genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22766361--22766387	10	2.7	10	100	0	54	22	0	22	55	1.44
22768622--22768678	21	2.7	21	83	5	62	14	29	5	50	1.64
22776446--22776474	13	2.1	14	93	6	51	68	17	0	13	1.20
22779242--22779385	28	5.2	28	93	3	229	33	25	12	28	1.92
22779242--22779385	55	2.6	54	90	5	216	33	25	12	28	1.92
22779831--22779856	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
22787682--22787757	27	2.8	27	97	0	143	32	26	11	28	1.92
22788260--22788286	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
22796285--22796400	40	2.9	41	82	2	153	25	29	12	33	1.92
22796285--22796439	81	1.9	82	81	6	190	24	29	14	31	1.94
22796846--22796885	21	2.0	21	85	5	55	12	22	0	65	1.26
22804413--22804511	34	2.9	34	76	3	99	44	19	23	13	1.85
22812069--22812121	5	10.6	5	85	0	70	26	33	0	39	1.57
22812069--22812121	15	3.5	15	86	0	79	26	33	0	39	1.57
22813024--22813072	23	2.1	23	96	0	89	30	24	16	28	1.96
22813049--22813390	51	6.7	51	78	5	329	30	25	14	29	1.95
22813049--22813391	102	3.4	102	86	1	449	30	25	14	29	1.95
22818148--22818312	41	4.1	41	77	7	167	38	19	18	23	1.93
22818144--22818296	82	1.9	81	82	9	195	35	18	19	25	1.95
22818144--22818308	81	2.0	81	81	9	194	36	20	18	24	1.94
22821161--22821219	29	2.0	29	90	0	91	38	11	1	47	1.50
22833912--22833973	25	2.5	25	81	0	70	30	19	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22835961--22836004	23	1.9	23	86	9	63	52	4	0	43	1.22
22838472--22838524	26	2.0	26	96	0	97	35	13	11	39	1.80
22847503--22847548	24	2.0	23	86	4	65	73	6	6	13	1.22
22848616--22848696	5	15.4	5	76	20	69	74	2	3	19	1.09
22848614--22848691	40	2.0	39	85	12	106	73	2	3	20	1.12
22848832--22848866	5	7.0	5	93	0	61	42	0	57	0	0.99
22863829--22863878	18	2.8	18	82	8	57	6	30	4	60	1.39
22863851--22863892	15	2.5	18	85	11	54	4	23	0	71	1.05
22865024--22865076	18	2.9	18	81	8	54	18	7	1	71	1.19
22866702--22866728	8	3.4	8	100	0	54	51	11	0	37	1.37
22872032--22872074	15	2.9	15	93	3	70	41	6	6	44	1.58
22876688--22876738	26	2.0	26	92	0	84	11	21	35	31	1.90
22876791--22876842	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
22876609--22876874	103	2.6	104	92	1	437	18	19	30	30	1.96
22884146--22884196	26	2.0	26	92	0	84	11	25	31	31	1.92
22884246--22884297	27	1.9	27	96	0	95	13	25	32	28	1.93
22884067--22884332	102	2.6	103	87	7	389	18	21	29	30	1.97
22886110--22886252	50	2.8	50	88	1	205	20	30	23	25	1.99
22886589--22886646	30	1.9	31	82	6	75	27	22	6	43	1.79
22889254--22889438	79	2.3	81	83	7	227	23	22	27	25	2.00
22889255--22889438	40	4.6	39	82	9	203	23	22	27	25	2.00
22889307--22889471	79	2.1	79	84	4	208	25	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22894119--22894156	18	2.1	18	90	0	58	31	26	10	31	1.90
22901956--22901980	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22904165--22904324	67	2.4	67	81	6	171	38	5	16	40	1.72
22904409--22904543	70	2.0	68	81	8	157	39	9	17	33	1.83
22904710--22904848	70	2.0	70	84	8	185	38	8	16	35	1.80
22905729--22905769	12	3.8	12	81	18	54	41	7	0	51	1.30
22907406--22907471	31	2.1	31	88	0	96	27	34	13	24	1.93
22912921--22912993	26	2.8	26	85	0	101	28	10	27	32	1.91
22913365--22913454	40	2.2	40	90	0	144	38	15	25	20	1.91
22914091--22914141	23	2.2	23	89	6	77	41	19	9	29	1.84
22920017--22920105	35	2.5	35	78	3	99	31	21	16	30	1.96
22921732--22921956	40	5.7	40	85	5	287	24	22	27	25	2.00
22921732--22921979	119	2.1	119	80	7	272	25	21	27	25	2.00
22924806--22924895	38	2.3	39	86	1	119	22	23	12	42	1.87
22924963--22925082	40	3.0	40	81	0	141	22	20	21	35	1.96
22925020--22925089	20	3.5	20	70	1	70	24	22	21	31	1.98
22936033--22936083	20	2.5	20	75	12	59	25	13	19	41	1.88
22938775--22938836	20	3.1	20	76	0	52	32	8	11	48	1.68
