genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  27  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7281791--7281958	88	1.9	88	81	4	205	28	26	25	20	1.99
7281949--7282223	132	2.1	132	84	1	354	30	17	25	26	1.97
7281936--7282195	44	5.9	44	87	0	376	28	18	26	26	1.98
7281949--7282235	44	6.5	44	83	4	157	30	17	25	26	1.97
7281936--7282235	88	3.4	88	82	2	343	29	18	25	26	1.98
7282317--7282794	50	9.6	50	70	5	331	33	21	20	24	1.97
7282262--7282806	100	5.5	100	91	1	844	33	21	20	25	1.97
7287043--7287068	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
7289926--7289988	30	2.1	30	100	0	126	44	3	12	39	1.59
7299280--7299447	81	2.1	81	98	0	327	29	11	16	42	1.84
7303290--7303339	21	2.4	21	96	0	91	34	4	8	54	1.49
7313570--7313600	15	2.0	16	93	6	55	51	0	0	48	1.00
7317842--7317903	14	4.1	14	73	15	52	30	0	20	48	1.50
7318208--7318255	21	2.3	20	79	10	51	29	2	31	37	1.69
7318313--7318362	20	2.4	21	90	6	84	20	0	46	34	1.51
7319844--7319890	22	2.1	22	100	0	94	40	4	12	42	1.63
7321093--7321137	18	2.5	18	96	0	81	48	11	0	40	1.39
7321097--7321137	9	4.6	9	81	0	55	46	12	0	41	1.41
7321159--7321192	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
7321209--7321351	46	3.2	46	73	18	176	48	16	0	34	1.47
7321209--7321390	86	2.1	86	98	0	355	49	17	0	33	1.47
7321252--7321390	40	3.3	40	75	18	156	51	16	0	32	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7321419--7322083	9	72.2	9	77	11	559	45	17	0	36	1.54
7326177--7326224	21	2.3	21	88	0	69	33	20	43	2	1.64
7326644--7326779	43	3.2	41	80	12	143	28	21	22	27	1.99
7326658--7326994	85	4.0	83	83	4	374	25	21	20	33	1.97
7326658--7326994	42	7.9	43	83	3	364	25	21	20	33	1.97
7328379--7328414	14	2.6	15	83	16	51	41	11	2	44	1.54
7331777--7331819	22	2.0	22	85	0	59	11	18	25	44	1.84
7331978--7332076	43	2.3	43	84	1	128	21	24	28	26	1.99
7331990--7332098	43	2.5	42	79	7	128	26	24	24	23	2.00
7332065--7332183	43	2.8	42	76	13	107	29	31	17	21	1.96
7332191--7332311	43	2.8	43	75	0	116	28	24	16	30	1.97
7332618--7332730	21	5.4	21	83	0	109	7	41	15	35	1.75
7332618--7332719	42	2.4	42	83	0	132	6	42	15	35	1.74
7332701--7332867	66	2.5	66	85	3	203	13	28	17	40	1.88
7338258--7338588	9	38.8	9	70	17	217	30	1	20	47	1.61
7338264--7338588	25	13.0	25	74	16	143	30	1	20	47	1.61
7338295--7338536	34	6.9	34	70	17	154	30	1	20	47	1.58
7338263--7338566	114	2.7	113	90	5	456	30	1	20	47	1.60
7338263--7338614	34	10.3	34	70	18	152	30	1	19	47	1.59
7338263--7338618	114	3.1	114	85	9	448	30	1	19	48	1.59
7338635--7339066	121	3.6	121	95	1	751	46	6	8	39	1.58
7338857--7338916	32	1.9	32	86	10	88	50	5	0	45	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7339090--7339181	13	6.9	13	74	18	91	43	1	9	45	1.44
7339073--7339181	40	2.7	40	92	0	182	42	1	11	44	1.50
7339216--7339248	10	3.1	11	86	8	50	36	21	9	33	1.85
7343228--7343344	7	16.0	7	68	15	58	33	43	0	22	1.59
7343229--7343324	15	6.5	15	80	9	99	32	44	1	21	1.59
7343229--7343341	22	5.1	22	77	2	118	31	45	0	22	1.59
7343251--7343323	29	2.4	30	84	4	103	30	45	1	23	1.61
7344156--7344307	41	3.7	42	69	8	107	32	26	17	23	1.96
7344475--7344565	40	2.3	39	77	9	96	20	23	21	34	1.97
7345595--7345634	19	2.2	18	86	4	53	40	2	0	57	1.12
7345645--7345724	38	2.0	40	85	4	110	62	2	3	31	1.26
7345719--7345970	136	1.9	136	82	1	317	48	14	13	23	1.79
7348095--7348134	17	2.2	19	86	8	57	40	2	0	57	1.12
7349044--7349091	22	2.3	22	85	7	64	77	6	2	14	1.06
7349043--7349092	21	2.5	19	81	12	55	74	6	2	18	1.12
7350307--7350353	10	4.7	11	75	21	50	21	2	6	70	1.20
