genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28198386--28198433	25	1.9	25	82	0	60	72	6	2	18	1.15
28198419--28198517	47	2.1	48	90	1	155	45	8	2	44	1.44
28200220--28200246	14	1.9	14	100	0	54	29	11	7	51	1.64
28200754--28200827	23	3.2	24	79	16	93	44	4	4	47	1.41
28200752--28200844	22	4.3	21	78	10	82	41	3	4	50	1.38
28200804--28200851	19	2.6	17	78	18	51	35	0	2	62	1.07
28200752--28200844	44	2.1	42	84	13	118	41	3	4	50	1.38
28200786--28200847	21	2.8	22	72	20	58	38	1	3	56	1.25
28200822--28200863	19	2.2	19	83	8	50	38	4	0	57	1.20
28200974--28200998	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
28201021--28201236	9	25.3	9	68	17	122	46	21	2	29	1.64
28201070--28201236	25	6.7	25	76	9	162	46	22	1	30	1.60
28201084--28201185	16	6.8	14	70	24	66	48	21	0	29	1.57
28201082--28201216	12	10.8	12	67	23	75	46	21	0	31	1.57
28201073--28201185	41	3.0	38	79	17	144	47	20	1	30	1.60
28201045--28201185	75	1.9	75	86	2	203	47	20	2	29	1.64
28201070--28201210	75	1.9	75	85	2	194	46	20	1	31	1.59
28201050--28201216	34	5.0	33	70	19	121	46	20	2	30	1.64
28201113--28201309	30	6.8	29	70	21	112	45	20	1	32	1.58
28201204--28201363	66	2.5	62	79	10	164	46	19	0	33	1.54
28203117--28203263	66	2.2	66	86	4	199	39	13	27	19	1.89
28203497--28203785	150	1.9	150	99	0	569	26	12	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28203754--28204050	43	6.9	43	84	3	346	26	17	29	25	1.98
28205303--28205363	19	3.3	17	72	17	50	44	3	4	47	1.41
28205193--28205666	239	2.0	233	85	2	635	38	8	6	46	1.60
28208363--28208416	24	2.2	25	78	15	60	27	5	5	61	1.41
28212964--28213000	17	2.2	17	90	0	56	45	21	8	24	1.78
28213718--28213774	26	2.1	27	84	9	73	28	8	7	56	1.56
28223266--28223313	19	2.5	20	74	12	57	68	6	8	16	1.35
28246728--28246772	21	2.1	23	88	12	69	26	8	13	51	1.70
28272819--28272878	30	2.0	30	96	0	111	28	20	15	36	1.92
28274509--28274539	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
28275821--28276347	261	2.0	261	97	0	1000	31	31	6	29	1.84
28284363--28284436	36	2.1	36	100	0	148	16	28	18	36	1.93
28287704--28287750	24	2.0	24	91	0	76	51	31	2	14	1.55
28289769--28289802	6	5.7	6	100	0	68	14	0	0	85	0.60
28290448--28290478	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
28292229--28292351	61	2.0	62	80	4	142	36	4	17	42	1.68
28294109--28294138	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
28302815--28302868	25	2.1	27	83	16	71	31	3	3	61	1.31
28305119--28305165	22	2.2	22	85	11	62	40	4	0	55	1.19
28312524--28313140	88	7.0	88	88	0	887	26	23	25	23	2.00
28313491--28313524	18	1.9	17	88	5	50	5	55	20	17	1.62
28314531--28314577	22	2.2	22	85	11	62	40	4	0	55	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28319777--28319810	14	2.5	14	90	4	52	35	2	0	61	1.11
28323625--28323712	44	2.0	44	97	0	167	44	6	23	25	1.78
28324239--28324441	101	2.0	101	96	0	370	46	6	18	28	1.74
28331624--28331671	25	1.9	25	95	0	87	14	10	20	54	1.70
28335127--28335196	27	2.6	26	95	2	95	31	27	14	27	1.95
28335154--28335253	29	3.5	29	93	1	157	31	28	14	27	1.95
28341903--28341931	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
28343165--28343234	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
28343165--28343262	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
28345944--28345973	14	2.1	14	93	0	51	36	26	3	33	1.73
28356567--28356801	46	5.6	45	74	20	224	37	12	20	29	1.90
28356603--28356756	36	4.0	36	78	16	166	38	12	19	29	1.89
28356567--28356799	82	2.9	82	92	2	375	37	12	20	29	1.90
28356685--28356756	35	2.0	36	91	2	119	37	12	20	29	1.90
28364161--28364394	36	5.6	45	74	20	213	37	14	20	28	1.91
28364161--28364394	82	2.9	82	91	1	366	37	14	20	28	1.91
28368294--28368452	43	3.7	42	73	16	130	24	20	27	28	1.99
