genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   

This is table  50  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13828897--13828938	22	1.9	22	85	0	57	73	0	4	21	1.01
13829888--13830028	33	4.2	32	69	8	93	31	14	23	31	1.94
13829801--13830031	101	2.3	101	91	0	363	31	15	22	31	1.95
13833247--13833287	16	2.5	17	92	4	66	36	34	4	24	1.77
13834190--13834223	16	2.1	16	94	0	59	41	0	8	50	1.34
13837287--13837345	24	2.5	24	88	0	91	44	0	25	30	1.55
13837411--13837475	20	3.4	19	69	14	62	35	4	15	44	1.67
13837386--13837498	37	3.1	37	94	1	192	32	4	15	47	1.65
13837398--13837492	17	5.2	17	65	14	55	33	3	13	49	1.58
13837499--13837633	9	14.6	9	89	6	207	22	9	32	35	1.86
13837794--13837818	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
13838110--13838169	29	2.1	29	84	6	77	33	5	25	36	1.78
13838165--13838636	187	2.5	188	87	1	653	33	17	22	26	1.96
13838836--13838860	13	1.9	13	100	0	50	12	8	16	64	1.49
13844755--13844796	20	2.1	20	86	0	57	73	9	7	9	1.24
13848686--13848856	42	4.0	42	85	2	218	26	15	25	32	1.95
13848702--13848876	42	4.1	42	85	2	208	27	16	25	31	1.96
13853257--13853308	21	2.5	20	79	17	52	69	5	3	21	1.26
13855454--13855522	9	7.8	9	95	3	104	39	27	10	23	1.87
13855454--13855525	35	2.1	35	91	0	117	40	26	11	22	1.87
13858131--13858178	23	2.1	23	88	0	69	60	6	4	29	1.40
13859731--13860288	44	13.0	43	71	14	255	27	23	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13859746--13860300	216	2.6	216	93	0	932	27	23	20	28	1.99
13872205--13872260	20	2.8	20	76	10	60	75	5	3	16	1.13
13872462--13872505	23	2.1	21	84	16	56	61	9	4	25	1.45
13880926--13880966	21	1.9	22	85	5	57	36	12	12	39	1.80
13883715--13883763	24	2.0	25	88	4	73	34	0	2	63	1.06
13892920--13893033	56	2.0	56	84	3	149	39	13	16	30	1.87
13897011--13897065	27	2.1	27	86	3	76	34	3	1	60	1.25
13897011--13897068	26	2.2	26	84	6	73	36	3	1	58	1.25
13897346--13897402	30	1.9	30	82	10	73	49	3	3	43	1.36
13903705--13903883	88	2.0	88	96	0	331	18	18	15	46	1.84
13919603--13919644	21	2.0	21	100	0	84	38	4	28	28	1.77
13922095--13922143	20	2.4	20	86	10	64	12	28	18	40	1.86
13924551--13924772	110	2.0	111	95	3	403	38	19	10	31	1.85
13925224--13925272	20	2.5	20	79	0	62	53	0	8	38	1.31
13927067--13927185	44	2.7	44	84	2	150	29	17	20	32	1.95
13926978--13927265	44	6.6	44	71	14	143	26	22	21	29	1.99
13927157--13927265	45	2.4	45	80	17	129	24	27	20	27	1.99
13939380--13939591	111	1.9	111	100	0	424	37	19	11	31	1.87
13939784--13939823	13	2.9	14	82	17	57	67	5	5	22	1.30
13940033--13940082	20	2.5	20	80	0	64	54	0	8	38	1.30
13941749--13941829	41	2.0	41	87	0	117	22	20	28	28	1.99
13944813--13944921	55	2.0	55	100	0	218	31	11	12	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13945291--13945565	23	12.0	23	75	11	226	30	5	23	41	1.76
13945291--13945565	114	2.4	114	84	4	324	30	5	23	41	1.76
13945291--13945565	137	2.0	137	88	4	412	30	5	23	41	1.76
13946424--13946542	42	2.8	44	81	10	149	25	14	26	34	1.94
13946729--13947061	50	6.7	50	85	0	398	22	28	21	27	1.99
13946729--13947061	150	2.2	149	86	0	441	22	28	21	27	1.99
13953887--13953956	35	2.0	35	86	8	97	41	21	5	31	1.76
13954216--13954295	41	2.0	41	84	0	106	28	25	18	27	1.98
13954554--13954587	2	16.5	2	87	6	50	44	2	0	52	1.16
13954909--13954952	21	2.1	21	91	0	70	45	13	9	31	1.75
13956902--13957732	414	2.0	414	98	0	1599	32	22	16	28	1.96
13961885--13961954	35	2.0	35	86	8	97	41	21	5	31	1.76
13962193--13962278	41	2.1	41	86	0	118	29	24	18	27	1.98
13962214--13962293	41	2.0	41	84	0	106	28	25	18	27	1.98
13962905--13962948	21	2.1	21	91	0	70	45	13	9	31	1.75
13966999--13967032	16	2.1	16	94	0	59	17	0	8	73	1.08
