genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25978155--25978271	57	2.1	57	81	3	137	29	20	5	43	1.75
25981008--25981041	16	2.1	16	88	0	50	35	14	8	41	1.77
25990223--25990270	17	2.8	17	87	0	69	43	0	39	16	1.48
25993236--25993275	20	2.0	20	100	0	80	40	10	20	30	1.85
25996735--25996802	31	2.1	33	86	5	95	39	20	2	36	1.68
25998085--25998140	17	2.8	21	70	30	50	30	7	0	62	1.22
26013679--26013875	87	2.3	86	85	4	270	36	22	10	29	1.88
26013908--26013958	26	2.0	25	92	3	84	62	0	0	37	0.95
26014191--26014279	9	10.0	9	77	13	78	25	3	1	69	1.11
26014178--26014278	27	3.7	27	77	7	96	26	3	0	68	1.13
26014179--26014274	9	10.4	9	71	13	63	26	4	1	68	1.14
26014358--26014524	87	1.9	86	82	3	210	31	9	19	39	1.84
26017306--26017347	15	2.8	15	85	0	57	54	0	11	33	1.37
26022972--26023072	35	2.9	35	80	0	112	17	15	28	37	1.91
26046914--26046996	21	3.8	21	77	12	94	7	14	10	67	1.41
26046905--26046998	46	2.0	47	97	2	181	8	14	12	63	1.50
26051371--26051430	29	2.0	31	87	9	88	41	16	15	26	1.88
26051821--26051880	27	2.2	27	80	8	68	21	15	23	40	1.91
26051831--26051899	27	2.6	28	86	6	90	17	13	18	50	1.77
26054324--26054365	20	2.1	20	90	0	66	26	14	9	50	1.73
26057254--26057312	30	2.0	30	89	0	91	45	10	8	35	1.68
26064246--26064282	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26067346--26067389	23	1.9	23	85	0	61	27	20	6	45	1.76
26089138--26089229	27	3.4	28	80	5	91	19	7	14	58	1.59
26118296--26118353	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
26118565--26118596	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
26118691--26118932	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
26118691--26118940	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
26129189--26129221	16	2.1	16	88	11	50	9	9	0	81	0.87
26129350--26129379	15	2.1	15	93	6	53	53	6	0	40	1.27
26130081--26130109	13	2.1	14	93	6	51	75	0	0	24	0.80
26131344--26131396	21	2.6	21	75	16	58	43	13	7	35	1.72
26132146--26132212	32	2.1	32	86	10	93	20	0	20	58	1.40
26135502--26135768	136	2.0	136	95	0	480	29	21	19	29	1.98
26147635--26147765	65	2.0	64	86	5	183	49	5	9	35	1.59
26156727--26156774	23	2.2	22	85	14	64	56	6	8	29	1.53
26157512--26157667	54	2.8	56	77	5	183	28	14	18	38	1.90
26160899--26160936	19	2.0	19	85	10	51	44	26	0	28	1.54
26169660--26170162	23	21.5	23	70	8	248	40	17	14	27	1.89
26169674--26170046	70	5.3	70	88	2	516	41	17	13	27	1.87
26169684--26170111	47	9.2	46	70	10	219	40	17	14	26	1.88
26180441--26180557	23	5.0	24	77	7	105	43	35	3	17	1.66
26182120--26182295	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
26182117--26182288	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26189676--26189851	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
26189673--26189844	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
26191165--26191226	30	2.1	30	90	0	97	27	24	9	38	1.86
26191915--26191956	13	3.4	12	81	15	50	76	0	0	23	0.79
26193427--26193563	23	5.9	23	72	9	109	43	34	4	18	1.70
26194855--26194908	23	2.4	22	81	3	63	59	3	1	35	1.26
26197166--26197208	19	2.2	20	84	12	63	32	20	0	46	1.51
26197897--26197965	22	3.1	23	81	8	90	44	14	21	18	1.85
26197958--26197995	19	2.0	19	94	0	67	34	10	28	26	1.90
26197978--26198073	25	3.8	25	92	0	156	36	16	25	21	1.94
26212413--26212443	14	2.2	14	94	0	53	38	9	19	32	1.84
26212854--26212952	27	3.6	27	69	15	94	13	13	21	52	1.73
26215019--26215073	26	2.1	26	83	6	67	41	12	7	38	1.71
26215028--26215086	26	2.3	26	93	0	100	33	13	10	42	1.78
26215408--26215484	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
26215424--26215463	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
26215412--26215478	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
26218248--26218278	5	6.2	5	92	0	53	77	0	3	19	0.90
