genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24036685--24036726	14	3.0	14	85	0	57	47	23	0	28	1.52
24037053--24037163	41	2.8	40	86	5	161	27	29	20	21	1.98
24037204--24037295	40	2.3	40	88	3	132	19	20	22	36	1.95
24037899--24037931	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
24040546--24040648	9	11.1	9	66	16	50	60	4	2	32	1.33
24040621--24040747	29	4.5	29	72	13	95	59	3	3	34	1.29
24043208--24043271	28	2.3	27	83	5	83	31	25	21	21	1.98
24043219--24043279	28	2.2	28	84	0	77	29	22	22	24	1.99
24043590--24043680	27	3.4	27	82	0	128	18	17	21	41	1.90
24051221--24051288	27	2.6	27	88	2	102	19	16	23	41	1.90
24052785--24052822	17	2.2	17	90	9	60	39	5	5	50	1.48
24054057--24054104	22	2.2	22	92	0	78	35	0	8	56	1.30
24054057--24054114	22	2.7	21	84	10	73	36	0	6	56	1.26
24054129--24054248	17	6.8	17	65	20	59	30	4	3	61	1.31
24054101--24054265	9	18.4	9	67	18	53	30	3	3	62	1.27
24056198--24056235	20	2.0	20	89	5	60	55	23	7	13	1.64
24067238--24067291	12	4.8	12	76	21	55	57	1	25	14	1.48
24067239--24067281	20	2.2	20	91	8	70	55	2	27	13	1.51
24083250--24083283	17	1.9	18	88	5	52	73	2	2	20	1.09
24089122--24089188	34	2.0	34	87	0	98	23	22	0	53	1.46
24089135--24089199	34	1.9	34	90	6	105	20	23	0	56	1.42
24096243--24096277	7	4.9	7	93	6	61	42	42	0	14	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24096243--24096277	15	2.4	15	95	4	63	42	42	0	14	1.45
24096348--24096497	73	2.1	72	89	1	228	27	6	16	50	1.68
24101577--24101621	22	2.0	22	87	8	65	57	0	2	40	1.11
24103817--24103869	25	2.1	25	82	6	63	49	1	1	47	1.23
24104121--24104182	31	2.0	32	83	3	81	50	20	3	25	1.64
24104276--24104313	19	2.0	19	90	10	60	65	10	0	23	1.23
24104276--24104331	20	2.8	21	84	7	64	69	8	0	21	1.15
24104401--24104454	19	2.9	18	78	10	56	68	3	0	27	1.06
24104994--24105098	10	10.5	10	69	15	65	36	1	2	59	1.23
24104985--24105110	9	13.1	9	68	17	58	37	1	2	58	1.20
24105001--24105075	40	1.9	38	81	5	87	38	2	4	54	1.33
24105055--24105098	10	4.2	10	88	11	70	31	0	0	68	0.90
24105055--24105098	22	2.1	20	91	8	70	31	0	0	68	0.90
24105046--24105141	18	4.9	19	74	19	67	33	0	2	64	1.05
24109019--24109055	20	2.0	19	85	15	51	70	0	0	29	0.88
24114628--24114734	17	6.3	17	75	6	65	29	28	19	22	1.98
24114673--24114754	34	2.4	34	85	4	112	31	25	20	21	1.98
24116744--24116769	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
24117385--24117456	36	2.0	36	100	0	144	33	27	16	22	1.95
24120785--24120818	18	1.9	18	88	5	52	38	2	2	55	1.30
24131679--24131767	38	2.2	41	86	5	121	39	1	5	53	1.32
24132066--24132097	13	2.4	14	94	5	57	25	6	0	68	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24134272--24134350	39	2.0	39	95	0	140	45	15	7	31	1.74
24135112--24135159	23	2.1	23	100	0	96	43	12	4	39	1.62
24137941--24137974	2	17.0	2	93	0	59	2	0	47	50	1.16
24140773--24140824	26	2.1	24	85	7	68	44	1	1	51	1.23
24140903--24140937	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24140916--24140956	15	2.7	15	88	3	55	51	0	2	46	1.14
24140891--24141205	156	2.0	157	95	1	571	48	5	2	42	1.40
24141058--24141092	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24141257--24141347	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
24141328--24141379	16	3.2	16	100	0	104	38	36	0	25	1.56
24141841--24141875	6	5.8	6	93	0	61	54	0	28	17	1.43
24142024--24142096	26	2.8	26	87	4	94	41	8	16	34	1.78
24155273--24155463	42	4.6	41	79	3	193	27	17	25	29	1.97
24157146--24157178	16	2.1	16	100	0	66	33	6	24	36	1.80
24158011--24158329	107	3.0	108	90	2	475	32	17	16	32	1.93
24158734--24158774	4	10.0	4	85	15	57	73	0	4	21	1.02
24159214--24159300	3	28.3	3	74	13	70	60	3	4	31	1.33
24160577--24160603	12	2.2	12	100	0	54	77	7	0	14	0.97
