genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  32  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8418246--8418285	19	2.2	18	90	4	62	70	2	0	27	1.01
8432018--8432152	47	2.9	47	86	11	170	20	20	23	35	1.96
8445114--8445164	21	2.5	21	81	9	61	70	1	9	17	1.24
8453197--8453289	3	31.0	3	87	0	87	33	9	1	55	1.39
8458643--8458673	14	2.2	14	100	0	62	35	0	48	16	1.46
8458845--8458891	24	2.0	24	82	0	58	59	2	12	25	1.45
8461043--8461082	17	2.4	16	88	8	62	27	0	17	55	1.43
8462318--8462501	46	4.0	46	94	1	307	35	9	27	28	1.87
8465292--8465506	36	5.1	44	84	14	223	30	19	15	34	1.93
8470942--8470984	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
8471001--8471046	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
8471000--8471194	66	3.1	66	66	22	202	42	0	3	54	1.20
8470949--8471269	120	2.7	120	98	0	619	41	0	4	52	1.28
8471023--8471211	59	3.2	59	72	11	213	40	0	3	55	1.20
8470967--8471270	64	5.1	58	69	22	245	42	0	4	52	1.28
8470949--8471345	76	5.1	76	74	16	346	42	1	4	52	1.29
8471595--8471643	16	3.1	16	84	0	71	26	30	4	38	1.75
8482768--8482793	6	4.3	6	100	0	52	15	30	0	53	1.42
8485489--8485591	3	32.3	3	74	11	55	27	6	3	62	1.38
8487998--8488033	17	2.1	17	94	0	63	30	13	27	27	1.94
8488817--8488882	30	2.2	30	88	0	96	51	6	16	25	1.67
8489484--8489542	29	2.0	29	86	0	82	33	28	10	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8492737--8492774	19	2.0	20	89	5	60	5	13	15	65	1.43
8495873--8495925	18	3.1	18	69	23	51	50	1	3	43	1.30
8500549--8500582	9	3.7	9	88	4	50	55	2	0	41	1.15
8500743--8500815	37	2.0	37	83	5	94	34	2	1	61	1.19
8500770--8500815	19	2.5	18	85	3	56	34	0	0	65	0.93
8500770--8500818	18	2.7	18	81	18	57	34	0	0	65	0.93
8501501--8501569	29	2.3	29	82	9	77	21	11	17	49	1.78
8502790--8502822	18	1.9	17	88	11	50	54	3	0	42	1.15
8503087--8503153	7	9.6	7	74	11	57	23	0	29	46	1.53
8503087--8503146	13	4.4	14	76	17	54	21	0	30	48	1.51
8503083--8503148	35	1.9	34	84	3	87	22	0	28	48	1.51
8515071--8515111	13	3.1	14	79	13	50	75	17	2	4	1.08
8518967--8519005	17	2.3	17	86	0	51	35	5	0	58	1.20
8519524--8519556	17	2.0	17	88	5	50	30	0	0	69	0.88
8523546--8524269	360	2.0	360	99	0	1430	35	14	26	23	1.93
8525605--8525651	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
8533230--8533307	34	2.4	33	85	10	106	24	21	23	30	1.99
8541331--8541358	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8552693--8552768	25	3.1	25	73	16	77	63	5	1	30	1.25
8553297--8553333	3	12.3	3	94	0	65	29	0	2	67	1.04
8561574--8561607	14	2.4	14	85	0	50	73	0	26	0	0.83
8561908--8562001	22	4.3	21	76	18	84	25	7	4	62	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8561918--8562010	44	2.1	44	82	4	107	26	5	5	62	1.39
8566316--8566354	21	1.9	20	84	5	51	51	2	2	43	1.29
8567048--8567086	20	1.9	21	89	5	62	35	0	7	56	1.28
8570987--8571013	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
8571015--8571057	3	14.3	3	90	0	68	34	4	0	60	1.17
8575353--8575398	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
8590306--8590367	31	2.0	32	93	6	110	25	19	9	45	1.81
8590562--8590607	24	2.0	23	86	4	65	28	4	2	65	1.23
8590793--8590875	30	2.8	30	81	0	103	51	13	10	24	1.72
8599550--8599613	18	3.6	17	77	12	51	29	4	6	59	1.42
8599574--8599624	3	17.3	3	76	11	52	29	3	3	62	1.31
8599576--8599625	21	2.5	20	76	23	59	28	4	4	64	1.30
8600492--8600776	107	2.7	107	87	4	396	29	17	18	34	1.94
8602545--8602910	104	3.6	103	94	2	623	19	20	30	30	1.97
8602828--8602879	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
8610195--8610246	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
8610120--8610485	102	3.6	104	94	2	609	18	20	30	30	1.96
