genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25851233--25851276	22	2.0	22	86	0	61	38	27	2	31	1.69
25853217--25853249	16	2.0	17	88	5	50	48	12	9	30	1.71
25861271--25861418	49	3.0	49	82	2	143	20	29	24	26	1.99
25861312--25861418	49	2.2	50	91	1	171	17	32	24	25	1.97
25861393--25861442	24	2.1	24	100	0	100	16	38	20	26	1.92
25871076--25871131	23	2.3	25	82	17	82	44	8	25	21	1.81
25871090--25871135	23	2.0	23	100	0	92	39	8	26	26	1.85
25873354--25873445	38	2.4	39	85	5	116	35	8	9	45	1.68
25876024--25876132	53	2.1	53	84	3	141	7	23	10	58	1.55
25876041--25876147	53	2.0	54	96	1	198	5	19	14	59	1.55
25879796--25879829	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
25879712--25880200	117	4.3	117	93	3	802	42	1	3	51	1.30
25879913--25879946	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
25879913--25879960	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
25880030--25880063	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
25880147--25880180	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
25880147--25880194	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
25880328--25880432	44	2.5	41	78	18	133	36	30	3	29	1.75
25880344--25880434	46	2.0	46	93	4	159	38	30	4	26	1.76
25880414--25880482	16	4.3	16	94	0	120	21	33	5	39	1.77
25880742--25880784	15	2.9	15	100	0	86	62	0	11	25	1.29
25896968--25897015	24	2.0	25	91	4	80	60	10	12	16	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25897041--25897071	16	1.9	16	93	0	53	29	3	9	58	1.46
25910023--25910081	30	2.0	30	96	0	109	40	13	10	35	1.78
25910896--25910932	19	1.9	19	88	0	56	67	2	27	2	1.17
25912592--25912632	19	2.1	20	82	13	50	26	36	0	36	1.57
25915229--25915302	27	2.8	26	82	13	87	36	22	18	21	1.95
25915716--25915781	28	2.4	27	84	2	78	24	21	22	31	1.98
25932109--25932364	43	5.8	43	73	13	166	29	28	16	25	1.97
25932128--25932230	51	2.0	51	90	3	163	26	30	18	25	1.98
25932266--25932397	42	3.2	42	76	10	153	31	21	15	32	1.94
25932201--25932397	83	2.3	85	82	6	249	33	24	14	27	1.94
25932368--25932424	27	2.1	27	83	6	71	42	19	8	29	1.81
25936788--25937122	148	2.3	149	88	3	505	33	13	14	39	1.85
25937993--25938154	82	2.0	82	86	2	227	48	22	0	28	1.56
25938223--25938255	15	2.3	15	89	5	50	36	30	0	33	1.58
25938308--25938349	21	2.0	20	90	4	66	47	19	0	33	1.49
25938661--25938746	41	2.1	41	93	0	145	25	31	25	17	1.97
25938694--25938844	81	1.9	81	85	2	214	31	29	19	19	1.96
25938674--25938844	41	4.2	41	81	5	195	32	30	18	17	1.94
25960808--25960862	28	1.9	29	82	10	69	36	14	10	38	1.81
25967919--25968016	49	2.0	51	89	4	155	24	12	28	34	1.91
25976224--25976254	16	1.9	16	100	0	62	54	25	12	6	1.62
25991351--25991397	21	2.2	22	88	3	69	42	6	31	19	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25991351--25991404	21	2.7	20	83	11	65	40	5	33	20	1.76
26000738--26000909	46	3.7	46	77	13	190	30	29	19	20	1.97
26000742--26000913	93	1.8	93	92	0	290	29	29	19	20	1.97
26008328--26008496	46	3.6	45	76	12	162	30	28	20	20	1.98
26008371--26008515	46	3.1	44	72	16	116	30	28	18	22	1.97
26024403--26024770	189	1.9	189	91	1	594	32	14	25	27	1.94
26027633--26027753	61	2.0	61	85	6	165	38	7	14	39	1.74
26028636--26028681	17	2.9	17	81	15	55	63	0	0	36	0.95
26028636--26028697	29	2.1	30	84	3	81	59	0	4	35	1.19
26037888--26037922	17	2.1	16	94	5	61	40	20	5	34	1.76
26042374--26042465	10	9.3	9	74	16	60	34	2	1	61	1.15
26042416--26042469	20	2.5	22	79	11	67	31	1	0	66	1.02
26043665--26043725	25	2.6	23	73	23	63	49	0	13	37	1.42
26066369--26066406	18	2.1	18	90	9	60	39	10	7	42	1.69
26093942--26093980	5	7.6	5	82	5	51	74	2	23	0	0.94
