genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  3  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
646891--646959	27	2.6	27	79	6	70	47	1	1	49	1.19
651862--651936	20	3.7	20	70	7	60	21	36	1	41	1.62
654207--654242	19	1.9	19	88	5	56	41	2	2	52	1.30
658348--658481	39	3.2	39	79	16	126	56	0	1	41	1.13
658411--658449	11	3.5	11	96	0	69	58	0	0	41	0.98
658435--658495	29	2.2	29	91	5	99	67	0	1	31	1.01
662508--662582	20	3.7	20	70	7	60	21	36	1	41	1.62
664435--664473	11	3.5	11	96	0	69	61	0	0	38	0.96
664449--664521	29	2.6	27	85	8	110	65	0	1	32	1.01
664424--664502	39	2.0	40	85	7	108	62	0	1	36	1.04
664424--664502	38	2.0	39	87	7	115	62	0	1	36	1.04
666594--666960	46	7.6	49	85	8	422	34	13	22	29	1.93
666594--666960	98	3.7	97	83	9	483	34	13	22	29	1.93
666608--666961	196	1.8	196	93	0	609	34	13	22	28	1.93
666924--667069	37	4.0	37	91	1	233	36	15	22	24	1.93
666594--666965	144	2.6	143	89	7	391	34	14	22	29	1.93
668481--668514	17	2.0	17	88	0	50	20	32	26	20	1.97
668712--668794	42	2.0	43	88	4	125	30	2	0	67	1.03
673253--673285	17	1.9	17	88	11	50	39	12	6	42	1.67
675464--675545	27	3.0	26	77	7	83	26	9	19	43	1.82
677624--677714	48	1.9	48	84	6	123	18	13	26	41	1.87
677776--677818	21	2.0	21	95	0	77	34	9	23	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678274--678320	24	2.0	24	83	8	60	48	4	12	34	1.61
684698--684771	28	2.6	28	84	4	94	44	14	14	25	1.84
684737--684860	60	2.1	59	84	4	160	50	13	12	24	1.76
689978--690061	9	9.4	9	72	20	61	63	1	0	35	1.03
690170--690221	17	3.0	17	80	8	61	34	1	0	63	1.06
692744--692768	12	2.1	12	100	0	50	8	16	68	8	1.38
693473--693500	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
693792--693888	46	2.1	46	83	5	117	26	19	19	34	1.96
700870--700913	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
700874--700916	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
709083--709118	15	2.4	15	85	0	54	44	8	0	47	1.33
717703--717749	24	2.0	24	91	0	76	36	6	0	57	1.24
717811--717885	27	2.8	27	85	2	98	26	29	28	16	1.96
717930--717981	19	2.7	19	87	0	68	25	0	7	67	1.17
717988--718013	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
718018--718086	28	2.5	28	95	2	122	42	10	0	47	1.37
718775--718830	28	2.0	28	96	0	103	35	0	8	55	1.31
719041--719075	18	1.9	18	88	0	52	11	0	5	82	0.82
719066--719135	28	2.5	29	93	6	119	48	0	10	41	1.36
721498--721527	16	1.9	16	93	6	53	53	6	6	33	1.53
721849--721984	69	2.0	69	92	0	227	45	19	8	25	1.79
728126--728163	19	2.0	19	89	0	58	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729833--729859	14	1.9	14	100	0	54	37	7	18	37	1.79
730904--731048	77	1.9	76	85	1	200	42	3	12	41	1.59
731205--731541	166	2.0	166	99	0	665	32	11	9	46	1.72
736299--736337	20	1.9	20	89	5	60	56	0	0	43	0.99
748767--748826	28	2.1	29	81	9	70	33	1	3	61	1.22
752898--752939	20	2.0	21	90	4	68	66	0	7	26	1.17
752964--753040	26	2.8	26	82	11	75	29	0	2	67	1.04
764317--764360	20	2.2	20	84	12	54	22	27	15	34	1.95
766287--766324	20	2.0	20	89	5	60	42	0	5	52	1.24
766289--766360	18	3.9	18	71	10	56	36	0	9	54	1.34
766287--766330	20	2.3	20	84	7	56	45	0	6	47	1.29
769637--769672	14	2.6	14	90	0	54	38	8	25	27	1.84
769659--769704	20	2.3	20	85	10	60	28	10	17	43	1.82
777975--778436	44	10.7	45	72	11	256	25	23	20	29	1.99
777975--778351	87	4.3	87	75	7	311	25	23	21	29	1.99
778052--778435	174	2.2	170	87	4	549	26	23	19	30	1.98
