genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  52479919

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  107  of  173  ( 20651 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33203574--33203696	57	2.1	58	87	1	176	46	6	17	29	1.73
33209343--33209380	20	2.0	21	85	15	55	18	15	13	52	1.74
33209453--33209477	12	2.1	12	100	0	50	16	8	44	32	1.76
33211657--33211714	13	4.5	13	78	6	55	46	6	1	44	1.40
33211670--33211704	9	3.9	9	88	0	52	51	2	0	45	1.16
33211695--33211727	17	1.9	17	88	11	50	42	15	0	42	1.46
33214375--33214607	42	5.6	42	85	0	315	30	21	19	28	1.97
33214375--33214607	84	2.8	84	90	1	353	30	21	19	28	1.97
33214375--33214606	126	1.8	125	87	0	347	30	21	19	28	1.98
33222487--33222735	42	5.9	42	85	1	329	30	20	19	29	1.97
33222462--33222736	84	3.3	84	88	2	403	31	20	19	28	1.97
33228702--33228750	16	3.1	16	87	0	71	36	16	10	36	1.82
33238277--33238418	54	2.7	54	81	4	166	28	20	22	28	1.98
33238244--33238421	27	6.7	27	75	6	150	26	19	24	29	1.98
33241865--33242001	28	5.0	28	76	7	111	40	12	20	27	1.88
33244679--33244781	50	2.1	50	92	0	170	30	8	30	31	1.87
33247436--33247492	28	2.0	28	86	0	78	38	14	21	26	1.91
33248891--33248949	28	2.1	27	81	3	64	28	10	30	30	1.90
33248897--33248960	27	2.3	28	78	7	69	31	12	25	31	1.92
33251892--33251949	16	3.6	16	71	19	50	63	1	1	32	1.14
33264310--33264420	33	3.4	33	89	0	159	43	33	6	17	1.74
33266566--33266597	13	2.5	13	94	0	55	21	21	43	12	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33270385--33270584	45	4.5	45	79	6	165	24	13	26	36	1.92
33279850--33279961	43	2.6	43	85	1	145	24	31	29	15	1.95
33298431--33298563	50	2.7	48	76	13	121	24	21	24	29	1.99
33300446--33300616	85	2.0	85	96	0	315	35	23	14	26	1.93
33305883--33306073	50	3.7	50	79	4	157	22	28	21	27	1.99
33307348--33307401	26	2.1	26	100	0	108	35	14	20	29	1.93
33311771--33311972	27	7.5	27	74	12	173	30	23	15	29	1.96
33311778--33311972	54	3.6	53	80	10	209	31	23	15	29	1.95
33319717--33319753	5	7.6	5	87	6	58	75	2	0	21	0.92
33319717--33319753	15	2.6	14	91	8	65	75	2	0	21	0.92
33325294--33325341	24	2.0	24	84	4	62	64	8	4	22	1.38
33335587--33335627	21	2.0	21	85	0	55	31	9	9	48	1.69
33336363--33336689	164	2.0	164	87	2	478	44	16	12	26	1.84
33337294--33337319	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
33337210--33337333	54	2.3	54	81	2	169	18	29	28	23	1.98
33343339--33343381	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
33348257--33348287	16	1.9	16	100	0	62	58	9	6	25	1.54
33348537--33348571	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
33348416--33348831	120	3.5	120	94	2	721	43	2	5	49	1.37
33348788--33348829	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
33348779--33348820	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
33349040--33349090	16	3.2	16	85	0	75	21	29	3	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33351807--33351850	20	2.2	20	92	4	72	4	25	6	63	1.38
33355468--33355533	22	3.1	22	93	6	111	33	18	9	39	1.82
33361767--33361883	56	2.1	55	80	6	128	44	0	4	50	1.27
33364445--33364544	50	2.0	50	100	0	200	36	20	14	30	1.91
33365358--33365406	15	3.3	15	75	16	57	63	2	8	26	1.34
33365978--33366008	14	2.2	14	94	0	53	32	9	19	38	1.84
33365992--33366034	20	2.1	21	91	8	72	25	6	13	53	1.65
33374673--33374776	49	2.1	49	92	0	172	50	10	6	32	1.63
33376781--33377020	45	5.6	45	73	21	230	31	2	12	53	1.53
33376810--33377020	83	2.5	83	90	6	363	31	2	11	54	1.50
33376750--33376996	19	12.1	19	70	18	151	31	2	11	54	1.49
33377074--33377164	48	1.9	48	88	6	141	49	6	4	39	1.49
33377256--33377294	17	2.3	17	90	0	60	71	10	2	15	1.23
33377266--33377308	17	2.5	17	88	0	59	69	9	4	16	1.31
33377572--33377620	10	5.4	10	72	22	54	61	16	12	10	1.57
