genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  89  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27933859--27933885	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
27935136--27935185	17	3.1	16	77	11	57	68	2	2	28	1.12
27935154--27935192	17	2.3	17	86	8	53	66	5	2	25	1.25
27942185--27942252	28	2.4	28	80	14	77	32	1	1	64	1.11
27942201--27942273	37	1.9	38	86	8	105	28	1	2	67	1.13
27942935--27942975	16	2.5	17	76	11	50	70	4	0	24	1.06
27945190--27945248	23	2.6	22	82	10	75	44	20	3	32	1.68
27950322--27950379	22	2.6	22	79	12	66	43	20	3	32	1.69
27952365--27952395	15	2.1	15	100	0	62	19	19	12	48	1.81
27963797--27963834	16	2.2	18	86	9	53	44	7	0	47	1.32
27966305--27966550	50	4.8	50	81	4	242	26	19	30	23	1.98
27974035--27974216	50	3.5	51	85	6	224	24	17	31	26	1.97
27974035--27974254	100	2.1	102	80	6	239	26	18	29	25	1.98
27974085--27974254	50	3.4	49	84	3	187	25	19	31	23	1.98
27974095--27974276	100	1.8	100	81	2	231	26	18	31	23	1.98
27974524--27974555	12	2.7	12	95	0	55	56	6	18	18	1.62
27977439--27977466	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
27977409--27977609	59	3.1	68	84	13	298	45	8	4	41	1.56
27977598--27977639	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
27977613--27977673	22	2.8	22	84	0	77	47	1	1	49	1.21
27978818--27978865	20	2.4	21	75	6	55	52	8	2	37	1.44
27985063--27985154	45	2.0	45	100	0	184	36	23	8	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27989553--27989670	59	2.0	59	100	0	236	38	10	18	32	1.84
27993874--27993929	25	2.2	26	84	12	71	67	3	25	3	1.22
27994391--27994431	20	2.0	21	86	13	59	46	4	14	34	1.66
28011008--28011054	20	2.3	20	82	10	60	31	12	0	55	1.38
28018157--28018208	17	3.1	17	81	13	54	59	1	3	34	1.27
28018164--28018214	17	3.2	15	81	15	50	62	1	1	33	1.17
28018398--28018436	16	2.4	16	86	0	51	33	0	0	66	0.92
28020627--28020673	20	2.3	20	78	7	51	27	19	29	23	1.98
28022541--28022621	12	6.8	12	69	17	53	12	24	1	61	1.38
28022556--28022611	18	3.0	20	68	26	59	10	26	0	62	1.28
28022601--28022638	18	2.1	19	90	5	60	7	23	0	68	1.16
28022651--28022697	15	3.1	15	84	9	60	12	17	0	70	1.17
28023739--28023774	12	3.0	12	92	8	56	2	13	0	83	0.76
28025357--28025403	20	2.3	20	85	7	60	27	17	29	25	1.97
28038462--28038496	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
28040764--28040848	14	5.9	14	70	24	52	10	21	0	68	1.19
28040765--28040820	24	2.1	27	81	18	66	12	19	0	67	1.22
28040798--28040858	20	3.2	19	81	9	70	13	18	0	68	1.20
28040785--28040873	45	2.0	44	80	10	101	11	21	1	66	1.30
28045788--28045845	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
28045817--28045869	19	3.0	17	84	10	70	37	18	7	35	1.80
28045801--28045858	19	2.8	20	87	10	73	41	17	5	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28053522--28053568	20	2.3	20	86	13	62	59	4	2	34	1.29
28055041--28055114	28	2.6	28	91	0	121	9	33	17	39	1.82
28055192--28055504	44	7.3	43	76	4	224	23	23	22	30	1.99
28055231--28055479	87	2.8	86	81	4	261	24	22	22	30	1.99
28055233--28055504	131	2.1	131	92	0	445	23	24	21	30	1.99
28055468--28055969	44	11.3	46	74	10	305	28	22	19	28	1.98
28055495--28055923	88	4.9	88	76	9	396	27	22	20	29	1.98
28055495--28055924	178	2.4	174	84	5	528	27	23	20	29	1.98
28055629--28056012	44	8.6	44	72	11	203	28	24	20	27	1.99
28055546--28056098	224	2.5	222	83	5	744	27	22	19	30	1.98
28057377--28057428	7	7.7	7	79	12	56	11	17	0	71	1.15
28057378--28057412	13	2.6	14	86	4	54	11	17	0	71	1.14
28057376--28057428	20	2.7	20	82	11	72	11	16	0	71	1.13
28063089--28063135	20	2.3	20	86	13	62	59	4	2	34	1.29
28083550--28083592	17	2.6	16	82	13	52	18	9	0	72	1.11
28087790--28087903	58	1.9	59	87	5	169	49	8	2	39	1.48
