genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22114971--22115023	22	2.4	22	90	0	88	39	20	13	26	1.89
22118769--22118804	18	2.1	17	89	5	54	8	52	38	0	1.32
22120568--22120627	30	2.0	31	83	9	79	40	1	38	20	1.62
22120920--22120950	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
22123568--22123603	18	2.0	18	100	0	72	38	11	22	27	1.88
22123563--22123609	18	2.4	21	75	20	64	36	10	19	34	1.86
22130863--22130920	26	2.2	27	96	3	109	29	17	25	27	1.97
22132113--22132164	27	1.9	27	96	0	95	28	32	25	13	1.93
22132079--22132445	101	3.6	104	93	3	602	29	30	20	19	1.97
22132318--22132368	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
22132773--22132836	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
22132780--22132836	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
22139694--22139777	30	3.0	26	76	20	89	27	33	22	16	1.96
22139924--22139975	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
22139735--22140053	102	3.2	102	94	4	533	31	30	19	18	1.96
22140379--22140442	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
22140386--22140442	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
22145659--22145716	20	2.9	21	80	10	77	27	18	29	24	1.98
22147479--22147518	18	2.3	18	86	4	55	12	17	0	70	1.18
22147528--22147662	18	7.4	18	68	20	59	8	19	2	69	1.27
22147596--22147662	6	11.2	6	78	0	71	7	17	0	74	1.04
22150977--22151316	51	6.7	51	75	10	281	28	14	26	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22150977--22151315	102	3.4	100	80	7	366	28	14	26	30	1.95
22158593--22158882	51	5.7	50	73	9	259	27	14	26	30	1.95
22158593--22158872	102	2.8	102	83	6	347	28	14	26	30	1.95
22161374--22161430	20	2.9	20	71	2	62	29	15	28	26	1.96
22165081--22165327	50	4.8	50	81	3	244	23	27	21	27	1.99
22165130--22165327	100	1.9	104	84	6	269	22	29	21	26	1.99
22174840--22174868	6	4.8	6	100	0	58	17	48	0	34	1.47
22183791--22183866	24	3.1	24	73	12	66	38	21	23	17	1.93
22183881--22183935	25	2.2	25	93	0	92	34	20	25	20	1.96
22186602--22186635	11	3.2	11	83	8	52	26	32	11	29	1.92
22189370--22189416	24	1.9	24	82	4	58	36	21	25	17	1.94
22189420--22189489	25	2.8	25	91	0	95	32	18	25	22	1.97
22200364--22200406	22	2.0	22	90	0	68	30	9	4	55	1.52
22205420--22205501	37	2.2	37	93	0	137	34	24	4	36	1.77
22205423--22205486	21	3.3	21	66	28	59	35	23	6	34	1.80
22214719--22214835	57	2.1	57	93	0	198	27	23	25	23	2.00
22215857--22215926	13	5.3	13	82	1	86	34	24	2	38	1.70
22215856--22215942	39	2.2	38	82	8	102	34	20	3	41	1.69
22216697--22216721	13	1.9	13	100	0	50	72	0	20	8	1.10
22216741--22216779	18	2.2	18	86	9	53	28	5	2	64	1.28
22217095--22217132	14	2.7	14	95	0	67	28	23	7	39	1.83
22218167--22218236	28	2.5	28	88	0	95	31	24	22	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22218576--22218809	27	8.7	27	81	6	224	18	18	20	42	1.89
22221478--22221729	43	5.9	42	84	3	288	28	29	17	24	1.97
22221478--22221729	128	2.0	129	84	3	339	28	29	17	24	1.97
22221478--22221731	85	3.0	82	85	6	310	28	29	17	24	1.97
22223754--22223974	86	2.6	86	80	6	216	42	14	9	33	1.79
22223822--22224006	86	2.2	86	84	3	239	42	16	8	33	1.77
22224083--22224149	30	2.2	30	94	0	116	52	16	1	29	1.53
22224236--22224557	168	1.9	168	85	2	441	46	15	10	27	1.78
22226731--22226787	28	2.0	28	83	6	71	35	43	1	19	1.61
22226830--22226867	15	2.6	15	87	4	60	44	36	0	18	1.50
22227075--22227122	15	3.3	15	79	5	53	43	35	2	18	1.62
22227477--22227744	41	6.5	41	87	0	329	30	27	20	20	1.98
22227477--22227739	123	2.1	123	85	0	364	31	26	20	21	1.98
22227800--22227907	40	2.7	39	78	14	105	20	21	24	34	1.97
22238767--22238807	10	3.9	10	84	12	55	34	0	4	60	1.18
22244889--22244955	28	2.4	28	92	0	107	28	19	25	26	1.99
