genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7719654--7719860	104	2.0	104	96	1	380	34	12	4	48	1.62
7727843--7727887	23	2.0	23	90	0	72	55	15	8	20	1.66
7731240--7731283	14	2.8	16	86	10	56	63	4	2	29	1.26
7734649--7734692	21	2.1	21	86	0	61	34	0	25	40	1.56
7735169--7735221	25	2.2	24	90	10	81	18	20	20	39	1.92
7737687--7737751	30	2.2	30	91	2	105	30	26	3	40	1.71
7738136--7738387	114	2.2	113	85	4	346	25	23	26	24	2.00
7738340--7738430	41	2.2	41	98	0	173	18	24	32	24	1.97
7738224--7738543	155	2.1	154	90	0	496	24	23	28	24	2.00
7738845--7738875	15	2.1	15	93	0	53	19	0	45	35	1.51
7738863--7738908	21	2.2	22	80	11	60	23	0	39	36	1.55
7739116--7739219	14	7.1	14	69	8	55	23	0	42	34	1.54
7739131--7739183	7	7.4	7	82	2	52	20	0	43	35	1.52
7738745--7739432	268	2.6	268	94	0	1182	29	2	26	42	1.67
7739383--7739429	14	3.3	15	82	8	62	27	0	31	40	1.57
7739444--7739511	15	4.7	15	82	10	63	22	0	42	35	1.54
7739424--7739511	14	6.1	14	75	17	56	21	0	42	36	1.53
7739886--7740330	148	3.0	148	95	0	793	44	13	16	25	1.85
7740201--7740598	141	3.0	127	87	6	512	45	13	17	23	1.84
7740329--7740864	147	3.7	147	90	3	834	44	13	16	26	1.83
7743223--7743502	23	12.3	23	72	15	161	28	6	24	39	1.81
7743232--7743497	91	2.9	91	93	3	439	29	6	24	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7744413--7744642	43	5.3	43	88	2	293	23	18	31	26	1.97
7744413--7744642	85	2.7	85	87	2	309	23	18	31	26	1.97
7750036--7750100	30	2.2	29	84	13	80	61	3	1	33	1.21
7750047--7750122	40	1.9	40	81	10	93	64	1	1	32	1.10
7750175--7750236	19	3.3	18	77	22	65	61	3	9	25	1.42
7750176--7750238	20	3.2	21	76	17	73	61	3	9	25	1.41
7750415--7750459	21	2.2	20	88	4	63	26	0	6	66	1.16
7750425--7750527	20	5.1	21	69	22	60	29	2	3	64	1.26
7750474--7750558	19	4.4	19	77	8	73	31	3	1	63	1.19
7750634--7750690	26	2.2	26	84	6	80	36	12	12	38	1.80
7750702--7750873	87	2.0	87	80	6	197	36	11	16	36	1.84
7751587--7751617	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
7751671--7751707	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
7756033--7756074	22	1.9	22	90	0	66	54	0	4	40	1.21
7762552--7762859	110	2.8	109	87	2	433	33	19	16	30	1.94
7763345--7763395	15	3.4	15	94	0	93	56	0	7	35	1.28
7763345--7763394	3	16.7	3	82	0	64	58	0	6	36	1.23
7765124--7765525	218	1.8	218	86	3	576	27	24	20	27	1.99
7765412--7765772	85	4.2	86	70	12	274	26	22	21	30	1.98
7765412--7766794	44	31.7	44	70	12	385	27	21	20	30	1.98
7765407--7765825	129	3.2	129	91	1	644	27	21	20	31	1.98
7765625--7765959	175	1.9	173	86	6	480	28	21	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7765639--7766044	175	2.3	175	82	6	463	28	21	18	31	1.97
7765626--7766668	44	23.7	46	74	10	482	27	22	19	30	1.98
7765497--7766443	308	3.1	304	82	6	1069	27	21	19	31	1.98
7765795--7766662	265	3.3	263	87	2	1129	27	22	19	30	1.98
7766276--7766794	219	2.4	218	89	4	751	27	22	19	30	1.98
7767273--7767306	17	2.0	17	100	0	68	23	29	17	29	1.97
7768039--7768063	13	1.9	13	100	0	50	20	8	0	72	1.10
7768038--7768071	7	5.0	7	85	7	52	17	11	0	70	1.16
7768876--7768944	16	4.2	17	75	10	63	10	7	7	75	1.19
7768920--7768984	29	2.3	27	84	5	76	12	4	9	73	1.22
7768883--7768990	6	18.8	6	76	16	61	12	5	9	72	1.27
7772333--7772640	110	2.8	109	86	2	415	33	19	16	29	1.95
7773129--7773188	18	3.3	18	100	0	120	60	0	6	33	1.23
7773129--7773187	3	19.7	3	89	0	91	61	0	5	33	1.18
7774835--7774864	12	2.4	12	94	5	51	6	10	0	83	0.81
7774831--7774895	20	3.1	20	74	24	62	6	10	3	80	1.01
7774837--7774895	21	2.8	20	76	20	59	6	10	3	79	1.03
