genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21305521--21305552	13	2.6	12	90	9	55	25	12	18	43	1.85
21306754--21306966	72	2.9	72	78	2	203	24	16	16	41	1.89
21306871--21306972	36	2.8	38	77	7	111	23	17	17	41	1.90
21306743--21306952	36	5.9	34	67	13	118	23	16	17	42	1.89
21308394--21308488	47	2.0	47	83	0	118	28	10	25	35	1.89
21313095--21313137	19	2.3	18	84	4	59	60	4	0	34	1.17
21313172--21313200	7	4.1	7	100	0	58	58	0	0	41	0.98
21316610--21316649	4	10.0	4	100	0	80	50	25	0	25	1.50
21317431--21317471	21	2.0	21	85	0	55	24	2	29	43	1.67
21320196--21320242	17	2.8	17	79	20	62	55	6	2	36	1.37
21320501--21320559	29	2.0	31	83	6	77	40	0	38	20	1.53
21320772--21320808	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
21321596--21321654	22	2.7	22	83	0	82	54	8	15	22	1.68
21324699--21324723	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
21327574--21327605	12	2.7	12	100	0	64	50	0	6	43	1.27
21331836--21331995	74	2.1	75	84	4	207	50	11	12	25	1.74
21333408--21333632	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
21333410--21333632	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
21334756--21334881	56	2.2	57	94	4	227	22	22	9	46	1.80
21341328--21341511	40	4.7	40	82	6	207	25	28	22	24	1.99
21341328--21341511	79	2.3	80	78	9	198	25	28	22	24	1.99
21342639--21342758	56	2.1	56	96	0	222	23	23	8	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21347585--21347700	25	4.6	25	78	4	110	31	18	25	25	1.98
21351706--21352476	384	2.0	384	99	0	1533	32	14	20	32	1.92
21363607--21363654	23	2.0	25	84	12	64	50	6	14	29	1.67
21364979--21365044	32	2.1	32	97	0	123	27	12	3	57	1.49
21372229--21372401	45	3.9	45	76	6	138	45	13	18	23	1.84
21372324--21372560	45	5.3	45	82	2	253	40	16	20	23	1.91
21372324--21372541	90	2.4	90	86	1	312	39	15	21	23	1.91
21376059--21376085	6	4.5	6	100	0	54	0	33	0	66	0.92
21384638--21384669	6	5.2	6	96	3	55	0	31	0	68	0.90
21391295--21391509	45	4.7	46	84	4	238	46	15	20	17	1.84
21393286--21393315	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
21401246--21401284	3	13.3	3	89	5	62	30	2	0	66	1.05
21401246--21401281	14	2.5	14	86	4	54	30	2	0	66	1.06
21401250--21401287	17	2.2	17	95	0	67	31	2	0	65	1.06
21405013--21405059	18	2.7	19	84	12	57	14	17	4	63	1.45
21405830--21405871	6	7.0	6	94	0	75	80	16	2	0	0.81
21406407--21406451	15	3.1	14	87	9	63	71	0	15	13	1.15
21407711--21408257	132	4.1	132	93	1	891	29	19	24	27	1.98
21407775--21408259	44	11.0	44	70	10	256	28	19	24	27	1.98
21409845--21409883	3	13.3	3	89	5	62	30	2	0	66	1.05
21409845--21409880	14	2.5	14	86	4	54	30	2	0	66	1.06
21409849--21409886	17	2.2	17	95	0	67	31	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21410314--21410453	66	2.1	66	98	0	271	35	17	2	44	1.63
21411800--21411829	16	1.9	16	93	6	53	0	10	6	83	0.81
21419929--21419992	31	2.1	31	96	0	119	54	9	20	15	1.68
21422151--21422197	23	2.0	23	91	0	76	31	14	10	42	1.80
21422288--21422406	51	2.3	51	82	2	141	33	17	8	40	1.80
21436350--21436476	27	4.7	27	80	5	141	36	13	21	29	1.91
21436350--21436474	53	2.3	54	82	5	146	36	13	20	28	1.91
21440290--21440414	40	3.1	40	83	4	153	32	23	19	25	1.98
21440280--21440430	80	1.9	82	81	2	189	32	23	17	25	1.97
21446043--21446151	56	2.0	54	83	3	137	26	28	17	27	1.98
21452278--21452462	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
21452259--21452462	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
21460322--21460506	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
21460303--21460506	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
21466229--21466359	40	3.3	40	91	2	165	26	26	22	24	2.00
21468469--21468556	45	2.0	45	83	0	113	28	18	20	32	1.96
21477948--21478145	51	3.9	50	75	6	202	30	27	17	23	1.97