22944323--22944385	15	4.3	15	73	19	53	6	26	1	65	1.26
22944377--22944421	19	2.3	20	85	11	58	4	13	6	75	1.15
22946519--22946564	22	2.0	22	87	8	65	26	13	2	58	1.46
22947762--22947827	31	2.1	31	88	0	96	27	34	13	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22949123--22949191	22	2.9	23	76	10	68	17	10	27	44	1.80
22949348--22949392	22	2.0	22	87	8	65	28	0	17	53	1.44
22966011--22966043	13	2.5	13	90	0	57	45	15	0	39	1.46
22970768--22970810	22	2.0	22	86	9	61	30	0	20	48	1.50
22970751--22970820	26	2.8	25	71	20	67	28	0	22	48	1.51
22972917--22972954	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
22979204--22979723	47	11.1	47	93	0	817	32	8	30	28	1.87
22986470--22986507	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
22991450--22991489	20	2.0	21	85	5	55	40	2	10	47	1.50
22992561--22992593	14	2.4	14	90	5	50	12	9	0	78	0.95
22999096--22999136	11	3.9	11	81	9	50	29	0	12	58	1.34
23003550--23003596	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
23011678--23011900	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
23023198--23023345	47	3.2	46	78	3	152	22	11	21	44	1.84
23024722--23024805	32	2.5	34	88	3	118	28	11	26	33	1.92
23032534--23032569	16	2.2	16	95	0	63	22	0	36	41	1.54
23032550--23032640	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
23032784--23032838	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
23032790--23032838	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
23032691--23033161	156	3.0	156	94	0	807	43	3	6	47	1.45
23032960--23032994	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23036382--23036756	183	2.0	183	98	0	723	44	7	10	37	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23042421--23042462	18	2.2	20	83	8	52	47	0	16	35	1.47
23042530--23042567	19	2.0	18	90	10	58	47	0	13	39	1.42
23045477--23045589	47	2.4	48	85	5	142	23	13	23	39	1.90
23058324--23058368	18	2.5	18	82	7	56	44	0	11	44	1.39
23058551--23058605	3	18.7	3	74	10	51	67	3	1	27	1.17
23060138--23060231	44	2.1	45	84	2	118	27	27	12	31	1.93
23060261--23060631	132	2.8	132	88	1	564	26	22	20	29	1.98
23060649--23061536	100	8.9	100	91	0	1328	25	24	20	29	1.99
23061357--23061531	50	3.5	49	67	12	131	24	26	20	28	1.99
23062830--23062865	6	5.7	6	87	12	54	13	16	0	69	1.19
23068022--23068076	3	18.7	3	74	10	51	67	3	1	27	1.17
23070826--23070868	18	2.4	17	85	11	59	46	0	0	53	1.00
23071305--23071335	15	2.1	15	100	0	62	45	0	6	48	1.28
23091236--23091286	12	4.2	12	79	0	57	19	23	5	50	1.69
23098684--23098722	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
23098971--23099111	49	2.8	51	78	8	148	23	28	21	26	1.99
23103235--23103260	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
23103249--23103381	40	3.3	40	81	2	160	34	18	21	25	1.96
23103437--23103590	41	3.8	41	85	1	202	20	20	29	28	1.98
23103866--23103919	7	7.6	7	78	12	56	18	1	29	50	1.58
23103871--23103919	14	3.4	14	86	13	64	16	2	32	48	1.57
23104134--23104184	21	2.7	17	82	17	57	15	13	15	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23104134--23104184	18	2.6	21	87	9	72	15	13	15	54	1.71
23104225--23104258	7	4.7	7	88	3	50	26	0	32	41	1.56
23104225--23104265	14	2.9	14	88	3	55	24	0	34	41	1.55
23104246--23104335	7	12.7	7	77	2	72	23	0	43	33	1.54
23104260--23104321	21	3.0	21	95	4	108	24	0	46	29	1.53
23104927--23104977	26	2.0	26	88	3	77	52	13	5	27	1.63
23107566--23107621	20	2.5	22	83	11	62	51	3	3	41	1.36
23107680--23107901	43	5.2	43	82	4	234	26	16	30	26	1.97
23107642--23107888	86	2.9	84	81	5	255	25	16	31	26	1.96
23123699--23123741	15	2.8	16	79	13	54	30	0	11	58	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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