7350306--7350350	19	2.3	20	85	11	58	20	2	4	73	1.11
7352706--7352760	24	2.3	24	90	0	83	25	7	21	45	1.77
7352716--7352762	24	2.0	24	100	0	94	25	4	21	48	1.68
7352950--7352991	22	1.9	22	90	0	66	7	19	16	57	1.62
7360520--7360561	20	2.1	20	86	8	59	35	2	0	61	1.09
7361966--7362017	9	5.8	9	86	0	77	26	9	17	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7361966--7362020	18	3.1	18	94	0	101	27	9	16	47	1.76
7364415--7365416	42	23.8	42	82	1	988	23	17	18	41	1.90
7370709--7370746	19	2.0	20	94	5	69	13	15	2	68	1.32
7371591--7371632	6	7.0	6	94	0	57	42	0	40	16	1.48
7371591--7371632	12	3.5	12	90	0	66	42	0	40	16	1.48
7377960--7378002	21	2.1	20	86	4	59	32	16	11	39	1.84
7380781--7380856	38	2.0	38	87	5	109	48	11	15	23	1.78
7391327--7391692	180	2.0	180	94	0	642	40	18	10	30	1.85
7392390--7392594	44	4.6	44	82	2	223	30	18	21	29	1.97
7392526--7392894	146	2.5	147	86	2	494	32	18	19	29	1.96
7392526--7392849	51	6.6	50	69	13	185	33	18	18	29	1.95
7392821--7392922	44	2.3	44	89	0	150	26	17	25	30	1.97
7392821--7392937	44	2.7	43	80	7	119	28	15	25	30	1.96
7393971--7394008	20	1.9	20	88	0	58	39	7	7	44	1.63
7395198--7395237	21	1.9	21	89	0	62	67	2	2	27	1.16
7395838--7395880	23	1.9	23	85	4	61	37	4	20	37	1.74
7405520--7405551	14	2.3	14	94	0	55	46	0	3	50	1.17
7407855--7407896	21	2.0	21	86	9	59	52	4	4	38	1.44
7409848--7410018	47	3.6	47	85	3	229	23	21	18	36	1.95
7411742--7411842	45	2.2	45	83	10	134	21	16	18	42	1.89
7413648--7413678	15	2.0	16	93	6	55	58	0	3	38	1.15
7414449--7414499	26	1.9	27	81	18	63	78	3	11	5	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7414753--7414789	17	2.2	17	95	0	65	8	24	48	18	1.75
7415695--7416454	44	17.3	44	63	5	271	29	26	18	26	1.98
7415660--7416468	88	9.2	88	89	1	1124	28	26	18	26	1.98
7417726--7417783	13	4.5	13	83	12	68	15	15	0	68	1.20
7417726--7417760	7	5.1	7	93	6	63	14	17	0	68	1.21
7418283--7418387	6	17.8	6	72	18	51	2	15	2	79	0.97
7418260--7418363	48	2.2	48	84	8	149	3	15	4	75	1.11
7418312--7418380	17	3.9	17	76	14	59	2	15	2	78	1.00
7423015--7423062	18	2.7	17	81	9	60	64	8	0	27	1.22
7423010--7423062	21	2.6	21	82	8	65	64	7	0	28	1.21
7426361--7426615	127	2.0	127	100	0	510	43	10	4	41	1.59
7426570--7426632	26	2.3	26	75	5	63	38	3	1	57	1.24
7426691--7426728	19	2.1	19	85	9	53	44	2	5	47	1.39
7427331--7427498	73	2.3	72	85	1	228	26	23	25	25	2.00
7427410--7427658	115	2.2	115	88	2	358	24	21	25	28	1.99
7427590--7427699	41	2.7	41	89	0	166	20	20	30	29	1.98
7428048--7428102	15	3.6	15	82	2	56	23	1	38	36	1.66
7428365--7428442	37	2.1	37	85	0	102	19	2	41	37	1.65
7428395--7428488	7	12.7	7	68	22	50	17	0	47	35	1.47
7428395--7428488	14	6.4	14	73	17	75	17	0	47	35	1.47
7428403--7428502	31	3.2	31	87	2	139	17	0	45	38	1.48
7428872--7429178	149	2.1	149	92	0	508	30	17	14	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7429044--7429504	109	4.2	109	96	0	825	32	16	12	38	1.86
7429044--7429869	217	3.6	218	74	15	847	32	16	13	38	1.87
7429370--7429651	149	1.9	147	92	1	474	30	17	14	37	1.89
7429519--7429869	109	3.2	109	93	1	598	32	15	13	37	1.87
7429153--7430129	365	2.7	365	96	1	1776	32	16	13	38	1.87
7429644--7430239	260	2.3	258	93	1	1014	32	16	12	37	1.87
7429903--7430129	109	2.1	109	93	1	384	34	16	12	36	1.87
7433207--7433403	43	4.6	42	82	3	234	19	18	27	34	1.95
7433207--7433384	85	2.1	85	84	0	239	18	18	28	34	1.95
7459033--7459082	15	3.4	15	73	13	50	28	4	2	66	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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