26100188--26100263	24	3.1	24	76	14	66	34	13	9	43	1.75
26105709--26105768	26	2.3	26	82	0	75	35	30	15	20	1.93
26109102--26109147	6	7.8	6	76	13	51	80	0	0	19	0.71
26111210--26111234	12	2.1	12	100	0	50	24	0	16	60	1.36
26122704--26122751	12	3.9	12	81	5	51	18	4	6	70	1.25
26128001--26128071	37	1.9	37	83	11	92	54	2	2	39	1.29
26128489--26128519	9	3.3	9	95	4	53	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26134036--26134089	24	2.3	23	81	15	58	59	5	0	35	1.21
26134668--26134719	26	2.1	23	82	10	59	7	15	5	71	1.29
26136091--26136137	24	2.0	24	100	0	94	40	8	25	25	1.84
26136291--26136333	22	2.0	22	85	0	59	53	9	0	37	1.33
26139048--26139082	17	1.9	19	88	11	56	20	22	0	57	1.41
26142713--26142872	20	7.8	20	71	12	101	35	7	12	45	1.70
26146468--26146513	23	2.0	23	86	0	65	41	6	17	34	1.75
26157571--26157745	45	3.9	45	87	1	255	32	22	16	28	1.96
26161738--26161828	32	3.0	32	84	10	102	64	0	1	34	1.01
26161776--26161836	28	2.1	29	93	3	106	72	0	0	27	0.85
26161776--26161846	28	2.5	28	88	4	90	69	0	2	28	1.03
26161776--26161847	29	2.5	28	88	2	81	69	0	2	27	1.02
26161751--26161868	41	3.0	38	86	6	137	66	0	2	30	1.04
26161738--26161872	69	1.9	70	88	5	202	65	0	2	32	1.05
26175497--26175533	18	2.1	18	100	0	74	43	27	0	29	1.55
26189118--26189210	28	3.4	27	83	11	102	43	9	3	44	1.53
26189129--26189240	14	7.7	15	71	16	85	44	9	2	42	1.51
26189129--26189245	57	2.0	58	83	1	146	44	10	2	42	1.52
26189129--26189245	29	4.1	29	86	2	146	44	10	2	42	1.52
26197634--26197710	25	3.2	25	83	8	88	25	24	24	24	2.00
26197652--26197733	23	3.4	23	84	5	83	30	23	25	20	1.99
26197675--26197743	23	3.0	22	81	12	77	34	21	24	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26200955--26200988	5	6.8	5	100	0	68	61	0	0	38	0.96
26204385--26204419	18	1.9	18	88	0	52	25	14	28	31	1.95
26205143--26205222	34	2.4	34	91	2	126	23	23	15	37	1.93
26206818--26206846	14	2.1	14	100	0	58	20	6	13	58	1.58
26222660--26222781	25	4.9	25	85	2	165	29	22	18	28	1.98
26222643--26222771	49	2.6	50	86	2	170	27	22	20	29	1.99
26223882--26223920	20	2.0	20	90	10	62	12	5	30	51	1.62
26224362--26224466	42	2.5	42	90	0	156	19	21	39	20	1.93
26226520--26226560	21	2.0	21	85	0	55	21	26	19	31	1.97
26228648--26228706	30	2.0	30	86	0	82	37	8	25	28	1.85
26229147--26229222	23	3.3	23	83	7	109	22	18	26	32	1.97
26243132--26243166	17	2.1	17	89	5	54	22	5	11	60	1.52
26244617--26244834	97	2.2	97	89	2	321	29	24	16	29	1.96
26245344--26245494	74	2.0	74	98	0	293	30	14	19	35	1.91
26248456--26248490	18	1.9	18	88	0	52	62	2	0	34	1.10
26250878--26250917	18	2.3	18	87	8	57	32	0	0	67	0.91
26251484--26251882	9	42.0	9	66	17	80	57	5	3	33	1.37
26251485--26251531	20	2.5	19	86	6	69	68	0	0	31	0.90
26251488--26251531	19	2.3	20	84	7	65	70	0	0	29	0.88
26251488--26251539	19	2.7	20	82	8	63	69	1	0	28	0.99
26251734--26251834	11	10.2	10	74	16	68	60	1	1	35	1.19
26251705--26251883	10	18.4	10	66	12	61	60	3	2	33	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26252472--26252786	9	34.1	9	67	23	108	30	1	2	64	1.17
26252479--26252786	10	32.1	10	69	17	99	31	1	2	64	1.18
26252471--26252586	56	2.0	57	86	6	164	28	0	1	68	1.05
26252487--26252643	19	8.8	19	67	24	67	31	0	2	65	1.10
26252511--26252703	19	10.4	18	68	21	80	30	2	2	65	1.15
26252480--26252721	21	11.6	21	68	20	93	29	2	2	66	1.15
26252622--26252721	44	2.3	43	81	11	105	28	4	2	66	1.21
26252665--26252760	11	8.5	11	69	22	56	32	0	3	64	1.09
26252740--26252818	32	2.4	33	79	14	92	32	3	3	59	1.33
26255613--26255783	50	3.4	50	88	0	234	21	30	22	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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