genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22383143--22383213	37	2.0	37	86	8	103	32	1	2	63	1.18
22386266--22386298	6	5.5	6	96	0	57	36	0	63	0	0.95
22386909--22386979	28	2.7	25	83	14	74	38	2	7	52	1.44
22386917--22386979	12	4.8	13	70	26	53	39	1	7	50	1.41
22387544--22387583	16	2.6	16	88	4	55	40	5	0	55	1.22
22388047--22388113	34	1.9	35	90	3	109	34	10	11	43	1.76
22389458--22389527	27	2.6	27	80	8	79	50	21	2	25	1.63
22393787--22393817	6	5.2	6	92	0	53	70	16	12	0	1.16
22402897--22403105	106	2.0	106	89	5	325	37	11	22	28	1.89
22402897--22403107	53	4.0	53	84	2	282	36	11	22	28	1.90
22404385--22404424	20	2.0	20	90	0	62	25	5	20	50	1.68
22406523--22406577	3	18.0	3	84	3	65	36	5	0	58	1.21
22406889--22406942	23	2.3	24	80	3	65	48	0	11	40	1.39
22407103--22407255	50	3.1	49	69	17	129	41	3	12	42	1.61
22407073--22407255	97	1.9	98	87	4	271	41	3	12	43	1.58
22407163--22407470	159	1.9	156	89	3	474	43	4	11	40	1.62
22406907--22407403	253	1.9	250	89	2	645	44	3	12	39	1.59
22409455--22409500	23	1.9	24	86	8	67	21	6	15	56	1.61
22410665--22410738	35	2.1	36	85	7	98	44	0	6	48	1.29
22410686--22410746	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
22412045--22412097	3	17.7	3	84	0	61	37	0	5	56	1.23
22415697--22415859	46	3.5	46	72	8	143	29	17	24	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22416651--22416706	27	2.1	27	89	0	85	44	23	3	28	1.70
22417858--22417882	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
22419152--22419216	25	2.6	25	76	9	69	29	18	23	29	1.98
22419222--22419272	24	2.1	24	88	0	75	35	19	21	23	1.96
22421205--22421293	44	2.0	44	95	0	160	43	14	5	35	1.69
22425849--22425896	22	2.3	22	85	7	64	60	8	4	27	1.44
22425920--22425959	18	2.1	20	90	9	66	47	0	2	50	1.14
22431126--22431249	62	2.0	62	100	0	248	20	25	17	35	1.95
22435606--22435674	10	6.8	11	95	3	51	79	0	4	15	0.88
22435617--22435674	5	11.6	5	100	0	116	81	0	0	18	0.70
22436633--22436662	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
22437038--22437087	22	2.4	22	86	6	68	64	6	4	26	1.35
22437108--22437147	18	2.1	20	90	9	66	47	0	2	50	1.14
22438656--22438681	12	2.2	12	100	0	52	23	23	19	34	1.96
22447448--22448476	40	25.8	40	84	2	1057	30	15	31	22	1.95
22447636--22447777	20	7.1	20	60	9	56	30	18	31	19	1.96
22448035--22448098	20	3.2	20	65	8	58	34	18	31	15	1.93
22449154--22449193	7	5.7	7	84	0	53	75	2	0	22	0.93
22455870--22455972	46	2.2	46	78	0	116	32	11	24	32	1.91
22461599--22461875	30	9.4	30	81	8	234	39	13	24	22	1.90
22462772--22462820	20	2.5	20	100	0	98	16	40	26	16	1.89
22479435--22479459	12	2.1	12	100	0	50	52	8	24	16	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22489310--22489340	15	2.1	15	93	0	53	16	0	58	25	1.38
22497801--22497876	20	3.8	20	86	6	109	50	0	27	22	1.50
22502027--22502133	43	2.4	45	78	3	119	31	25	14	28	1.94
22502108--22502964	132	6.5	132	94	0	1507	29	23	18	28	1.98
22502159--22502881	44	16.4	44	63	17	173	29	23	18	28	1.98
22509823--22509918	19	4.7	21	79	10	74	40	15	6	37	1.73
22509823--22509880	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
22509859--22509931	19	3.8	19	92	0	128	36	15	9	38	1.80
22518985--22519127	33	4.2	33	66	25	82	17	19	26	36	1.94
22519043--22519096	27	2.0	28	85	3	74	14	24	31	29	1.95
22518968--22519233	102	2.6	102	90	0	415	18	18	29	33	1.94
22526109--22526161	17	3.2	17	71	15	56	39	16	3	39	1.67
22542844--22542868	12	2.1	12	100	0	50	44	0	24	32	1.54
22551173--22551366	43	4.6	43	74	7	137	37	24	15	22	1.93
22551134--22551373	85	2.8	85	85	0	311	35	25	16	23	1.95
22551146--22551366	42	5.2	41	72	11	144	36	24	15	22	1.94
22558754--22558863	54	2.0	54	96	0	202	49	8	8	34	1.62