13967242--13967283	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
13968937--13968966	5	5.8	5	92	7	51	40	0	0	60	0.97
13971120--13971164	3	15.0	3	95	0	81	35	0	0	64	0.94
13976699--13976745	21	2.2	21	85	7	60	23	23	17	36	1.95
13979232--13979280	21	2.3	21	85	0	71	30	32	8	28	1.86
13980930--13980961	16	2.0	16	93	0	55	28	0	18	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13980933--13980970	20	1.9	20	94	0	67	28	0	21	50	1.49
13983503--13983599	45	2.2	45	83	3	115	18	16	41	23	1.90
13988668--13988696	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
13989904--13989956	26	2.0	26	100	0	106	32	22	15	30	1.94
13993765--13993807	6	7.2	6	97	0	77	32	34	2	30	1.71
13994981--13995040	23	2.6	23	79	12	61	35	0	3	61	1.12
13998262--13998458	98	2.0	98	95	0	358	38	24	9	28	1.86
13998886--13999101	107	2.0	108	96	1	398	50	7	6	35	1.56
13999118--13999177	28	2.1	29	81	6	70	56	5	5	33	1.42
14000575--14001095	132	3.9	132	93	0	853	24	24	20	30	1.99
14000779--14000963	44	4.2	44	64	13	110	24	23	21	30	1.99
14017500--14017532	16	2.1	16	94	0	57	45	0	6	48	1.27
14021978--14022004	13	2.1	13	100	0	54	40	29	7	22	1.81
14024952--14025202	41	6.1	41	92	0	421	29	19	27	23	1.98
14024952--14025196	82	3.0	82	100	0	490	28	19	28	23	1.98
14025385--14025482	31	2.9	34	79	11	112	29	8	27	34	1.86
14025385--14025502	37	3.5	36	80	12	126	29	9	27	33	1.88
14033043--14033166	63	2.0	63	91	0	203	22	23	28	25	1.99
14035457--14035533	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
14035473--14035512	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
14035461--14035527	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
14037619--14037738	61	2.0	61	81	5	143	40	15	5	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14038539--14038570	14	2.4	14	94	5	57	84	0	0	15	0.63
14041532--14041571	21	1.9	21	84	0	53	45	12	10	32	1.75
14043302--14043376	37	2.0	37	100	0	150	26	18	22	32	1.97
14045275--14045311	18	2.1	18	90	5	58	59	0	0	40	0.97
14065116--14065163	25	1.9	25	91	0	78	45	16	14	22	1.84
14067914--14067962	20	2.6	18	78	12	53	10	2	10	77	1.07
14070008--14070040	15	2.1	16	88	5	50	9	6	21	63	1.45
14075526--14075602	35	2.3	34	82	8	97	51	5	6	36	1.50
14078790--14078830	15	2.8	15	85	3	57	60	0	0	39	0.96
14079663--14079709	24	1.9	25	86	4	69	48	2	23	25	1.62
14085107--14085137	6	5.2	6	96	0	53	12	19	0	67	1.22
14105538--14105567	14	2.1	14	93	0	51	46	6	10	36	1.64
14105824--14106007	86	2.1	88	87	4	275	52	15	7	23	1.68
14106104--14106551	159	2.8	157	81	4	499	34	13	16	35	1.87
14115432--14115536	25	4.2	25	77	9	99	31	19	27	21	1.97
14115432--14115527	50	1.9	51	82	6	124	31	19	26	22	1.98
14115561--14115640	25	3.1	25	79	10	90	33	21	22	22	1.97
14118103--14118141	13	3.2	13	82	10	55	76	12	7	2	1.09
14118228--14118479	131	1.9	131	93	0	432	41	25	10	22	1.86
14118759--14118805	18	2.5	19	86	13	71	31	2	0	65	1.04
14120328--14120403	25	3.0	26	88	3	111	39	9	17	34	1.81
14120328--14120390	26	2.5	25	92	2	108	38	11	15	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14121371--14121470	35	2.8	36	87	3	148	29	30	17	24	1.97
14121369--14121478	37	3.0	37	86	5	170	28	30	19	22	1.98
14121806--14121852	22	2.3	20	82	13	60	65	0	2	31	1.04
14121808--14121854	21	2.2	22	88	3	69	70	0	2	27	0.99
14125677--14125714	13	2.8	14	80	19	53	65	5	5	23	1.34
14126404--14126447	16	2.8	16	86	13	56	0	20	4	75	0.98
14126404--14126446	15	2.8	15	85	3	59	0	20	2	76	0.89
14131104--14131141	13	2.8	14	80	19	53	65	5	5	23	1.34
14131730--14131764	17	2.1	17	88	0	52	54	0	8	37	1.31
14132221--14132267	23	2.0	24	87	4	69	38	17	6	38	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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