genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  33  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8749231--8749350	43	2.8	42	81	7	125	22	19	26	31	1.97
8750349--8750471	50	2.5	50	83	2	149	34	24	17	22	1.96
8750349--8750472	25	5.0	25	79	3	133	34	25	17	22	1.96
8751354--8751406	3	17.7	3	100	0	106	66	0	33	0	0.92
8753880--8753934	23	2.3	26	76	23	66	47	16	3	32	1.64
8762838--8762898	32	1.9	32	96	0	113	29	9	21	39	1.85
8768405--8768466	3	21.3	3	75	18	60	0	33	0	66	0.92
8768402--8768463	21	2.8	23	78	16	76	0	33	0	66	0.92
8768405--8768466	23	2.8	23	90	4	92	0	33	0	66	0.92
8769219--8769259	14	2.9	14	82	13	57	65	0	0	34	0.93
8772149--8772262	57	2.0	57	86	3	158	26	22	15	35	1.94
8778247--8778297	23	2.2	23	82	6	59	56	7	3	31	1.46
8786052--8786092	18	2.3	18	83	8	57	39	14	36	9	1.79
8786856--8786888	7	4.7	7	92	0	57	60	39	0	0	0.97
8786863--8786909	14	3.4	14	82	5	51	59	34	0	6	1.23
8786855--8786902	21	2.3	21	85	0	69	58	35	0	6	1.23
8786890--8786975	27	3.1	27	79	12	104	48	30	0	20	1.50
8786924--8786965	14	3.0	14	85	0	57	47	26	0	26	1.52
8787021--8787074	14	4.0	13	78	7	63	44	38	1	14	1.56
8787023--8787079	27	2.1	27	83	6	71	47	36	1	14	1.54
8787265--8787343	40	2.0	40	82	0	95	27	24	16	31	1.96
8787191--8787679	153	3.2	152	82	2	539	29	21	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8787429--8787527	40	2.5	40	83	0	126	25	23	22	29	1.99
8787624--8787719	40	2.4	40	91	0	156	23	22	26	27	2.00
8787461--8787893	195	2.2	192	80	4	460	25	20	20	32	1.97
8791991--8792557	126	4.5	125	85	2	733	30	16	23	30	1.96
8791991--8792557	251	2.3	250	86	2	789	30	16	23	30	1.96
8795732--8797030	21	61.1	21	74	15	799	24	0	30	44	1.59
8795761--8795850	38	2.5	37	81	5	112	23	1	32	43	1.61
8795799--8797039	43	29.0	43	76	10	890	24	0	30	44	1.58
8795954--8796008	8	7.1	8	77	8	60	14	0	30	54	1.41
8795954--8796008	15	3.6	16	79	13	62	14	0	30	54	1.41
8795954--8796024	15	4.7	15	78	13	58	16	0	28	54	1.42
8795984--8796022	14	2.7	14	84	4	51	15	0	28	56	1.40
8796407--8796476	37	1.9	36	94	2	122	21	1	32	44	1.61
8796873--8796931	28	2.1	27	84	3	73	27	0	30	42	1.56
8796884--8796943	28	2.1	28	87	0	84	20	0	38	41	1.52
8797576--8797618	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
8798235--8798260	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
8798429--8798466	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
8799403--8799500	51	1.9	51	83	8	128	45	3	23	27	1.67
8799462--8799538	11	6.9	11	69	24	54	44	1	28	25	1.62
8799462--8799536	22	3.4	22	77	22	77	44	1	28	26	1.63
8799462--8799537	34	2.3	34	79	6	84	43	1	28	26	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8818491--8818625	49	2.8	49	96	1	245	44	22	13	19	1.85
8818876--8818939	22	3.1	22	63	28	59	46	10	9	32	1.71
8818859--8818939	39	2.1	39	97	0	153	46	11	9	32	1.72
8824004--8824067	17	3.5	17	69	19	56	46	14	9	29	1.75
8824005--8824083	39	2.0	39	100	0	158	46	15	10	27	1.77
8825316--8825341	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
8828452--8828528	3	26.3	3	81	5	86	66	0	32	1	1.00
8829187--8829224	20	1.9	20	88	0	58	34	26	13	26	1.93
8835494--8835539	22	2.2	21	85	11	60	43	2	0	54	1.12
8838836--8838926	44	2.1	44	97	0	173	32	8	16	41	1.79
8841994--8842023	12	2.5	12	94	0	51	63	6	30	0	1.20
8842576--8842646	22	3.2	22	63	21	58	42	12	7	38	1.70
8842558--8842651	44	2.1	44	100	0	188	37	13	6	42	1.70
8842558--8842668	44	2.5	44	89	2	125	40	13	5	40	1.67
8842866--8842909	19	2.3	19	80	0	52	43	6	2	47	1.42
8843157--8843199	13	3.3	13	86	0	68	39	25	11	23	1.88
