genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7905291--7905462	75	2.3	70	79	15	179	68	0	31	0	0.95
7905392--7905459	27	2.5	26	76	19	68	67	0	32	0	0.91
7910951--7910988	18	2.1	18	95	0	67	10	47	7	34	1.67
7911567--7911592	12	2.2	12	100	0	52	65	19	0	15	1.27
7911720--7911757	3	12.7	3	100	0	76	68	31	0	0	0.90
7911823--7911861	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
7911885--7911924	11	3.7	11	90	6	64	0	30	0	70	0.88
7912007--7912094	27	3.3	27	85	6	108	17	28	28	26	1.97
7912023--7912107	27	3.1	27	81	3	100	15	28	28	28	1.96
7912166--7912235	28	2.5	29	86	6	101	50	1	8	40	1.42
7915469--7915507	16	2.4	17	83	8	55	66	2	0	30	1.05
7916525--7916566	15	2.6	16	81	11	50	2	7	16	73	1.15
7916745--7916782	19	2.1	19	85	14	53	60	0	0	39	0.97
7923568--7923610	17	2.8	15	89	10	61	25	0	2	72	0.97
7930187--7930322	41	3.3	40	82	10	152	27	19	27	25	1.99
7936057--7936117	25	2.5	25	94	2	106	29	8	19	42	1.80
7936325--7936366	22	1.9	22	95	0	75	21	4	16	57	1.58
7941202--7941652	110	4.0	110	93	5	785	42	2	6	48	1.41
7941309--7942311	120	8.4	120	96	2	1828	43	2	5	48	1.39
7941780--7941814	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7941110--7942311	240	5.1	240	97	1	2131	43	2	5	48	1.40
7942020--7942054	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7941110--7942311	360	3.4	359	94	3	2118	43	2	5	48	1.40
7942260--7942294	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7942459--7942549	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
7942530--7942598	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
7942530--7942598	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
7942684--7942734	10	5.7	9	73	17	52	60	0	1	37	1.08
7943824--7943946	63	2.0	63	85	3	167	39	1	7	51	1.40
7944204--7944273	31	2.3	29	83	9	79	31	14	11	42	1.81
7945821--7945854	16	2.1	16	89	10	52	67	0	0	32	0.91
7947584--7947850	75	3.6	74	82	6	297	34	21	21	21	1.97
7951448--7951473	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
7952494--7952530	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
7956000--7956072	26	2.8	26	97	0	137	20	23	26	30	1.99
7956460--7956514	13	4.0	13	77	11	56	21	32	20	25	1.97
7956458--7956527	14	5.0	14	76	13	63	21	31	22	24	1.98
7956460--7956543	42	2.0	41	83	6	105	21	33	21	23	1.97
7958026--7958066	6	5.9	7	86	13	50	14	2	0	82	0.76
7958031--7958068	20	1.9	19	94	5	67	15	0	0	84	0.63
7958562--7958613	10	5.0	10	75	15	52	71	0	1	26	0.97
7958562--7958615	20	2.6	22	77	19	62	70	0	1	27	0.98
7966070--7966102	5	6.4	5	93	6	57	18	0	0	81	0.68
7972609--7972874	131	2.1	131	88	4	400	44	16	8	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7977802--7977856	27	2.0	27	85	0	74	47	12	16	23	1.81
7981059--7981123	31	2.1	31	85	2	87	41	7	10	40	1.69
7982499--7982578	25	3.2	25	80	10	101	27	25	22	25	2.00
7993376--7993411	14	2.6	14	90	0	54	38	2	0	58	1.13
8004724--8004846	43	2.9	43	85	0	147	30	31	21	17	1.96
8004816--8004876	30	2.0	30	93	6	106	29	34	21	14	1.93
8004846--8005068	44	5.1	44	87	2	263	29	33	21	16	1.95
8004749--8004963	116	1.9	116	90	0	349	30	33	21	13	1.93
8005338--8005379	9	4.7	9	90	0	57	2	26	40	30	1.69
8005334--8005379	18	2.6	18	82	0	65	4	26	41	28	1.74
8010993--8011032	16	2.5	16	91	0	71	27	0	22	50	1.50
8010983--8011037	9	6.6	9	75	21	57	30	0	23	45	1.53
8011089--8011130	22	1.9	22	85	0	57	33	7	14	45	1.72
8011106--8011235	38	3.2	40	80	14	133	35	0	16	47	1.52
8011111--8011167	9	6.6	9	82	8	73	33	0	19	47	1.50
8011232--8011425	69	2.8	69	88	4	286	45	4	6	43	1.48
