genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   

This is table  64  of  173  ( 20651 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18470517--18470585	11	6.1	11	76	17	52	40	0	36	23	1.55
18485716--18485770	28	2.0	28	92	0	92	32	23	20	23	1.98
18486124--18486459	27	12.3	26	81	7	251	20	16	20	41	1.90
18486124--18486446	54	5.9	53	80	9	303	21	16	20	42	1.89
18486124--18486446	81	3.9	80	83	7	303	21	16	20	42	1.89
18486196--18486446	27	9.3	27	84	2	272	21	15	19	42	1.89
18489565--18490307	27	27.2	27	80	7	686	39	17	17	24	1.91
18490503--18490584	26	3.2	26	80	0	83	18	21	21	37	1.94
18490503--18490605	26	4.0	26	74	5	82	17	21	22	38	1.93
18490710--18490788	30	2.6	30	91	0	131	20	25	24	30	1.98
18498807--18498855	20	2.5	20	78	15	57	14	24	6	55	1.62
18506529--18506567	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
18506772--18507011	50	4.7	50	75	7	171	26	28	18	27	1.98
18513135--18513397	40	6.6	40	92	0	427	26	20	28	23	1.99
18513135--18513401	80	3.3	80	96	0	480	26	20	28	23	1.99
18521584--18521766	40	4.6	40	93	0	303	26	22	28	21	1.99
18532356--18532848	27	18.3	27	80	4	478	42	19	18	18	1.89
18532356--18532848	81	6.1	81	84	2	575	42	19	18	18	1.89
18534384--18534413	13	2.3	13	100	0	60	26	0	23	50	1.50
18539108--18539284	50	3.4	50	80	7	185	24	26	20	28	1.99
18539602--18539636	17	2.1	17	94	0	61	45	14	8	31	1.75
18545837--18545970	50	2.7	50	86	0	160	21	32	21	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18561858--18562401	27	20.3	27	79	7	319	38	20	18	22	1.93
18561858--18562401	54	10.1	54	81	6	405	38	20	18	22	1.93
18562400--18562568	32	5.3	32	75	9	132	20	20	23	36	1.95
18562585--18562626	22	1.9	22	85	0	57	19	19	16	45	1.86
18567581--18567759	40	4.5	40	77	2	153	22	28	17	31	1.97
18567595--18567759	80	2.1	79	82	4	197	21	29	16	32	1.96
18572130--18572229	50	2.0	50	82	0	119	30	20	14	36	1.91
18589818--18589936	40	3.0	40	79	0	139	17	29	15	37	1.90
18600199--18600402	41	5.0	41	78	0	201	26	28	12	31	1.93
18600317--18600385	21	3.3	21	70	11	70	23	33	14	28	1.94
18606330--18606367	5	7.8	5	94	2	60	0	2	13	84	0.73
18609191--18609224	16	2.2	15	89	5	50	50	2	0	47	1.16
18625966--18626043	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
18625996--18626322	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
18633476--18633660	40	4.7	40	82	6	189	27	27	21	24	1.99
18633476--18633660	79	2.3	80	80	9	191	27	27	21	24	1.99
18641554--18641738	79	2.3	81	84	5	234	25	27	22	24	2.00
18641535--18641738	40	5.1	40	82	5	236	25	27	22	25	2.00
18657428--18657620	43	4.5	43	89	1	289	25	33	16	25	1.96
18657428--18657615	85	2.2	86	91	0	297	25	32	15	25	1.96
18661133--18661276	67	2.1	67	93	0	243	37	8	12	41	1.73
18662580--18662621	21	2.0	21	90	0	66	28	47	0	23	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18662588--18662634	21	2.2	21	84	0	58	34	40	0	25	1.56
18662654--18662686	14	2.3	15	94	5	59	36	36	0	27	1.57
18663110--18663387	41	6.8	41	81	0	259	29	26	21	22	1.99
18663130--18663387	123	2.1	124	81	5	290	30	27	20	21	1.98
18667687--18667795	54	2.0	54	98	0	209	30	28	11	29	1.92
18686745--18686875	51	2.6	49	80	9	138	28	16	22	32	1.96
18686692--18686875	101	1.8	102	85	3	264	28	16	22	32	1.96
18687101--18687132	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
18710527--18710778	27	9.3	27	85	5	253	44	16	19	19	1.87
18710953--18711024	26	2.8	26	89	0	99	15	12	25	47	1.80
18710927--18711048	26	4.7	26	80	3	77	16	16	22	44	1.86
18718149--18718426	27	10.3	27	81	3	290	42	20	18	17	1.89
18718149--18718428	81	3.5	81	82	1	337	42	20	18	17	1.89
18718619--18718667	26	1.9	25	83	4	62	18	16	18	46	1.84
18721844--18721909	10	6.7	9	74	17	51	24	18	33	24	1.97
