genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  1  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36382--36474	35	2.7	35	83	3	107	38	17	19	24	1.92
37325--37360	18	2.0	18	94	0	63	36	5	50	8	1.56
56193--56232	17	2.3	19	83	16	59	35	0	17	47	1.48
56201--56234	18	1.9	17	94	5	59	38	0	14	47	1.45
56568--56873	39	7.9	39	87	0	418	16	17	32	33	1.93
56896--57008	39	2.9	39	82	0	136	20	15	30	33	1.94
59741--59827	39	2.2	41	87	4	124	20	28	20	29	1.98
81446--81478	16	2.1	16	88	5	50	63	12	0	24	1.28
81346--81576	127	1.8	127	83	1	311	37	16	10	35	1.84
81346--81610	127	2.1	126	81	3	300	40	14	11	33	1.82
83101--83199	42	2.4	42	84	5	130	20	22	9	48	1.77
83119--83182	21	3.0	21	69	24	62	20	21	10	46	1.81
84953--84986	17	1.9	18	88	5	52	79	5	14	0	0.91
85325--85521	108	1.8	109	85	3	281	26	17	10	45	1.81
85960--86695	87	8.4	86	90	1	967	29	23	23	24	1.99
86226--86452	44	5.2	44	62	14	135	28	25	22	24	2.00
86346--86483	43	3.2	43	63	15	111	26	23	26	24	2.00
86358--86496	44	3.2	44	63	11	113	23	23	25	27	2.00
86839--87707	40	20.8	40	71	14	517	31	24	20	23	1.98
86839--87219	82	4.6	82	95	1	672	30	25	20	23	1.99
86839--87707	164	5.2	164	83	9	676	31	24	20	23	1.98
87163--87274	55	2.0	55	96	0	206	27	25	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86999--87441	219	2.0	220	92	1	735	31	25	19	24	1.98
87218--87708	82	6.0	82	89	1	705	32	25	19	22	1.97
87081--87605	137	4.0	137	73	15	496	32	24	19	24	1.97
86839--87605	386	2.0	384	91	1	1239	31	24	19	23	1.98
89793--89825	16	2.1	16	88	5	50	63	12	0	24	1.28
93385--93626	50	4.7	50	78	7	204	27	19	27	25	1.99
97178--97243	20	3.3	20	66	8	53	27	18	33	21	1.96
97156--97259	40	2.6	40	90	0	163	32	19	27	20	1.96
103504--103544	20	2.0	20	100	0	82	51	14	19	14	1.77
104928--104960	15	2.2	15	100	0	66	24	24	6	45	1.75
112543--112599	25	2.3	25	81	6	71	50	28	1	19	1.57
115417--115513	50	1.9	50	93	0	167	27	22	7	42	1.80
115409--115643	130	1.8	130	94	0	416	25	24	6	42	1.79
115547--115647	50	2.0	50	94	0	175	25	23	6	43	1.79
118434--118466	6	5.5	6	100	0	66	0	18	66	15	1.25
118826--118864	16	2.5	15	80	8	51	35	0	0	64	0.94
120448--120519	25	2.8	25	78	2	90	26	16	23	33	1.96
124051--124109	30	2.0	30	93	0	100	32	20	10	37	1.86
126766--126912	40	3.7	41	82	4	167	53	4	4	38	1.39
126773--126915	67	2.1	67	98	0	277	53	3	4	38	1.37
126766--126915	27	5.6	26	77	9	133	54	4	4	37	1.38
126897--126972	20	3.7	20	72	11	64	48	3	6	40	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132107--132151	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
132260--132413	79	1.9	79	97	0	290	25	20	12	41	1.88
134891--134934	19	2.3	19	84	7	54	25	25	11	38	1.89
139108--139163	24	2.3	24	90	0	85	32	14	26	26	1.95
139440--139894	44	10.2	44	76	6	371	30	18	22	28	1.97
139443--139870	178	2.4	178	91	0	669	29	18	23	28	1.98
139905--140387	224	2.2	225	82	4	571	32	17	18	30	1.95
140423--140704	89	3.2	89	86	1	368	26	22	22	28	1.99
140536--140670	45	3.0	44	66	15	105	27	25	23	22	2.00
141241--141298	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
141409--141564	79	2.0	77	91	2	249	24	22	13	39	1.90
145994--146028	18	1.9	18	88	11	54	48	0	0	51	1.00
146364--146435	35	2.1	33	87	10	101	51	1	0	47	1.09
156208--156357	41	3.7	41	83	3	203	23	27	22	27	1.99
156206--156382	82	2.2	83	79	9	202	24	26	20	27	1.99
167609--167638	15	2.0	15	93	0	51	73	10	6	10	1.25
169927--169962	16	2.2	17	95	5	65	44	0	0	55	0.99
