2	11	88	12	54	17	37	0	45	1.48
17178597--17178719	51	2.4	51	90	1	194	29	25	0	45	1.54
17180910--17180996	44	2.0	45	90	2	140	37	0	12	49	1.41
17181002--17181534	23	22.5	23	79	13	575	46	23	1	28	1.59
17181020--17181507	96	5.2	95	85	8	655	46	23	1	29	1.59
17181002--17181559	141	3.9	140	86	9	755	46	23	1	28	1.59
17181020--17181562	96	5.8	85	85	10	378	46	23	0	28	1.58
17181565--17181782	116	1.9	116	95	0	391	38	9	8	44	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17181758--17181799	18	2.4	17	84	7	57	45	9	0	45	1.36
17184811--17185162	126	2.8	125	87	4	512	32	22	16	29	1.95
17187262--17187312	24	2.1	24	82	7	59	33	1	13	50	1.53
17197160--17197247	29	3.0	29	75	5	88	42	3	20	34	1.69
17202517--17202588	10	7.1	10	74	20	53	66	1	1	30	1.08
17202527--17202593	32	2.1	33	86	13	95	65	1	2	29	1.16
17203483--17203522	18	2.1	20	86	9	57	32	12	0	55	1.38
17205746--17205860	61	1.9	60	85	5	162	48	6	4	40	1.50
17209114--17209204	43	2.1	43	87	2	130	35	10	9	43	1.73
17209551--17209858	43	7.1	43	87	2	429	21	17	30	30	1.96
17209945--17209990	22	2.1	21	92	4	74	43	28	17	10	1.82
17213632--17213672	10	4.0	10	87	3	55	36	2	21	39	1.67
17223512--17223542	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
17225256--17225280	9	2.8	9	100	0	50	72	8	8	12	1.29
17227026--17227066	20	2.0	21	85	4	57	36	12	7	43	1.70
17228974--17229144	38	4.5	38	94	0	306	39	14	9	37	1.78
17229624--17229763	73	1.9	73	80	11	162	19	18	19	42	1.89
17236211--17236287	35	2.2	36	83	2	102	33	11	18	36	1.87
17239298--17239326	5	5.8	5	100	0	58	17	0	41	41	1.49
17240428--17240476	24	2.0	24	100	0	98	32	20	4	42	1.71
17244147--17244183	18	2.0	19	85	15	51	48	13	16	21	1.80
17252931--17253180	121	2.1	121	99	0	491	34	23	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17255760--17256045	78	3.7	77	81	6	301	32	13	11	43	1.79
17255760--17256060	155	1.9	156	79	4	331	32	13	11	42	1.80
17256051--17256111	27	2.3	27	88	0	86	36	13	8	42	1.74
17262324--17262374	27	1.9	27	84	4	68	58	1	13	25	1.46
17265592--17265640	18	2.6	19	81	15	57	44	0	34	20	1.52
17268122--17268160	18	2.1	19	85	4	53	35	0	7	56	1.28
17271493--17271518	9	2.9	9	100	0	52	30	11	11	46	1.76
17271654--17271688	11	3.1	11	88	8	52	17	22	17	42	1.88
17271638--17271690	23	2.4	22	83	3	70	18	28	15	37	1.91
17271651--17271688	12	3.2	12	88	7	60	15	26	15	42	1.87
17272624--17272931	114	2.7	112	80	8	327	29	13	17	38	1.89
17276941--17277290	50	6.8	50	82	4	389	20	29	24	26	1.99
17276941--17277286	101	3.4	101	93	4	552	20	28	24	26	1.99
17276940--17277287	151	2.3	154	82	6	436	20	29	24	25	1.99
17277385--17277416	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
17277628--17277685	30	1.9	30	85	0	80	32	24	1	41	1.65
17280021--17280053	6	5.5	6	86	13	50	0	15	0	84	0.61
17280016--17280053	18	2.2	17	90	9	60	0	15	0	84	0.63
17284399--17284713	174	1.8	174	82	5	404	25	10	35	28	1.89
17288985--17289056	33	2.2	33	85	5	92	34	23	22	19	1.96
17289329--17289448	33	3.6	33	74	6	91	32	28	15	23	1.95
17297124--17297201	38	2.1	38	85	0	102	56	12	3	26	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17299475--17299513	15	2.7	14	88	11	53	5	0	10	84	0.76
17299533--17299566	14	2.4	14	90	0	50	26	2	5	64	1.30
17299523--17299587	25	2.8	22	76	13	67	29	7	3	60	1.40
17299535--17299583	25	2.0	25	87	0	71	26	6	4	63	1.36
17301077--17301128	23	2.3	23	96	0	95	40	0	11	48	1.40
17303807--17303923	59	2.0	59	100	0	234	22	5	22	49	1.71
17303832--17303925	30	3.2	30	60	19	70	22	6	19	52	1.68
17307847--17307961	20	6.2	18	68	17	67	29	10	0	59	1.37
17326686--17326744	27	2.2	27	84	6	75	30	22	10	37	1.87
17331929--17331960	13	2.6	13	85	14	50	56	9	12	21	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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