18721822--18721910	20	4.4	20	84	5	108	25	15	32	25	1.96
18729362--18729545	40	4.6	40	80	10	207	25	27	22	24	2.00
18729329--18729546	79	2.8	81	80	11	238	25	27	21	25	1.99
18736918--18737101	40	4.6	40	80	10	207	25	27	22	24	2.00
18736886--18737102	79	2.7	82	80	10	238	25	27	21	25	1.99
18754309--18755060	88	8.6	87	82	5	735	23	24	24	28	2.00
18754308--18755060	176	4.3	175	82	6	844	23	24	24	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18754309--18755060	263	2.9	261	81	5	841	23	24	24	28	2.00
18756243--18756270	13	2.2	13	100	0	56	14	14	0	71	1.15
18757131--18757187	6	9.5	6	79	12	55	7	15	0	77	0.98
18757133--18757176	22	2.0	22	82	8	54	4	18	0	77	0.94
18763685--18763729	14	3.1	14	84	15	65	17	0	4	77	0.92
18763690--18763720	10	3.1	10	95	0	53	16	0	3	80	0.83
18785769--18785952	40	4.7	40	81	7	198	24	21	26	27	1.99
18785769--18785942	79	2.2	80	80	8	194	24	22	27	26	2.00
18785822--18785985	79	2.1	78	79	7	172	26	20	26	27	1.99
18791859--18792083	40	5.7	40	83	5	242	26	28	21	24	1.99
18795948--18796048	48	2.1	48	85	3	132	42	24	15	16	1.88
18802110--18802190	41	2.0	41	85	4	110	50	6	18	24	1.69
18807211--18807255	22	2.0	23	82	8	56	40	22	4	33	1.74
18808375--18808429	17	3.2	17	76	19	69	36	16	7	40	1.76
18811415--18811441	8	3.4	8	100	0	54	22	0	14	62	1.31
18826346--18826595	29	8.6	29	75	3	126	25	26	12	36	1.91
18826409--18826652	29	8.4	29	78	2	134	25	26	11	37	1.90
18826391--18826630	58	4.1	58	72	5	180	25	25	12	36	1.92
18826384--18826630	116	2.1	116	80	3	273	24	25	12	37	1.91
18826409--18826652	87	2.8	85	69	17	203	25	26	11	37	1.90
18834241--18834279	18	2.1	19	86	13	55	35	0	17	46	1.49
18834505--18834586	23	3.6	23	88	0	110	23	21	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18834597--18834630	16	2.1	17	88	5	52	38	5	17	38	1.74
18835461--18835893	219	2.0	220	89	2	665	25	12	19	42	1.87
18841319--18841352	15	2.3	15	90	10	52	17	26	5	50	1.69
18843709--18843893	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
18843710--18843893	40	4.6	40	82	9	207	24	22	27	25	2.00
18843710--18843926	79	2.7	79	80	7	192	25	21	27	24	1.99
18845858--18846286	220	1.9	221	89	2	666	25	12	19	41	1.87
18853184--18853212	14	2.0	15	93	6	51	6	6	34	51	1.55
18860857--18860956	48	2.1	49	88	1	148	49	11	7	33	1.65
18863287--18863367	42	1.9	42	82	5	101	24	33	18	23	1.97
18863267--18863367	21	4.8	21	71	4	78	25	31	17	24	1.97
18864380--18864416	16	2.3	16	86	13	58	40	0	2	56	1.13
18864905--18864934	15	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
18901293--18901365	24	3.3	24	67	21	77	8	28	17	45	1.77
18901278--18901366	42	2.1	42	97	0	169	6	28	16	48	1.72
18963812--18963856	13	3.5	13	93	0	72	77	8	2	11	1.07
18963916--18963944	14	2.1	14	100	0	58	58	6	13	20	1.58
18972722--18972794	24	3.3	24	67	21	77	8	28	17	45	1.77
18972707--18972795	42	2.1	42	100	0	178	6	28	17	47	1.73
18979086--18979342	50	5.2	50	83	1	277	21	30	21	26	1.98
18980393--18980433	21	1.9	22	85	5	57	46	12	2	39	1.54
18982544--18982777	43	5.4	44	75	12	223	29	12	15	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18982608--18982774	92	1.9	90	81	10	209	29	10	16	42	1.82
18994703--18994738	17	2.1	17	100	0	72	27	38	27	5	1.79
18997589--18997613	12	2.1	12	100	0	50	24	16	24	36	1.94
19001492--19001668	46	3.8	46	87	2	266	28	25	10	36	1.88
19002365--19002418	17	3.0	18	76	15	58	44	20	0	35	1.52
19008440--19008506	35	1.9	36	85	11	95	37	20	8	32	1.84
19014877--19015175	56	5.8	55	80	19	394	23	22	8	46	1.78
19014926--19015182	44	5.3	44	78	21	284	23	22	8	45	1.79
19014877--19015182	100	3.1	100	97	1	580	23	22	8	45	1.79
19016372--19016627	40	6.4	40	86	1	318	25	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173