genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  9  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2436524--2436661	65	2.1	64	85	4	179	50	13	7	27	1.69
2444750--2444778	13	2.1	14	93	6	51	68	0	0	31	0.89
2447268--2447474	103	2.0	104	96	0	380	31	20	14	32	1.93
2452301--2452362	31	2.0	31	100	0	124	41	22	12	22	1.88
2452332--2452700	67	5.5	66	81	3	389	34	18	23	23	1.96
2452332--2452700	134	2.8	132	83	2	450	34	18	23	23	1.96
2461367--2461418	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
2461289--2461658	103	3.6	103	93	2	600	19	20	30	30	1.97
2476400--2476444	14	3.1	14	78	15	56	33	2	0	64	1.06
2480950--2481023	38	1.9	39	91	2	123	25	6	18	48	1.73
2490898--2491053	43	3.7	43	77	10	149	30	25	14	29	1.95
2500042--2500073	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
2505129--2505160	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
2507349--2507378	5	5.8	5	92	7	51	40	0	20	40	1.52
2510820--2511204	109	3.5	109	90	1	592	33	21	16	29	1.95
2511428--2511492	34	2.0	34	84	6	89	52	0	6	41	1.26
2519851--2519886	17	2.2	17	90	5	56	47	13	0	38	1.44
2523988--2524028	4	10.8	4	87	10	59	51	0	2	46	1.14
2527410--2527502	46	2.0	46	100	0	186	31	23	19	25	1.98
2535361--2535418	30	1.9	30	86	10	82	37	0	0	62	0.96
2535340--2535418	32	2.5	31	80	11	90	34	1	0	64	1.02
2543643--2543933	131	2.3	131	90	4	459	33	18	20	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2553655--2553763	23	5.0	23	80	10	122	37	23	20	18	1.94
2553920--2554010	36	2.5	36	81	10	105	30	21	1	46	1.59
2554061--2554092	16	1.9	17	93	6	57	25	21	0	53	1.46
2561543--2561675	66	2.0	66	100	0	266	33	16	26	24	1.96
2563315--2563359	17	2.6	17	82	3	54	62	0	0	37	0.96
2563796--2564191	147	2.7	146	82	5	444	40	9	9	40	1.71
2565542--2565574	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2567079--2567125	21	2.2	21	81	11	51	31	12	8	46	1.72
2567527--2567566	19	2.1	19	100	0	80	20	15	50	15	1.79
2567644--2567695	21	2.5	21	83	0	68	34	7	25	32	1.84
2567960--2567998	19	2.0	20	90	9	64	46	2	5	46	1.38
2580222--2580265	16	2.8	16	83	13	63	29	29	0	40	1.57
2580246--2580291	16	2.9	16	86	0	65	34	32	2	30	1.70
2590971--2591018	17	2.8	17	84	9	53	10	4	6	79	1.05
2591702--2591729	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2596333--2596424	47	1.9	48	93	2	159	29	3	10	56	1.49
2599739--2599770	6	5.3	6	96	0	55	31	12	37	18	1.88
2599992--2600113	23	5.2	24	76	14	89	50	0	0	49	1.06
2600033--2600117	23	3.4	25	81	14	95	51	0	0	48	1.00
2600045--2600104	16	3.7	17	73	8	54	50	0	0	50	1.00
2600055--2600135	31	2.5	32	78	13	85	53	1	1	44	1.16
2600744--2600791	22	2.2	22	85	7	62	18	2	31	47	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2600790--2601297	95	5.4	94	78	12	472	43	1	17	37	1.56
2606447--2606480	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
2609277--2609317	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2611221--2611254	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
2613524--2613961	105	4.1	104	78	16	489	44	14	16	24	1.86
2613629--2613992	114	3.2	112	84	11	505	43	14	17	24	1.86
2614023--2614070	14	3.4	14	80	13	53	14	6	0	79	0.92
2614023--2614070	13	3.5	13	83	11	51	14	6	0	79	0.92
2614049--2614756	118	6.2	114	88	8	970	26	15	13	44	1.83
2615198--2615267	22	3.2	21	75	18	63	62	4	0	32	1.14
2615575--2615641	29	2.2	31	81	10	84	35	2	2	58	1.29
2615597--2615691	40	2.4	41	81	12	108	31	1	2	65	1.11
2615647--2615693	10	4.7	10	74	10	51	31	0	2	65	1.04
2615627--2615691	18	3.6	17	74	15	60	30	0	3	66	1.07
2616564--2616612	22	2.2	22	82	10	55	42	0	0	57	0.99
2627553--2627609	20	2.8	20	70	0	51	42	10	8	38	1.71