33377572--33377637	25	2.6	26	87	0	82	59	16	12	12	1.62
33377645--33377677	15	2.2	15	100	0	66	60	12	9	18	1.57
33379273--33379325	12	4.5	12	81	13	74	58	20	13	7	1.59
33381998--33382038	7	5.9	7	94	0	73	31	26	0	41	1.56
33381999--33382049	21	2.5	21	87	3	68	33	29	0	37	1.58
33382041--33382095	21	2.7	20	86	8	74	34	12	1	50	1.51
33382139--33382168	15	2.0	15	93	0	51	13	16	6	63	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33386920--33387027	41	2.6	41	92	0	180	19	30	17	32	1.95
33386920--33387024	21	5.1	21	66	4	79	20	31	18	30	1.96
33386931--33387003	20	3.6	20	66	3	56	15	32	17	34	1.91
33396698--33396747	26	2.0	26	85	14	70	34	0	20	46	1.51
33398331--33398597	25	10.7	25	67	17	92	26	16	19	38	1.92
33398329--33398580	74	3.4	75	69	12	185	26	16	18	38	1.92
33398365--33398597	50	4.7	50	77	5	222	25	15	19	39	1.91
33403950--33404099	25	5.9	25	65	18	76	25	12	24	38	1.90
33404010--33404067	28	2.1	28	87	6	82	27	8	22	41	1.83
33403960--33404124	78	2.1	78	84	5	210	25	13	23	37	1.91
33409390--33409422	13	2.7	13	90	9	52	36	12	15	36	1.84
33410624--33410964	102	3.4	100	84	4	409	29	15	25	29	1.96
33410624--33410958	51	6.6	50	80	7	327	29	15	25	29	1.96
33418412--33418645	50	4.6	50	85	3	281	28	16	25	29	1.96
33432802--33432832	14	2.2	14	94	0	53	29	3	22	45	1.68
33433229--33433262	4	8.5	4	100	0	68	52	0	0	47	1.00
33433388--33433432	16	2.9	16	87	9	58	48	0	8	42	1.34
33437489--33437521	13	2.4	14	90	5	50	39	0	15	45	1.46
33440066--33440100	17	2.1	17	100	0	70	22	22	31	22	1.98
33440389--33440436	24	2.0	23	96	4	87	41	12	8	37	1.73
33450955--33451027	32	2.3	32	84	9	89	12	36	23	27	1.90
33451835--33451898	20	3.1	20	73	6	65	26	12	17	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33461004--33461029	11	2.4	11	100	0	52	15	19	0	65	1.27
33464947--33465069	61	2.0	61	100	0	246	25	27	22	24	2.00
33465169--33465963	401	2.0	401	95	0	1446	32	20	19	27	1.97
33468473--33468790	138	2.3	138	88	0	492	39	10	5	44	1.62
33468846--33468878	17	1.9	17	88	11	50	54	9	0	36	1.32
33470716--33470843	64	2.0	64	98	0	247	26	7	25	40	1.81
33477756--33478031	137	2.0	139	88	4	416	39	9	6	44	1.63
33478637--33478690	22	2.3	24	78	15	60	35	3	5	55	1.41
33481151--33481192	18	2.3	18	80	8	50	28	0	38	33	1.58
33493203--33493235	17	1.9	17	93	0	57	54	6	0	39	1.25
33494413--33494507	50	1.9	49	82	2	118	32	21	23	23	1.98
33494674--33494788	58	2.0	56	89	3	176	33	15	28	22	1.95
33494680--33494768	27	3.1	27	67	17	72	33	16	29	20	1.95
33497780--33497869	45	2.0	45	86	4	128	38	2	12	46	1.54
33498073--33498236	42	4.0	42	78	8	165	15	21	15	47	1.82
33504929--33505192	130	2.0	130	81	5	311	26	12	37	23	1.90
33505718--33505757	16	2.7	14	88	7	53	52	0	5	42	1.23
33510833--33510883	13	3.9	13	89	0	84	35	25	7	31	1.85
33511759--33511792	18	1.9	17	88	5	50	50	11	2	35	1.54
33515805--33515850	23	2.0	23	87	4	67	28	4	2	65	1.23
33516546--33516607	19	3.3	19	80	8	74	62	0	1	35	1.05
33519238--33519307	23	3.0	23	80	2	86	45	17	8	28	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33523411--33523605	98	2.0	98	93	0	336	28	11	24	35	1.90
33530303--33530344	22	2.0	22	85	4	59	35	14	2	47	1.57
33534909--33535506	44	13.7	44	73	11	376	28	20	23	27	1.99
33534909--33535736	89	9.5	88	69	13	417	30	20	22	26	1.99
33534953--33535736	217	3.6	217	89	2	1087	29	20	22	26	1.99
33534909--33535502	261	2.3	260	84	6	749	28	20	23	27	1.99
33537746--33537940	98	2.0	98	92	0	327	27	10	24	37	1.88
33558944--33559130	93	2.0	93	94	0	329	29	18	19	31	1.96
33561944--33561968	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
33568640--33568673	17	2.0	17	94	0	59	14	11	14	58	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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