21477955--21478141	101	1.8	101	87	3	277	32	27	17	22	1.97
21492555--21492588	17	2.0	17	88	0	50	29	17	14	38	1.90
21498436--21498499	33	2.0	33	84	3	85	54	10	3	31	1.51
21499661--21499691	14	2.1	15	94	5	55	61	0	3	35	1.12
21499712--21499840	24	5.7	23	78	16	117	51	2	7	38	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21512519--21512806	150	1.9	150	97	0	549	23	11	20	44	1.84
21516369--21516520	41	3.7	41	93	0	259	30	20	25	23	1.99
21516492--21516559	26	2.6	27	93	6	122	23	19	33	23	1.97
21522056--21522117	30	2.1	30	100	0	124	38	16	17	27	1.91
21523152--21523177	11	2.4	11	100	0	52	53	19	7	19	1.68
21526172--21526223	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
21526378--21526429	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
21526140--21526507	103	3.6	102	93	2	603	30	29	19	19	1.97
21526836--21526899	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
21526843--21526899	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
21540728--21540927	29	6.9	29	74	9	126	24	27	13	35	1.93
21540858--21540954	28	3.4	29	76	17	96	29	21	10	38	1.87
21546129--21546253	43	2.9	43	86	1	171	25	21	2	50	1.61
21546842--21546880	19	2.1	19	90	4	62	56	5	17	20	1.60
21550680--21550972	39	7.5	39	84	2	284	18	33	16	32	1.93
21550815--21550958	19	7.4	20	74	11	138	14	34	18	33	1.91
21550680--21550972	78	3.8	78	86	2	340	18	33	16	32	1.93
21550693--21550972	117	2.4	116	83	1	328	18	32	15	33	1.92
21554896--21554965	23	3.0	23	83	8	88	28	8	22	40	1.84
21575756--21575800	23	2.0	23	82	8	56	31	11	22	35	1.89
21583632--21583816	50	3.7	50	79	5	198	27	22	28	22	1.99
21583624--21583808	99	1.9	97	83	7	239	28	22	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21584018--21584066	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
21590702--21590744	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
21591716--21592290	49	11.9	49	93	3	958	29	29	8	32	1.86
21591716--21592290	96	6.0	95	93	4	940	29	29	8	32	1.86
21591716--21592290	145	4.0	145	96	1	1014	29	29	8	32	1.86
21597751--21597798	21	2.3	22	85	10	73	41	4	0	54	1.20
21597760--21597802	21	2.0	21	100	0	86	37	4	0	58	1.19
21602534--21602587	16	3.4	16	70	27	51	24	29	1	44	1.64
21602514--21602588	32	2.3	32	95	0	132	25	28	2	44	1.68
21606968--21607020	16	3.3	16	72	27	58	18	32	3	45	1.68
21606965--21607039	32	2.3	32	97	0	141	24	29	2	44	1.67
21609301--21609364	24	2.6	24	75	7	58	50	1	1	46	1.20
21609327--21609383	29	2.0	29	82	6	71	49	1	0	49	1.11
21609333--21609392	29	2.0	30	83	3	77	43	1	0	55	1.10
21612850--21613120	50	5.1	50	79	12	227	21	30	22	25	1.99
21612871--21613120	112	2.3	108	86	6	303	21	30	23	25	1.99
21615213--21615261	25	1.9	26	84	12	66	57	12	10	20	1.64
21615215--21615269	24	2.3	24	76	17	60	58	9	9	23	1.58
21619326--21619379	20	2.8	20	91	2	92	59	11	9	20	1.59
21631535--21631566	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21646531--21646560	8	3.8	8	95	0	51	76	6	3	13	1.11
21647048--21647096	23	2.1	24	85	11	66	36	4	0	59	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21647048--21647095	22	2.1	23	81	11	55	37	4	0	58	1.18
21651587--21651625	19	2.0	20	90	5	62	33	10	17	38	1.84
21655817--21655957	50	2.8	50	81	6	178	26	22	29	21	1.99
21656038--21657149	370	3.0	370	99	0	2181	35	11	17	34	1.86
21658350--21658400	24	2.1	24	92	0	84	33	11	25	29	1.91
21664203--21664261	29	2.0	29	90	0	91	23	20	40	15	1.90
21668666--21668891	40	5.7	40	80	8	219	25	21	27	25	1.99
21668719--21668891	81	2.2	79	83	4	213	24	21	28	25	1.99
21676229--21676451	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
21676309--21676486	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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