genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   

This is table  65  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19016372--19016751	80	4.8	79	80	6	315	25	27	21	25	1.99
19016570--19016751	40	4.6	39	79	9	190	25	26	21	25	1.99
19016432--19016673	120	2.0	119	80	7	267	26	27	20	25	1.99
19016576--19016753	79	2.2	80	81	11	206	25	26	21	25	2.00
19018608--19018686	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
19018805--19019120	47	6.7	47	92	1	492	28	31	8	31	1.87
19020709--19021009	56	5.8	55	81	17	412	23	22	7	46	1.78
19020758--19021016	44	5.3	44	79	20	302	23	22	8	46	1.78
19020709--19021016	100	3.1	100	99	0	598	23	22	8	46	1.78
19022945--19022995	27	1.9	26	92	4	84	15	21	31	31	1.95
19023007--19023187	42	4.5	42	78	13	200	22	17	25	34	1.96
19023049--19023224	77	2.3	75	88	1	253	22	18	25	32	1.97
19026216--19026342	31	4.3	29	69	21	86	37	2	18	40	1.64
19034523--19034662	50	2.8	51	76	6	149	22	27	22	27	1.99
19040926--19040979	16	3.4	16	94	0	90	33	0	35	31	1.58
19041213--19041247	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
19041191--19041718	120	4.4	120	94	2	884	51	3	0	43	1.26
19041333--19041366	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
19041542--19041699	26	6.5	26	65	22	83	53	2	0	43	1.19
19041449--19041602	18	8.9	18	66	18	76	54	2	0	42	1.19
19044480--19044757	122	2.3	124	84	4	366	28	15	24	31	1.95
19047171--19047576	33	13.1	32	75	15	338	28	0	21	49	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19047171--19047593	94	4.7	94	85	9	497	28	0	22	49	1.52
19047329--19047500	29	6.0	26	71	20	89	26	0	25	48	1.52
19047437--19047492	23	2.4	23	96	0	103	25	0	26	48	1.52
19047264--19047595	117	2.8	117	92	5	513	28	0	22	49	1.53
19047553--19047620	23	2.9	24	80	8	86	27	1	26	44	1.63
19047808--19047852	21	2.1	21	87	0	63	6	22	33	37	1.80
19049879--19049936	29	2.0	30	89	3	91	62	3	0	34	1.12
19049978--19050019	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
19049991--19050049	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
19049969--19050071	52	2.0	51	85	9	138	34	0	33	32	1.58
19050021--19050087	22	3.0	22	84	8	82	40	1	29	28	1.66
19050021--19050089	23	3.1	21	83	10	84	39	1	28	30	1.66
19050827--19050915	20	4.5	19	72	10	81	35	5	6	51	1.52
19055210--19055243	15	2.2	16	90	10	54	35	0	2	61	1.11
19056095--19056139	2	23.0	2	95	4	83	48	0	51	0	1.00
19056305--19056337	15	2.2	16	89	10	52	78	6	0	15	0.93
19058430--19058466	18	2.0	20	89	10	60	40	0	2	56	1.13
19061715--19061889	91	1.9	91	82	2	217	30	20	16	32	1.94
19063484--19063536	28	1.9	28	84	3	72	11	15	22	50	1.75
19077838--19077889	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
19077706--19078057	102	3.5	102	93	3	570	30	29	20	19	1.97
19077944--19077991	25	1.9	25	95	0	87	31	35	20	12	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19078394--19078458	29	2.2	30	79	15	82	29	27	6	36	1.81
19082277--19082607	100	3.3	102	93	4	555	29	29	20	20	1.97
19082511--19082562	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
19082588--19082640	25	2.1	25	100	0	106	39	39	7	13	1.73
19082277--19082663	203	1.9	196	84	10	503	31	30	19	18	1.96
19082987--19083051	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
19082994--19083051	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
19094624--19094661	8	4.8	8	100	0	76	47	0	0	52	1.00
19096923--19096959	18	2.1	18	94	0	65	32	10	13	43	1.79
19099421--19099488	25	2.6	26	86	9	86	20	26	23	29	1.99
19107137--19107327	79	2.4	78	92	2	321	51	9	17	21	1.73
19109108--19109145	12	2.9	13	85	11	51	73	23	0	2	0.95
19119412--19119460	25	2.0	24	84	4	62	20	22	24	32	1.98
19121974--19122013	21	2.0	20	90	5	62	50	5	17	27	1.67
19124018--19124185	46	3.7	46	85	4	205	17	20	16	45	1.85