26222628--26222668	21	2.0	21	90	0	64	26	17	26	29	1.97
26228790--26228829	21	1.9	21	89	0	62	52	22	12	12	1.72
26228794--26228921	42	3.0	42	80	4	150	46	17	21	14	1.84
26228815--26228921	21	5.1	21	68	4	81	44	17	22	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26228811--26228947	42	3.3	41	77	2	130	44	16	21	16	1.86
26230449--26230559	48	2.3	47	80	4	125	38	20	12	27	1.89
26234887--26235069	91	2.0	91	97	0	348	33	8	17	40	1.80
26241598--26241664	30	2.2	30	97	0	125	49	4	16	29	1.65
26258423--26258453	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
26259393--26259422	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
26270353--26270402	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
26274026--26274117	33	2.9	31	93	6	166	34	25	9	30	1.88
26273955--26274115	39	4.6	34	88	9	186	33	24	9	32	1.87
26273987--26274117	64	2.0	66	88	8	194	33	25	9	32	1.87
26274333--26274449	41	2.9	41	86	0	153	29	21	20	29	1.98
26276231--26276255	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
26287478--26288295	265	3.1	261	82	4	966	30	16	15	37	1.90
26287956--26288682	387	1.9	386	84	3	978	32	17	13	36	1.89
26288342--26288881	261	2.0	264	81	4	617	32	17	13	37	1.88
26294226--26294264	12	3.1	12	85	7	51	43	12	0	43	1.42
26295075--26295101	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
26295320--26295528	103	2.0	103	88	0	310	21	16	15	46	1.83
26295657--26295733	23	3.2	23	66	20	66	14	10	12	62	1.55
26295631--26295733	50	2.1	50	96	0	188	16	11	13	58	1.64
26302841--26303006	46	3.6	46	93	0	260	20	22	28	27	1.99
26305942--26306021	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26305933--26306020	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
26308390--26308562	45	3.8	45	81	8	208	20	21	28	28	1.98
26311492--26311560	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
26311483--26311570	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
26313951--26314124	46	3.8	46	78	13	196	21	21	29	27	1.99
26319000--26319032	5	6.4	5	96	3	57	78	0	0	21	0.75
26319657--26319746	40	2.3	40	81	7	105	32	17	23	26	1.97
26319830--26320084	41	6.2	41	87	1	314	21	20	30	27	1.98
26319830--26320127	82	3.6	81	82	2	337	21	20	29	28	1.98
26319847--26320127	123	2.3	122	81	4	325	20	19	29	29	1.98
26320372--26320412	21	2.0	20	85	4	55	19	0	39	41	1.52
26320418--26320452	14	2.5	14	90	9	54	22	2	45	28	1.67
26320410--26320450	21	1.9	22	85	5	57	21	2	46	29	1.64
26320447--26320477	15	2.0	16	93	6	55	22	6	38	32	1.80
26320642--26320688	14	3.3	15	88	8	71	25	0	34	40	1.56
26320354--26321158	296	2.7	296	95	1	1394	28	2	28	40	1.69
26320938--26320984	14	3.3	15	88	8	71	25	0	34	40	1.56
26321458--26321484	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
26325803--26326108	43	7.2	43	80	2	280	23	15	31	29	1.95
26326365--26326416	18	2.8	18	91	2	77	50	3	0	46	1.20
26335198--26335298	43	2.3	43	83	6	125	34	25	17	21	1.96
26343401--26343518	43	2.7	44	80	5	134	34	25	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26345421--26345445	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
26345354--26346000	84	7.6	84	73	12	410	44	11	12	31	1.77
26345590--26345614	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
26345844--26346099	89	2.9	88	86	2	345	41	12	14	31	1.82
26348413--26348485	25	2.9	25	91	2	110	38	6	8	46	1.60
26351538--26351599	30	2.1	30	87	0	88	25	12	20	40	1.89
26353879--26353916	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
26363729--26363759	16	1.9	16	93	0	53	41	0	25	32	1.56
26365077--26365112	18	1.9	19	88	5	56	36	0	13	50	1.43
26373441--26373473	17	2.0	17	88	5	50	60	0	6	33	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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