8617569--8617619	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
8617492--8617852	100	3.6	103	91	5	578	19	19	30	30	1.96
8617769--8617820	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
8625134--8625184	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
8625056--8625422	103	3.6	104	95	2	636	18	20	30	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8630915--8630945	6	5.3	6	96	3	55	16	0	0	83	0.64
8631482--8631725	44	5.5	44	80	5	260	29	22	17	29	1.97
8637181--8637242	32	2.0	31	90	6	99	35	9	4	50	1.57
8645288--8645325	18	2.1	18	85	9	51	26	2	10	60	1.43
8646931--8647015	26	3.5	24	76	14	75	29	4	9	56	1.51
8654633--8654746	44	2.6	44	90	0	156	28	26	14	30	1.95
8654832--8655555	44	16.6	44	64	13	268	26	24	18	29	1.98
8654762--8655743	132	7.5	132	91	1	1566	27	23	18	29	1.98
8655754--8655914	87	1.8	88	85	4	227	23	18	27	30	1.98
8660063--8660102	19	2.0	20	85	4	55	47	7	20	25	1.75
8660136--8660161	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
8662264--8662332	33	2.2	33	84	7	90	71	5	4	18	1.24
8663894--8663932	9	4.3	9	90	6	53	87	2	10	0	0.65
8663899--8663933	10	3.6	10	92	3	54	91	2	5	0	0.50
8663898--8663932	17	2.0	18	88	5	54	88	2	8	0	0.61
8670603--8670652	3	16.7	3	100	0	100	68	0	32	0	0.90
8673919--8673954	12	3.0	12	87	0	54	66	0	0	33	0.92
8681546--8681628	5	16.6	5	83	0	103	24	34	1	39	1.63
8681542--8681628	15	5.8	15	88	0	129	24	33	1	41	1.62
8681542--8681628	30	2.9	30	94	0	147	24	33	1	41	1.62
8684813--8684864	26	2.0	27	84	3	70	75	7	7	9	1.21
8685366--8685395	16	1.9	15	93	6	51	33	0	6	60	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8694263--8694439	47	3.7	47	84	4	212	25	21	32	20	1.98
8696012--8696229	73	3.0	73	89	0	346	27	24	24	23	2.00
8696129--8696457	114	2.9	114	91	0	523	26	21	25	26	2.00
8696243--8696650	187	2.2	187	90	1	631	26	22	25	25	2.00
8696357--8696530	73	2.4	73	89	0	258	25	21	25	27	2.00
8696075--8696647	301	1.9	301	91	1	943	26	22	25	25	2.00
8696436--8696647	114	1.9	114	92	2	363	26	23	25	24	2.00
8697587--8697611	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
8698039--8698092	24	2.2	25	90	6	85	70	5	0	24	1.08
8701173--8701198	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
8701337--8701775	114	3.9	114	88	4	656	24	20	28	25	1.99
8701668--8701848	73	2.5	73	92	0	299	24	21	29	24	1.99
8701337--8701775	224	1.9	227	88	3	663	24	20	28	25	1.99
8701748--8702063	114	2.8	115	83	3	431	25	19	27	28	1.99
8701565--8701948	187	2.1	184	86	3	522	26	19	27	27	1.99
8701969--8702149	73	2.5	73	87	0	263	22	20	30	26	1.98
8701862--8702199	187	1.8	187	86	2	500	25	19	27	27	1.99
8701451--8702203	301	2.5	298	94	0	1319	25	20	27	25	1.99
8702492--8702539	22	2.2	21	77	3	51	20	2	31	45	1.63
8702588--8702628	21	2.0	21	90	0	64	29	0	39	31	1.57
8707000--8707229	43	5.3	43	83	0	262	24	18	29	28	1.98
8707323--8707365	22	2.0	22	85	0	59	46	25	13	13	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8707910--8708115	43	4.8	43	79	3	213	24	18	28	27	1.98
8726311--8726340	16	1.9	16	93	6	53	16	10	20	53	1.71
8742294--8742942	114	5.7	114	89	0	933	27	20	26	26	1.99
8743149--8743200	14	3.6	14	87	5	68	25	0	36	38	1.56
8743435--8743481	14	3.3	15	82	8	62	27	0	31	40	1.57
8743493--8743563	15	4.9	14	77	17	74	23	0	40	35	1.55
8744220--8744394	88	2.0	87	89	5	266	48	13	14	23	1.80
8744513--8745489	149	6.7	148	90	3	1539	36	16	16	30	1.91
8744513--8745489	297	3.4	282	90	4	1250	36	16	16	30	1.91
8748942--8748974	12	2.8	12	86	4	50	27	0	9	63	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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