22564398--22564550	27	5.7	27	78	3	155	33	15	26	25	1.95
22564396--22564550	54	2.9	54	83	6	197	33	14	26	25	1.95
22564421--22564580	27	5.9	26	74	7	106	35	13	25	26	1.92
22564418--22564580	81	2.0	81	80	3	184	34	13	24	26	1.93
22579995--22580129	42	3.2	42	95	2	236	31	21	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22585344--22585502	35	4.7	33	72	9	117	30	15	24	28	1.96
22585354--22585537	100	1.8	100	89	0	287	29	15	23	30	1.96
22585344--22585553	100	2.1	101	83	1	278	31	16	23	29	1.96
22589664--22589770	54	2.0	54	98	0	205	29	14	13	42	1.83
22615840--22615898	22	2.7	21	80	12	73	32	3	20	44	1.68
22620983--22621041	22	2.7	21	80	12	73	32	3	20	44	1.68
22621787--22621819	15	2.2	15	94	0	57	42	6	3	48	1.43
22623868--22623901	16	2.1	17	88	5	52	29	0	0	70	0.87
22630746--22630890	50	2.9	50	77	8	152	29	23	26	20	1.98
22631141--22631179	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
22638305--22638432	50	2.6	50	80	5	125	32	22	23	21	1.98
22638319--22638432	50	2.3	50	81	0	129	32	22	22	21	1.98
22638700--22638748	20	2.5	20	78	15	57	57	8	20	14	1.63
22645060--22645110	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
22644982--22645204	103	2.2	104	92	2	369	17	18	31	31	1.95
22645123--22645274	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
22650778--22651001	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
22650920--22651071	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
22652975--22653215	40	6.1	40	78	1	225	37	17	29	15	1.91
22654313--22654368	21	2.7	21	91	0	85	21	25	17	35	1.95
22670189--22670547	182	2.0	182	94	0	637	36	15	15	32	1.90
22671312--22671423	27	4.2	27	79	5	120	24	13	21	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22680796--22681154	182	2.0	182	94	0	637	36	15	15	32	1.90
22681919--22682030	27	4.2	27	80	5	111	25	13	20	41	1.88
22685338--22685376	5	7.8	5	100	0	78	17	0	0	82	0.68
22686673--22686707	8	4.2	8	89	7	52	68	0	20	11	1.20
22686673--22686707	17	2.1	16	89	5	52	68	0	20	11	1.20
22696513--22696581	25	2.7	25	86	4	84	21	27	24	26	1.99
22703705--22703832	29	4.4	29	85	0	175	40	11	22	25	1.88
22703705--22703832	58	2.2	58	90	0	193	40	11	22	25	1.88
22703814--22703893	29	2.8	29	84	7	117	38	12	27	21	1.89
22703727--22703861	58	2.3	58	81	5	157	41	13	22	22	1.88
22706754--22706796	23	1.9	22	90	4	68	34	2	0	62	1.08
22707507--22707557	7	7.7	7	82	8	54	58	17	5	17	1.57
22711386--22711461	27	2.8	27	71	0	71	18	25	30	26	1.98
22718399--22718441	21	2.0	21	100	0	86	23	37	11	27	1.89
22728288--22728472	79	2.3	81	82	7	218	24	22	27	25	2.00
22728289--22728472	40	4.6	40	81	9	198	25	22	27	25	2.00
22728341--22728505	79	2.1	79	82	6	192	26	21	26	25	1.99
22730060--22730159	50	2.0	50	100	0	200	20	24	20	36	1.95
22738543--22738593	25	2.0	25	92	0	84	35	17	21	25	1.95
22743064--22743112	25	2.0	25	91	0	80	30	14	24	30	1.94
22744127--22744201	37	2.0	37	100	0	150	18	21	13	46	1.83
22747040--22747123	35	2.4	35	95	0	150	34	10	16	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22750961--22751296	28	12.0	28	96	0	602	35	27	10	25	1.89
22759281--22759532	28	9.0	28	95	0	434	35	28	10	25	1.89
22762315--22762339	10	2.5	10	100	0	50	16	0	20	64	1.30
22762223--22762372	74	2.0	76	86	2	214	24	6	19	50	1.69
22764336--22764397	18	3.3	18	80	12	70	64	1	24	9	1.33
22766112--22766169	19	3.1	19	94	0	98	27	10	12	50	1.72
22766117--22766169	9	5.7	9	73	8	52	28	7	13	50	1.68
22766267--22766313	10	4.8	10	86	5	69	25	0	19	55	1.43
22766267--22766313	19	2.4	20	92	3	78	25	0	19	55	1.43
22766282--22766420	74	1.9	74	92	0	233	25	5	20	48	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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