8845386--8845432	9	5.2	9	82	14	53	57	2	0	40	1.11
8856075--8856125	20	2.7	19	88	8	77	37	0	5	56	1.23
8856066--8856126	19	3.2	20	80	11	76	36	0	6	57	1.25
8856244--8856279	18	2.1	18	89	5	56	33	25	19	22	1.97
8858383--8858417	18	1.9	18	88	0	52	54	5	5	34	1.48
8858624--8858681	24	2.3	25	85	5	73	63	5	0	31	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8858624--8858687	26	2.6	24	85	5	74	60	4	1	32	1.26
8858640--8858681	20	2.1	20	86	0	57	61	4	0	33	1.17
8858652--8858735	38	2.2	37	81	12	100	53	2	8	35	1.44
8859426--8859464	21	1.9	21	89	5	62	74	0	17	7	1.05
8859779--8859815	16	2.3	16	90	0	56	2	5	13	78	1.03
8860241--8860273	10	3.0	11	86	13	50	45	0	0	54	0.99
8870088--8870130	21	2.0	21	83	16	54	62	9	2	25	1.37
8871649--8872155	44	11.7	44	71	15	243	28	22	19	29	1.98
8871698--8871933	128	1.8	129	81	6	300	27	22	20	28	1.99
8871649--8872170	217	2.4	217	90	0	812	27	22	19	30	1.98
8881102--8881179	39	2.0	39	97	0	147	23	26	7	42	1.81
8884273--8884314	21	2.0	22	85	4	59	66	7	0	26	1.17
8892530--8892589	30	2.0	31	86	3	86	43	0	36	20	1.52
8893898--8893934	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
8905988--8906026	17	2.3	18	82	13	55	30	7	0	61	1.24
8907097--8907122	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
8907191--8907362	73	2.4	72	84	2	211	26	21	25	26	1.99
8907262--8907543	114	2.5	113	93	1	476	26	21	27	24	1.99
8907835--8908064	43	5.3	43	83	0	262	24	17	29	29	1.97
8908158--8908200	22	2.0	22	85	0	59	46	25	13	13	1.81
8912308--8912377	16	4.4	16	90	0	113	37	1	34	27	1.66
8912591--8912632	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8912600--8912641	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
8912626--8912813	61	3.1	61	70	14	190	48	6	2	42	1.40
8912710--8912761	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
8912594--8912886	120	2.4	121	94	1	509	50	4	2	42	1.38
8912877--8913113	95	2.5	93	78	14	256	47	4	2	44	1.38
8912902--8913113	92	2.3	92	86	5	284	46	4	3	45	1.40
8918978--8919157	87	2.1	87	97	0	342	22	30	15	31	1.94
8922548--8922625	39	2.0	39	100	0	156	38	17	7	35	1.79
8934673--8934776	54	1.9	54	96	0	190	25	23	16	35	1.95
8936135--8936512	189	2.0	189	98	0	738	26	19	13	40	1.89
8943713--8943769	30	1.9	29	85	3	78	29	36	19	14	1.91
8947028--8947110	26	3.3	26	83	5	82	37	22	21	18	1.94
8947049--8947124	26	2.9	26	86	3	100	36	22	23	17	1.94
8958015--8958137	65	1.9	65	100	0	246	32	31	13	21	1.93
8975929--8976072	43	3.4	43	81	5	166	30	15	23	29	1.96
8979518--8979553	16	2.2	16	95	0	63	38	2	5	52	1.39
8989632--8989760	41	3.1	41	90	0	222	23	28	17	30	1.97
8989976--8990012	19	1.9	19	94	0	65	45	18	0	35	1.50
8997235--8997363	41	3.1	41	92	0	222	24	27	17	29	1.98
8997579--8997615	19	1.9	19	94	0	65	45	18	0	35	1.50
9003825--9003983	34	4.6	34	71	5	113	20	25	23	29	1.99
9003825--9003977	69	2.2	69	83	4	202	20	25	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9008035--9008260	70	3.2	69	82	3	247	34	22	22	20	1.97
9009742--9009928	70	2.7	68	84	5	223	34	20	20	24	1.96
9009874--9010010	70	2.0	70	82	2	168	40	21	15	21	1.90
9010686--9010833	58	2.6	59	82	6	171	29	12	12	45	1.79
9013871--9014122	45	5.6	45	91	2	400	32	15	23	28	1.95
9013871--9014122	91	2.8	90	91	2	400	32	15	23	28	1.95
9018244--9018289	21	2.2	21	96	0	83	52	10	10	26	1.69
9021900--9021942	19	2.3	19	100	0	86	37	9	16	37	1.81
9021901--9021961	19	3.1	19	82	13	70	39	8	14	37	1.76
9022182--9022226	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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