28088376--28088413	18	2.1	19	85	5	51	36	0	0	63	0.95
28091454--28091497	22	2.0	22	81	0	52	38	11	0	50	1.39
28091946--28092000	29	2.0	29	89	7	87	40	0	7	52	1.29
28092781--28093111	161	2.1	161	98	0	637	42	19	5	32	1.73
28093314--28093578	131	2.0	131	94	0	467	36	24	12	26	1.91
28095730--28095800	15	4.5	15	70	16	54	22	2	15	59	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28095688--28095765	9	8.4	9	71	10	59	20	2	14	62	1.42
28095848--28095901	24	2.4	21	75	19	54	18	7	5	68	1.33
28104591--28104655	19	3.4	19	69	12	60	55	10	3	30	1.50
28104578--28104657	39	2.1	39	95	0	142	53	10	5	31	1.55
28107292--28107778	113	4.3	114	80	6	524	32	18	23	25	1.97
28107292--28107771	227	2.1	226	85	5	637	31	18	23	25	1.97
28107707--28107846	74	1.9	73	82	4	174	29	19	24	27	1.98
28107558--28108056	188	2.7	186	87	3	739	30	18	23	27	1.98
28107877--28108040	74	2.2	73	83	6	195	30	19	23	26	1.98
28108849--28108879	15	2.0	16	93	6	55	70	0	0	29	0.87
28111682--28112470	18	44.7	18	77	11	717	48	15	2	33	1.57
28111696--28112320	27	23.6	27	79	11	661	50	14	1	33	1.54
28112362--28112426	25	2.6	25	83	9	71	46	21	0	32	1.52
28112432--28112477	7	6.0	7	90	9	56	52	17	0	30	1.45
28117817--28117882	21	3.1	21	84	0	87	34	19	40	4	1.72
28117869--28117894	12	2.2	12	100	0	52	42	15	42	0	1.47
28118313--28118451	43	3.3	43	82	5	122	26	18	23	30	1.98
28118330--28118622	85	3.4	85	80	5	234	25	22	20	32	1.98
28118330--28118643	42	7.3	43	82	5	282	25	22	20	31	1.98
28118382--28118624	85	2.9	85	84	1	274	24	22	18	34	1.96
28118772--28119789	436	2.3	435	93	0	1723	27	22	14	35	1.93
28123581--28123633	6	8.5	6	77	8	52	13	5	5	75	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28123659--28123692	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
28128161--28128276	41	2.9	38	75	10	106	30	18	19	31	1.96
28128520--28129026	87	5.8	87	86	1	676	25	22	22	30	1.99
28130695--28130738	16	2.6	17	89	7	63	6	9	4	79	1.04
28136602--28136635	18	1.9	18	88	5	52	35	2	2	58	1.28
28136616--28136684	20	3.0	24	61	16	56	40	7	2	49	1.45
28146844--28147022	40	4.5	39	79	8	180	16	28	16	38	1.90
28146841--28146992	80	1.9	80	90	2	243	17	28	16	37	1.91
28146896--28146992	20	4.8	20	68	8	72	17	30	15	36	1.91
28146844--28147022	80	2.2	80	84	3	227	16	28	16	38	1.90
28146841--28147064	120	1.9	120	84	5	301	19	27	14	37	1.91
28158938--28158994	25	2.3	24	74	17	62	64	1	1	31	1.13
28159660--28159701	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
28160534--28160570	16	2.3	16	95	0	65	37	5	32	24	1.78
28160552--28160644	44	2.1	46	91	4	154	29	5	29	36	1.79
28160552--28160657	46	2.5	44	82	11	123	29	5	30	34	1.80
28160803--28160855	18	3.0	17	91	5	79	56	1	1	39	1.21
28170526--28170575	26	2.0	24	84	7	64	56	2	6	36	1.36
28170546--28170595	14	3.4	14	76	15	55	60	8	2	30	1.37
28170546--28170643	31	3.2	30	77	16	94	58	7	2	32	1.37
28172542--28172640	39	2.5	39	81	0	108	41	20	6	32	1.76
28180962--28181007	22	2.1	22	100	0	92	26	4	23	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28182931--28182959	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
28190266--28190446	48	3.8	48	87	3	267	25	27	19	27	1.99
28193433--28193509	18	4.5	16	76	19	59	53	28	1	16	1.52
28195007--28195055	23	2.1	24	77	11	57	57	0	4	38	1.18
28196144--28196176	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
28196674--28196874	41	4.9	41	86	1	242	17	17	26	38	1.92
28196642--28196867	82	2.7	82	82	0	245	19	15	26	39	1.90
28197251--28197278	14	2.0	14	100	0	56	28	0	35	35	1.58
28197168--28198090	327	2.9	318	84	9	1086	28	2	26	42	1.68
28198386--28198434	19	2.6	18	80	9	53	71	6	2	20	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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