genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24790934--24791186	114	2.2	115	81	7	293	25	21	28	24	1.99
24790935--24791186	75	3.3	78	84	7	270	25	21	28	24	1.99
24790935--24791221	114	2.5	113	79	8	271	26	21	28	24	1.99
24804966--24805225	40	6.6	40	86	4	289	25	20	28	25	1.99
24804966--24805225	79	3.3	77	84	4	290	25	20	28	25	1.99
24805019--24805260	79	3.1	79	84	2	301	25	20	28	24	1.99
24806801--24806825	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
24808318--24809004	47	14.6	47	96	0	1203	33	8	29	29	1.87
24809123--24809201	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
24824336--24824362	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
24826546--24826573	14	2.0	14	100	0	56	42	7	0	50	1.30
24828315--24828428	62	1.9	59	85	5	156	42	4	5	48	1.45
24830439--24830485	10	4.6	10	85	12	51	34	0	6	59	1.23
24839414--24839692	41	6.7	41	72	16	164	36	26	16	21	1.94
24839461--24839696	83	2.8	84	93	0	393	36	26	15	21	1.93
24839464--24839696	84	2.8	82	92	3	376	36	26	15	21	1.93
24841133--24841176	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
24842665--24842704	18	2.2	18	91	8	64	62	0	0	37	0.95
24842719--24842758	10	3.8	10	81	12	53	37	0	5	57	1.21
24849749--24849798	26	1.9	26	83	0	64	26	16	20	38	1.92
24849769--24849798	13	2.3	13	94	0	51	26	10	23	40	1.86
24850211--24850312	21	5.0	21	71	4	91	35	6	11	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24862261--24862381	30	4.2	29	85	5	149	26	22	27	23	2.00
24862498--24862568	26	2.7	26	82	0	97	40	22	22	14	1.89
24862594--24862738	27	5.4	27	84	4	195	15	21	20	42	1.89
24863405--24863465	5	12.4	5	79	10	72	55	0	44	0	0.99
24871270--24871606	42	8.1	42	75	9	303	35	24	16	23	1.94
24871245--24871602	84	4.3	84	87	1	481	35	25	15	23	1.94
24872613--24872645	13	2.5	13	100	0	66	39	6	18	36	1.75
24874436--24874517	42	2.0	42	82	4	103	30	23	14	31	1.94
24877230--24877590	84	4.3	84	89	3	536	36	24	16	22	1.94
24877229--24877590	42	8.7	41	76	8	340	36	24	16	22	1.94
24878589--24878623	13	2.7	13	87	12	54	37	11	17	34	1.85
24879259--24879357	30	3.4	29	87	2	137	23	24	28	24	2.00
24879243--24879357	30	4.0	28	81	10	133	26	23	26	24	2.00
24882000--24882088	30	3.0	30	83	4	101	24	21	24	29	1.99
24881997--24882088	28	3.2	28	80	7	94	26	21	23	28	1.99
24882194--24882269	26	2.9	26	88	0	116	39	25	22	13	1.90
24882438--24882577	27	5.2	27	87	0	183	15	18	21	44	1.87
24883256--24883298	5	8.4	5	89	5	68	55	0	44	0	0.99
24885878--24885918	17	2.3	19	80	16	52	31	2	2	63	1.20
24904416--24904450	17	2.1	17	89	10	54	71	0	8	20	1.11
24911984--24912340	84	4.3	84	88	2	508	35	25	16	22	1.94
24911984--24912340	167	2.2	165	89	2	529	35	25	16	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24913350--24913382	13	2.5	13	100	0	66	39	6	18	36	1.75
24915172--24915253	42	2.0	42	82	4	103	30	23	14	31	1.94
24917961--24918312	84	4.3	83	88	5	500	36	23	17	22	1.94
24917964--24918300	42	8.1	41	75	9	283	37	23	16	22	1.94
24922264--24922468	27	7.6	27	85	3	205	29	29	15	26	1.96
24922264--24922467	54	3.8	54	84	3	257	29	29	15	25	1.96
24922318--24922467	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
24930408--24930612	27	7.6	27	85	3	205	29	29	15	26	1.96
24930408--24930611	54	3.8	54	84	3	257	29	29	15	25	1.96
24930462--24930611	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
24933654--24933742	30	3.0	30	85	4	110	23	21	25	29	1.99
24933651--24933742	28	3.2	28	81	7	103	25	21	25	28	1.99
24933847--24933922	26	2.9	26	88	0	116	39	25	22	13	1.90
24934091--24934230	27	5.2	26	85	4	165	16	18	20	44	1.87
24934090--24934230	54	2.6	54	86	3	187	17	18	20	43	1.88
24934909--24934951	5	8.4	5	84	5	59	58	0	41	0	0.98