173015--173045	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
174402--174442	16	2.7	16	81	7	50	68	0	7	24	1.15
175135--175201	33	2.0	33	100	0	134	19	8	11	59	1.58
181109--181520	126	3.3	126	90	1	637	33	19	20	25	1.97
184522--184698	58	3.1	57	68	17	148	48	5	7	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187043--187086	11	4.0	11	80	11	54	43	0	31	25	1.55
187958--187992	16	2.1	17	94	5	63	25	11	20	42	1.85
193235--193266	16	1.9	17	93	6	57	37	9	0	53	1.34
194642--194745	30	3.3	30	87	5	145	49	15	3	31	1.63
196869--196899	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16
221344--221372	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
227269--227293	10	2.5	10	100	0	50	0	8	24	68	1.16
227521--227555	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
230160--230239	39	2.1	39	95	0	142	12	5	38	43	1.64
230905--231024	44	2.7	43	76	11	118	31	25	15	27	1.96
230993--231111	44	2.7	44	77	2	123	23	26	21	27	1.99
231217--231328	44	2.5	44	73	8	111	24	26	23	25	2.00
231394--231501	44	2.5	44	92	0	171	31	24	20	24	1.98
230898--231458	217	2.6	217	86	0	836	27	23	19	29	1.98
231492--231795	129	2.4	128	91	1	475	25	23	20	31	1.98
233107--233140	17	2.0	17	88	11	52	17	17	0	64	1.29
233123--233157	7	5.1	7	86	6	54	14	17	0	68	1.21
233127--233156	13	2.3	13	94	0	51	13	16	0	70	1.18
240762--240788	3	9.0	3	100	0	54	0	66	0	33	0.92
242447--242709	69	3.8	69	80	2	267	21	20	20	37	1.95
246024--246083	22	2.6	23	76	12	61	40	5	0	55	1.22
250617--250655	21	1.9	21	84	5	53	17	35	12	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255152--255191	16	2.4	17	83	4	55	52	7	10	30	1.62
259153--259177	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
261778--261887	43	2.6	42	83	7	132	20	17	26	35	1.95
261778--261926	42	3.6	40	81	7	145	22	16	25	36	1.94
261821--261927	41	2.5	43	80	7	130	20	16	26	36	1.94
264098--264207	49	2.2	48	81	15	125	41	3	4	50	1.40
264813--265148	166	2.0	166	98	0	645	25	18	15	40	1.89
266970--267024	25	2.2	25	96	0	101	29	20	16	34	1.94
266978--267031	25	2.2	25	86	0	72	37	20	16	25	1.93
274733--275499	278	2.7	280	84	4	967	34	13	16	35	1.87
277031--277085	26	2.1	27	96	3	103	3	36	0	60	1.15
281574--281680	41	2.6	41	82	4	119	38	9	23	28	1.86
282560--282881	23	13.7	23	74	5	205	29	12	17	40	1.87
282578--282881	70	4.3	70	83	2	340	29	12	17	40	1.86
282614--282881	141	1.9	140	84	2	358	30	11	17	41	1.84
282560--282882	47	6.9	47	72	5	224	29	12	17	40	1.87
286054--286082	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
286240--286322	35	2.4	35	85	4	114	7	31	10	50	1.64
286961--287312	27	13.0	27	86	1	445	42	20	20	16	1.89
287474--287531	26	2.2	26	84	3	71	22	25	15	36	1.94
297011--297068	28	2.1	28	96	0	107	24	12	15	48	1.79
297657--297687	15	2.1	15	93	0	53	54	9	12	22	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298585--298627	21	2.0	23	81	9	54	44	11	11	32	1.77
298662--298701	20	1.9	22	90	10	66	67	10	10	12	1.42
298838--298929	34	2.7	35	85	8	134	43	19	21	15	1.87
299171--299208	14	2.8	13	92	7	67	36	10	5	47	1.61
299945--300117	34	5.1	34	82	2	186	20	22	15	41	1.90
307455--307492	14	2.8	13	92	7	67	47	5	10	36	1.61
307483--307528	18	2.7	17	83	9	58	50	2	10	36	1.50
307763--307942	34	5.3	34	81	2	200	19	24	15	41	1.89
311068--311331	29	9.1	29	78	4	203	35	13	25	25	1.93
311073--311318	87	2.8	87	84	4	275	36	12	26	25	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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