genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   

This is table  10  of  173  ( 20651 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2827531--2827580	2	25.0	2	100	0	100	0	50	0	50	1.00
2827966--2828019	26	2.1	26	89	0	81	38	7	0	53	1.29
2828715--2828755	21	2.0	21	85	0	55	34	0	21	43	1.53
2828772--2828821	20	2.5	20	90	9	75	12	6	34	48	1.65
2828756--2828821	20	3.2	20	81	10	62	16	7	31	43	1.76
2829362--2829424	30	2.1	30	93	0	108	57	14	3	25	1.52
2832034--2832099	29	2.3	30	80	12	68	51	10	3	34	1.52
2835933--2835980	17	2.8	17	79	17	55	39	0	14	45	1.45
2836401--2836447	25	1.9	25	86	4	69	17	21	19	42	1.89
2836511--2836652	26	5.7	26	69	17	95	15	26	21	36	1.93
2836558--2836695	73	1.9	73	83	3	179	18	25	21	34	1.96
2837163--2837258	19	5.1	19	76	15	74	41	10	8	39	1.69
2837202--2837258	17	3.3	16	83	13	69	47	8	3	40	1.52
2837202--2837265	19	3.6	18	83	12	62	50	7	4	37	1.52
2837269--2837510	35	6.8	34	74	14	154	42	11	16	29	1.84
2837281--2837410	35	3.6	36	82	9	167	41	10	14	33	1.79
2837278--2837466	71	2.6	73	82	8	217	40	10	16	32	1.83
2837425--2837470	20	2.4	20	85	7	60	45	8	13	32	1.73
2837319--2837515	17	11.3	17	68	17	111	41	10	16	31	1.82
2837270--2837510	18	13.5	18	67	19	96	42	11	16	29	1.84
2837635--2837686	17	3.0	17	72	13	52	42	13	15	28	1.85
2838215--2838252	13	2.9	14	88	11	62	0	18	0	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2838344--2838391	19	2.5	19	79	0	51	8	20	43	27	1.80
2838385--2838429	23	2.0	22	86	4	63	0	22	20	57	1.40
2838561--2838614	13	4.7	11	84	10	65	0	22	0	77	0.76
2838562--2838620	11	4.8	13	76	23	58	0	23	0	76	0.79
2838565--2838623	6	9.3	6	76	10	55	0	23	0	76	0.79
2838707--2838750	14	3.1	15	81	15	58	0	31	0	68	0.90
2839237--2839309	29	2.5	29	86	2	92	39	1	21	36	1.62
2839249--2839330	29	2.8	29	79	1	83	36	3	23	36	1.72
2839866--2839913	15	3.1	15	82	8	60	47	0	18	33	1.49
2841542--2841579	20	1.9	20	100	0	76	21	18	26	34	1.96
2843916--2843962	25	2.0	25	83	8	62	27	4	2	65	1.22
2843928--2843975	25	1.9	25	83	8	62	29	8	0	62	1.24
2849442--2849491	21	2.4	21	100	0	100	48	10	28	14	1.75
2858104--2858173	31	2.3	31	94	0	122	38	14	20	27	1.91
2858402--2858459	27	2.1	28	84	15	77	63	1	0	34	1.04
2858664--2858730	23	2.7	24	82	13	66	44	2	4	47	1.38
2859156--2859192	20	1.9	20	88	5	58	72	2	2	21	1.09
2863498--2863775	93	3.0	92	83	6	335	28	11	11	48	1.74
2863897--2864065	90	1.9	90	86	4	243	35	12	15	36	1.85
2864344--2864379	18	1.9	19	94	5	65	63	0	0	36	0.94
2866604--2866648	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
2871614--2871647	16	2.1	17	88	5	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2871702--2871743	20	2.1	20	95	0	75	40	2	16	40	1.62
2871971--2872003	16	1.9	17	88	11	50	36	0	0	63	0.95
2875087--2875153	9	7.4	9	81	6	82	43	17	10	28	1.82
2875087--2875153	27	2.5	27	85	4	91	43	17	10	28	1.82
2876096--2876141	20	2.3	20	85	7	58	73	0	2	23	0.94
2876118--2876173	11	5.5	11	69	30	52	62	0	1	35	1.06
2876117--2876150	17	1.9	17	94	5	59	70	0	0	29	0.87
2876096--2876151	19	2.9	19	79	7	60	71	0	1	26	0.96
2876136--2876181	24	2.0	23	86	4	65	58	0	2	39	1.10
2878327--2878604	138	2.0	138	95	1	504	26	10	15	47	1.77
2889588--2889637	26	1.9	26	84	8	66	30	14	10	46	1.77
2889742--2889801	29	2.1	29	87	0	84	23	21	23	31	1.98
2911610--2911986	186	2.0	186	100	0	754	25	19	18	36	1.95
2917645--2917673	11	2.5	12	88	11	51	55	6	13	24	1.63
2929856--2930040	50	3.7	50	82	5	225	22	27	23	26	2.00
2932378--2932416	21	1.9	20	94	5	53	23	25	28	23	1.99