28369385--28369445	31	2.0	31	96	0	113	22	1	21	54	1.54
28370721--28370766	21	2.1	22	84	11	60	60	8	8	21	1.53
28371616--28371651	12	3.1	12	92	4	56	22	25	0	52	1.47
28374306--28374336	15	2.0	16	93	6	55	58	3	0	38	1.15
28376986--28377015	15	1.9	16	93	6	53	56	10	0	33	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28378465--28378508	20	2.2	20	87	4	61	61	9	0	29	1.27
28380278--28380307	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
28383970--28384013	20	2.2	20	83	0	52	31	9	11	47	1.71
28384620--28385199	86	6.7	87	81	7	569	32	14	10	42	1.80
28384620--28385199	174	3.4	174	81	7	598	32	14	10	42	1.80
28388479--28388527	22	2.2	22	82	7	55	36	8	6	48	1.58
28393594--28393626	1	33.0	1	100	0	66	100	0	0	0	0.00
28396200--28396235	18	2.0	18	100	0	72	27	27	16	27	1.97
28396816--28396962	58	2.5	60	83	8	183	41	17	20	20	1.90
28402154--28402202	11	4.3	12	75	19	52	59	0	0	40	0.98
28402154--28402193	21	1.9	21	94	0	71	60	0	0	40	0.97
28402186--28402231	16	2.8	17	80	6	58	65	0	0	34	0.93
28402584--28402614	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
28402668--28402704	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
28417550--28417593	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
28423616--28423654	21	2.0	19	85	14	53	51	15	0	33	1.44
28441384--28441450	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
28442594--28442651	20	3.0	20	70	25	52	63	0	0	36	0.94
28442896--28442928	17	1.9	17	88	11	50	57	9	0	33	1.30
28444606--28444652	17	2.8	17	90	3	69	27	0	17	55	1.42
28445512--28445696	46	4.0	46	87	0	271	35	10	25	29	1.89
28451993--28452033	21	2.0	21	85	0	55	31	4	0	63	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28452467--28452708	50	4.8	50	75	4	225	30	26	16	26	1.97
28452464--28452705	101	2.4	101	82	2	290	30	26	17	26	1.97
28452459--28452743	101	2.8	98	77	7	277	29	26	15	27	1.96
28479446--28479583	43	3.3	43	76	8	147	30	17	25	26	1.97
28487741--28488327	31	19.1	30	69	11	253	42	14	7	35	1.73
28487721--28488321	92	6.5	92	90	0	898	43	14	6	35	1.73
28488409--28488477	16	4.2	16	90	3	111	26	1	36	36	1.66
28488409--28488477	33	2.1	32	91	2	111	26	1	36	36	1.66
28488713--28488747	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
28488696--28489079	120	3.2	120	95	2	716	47	5	2	44	1.40
28488954--28488988	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
28492104--28492212	33	3.3	33	80	12	127	32	8	17	42	1.79
28492159--28492261	51	2.0	50	92	5	172	28	6	18	46	1.74
28492328--28492508	86	2.1	86	98	1	355	47	7	4	40	1.52
28504276--28504320	15	2.6	17	80	20	58	55	0	2	42	1.12
28505280--28505669	194	2.0	194	91	2	640	32	17	17	33	1.93
28505892--28505922	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
28506479--28506555	39	2.0	38	84	2	100	36	14	6	42	1.71
28510431--28510482	16	3.2	16	86	0	77	42	1	25	30	1.66
28516225--28516528	27	11.3	27	79	8	264	42	17	15	24	1.88
28516225--28516538	54	5.8	54	79	6	325	42	18	15	24	1.88
28522231--28522274	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28522341--28522541	59	3.1	67	84	13	296	45	8	4	40	1.57
28522530--28522571	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
28522545--28522600	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
28524352--28524407	29	1.9	29	96	0	103	35	14	5	44	1.68
28529742--28529774	14	2.3	15	90	10	52	39	3	0	57	1.14
28532170--28532239	29	2.5	28	86	4	95	32	17	20	30	1.95
28532104--28532213	56	2.0	57	83	7	145	40	12	20	27	1.88
28537824--28537879	16	3.5	16	80	0	67	28	16	12	42	1.84
28537812--28537896	32	2.7	32	78	14	111	31	20	9	38	1.84
28538419--28538637	40	5.6	38	80	8	233	34	15	26	23	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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