7778949--7779008	18	3.4	18	68	25	56	46	15	18	20	1.84
7778949--7779016	34	2.0	34	94	0	118	44	17	17	20	1.87
7781887--7781959	27	2.8	25	72	19	60	5	16	4	73	1.17
7782582--7782809	125	1.8	127	86	5	338	25	24	29	20	1.99
7791129--7791182	22	2.5	22	84	3	74	40	5	1	51	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7792801--7792844	21	2.1	21	87	8	63	45	9	9	36	1.68
7794146--7794368	61	3.4	61	66	20	171	24	33	21	21	1.97
7794146--7794428	137	2.1	137	100	0	566	25	33	20	20	1.97
7797330--7797544	41	5.2	41	78	5	200	21	18	28	31	1.97
7797335--7797539	82	2.5	81	81	6	232	22	19	27	31	1.97
7797765--7797818	7	7.9	7	79	4	56	14	1	40	42	1.57
7797778--7797817	21	1.9	21	89	0	62	12	2	42	42	1.56
7797890--7797930	21	2.0	21	90	0	64	19	2	26	51	1.59
7799417--7799496	31	2.6	31	89	0	124	20	13	22	43	1.86
7800325--7800352	12	2.3	12	100	0	56	32	7	10	50	1.64
7801635--7801777	43	3.2	43	84	4	169	24	19	25	30	1.98
7803689--7803740	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7805657--7805708	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7811668--7811759	13	6.9	13	74	18	91	45	9	1	43	1.44
7811651--7811903	40	6.5	38	80	10	228	45	11	1	42	1.47
7811665--7811768	13	7.8	13	73	16	79	44	11	1	42	1.51
7811796--7811886	22	4.6	21	72	20	72	43	13	0	42	1.43
7811800--7811890	18	4.9	18	77	15	96	46	12	0	41	1.41
7811800--7811861	17	3.6	17	84	4	70	46	12	0	40	1.42
7812165--7812263	20	5.1	19	69	27	73	50	19	1	29	1.54
7812164--7812428	25	10.7	25	73	9	109	46	20	2	30	1.63
7812210--7812384	34	4.7	34	69	22	127	46	20	1	31	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7812184--7812431	59	4.2	59	80	5	288	46	20	2	30	1.64
7817396--7817710	42	7.3	43	85	5	399	26	23	20	29	1.98
7817396--7817690	85	3.5	83	85	7	380	25	23	20	30	1.98
7820879--7820947	27	2.7	25	82	8	93	15	28	23	31	1.95
7822992--7823080	38	2.2	41	82	7	103	52	3	1	42	1.25
7823083--7823152	12	6.1	12	76	18	69	68	0	31	0	0.90
7823106--7823153	17	2.9	17	78	9	64	66	0	33	0	0.92
7824003--7824105	37	2.7	38	79	11	111	24	15	23	36	1.93
7824003--7824134	40	3.3	40	76	9	137	24	15	24	36	1.93
7824300--7824342	22	2.0	22	90	4	70	44	4	25	25	1.73
7829223--7829285	32	2.0	32	81	12	76	50	4	3	41	1.39
7829673--7830649	489	2.0	489	98	0	1882	27	22	14	35	1.93
7843102--7843147	23	2.0	23	83	8	58	47	6	2	43	1.41
7847633--7847668	18	2.0	18	94	0	63	22	0	52	25	1.47
7853901--7854011	16	6.2	17	69	18	57	59	3	0	36	1.15
7854497--7854587	9	10.0	9	76	13	71	37	2	2	58	1.23
7854497--7854588	19	5.1	17	72	19	71	38	2	2	57	1.23
7854498--7854588	37	2.5	36	78	16	98	38	2	2	57	1.23
7854709--7854823	9	12.2	9	67	17	56	34	3	2	59	1.28
7854766--7854812	21	2.2	22	81	11	62	38	2	0	59	1.09
7858859--7858899	21	2.0	21	85	0	55	31	2	9	56	1.45
7863189--7863229	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7866058--7866087	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
7867344--7867376	17	2.0	17	88	5	50	18	9	18	54	1.69
7869565--7869624	27	2.3	27	82	2	68	28	20	10	41	1.84
7874729--7874780	27	1.9	27	84	0	68	30	21	3	44	1.70
7901015--7901053	16	2.4	16	84	12	53	82	5	0	12	0.83
7902157--7902192	10	3.8	10	89	10	58	33	0	0	66	0.92
7902282--7902338	23	2.5	22	86	8	78	35	3	3	57	1.33
7905052--7905119	27	2.5	28	85	4	95	42	10	0	47	1.37
7905183--7905246	27	2.4	27	92	5	103	26	28	29	15	1.96
7905292--7905398	4	26.0	4	76	16	103	69	0	29	0	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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