2938026--2938109	14	5.9	14	68	9	53	23	28	22	25	1.99
2938217--2938282	15	4.5	15	82	1	80	30	21	19	28	1.98
2938217--2938283	30	2.3	30	84	2	91	31	20	19	28	1.97
2940938--2940968	16	1.9	16	93	0	53	38	3	3	54	1.32
2941661--2941709	18	2.8	17	81	9	53	44	4	0	51	1.20
2946957--2946996	20	2.0	20	85	5	53	62	0	2	35	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2946938--2947002	21	3.1	21	70	16	55	63	0	1	35	1.04
2947306--2947348	19	2.3	18	84	11	52	67	4	6	20	1.33
2954074--2954818	254	3.0	241	81	9	892	33	19	13	33	1.91
2958164--2958188	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2958310--2958357	24	1.9	26	83	8	64	47	8	0	43	1.33
2958353--2958450	45	2.2	44	81	7	108	39	12	2	45	1.53
2960475--2960510	19	2.0	19	89	10	58	16	16	44	22	1.86
2960530--2960593	25	2.6	25	80	9	71	40	29	20	9	1.84
2961052--2961108	28	2.0	28	100	0	114	31	29	3	35	1.75
2965897--2965938	16	2.6	16	77	11	50	45	4	0	50	1.23
2965924--2965959	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
2966066--2966108	8	5.0	8	86	13	59	41	0	0	58	0.98
2967504--2967563	26	2.3	26	91	0	93	40	0	0	60	0.97
2968005--2968074	29	2.3	30	87	4	97	25	12	12	48	1.77
2970822--2970876	28	2.0	28	85	7	76	54	0	3	41	1.18
2974243--2974275	15	2.3	15	94	5	59	27	0	0	72	0.85
2974941--2974975	6	6.0	6	86	6	54	82	2	14	0	0.77
2974941--2974975	11	3.1	11	91	4	52	82	2	14	0	0.77
2976390--2976440	25	2.1	23	85	7	66	9	13	1	74	1.15
2988191--2988216	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2989932--2990010	39	2.0	39	97	0	149	37	15	8	37	1.78
2991290--2991656	103	3.6	103	87	5	503	18	20	29	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2993037--2993074	19	2.0	19	100	0	76	21	10	21	47	1.80
3004177--3004221	12	3.9	12	75	19	51	48	4	0	46	1.22
3004170--3004218	21	2.4	21	96	3	91	53	4	0	42	1.20
3018229--3018326	26	3.7	26	84	8	126	27	23	12	36	1.90
3018229--3018356	26	4.7	27	82	8	118	28	23	10	38	1.87
3018293--3018356	29	2.1	30	85	5	85	25	21	6	46	1.74
3018945--3018983	19	2.1	19	85	9	53	48	0	0	51	1.00
3025215--3025276	6	10.3	6	98	0	106	19	0	46	33	1.50
3025248--3025286	18	2.2	18	85	0	51	28	2	38	30	1.70
3026016--3026073	28	2.1	27	90	9	91	48	0	15	36	1.45
3029590--3029619	4	7.8	4	92	7	53	20	0	0	80	0.72
3029753--3029787	8	4.4	8	85	0	52	0	17	0	82	0.66
3031729--3031919	3	64.0	3	69	3	80	56	5	5	32	1.45
3033806--3033849	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
3033948--3034046	23	4.3	23	92	0	171	33	26	20	20	1.97
3033948--3034046	46	2.2	46	98	0	189	33	26	20	20	1.97
3037383--3037409	14	1.9	14	100	0	54	14	0	0	85	0.61
3043117--3043164	25	1.9	25	83	8	62	33	4	2	60	1.27
3049314--3049365	20	2.8	18	71	8	50	69	3	0	26	1.06
3049447--3049542	20	4.8	19	75	13	61	28	5	3	63	1.31
3049468--3049522	20	2.8	21	75	10	62	25	3	3	67	1.23
3049493--3049573	31	2.7	31	81	11	89	33	4	0	61	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3062919--3063061	29	4.8	29	80	5	153	25	13	20	40	1.89
3062919--3063061	60	2.4	59	81	6	164	25	13	20	40	1.89
3064963--3065186	101	2.2	100	81	8	256	25	16	28	29	1.97
3065007--3065185	51	3.5	51	78	6	159	23	17	28	30	1.97
3065107--3065187	26	3.2	26	62	22	62	22	14	30	32	1.94
3065194--3065282	45	2.0	45	93	0	151	23	17	25	32	1.97
3068761--3068804	3	14.7	3	85	0	52	9	68	0	22	1.18
3068746--3068801	21	2.7	21	91	0	94	12	66	0	21	1.25
3068754--3068807	12	4.5	12	85	0	72	12	66	0	20	1.24
3068770--3068819	15	3.3	15	85	0	64	16	66	0	18	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173