779852--779884	1	33.0	1	100	0	66	0	0	0	100	0.00
789211--789253	14	2.9	14	86	13	52	0	13	11	74	1.07
800928--800959	4	8.0	4	92	0	55	28	0	21	50	1.49
800925--800959	12	2.9	12	95	0	61	31	0	20	48	1.50
804019--804148	31	4.3	31	76	13	126	26	15	10	47	1.78
804021--804210	90	2.1	90	83	2	231	25	16	11	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809666--809715	23	2.2	23	96	0	91	28	12	20	40	1.87
813864--813909	17	2.8	16	83	6	65	54	2	0	43	1.12
819018--819145	67	1.9	68	88	1	195	42	17	13	27	1.86
832217--832274	23	2.7	22	82	12	68	50	12	1	36	1.50
835934--835986	26	2.0	26	96	0	97	45	7	11	35	1.69
839089--839135	23	2.0	23	100	0	94	48	12	12	25	1.77
841304--841335	16	2.0	16	100	0	64	25	12	43	18	1.85
841652--841678	14	1.9	14	100	0	54	22	14	14	48	1.81
842779--842851	20	3.7	19	78	12	76	39	2	6	50	1.43
848825--848880	20	2.7	21	75	10	53	64	3	16	16	1.43
863563--863602	20	2.0	21	85	5	55	10	27	0	62	1.27
864631--864669	19	2.1	18	90	9	60	76	0	20	2	0.90
864631--864675	21	2.2	20	84	4	54	75	0	22	2	0.91
888976--889017	20	2.1	20	100	0	84	30	14	21	33	1.93
893608--893659	27	1.9	27	84	7	70	59	0	0	40	0.97
894047--894073	14	1.9	14	100	0	54	74	0	25	0	0.83
896377--896411	15	2.3	15	95	0	61	42	0	8	48	1.33
898236--898318	43	2.0	42	90	7	132	49	2	3	44	1.32
898354--898402	17	2.9	17	90	3	73	63	6	28	2	1.30
899234--899369	40	3.4	41	78	9	165	25	16	25	33	1.96
899234--899337	37	2.7	38	83	5	129	25	16	24	33	1.96
915200--915368	68	2.5	68	84	3	216	23	11	20	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915200--915400	68	3.0	68	81	4	183	21	12	20	45	1.83
915593--915730	72	1.9	70	86	2	195	36	6	31	26	1.82
923194--923259	30	2.3	30	89	7	102	34	6	6	53	1.51
925623--925661	17	2.4	16	83	8	51	69	5	2	23	1.21
925724--925803	24	3.4	23	77	11	74	71	3	1	23	1.10
930763--930812	21	2.4	20	80	9	55	64	2	4	30	1.23
932682--932818	39	3.5	40	84	4	172	31	5	18	44	1.72
942781--942856	11	6.8	11	71	21	52	39	2	1	56	1.21
944095--944124	15	1.9	15	93	6	51	36	0	6	56	1.26
945434--945483	25	2.0	25	100	0	100	24	8	24	44	1.80
945933--946001	3	23.7	3	78	11	72	34	2	1	60	1.20
946718--946751	16	2.0	18	88	11	54	50	0	20	29	1.49
948845--948899	25	2.2	25	87	6	76	21	25	16	36	1.94
956512--956592	38	2.1	38	100	0	162	29	4	22	43	1.74
959537--959576	19	2.0	20	90	4	64	17	15	20	47	1.83
963888--963917	14	2.1	14	93	0	51	73	16	3	6	1.18
965191--965234	3	14.7	3	100	0	88	0	31	0	68	0.90
968779--968833	26	2.3	23	84	12	74	38	0	5	56	1.23
968781--968833	24	2.1	25	89	6	81	35	0	5	58	1.22
975407--975457	19	2.6	19	80	20	61	35	7	1	54	1.40
975619--975669	16	3.2	15	78	10	57	45	17	15	21	1.86
979992--980035	20	2.2	20	91	0	70	36	0	2	61	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
983592--983746	41	3.8	41	86	0	184	27	26	18	27	1.98
984536--984560	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
998448--998516	34	2.0	34	100	0	138	43	23	8	24	1.82
1001036--1001062	8	3.4	8	100	0	54	88	11	0	0	0.50
1006361--1006419	29	2.0	29	86	6	82	33	10	18	37	1.85
1012256--1012427	43	4.0	43	95	0	281	33	18	6	41	1.76
1012318--1012435	13	8.5	13	70	15	67	35	18	7	38	1.80
1012256--1012606	86	4.0	86	74	14	356	35	19	5	38	1.77
1012299--1012623	179	1.8	179	95	0	587	36	20	6	36	1.78
1012478--1012606	43	3.0	43	92	4	215	34	20	5	39	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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