22245316--22245375	27	2.2	27	87	0	84	21	18	18	41	1.90
22245328--22245560	27	8.6	27	77	7	204	19	19	19	40	1.91
22245328--22245560	81	2.9	79	81	7	229	19	19	19	40	1.91
22247057--22247117	24	2.5	24	78	0	68	18	18	21	42	1.89
22247112--22247175	19	3.3	20	72	14	62	14	15	25	45	1.83
22254054--22254094	20	2.0	20	95	0	73	48	7	4	39	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22257489--22257614	50	2.6	48	83	7	139	34	19	22	23	1.97
22257522--22257624	24	4.2	24	76	8	109	36	18	23	21	1.95
22266520--22266715	6	30.5	6	71	17	85	29	1	1	67	1.09
22266541--22266632	2	49.5	2	73	14	54	35	0	0	64	0.94
22266521--22266665	30	4.8	31	76	16	121	31	0	0	66	1.01
22266527--22266739	45	4.7	44	76	20	190	29	1	2	66	1.15
22266570--22266714	19	7.5	18	70	20	80	27	2	2	68	1.12
22266524--22266671	27	6.0	26	72	21	97	31	1	0	66	1.04
22266580--22266714	40	3.5	38	78	15	129	27	2	2	68	1.13
22266598--22266715	27	4.6	27	75	15	99	27	2	2	67	1.16
22266632--22266686	13	4.2	13	77	13	67	18	5	1	74	1.10
22266520--22266710	10	19.4	10	70	24	92	29	1	1	67	1.09
22266525--22266753	17	14.4	16	72	19	137	30	1	3	65	1.16
22266682--22266756	26	2.6	28	78	18	75	32	0	9	58	1.30
22274197--22274246	22	2.4	22	83	9	70	36	0	28	36	1.58
22298069--22298249	52	3.5	52	91	2	285	26	14	29	28	1.95
22309226--22309309	28	2.9	28	70	16	73	36	26	19	17	1.94
22318727--22318793	20	3.3	20	68	0	62	22	28	17	31	1.97
22318687--22318945	40	6.5	40	83	0	250	20	26	19	33	1.96
22318719--22318954	120	2.0	120	83	0	301	20	27	17	34	1.95
22319806--22319832	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
22320714--22320779	26	2.5	24	75	15	60	15	15	39	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22328914--22329049	57	2.4	56	79	8	143	31	25	16	27	1.96
22328891--22329055	29	5.9	28	72	9	122	31	28	15	24	1.95
22335649--22335675	14	1.9	14	100	0	54	29	25	29	14	1.95
22340547--22340692	40	3.7	40	82	7	172	25	27	22	24	2.00
22351772--22351797	9	2.9	9	100	0	52	19	0	11	69	1.18
22351875--22351970	33	3.2	33	65	27	93	30	9	15	44	1.78
22359355--22359379	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
22367659--22367721	9	6.8	9	82	13	65	36	3	38	22	1.70
22367667--22367720	19	2.8	19	81	10	65	35	1	38	24	1.66
22368167--22368233	33	2.0	33	100	0	134	35	7	14	41	1.75
22369652--22369720	31	2.2	31	81	0	84	30	18	5	44	1.73
22369856--22369894	20	2.0	20	84	0	51	46	0	10	43	1.37
22369888--22369999	20	5.9	19	77	12	88	63	2	5	28	1.30
22369945--22370009	9	6.5	10	82	7	53	67	1	4	26	1.18
22369888--22369976	9	9.7	9	75	13	83	65	3	3	28	1.25
22370615--22370649	17	2.1	17	94	0	61	31	11	0	57	1.34
22371249--22371288	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
22371228--22371304	14	5.0	15	71	20	52	32	10	15	41	1.81
22372614--22372683	3	23.0	3	75	13	63	32	1	2	62	1.18
22372604--22372664	16	3.9	15	74	22	54	32	1	1	63	1.13
22372610--22372682	13	5.4	14	76	16	73	34	1	2	61	1.19
22374650--22374675	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22376643--22376681	20	2.0	20	89	0	60	12	20	7	58	1.58
22377581--22377632	7	7.4	7	78	8	61	67	1	17	13	1.32
22378968--22379291	44	7.4	43	64	10	127	29	18	25	26	1.98
22379667--22380015	44	7.9	44	66	13	135	30	18	23	27	1.98
22380326--22380657	44	7.5	44	63	14	137	30	18	24	26	1.98
22378947--22381536	132	19.6	132	89	1	3521	28	18	24	28	1.98
22383143--22383213	3	23.0	3	72	16	56	32	1	2	63	1.18
22383137--22383194	16	3.9	15	75	20	59	31	1	1	65	1.13
22383143--22383195	10	5.6	10	72	28	53	30	1	1	66	1.13
22383143--22383196	13	4.3	13	70	25	53	31	1	1	64	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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