24161928--24161953	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
24164651--24164724	31	2.3	32	79	9	80	41	10	10	36	1.75
24164812--24164845	17	2.0	17	94	0	59	52	29	14	2	1.56
24171006--24171064	26	2.3	26	85	5	75	40	11	13	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24182220--24182276	20	2.9	19	80	14	62	49	0	0	50	1.00
24182977--24183046	19	3.6	19	80	16	72	52	4	0	42	1.20
24182976--24183046	20	3.6	20	81	7	83	53	4	0	42	1.20
24182993--24183074	28	3.0	28	72	16	82	51	2	0	46	1.14
24182966--24183051	19	4.5	19	76	13	63	51	5	0	43	1.26
24182993--24183067	26	2.8	26	78	11	80	50	1	0	48	1.09
24186637--24186816	100	1.8	100	88	2	281	44	15	10	30	1.79
24186805--24187265	67	7.0	66	66	14	211	38	13	14	33	1.85
24186725--24187266	131	4.2	131	82	2	633	39	14	13	32	1.84
24187348--24187393	23	2.0	23	91	0	74	28	28	19	23	1.98
24189005--24189069	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
24202531--24202597	25	2.7	25	85	0	89	37	13	13	35	1.84
24202531--24202611	25	3.2	25	82	3	74	37	13	16	33	1.87
24204322--24204354	17	1.9	18	88	11	52	45	6	15	33	1.70
24217852--24217891	19	2.1	19	85	4	53	32	5	15	47	1.66
24222130--24222193	24	2.7	24	90	0	92	40	4	6	48	1.49
24225241--24225298	25	2.3	25	85	5	73	56	1	6	34	1.36
24225423--24225456	9	3.7	9	92	4	50	26	0	0	73	0.83
24225797--24225862	7	9.6	7	98	1	125	74	0	25	0	0.82
24226110--24226148	20	1.9	21	89	5	62	51	0	0	48	1.00
24236050--24236129	40	2.1	35	82	15	90	10	28	10	51	1.68
24236784--24236945	27	6.0	27	83	2	200	43	19	19	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24237107--24237189	26	3.2	26	87	1	112	18	25	20	36	1.95
24239637--24239693	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
24239939--24239973	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24239826--24240124	157	1.9	156	95	2	539	44	3	5	47	1.41
24239843--24240124	154	1.8	155	95	3	478	45	2	4	47	1.38
24240082--24240217	15	8.9	15	67	22	70	51	3	2	42	1.31
24240143--24240233	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
24240123--24240341	120	1.8	119	89	6	345	50	5	3	40	1.44
24240302--24240340	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
24240307--24240340	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
24240373--24240569	94	2.1	93	86	6	274	46	4	4	45	1.41
24240423--24240566	49	3.1	46	68	9	121	46	4	4	44	1.44
24241969--24241995	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
24247914--24247967	26	2.1	26	100	0	108	37	18	7	37	1.79
24248731--24248782	27	2.0	26	81	11	61	63	3	21	11	1.43
24253354--24253413	30	2.0	31	86	3	86	43	0	36	20	1.52
24253694--24253728	18	1.9	18	88	0	52	40	14	8	37	1.76
24258319--24258382	28	2.3	27	81	5	65	26	7	14	51	1.69
24259828--24259871	23	2.0	22	81	4	52	65	2	25	6	1.28
24263036--24263104	28	2.5	28	80	4	68	27	7	13	52	1.66
24263472--24263535	32	2.0	32	84	9	85	21	23	17	37	1.94
24265639--24265679	21	2.0	21	85	0	55	31	17	4	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24269598--24269700	36	2.9	36	89	5	163	29	12	25	33	1.92
24275048--24275092	21	2.1	21	91	0	72	22	15	20	42	1.89
24286011--24286071	14	4.4	14	78	14	54	52	0	4	42	1.23
24286018--24286072	14	3.9	14	79	15	60	52	0	7	40	1.29
24287726--24288165	218	2.0	219	98	0	846	34	15	16	33	1.90
24292161--24292193	17	2.0	17	88	5	50	48	0	9	42	1.35
24299207--24299321	61	1.9	61	87	3	169	39	3	6	51	1.44
24300904--24301035	68	1.9	68	89	3	203	21	18	21	39	1.93
24320151--24320200	7	7.4	7	80	14	61	28	12	2	58	1.45
24320151--24320200	13	3.7	13	82	12	57	28	12	2	58	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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