19124018--19124228	91	2.3	90	79	6	210	18	21	16	44	1.87
19139352--19139395	17	2.5	18	88	3	63	61	15	4	18	1.50
19140037--19140129	23	4.0	23	77	13	93	52	1	9	36	1.41
19141272--19141315	17	2.4	19	81	14	56	22	2	15	59	1.48
19153160--19153202	17	2.4	18	88	3	61	60	16	4	18	1.52
19153842--19153935	23	4.0	24	71	15	72	54	2	9	34	1.45
19153869--19153961	46	2.0	48	83	12	122	55	2	6	35	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19153873--19153976	24	4.4	23	71	18	79	56	1	5	35	1.34
19155028--19155063	17	2.1	17	89	0	54	13	8	30	47	1.73
19156338--19156364	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
19162914--19163015	50	2.0	50	94	0	177	26	18	18	36	1.94
19168647--19169155	47	10.9	47	92	2	803	31	8	30	29	1.87
19169274--19169351	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
19171630--19171812	40	4.6	40	84	2	208	24	23	26	25	2.00
19175152--19175664	47	10.9	47	92	0	794	31	8	30	28	1.88
19175349--19175423	23	3.2	23	62	23	57	32	5	32	30	1.80
19175783--19175861	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
19180262--19180305	22	2.0	23	81	4	54	31	0	13	54	1.39
19191697--19191779	40	2.1	40	93	0	139	45	16	21	15	1.85
19192052--19192104	27	2.0	27	92	7	90	22	9	33	33	1.86
19200605--19201009	47	8.6	47	95	1	684	28	29	8	33	1.86
19200655--19200733	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
19203557--19203634	15	5.2	15	64	11	52	46	7	20	25	1.77
19203553--19203634	30	2.7	30	96	0	146	47	7	20	24	1.75
19208203--19208322	30	4.0	29	92	4	186	45	6	22	25	1.77
19211464--19211580	61	1.9	61	87	0	171	35	19	19	25	1.96
19224811--19224852	22	1.9	22	95	0	75	26	26	4	42	1.75
19226166--19226571	137	3.0	137	98	0	767	32	6	15	45	1.73
19242619--19242842	40	5.6	40	85	6	251	23	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19242619--19242839	120	1.8	120	83	9	299	23	21	27	27	1.99
19242687--19242889	40	5.1	39	86	5	151	25	20	27	26	1.99
19257724--19257946	40	5.7	40	84	7	244	26	21	26	25	2.00
19257724--19257946	79	2.8	79	79	12	251	26	21	26	25	2.00
19257815--19257979	79	2.1	79	81	8	185	26	20	27	25	1.99
19260037--19260104	24	2.8	23	77	16	75	10	19	1	69	1.25
19267629--19267680	20	2.6	20	81	0	59	48	7	7	36	1.61
19273012--19273064	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
19273048--19273089	18	2.4	18	76	4	50	11	26	0	61	1.30
19273075--19273108	12	3.1	11	88	12	52	2	23	0	73	0.97
19286138--19286222	38	2.3	38	82	10	95	20	28	5	45	1.74
19296004--19296042	15	2.6	15	87	0	51	15	23	35	25	1.94
19299009--19299033	13	1.9	13	100	0	50	12	0	56	32	1.36
19310217--19310259	22	2.0	22	86	9	61	16	6	25	51	1.69
19319602--19319639	19	2.0	19	100	0	76	42	5	26	26	1.76
19328108--19328152	21	2.1	21	100	0	90	37	4	20	37	1.73
19341407--19341517	40	2.8	40	88	0	159	23	29	14	32	1.94
19341407--19341531	40	3.1	40	83	2	135	24	28	14	33	1.94
19345315--19345422	27	4.1	26	89	3	153	16	30	22	30	1.96
19348438--19348570	51	2.6	51	89	1	196	31	27	17	23	1.97
19348572--19348695	62	2.0	62	100	0	248	20	16	30	32	1.95
19348634--19348758	51	2.5	51	84	2	144	24	16	27	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19348963--19349035	37	1.9	38	83	2	94	41	4	23	31	1.73
19359067--19359259	51	3.8	49	78	4	197	24	19	26	29	1.98
19359455--19359528	38	1.9	38	86	5	105	43	1	24	31	1.63
19363739--19363806	18	3.5	18	67	18	55	35	5	2	55	1.39
19363734--19363816	41	2.0	41	100	0	166	39	7	2	50	1.43
19365936--19365972	12	3.0	12	88	4	56	10	0	10	78	0.97
19370279--19370309	16	1.9	16	93	0	53	48	6	9	35	1.62
19372475--19372544	33	2.1	33	89	0	104	37	11	20	31	1.88
19374110--19374265	68	2.3	68	95	1	276	29	13	30	26	1.94
19375314--19375365	12	4.4	12	78	2	52	7	19	1	71	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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