8011600--8011651	27	2.0	26	81	11	61	63	3	1	30	1.23
8012704--8012746	11	3.6	12	78	9	52	13	0	46	39	1.44
8013498--8013538	19	2.1	20	82	13	50	46	0	4	48	1.23
8014262--8014351	15	5.9	15	71	14	69	33	46	0	20	1.51
8014262--8014350	7	11.9	7	72	13	70	32	47	0	20	1.50
8014262--8014350	22	4.3	22	80	13	116	32	47	0	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8014970--8015124	41	3.8	41	73	17	126	39	29	16	15	1.89
8014993--8015124	41	3.2	41	74	13	128	38	28	17	15	1.91
8014969--8015124	82	1.9	82	85	10	221	39	28	16	15	1.89
8017365--8017443	38	2.1	38	93	4	135	35	24	11	29	1.90
8019491--8019539	22	2.2	22	92	0	80	28	20	14	36	1.92
8022362--8022402	18	2.2	20	86	8	59	58	0	0	41	0.98
8022902--8022932	15	2.1	15	93	0	53	38	0	0	61	0.96
8023449--8023800	115	3.1	116	91	1	566	50	21	7	21	1.74
8026369--8026410	21	2.0	22	86	13	61	33	21	4	40	1.74
8027804--8027866	21	3.0	22	77	13	69	42	3	1	52	1.27
8028086--8028125	19	2.1	19	85	0	53	47	0	2	50	1.14
8029366--8029415	22	2.3	22	89	0	73	36	16	18	30	1.92
8029783--8029824	14	3.1	14	83	16	61	30	0	0	69	0.89
8030482--8030533	24	2.2	24	85	0	68	50	7	5	36	1.55
8033211--8033262	24	2.2	24	85	0	68	50	9	3	36	1.54
8035756--8035792	19	1.9	19	94	0	65	27	21	10	40	1.86
8037294--8037536	66	3.7	67	79	5	260	24	25	18	31	1.97
8037294--8037536	132	1.8	133	84	4	339	24	25	18	31	1.97
8041042--8041069	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
8043094--8043151	27	2.2	26	81	9	64	6	24	1	67	1.25
8043285--8043328	21	2.1	21	95	0	79	34	9	11	45	1.72
8044139--8044183	10	4.5	10	83	10	65	77	2	11	8	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8044139--8044183	21	2.2	20	88	7	65	77	2	11	8	1.07
8044139--8044186	15	3.2	15	74	11	53	77	2	12	8	1.08
8050998--8051046	25	2.0	24	92	4	80	55	0	0	44	0.99
8052475--8052599	26	4.8	26	87	1	144	36	11	20	31	1.88
8058430--8058557	36	3.1	42	76	15	110	29	21	11	37	1.89
8058474--8058577	36	2.9	36	94	0	181	30	19	10	39	1.85
8064196--8064294	49	2.0	49	96	0	180	47	16	3	33	1.62
8067633--8067730	20	4.9	21	86	8	141	43	21	26	8	1.80
8067633--8067730	40	2.5	40	94	0	169	43	21	26	8	1.80
8074929--8074957	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
8074983--8075036	19	3.0	18	83	8	74	42	1	0	55	1.10
8074987--8075038	17	3.1	17	81	15	63	42	1	0	55	1.10
8081558--8081587	8	3.8	8	100	0	60	63	0	0	36	0.95
8086704--8086734	7	4.3	7	95	4	53	29	0	0	70	0.87
8086735--8086778	19	2.4	18	84	3	52	65	6	0	27	1.17
8087004--8087230	117	1.9	117	83	5	289	44	13	12	29	1.80
8088343--8088379	15	2.5	15	91	4	58	48	0	5	45	1.25
8091041--8091076	19	1.9	19	88	5	56	52	8	2	36	1.46
8091067--8091109	18	2.4	19	84	11	63	51	0	0	48	1.00
8091131--8091156	8	3.2	8	100	0	52	57	0	0	42	0.98
8096873--8096898	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
8096946--8096975	10	3.0	10	90	0	51	76	0	23	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8096947--8096990	16	2.8	16	86	6	54	70	0	27	2	0.99
8097425--8097467	13	3.3	13	75	12	52	32	2	23	41	1.67
8097417--8097468	26	2.0	26	100	0	104	34	3	19	42	1.69
8107932--8107987	26	2.2	26	83	6	69	41	7	16	35	1.75
8115351--8115412	13	4.6	13	79	15	72	77	14	8	0	0.98
8115351--8115386	19	1.9	18	88	5	54	83	8	8	0	0.82
8122989--8123018	15	2.0	15	93	0	51	36	16	0	46	1.47
8124572--8124651	40	2.0	40	90	0	124	28	11	21	38	1.88
8138316--8138346	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
8149451--8149480	15	2.1	14	93	6	51	10	10	6	73	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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