2627689--2627733	19	2.3	20	88	3	65	46	20	11	22	1.81
2628272--2628302	14	2.3	13	94	5	53	74	0	0	25	0.82
2634558--2634583	4	6.5	4	100	0	52	0	26	0	73	0.84
2652872--2653073	42	4.9	41	83	4	237	27	19	26	26	1.99
2655295--2655321	11	2.5	11	100	0	54	37	11	0	51	1.37
2655709--2655789	27	2.9	28	94	3	146	33	20	16	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2661410--2661548	40	3.5	40	76	8	151	30	24	19	25	1.98
2661707--2661753	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
2663771--2663840	29	2.3	30	75	9	70	51	12	8	27	1.69
2663954--2664029	38	2.0	38	86	0	107	27	10	21	40	1.86
2665581--2665619	20	2.0	20	85	10	53	38	5	0	56	1.22
2666418--2666583	42	4.0	42	82	2	217	27	21	27	24	1.99
2670493--2670659	42	4.0	42	86	0	217	25	23	22	28	1.99
2671362--2671390	4	7.2	4	100	0	58	72	0	27	0	0.85
2675214--2675420	103	2.0	105	94	2	364	35	20	12	32	1.89
2676922--2676958	17	2.3	16	90	9	58	62	5	2	29	1.31
2676935--2677275	106	3.3	99	80	12	325	56	14	0	28	1.45
2677499--2677535	18	2.2	18	90	9	60	29	0	5	64	1.15
2677290--2677537	104	2.3	104	85	7	322	30	0	13	55	1.44
2678724--2678934	105	2.0	105	97	0	395	42	21	22	14	1.88
2686538--2686562	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
2688746--2688992	123	2.0	123	87	0	359	28	11	37	22	1.89
2692501--2692525	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
2706606--2706639	15	2.2	16	89	5	52	47	14	0	38	1.45
2707654--2707721	9	7.4	9	83	9	84	39	26	10	23	1.87
2707862--2707891	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
2709475--2709501	12	2.2	12	100	0	54	29	0	29	40	1.57
2710950--2711170	110	2.0	110	84	0	289	31	22	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2714604--2714687	41	2.0	41	100	0	168	34	9	14	41	1.78
2716860--2716887	4	7.0	4	100	0	56	0	25	25	50	1.50
2721665--2721721	28	2.0	28	96	0	105	22	14	22	40	1.90
2723026--2723166	56	2.5	55	88	2	203	25	14	15	43	1.85
2748332--2748388	28	2.0	28	100	0	114	52	22	10	14	1.71
2748604--2748636	14	2.4	14	94	0	57	66	3	6	24	1.28
2749428--2749452	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
2763147--2763222	19	4.2	20	69	20	67	57	6	0	35	1.25
2766352--2766485	40	3.4	39	71	11	103	30	25	17	26	1.97
2766615--2766639	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
2767403--2767481	27	2.8	31	76	20	91	48	2	2	46	1.29
2769133--2769174	7	6.1	7	81	13	52	42	33	0	23	1.55
2769129--2769165	13	2.7	14	87	8	58	45	32	0	21	1.52
2772687--2772782	44	2.2	44	81	7	106	27	20	21	30	1.98
2772817--2772892	22	3.4	22	78	3	80	28	14	15	40	1.87
2773092--2773127	16	2.2	16	90	0	54	33	19	22	25	1.97
2775380--2775421	8	5.5	8	86	8	61	0	9	0	90	0.45
2775387--2775421	9	4.1	9	89	10	56	0	8	0	91	0.42
2775380--2775421	15	2.8	16	89	7	61	0	9	0	90	0.45
2783960--2784053	9	10.4	9	89	0	125	43	25	7	23	1.79
2783959--2784053	27	3.5	27	92	0	154	44	25	7	23	1.79
2784166--2784208	18	2.4	18	88	0	59	11	2	44	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2785562--2785587	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
2792592--2792629	16	2.2	18	86	9	53	26	21	2	50	1.62
2796168--2796264	42	2.3	42	91	3	151	37	12	28	21	1.90
2800006--2800048	15	2.9	15	82	0	59	32	18	34	13	1.90
2801034--2801071	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
2818914--2818954	20	2.1	19	90	4	64	46	12	4	36	1.63
2820745--2820788	15	3.2	13	78	15	52	36	6	13	43	1.71
2823617--2823653	18	2.0	19	89	5	58	56	13	0	29	1.37
2823679--2823780	51	2.0	51	100	0	204	41	15	23	19	1.90
2825108--2825139	4	8.2	4	93	6	57	25	0	25	50	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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