24938491--24940047	778	2.0	778	99	0	3053	32	20	15	32	1.93
24950095--24950129	17	2.1	17	89	10	54	71	0	8	20	1.11
24977013--24977122	25	4.4	25	84	0	139	30	22	22	24	1.99
24985953--24986081	51	2.5	51	79	0	168	40	5	13	40	1.68
24988966--24989094	51	2.5	51	79	0	168	40	5	13	40	1.68
24989687--24989815	51	2.5	51	78	0	159	41	13	4	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24990367--24990499	51	2.6	51	80	0	158	41	12	6	39	1.69
24992575--24992970	200	2.0	200	97	0	756	29	19	30	20	1.97
24995262--24995336	27	2.4	32	75	25	97	38	8	6	46	1.60
24995274--24995326	27	2.0	27	100	0	106	37	7	5	49	1.55
24997133--24997173	8	5.0	8	90	3	64	21	2	0	75	0.92
25000890--25000938	24	2.0	24	84	7	64	44	6	12	36	1.67
25008090--25008178	23	4.0	22	74	12	74	30	16	14	38	1.89
25008190--25008236	15	3.1	15	84	0	58	27	17	25	29	1.97
25018019--25018052	13	2.6	13	90	9	52	32	20	2	44	1.67
25036465--25036527	31	2.0	31	100	0	126	42	22	15	19	1.88
25040623--25040824	47	4.3	47	87	0	242	30	13	20	35	1.91
25042769--25042794	12	2.2	12	100	0	52	34	11	7	46	1.69
25052917--25052952	18	2.1	16	90	10	54	61	2	5	30	1.33
25054478--25055449	100	9.7	100	83	2	1121	24	18	22	33	1.97
25054542--25055434	200	4.5	200	90	0	1257	24	18	22	33	1.96
25054542--25055445	300	3.0	299	87	0	1261	24	18	22	33	1.97
25056721--25056780	21	3.3	17	75	20	59	15	15	0	70	1.18
25056735--25056772	7	5.4	7	81	12	51	15	15	0	68	1.22
25056735--25056779	14	3.1	15	84	12	58	15	15	0	68	1.21
25070949--25070986	18	2.1	18	85	9	51	52	7	13	26	1.67
25073326--25073359	16	2.3	15	90	10	52	35	5	20	38	1.77
25078959--25079003	18	2.5	19	80	20	60	44	0	13	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25079333--25079387	25	2.2	25	90	0	83	38	12	18	30	1.88
25079358--25079435	40	2.0	40	100	0	156	41	10	16	32	1.82
25081752--25081919	50	3.4	49	80	4	167	22	32	21	24	1.98
25082677--25082814	50	2.8	50	85	2	179	21	31	20	26	1.98
25082677--25082866	50	3.7	50	82	5	175	23	28	19	28	1.98
25084922--25085105	50	3.7	50	78	7	160	21	31	22	25	1.98
25085826--25086252	50	8.5	50	72	11	293	23	28	19	27	1.98
25085826--25086251	100	4.2	100	70	12	323	23	28	19	27	1.98
25085862--25086507	252	2.5	252	92	2	1042	23	28	19	28	1.98
25085826--25086512	50	13.5	50	68	16	261	23	27	19	29	1.98
25088513--25088735	48	4.6	49	75	9	145	20	28	23	27	1.99
25088552--25088796	50	4.8	50	77	9	185	22	29	21	26	1.99
25088516--25088738	98	2.3	99	78	10	235	19	29	23	27	1.98
25089444--25089636	50	3.9	50	85	2	235	22	31	18	27	1.97
25089719--25089892	50	3.4	50	83	6	197	22	30	19	27	1.98
25090229--25090285	29	1.9	30	86	10	82	31	26	7	35	1.83
25094698--25094728	14	2.2	14	100	0	62	38	6	12	41	1.69
25095835--25096187	50	6.8	50	82	5	314	23	26	20	29	1.99
25095984--25096182	56	3.7	56	91	4	302	25	28	19	27	1.99
25104298--25104495	57	3.5	57	78	5	188	28	26	14	30	1.95
25104620--25104770	52	2.9	52	83	3	169	29	23	13	33	1.94
25106595--25106632	12	3.2	12	78	14	51	18	7	0	73	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25111270--25111518	50	4.9	50	78	6	225	28	20	27	24	1.99
25111325--25111518	99	2.0	100	83	1	246	28	20	28	22	1.99
25124211--25124252	20	2.0	20	86	4	57	42	9	9	38	1.70
25125217--25125249	13	2.4	14	85	10	50	72	0	0	27	0.85
25133834--25133980	74	1.9	75	89	4	224	41	12	16	29	1.85
25136706--25136763	24	2.4	24	80	11	73	46	18	13	20	1.83
25138912--25138952	20	1.9	21	85	14	57	46	2	0	51	1.14
25138875--25138959	39	2.2	40	78	16	90	43	3	1	51	1.26
25139284--25139324	21	2.0	21	85	0	55	31	2	14	51	1.56
25140561--25140620	30	2.0	30	90	0	93	55	13	5	26	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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