genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13703344--13703410	25	3.0	22	77	16	57	44	5	0	49	1.27
13704514--13704594	19	4.4	17	74	18	65	62	6	3	27	1.36
13704514--13704569	17	3.1	18	78	17	62	62	5	3	28	1.34
13704540--13704587	20	2.5	20	80	13	55	64	8	2	25	1.32
13704540--13704594	20	2.8	20	71	13	51	63	7	1	27	1.31
13705337--13705378	9	4.8	9	94	5	77	42	0	0	57	0.99
13705306--13705386	26	3.0	26	78	7	74	35	0	2	61	1.09
13705371--13705408	19	2.0	20	84	5	51	26	0	5	68	1.11
13713584--13713768	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
13713565--13713768	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
13722059--13722116	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
13726040--13726102	24	2.6	25	82	12	85	44	1	12	41	1.52
13727188--13727230	22	2.0	22	86	9	61	32	16	13	37	1.88
13732107--13732171	33	1.9	34	84	3	87	32	1	4	61	1.26
13734096--13734161	27	2.5	26	83	9	82	37	15	1	45	1.55
13734137--13734213	40	1.9	40	81	5	93	29	11	6	51	1.63
13734141--13734228	40	2.2	40	74	8	81	30	14	5	48	1.67
13735840--13736118	45	6.2	44	80	2	261	21	18	11	48	1.79
13735872--13735942	21	3.2	21	66	21	54	21	16	11	50	1.76
13735952--13736148	90	2.2	90	79	3	218	21	19	13	45	1.84
13744866--13745648	391	2.0	389	87	3	1137	31	17	13	38	1.88
13751922--13751953	16	2.0	16	93	0	55	46	0	6	46	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13754639--13754846	57	3.6	57	83	1	220	23	6	20	49	1.72
13758900--13758941	21	2.0	21	85	0	57	38	0	19	42	1.51
13759255--13759310	24	2.3	25	75	3	60	25	25	14	35	1.93
13759458--13759511	24	2.2	24	84	9	74	16	25	24	33	1.96
13768929--13768985	25	2.3	25	84	6	71	31	28	17	22	1.97
13771054--13771098	18	2.5	18	92	0	72	37	11	22	28	1.88
13777488--13777528	22	1.9	22	95	5	75	51	2	2	43	1.28
13777776--13777985	111	1.9	116	84	8	290	43	6	9	41	1.61
13779719--13779787	35	1.9	36	91	2	113	50	20	1	27	1.56
13781721--13781805	39	2.3	37	86	11	120	52	4	4	37	1.43
13782656--13782712	28	2.0	28	89	0	87	43	22	12	21	1.85
13788433--13788483	17	2.8	19	82	14	63	76	0	3	19	0.94
13794924--13794959	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
13796639--13796672	17	2.1	15	89	10	50	85	0	14	0	0.60
13796978--13797012	3	11.7	3	93	0	61	2	34	0	62	1.10
13799876--13799943	21	3.3	20	76	15	59	35	1	1	61	1.14
13799907--13799947	21	2.0	21	95	0	73	46	0	2	51	1.14
13799972--13800016	19	2.4	18	82	10	54	40	2	4	53	1.33
13799986--13800022	19	1.9	19	89	10	58	40	2	2	54	1.29
13801636--13801685	20	2.6	19	78	12	57	62	2	4	32	1.25
13803711--13803811	28	3.6	28	81	5	114	21	18	21	37	1.94
13803714--13803854	56	2.5	56	80	6	133	21	19	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13804214--13804276	31	2.0	31	100	0	126	31	12	25	30	1.93
13804777--13804801	6	4.2	6	100	0	50	32	0	16	52	1.44
13811866--13812008	43	3.3	43	77	10	132	30	26	17	25	1.97
13814466--13814505	19	2.1	19	85	0	53	37	2	5	55	1.35
13818307--13818474	42	3.9	42	84	10	221	34	20	22	22	1.97
13824335--13824439	25	4.2	25	78	7	113	33	2	18	45	1.64
13824346--13824587	9	27.8	9	68	11	128	31	3	20	44	1.69
13824338--13824437	51	2.0	50	86	2	137	33	3	19	45	1.65
13824732--13824833	26	3.9	26	70	7	80	44	4	9	41	1.59
13824782--13824833	13	4.0	13	92	0	77	42	1	9	46	1.47
13824902--13825807	100	9.1	100	96	0	1633	48	4	7	39	1.50
13825785--13825870	44	1.9	44	88	4	127	46	2	4	46	1.36
13826210--13826296	7	12.3	7	80	2	93	72	11	11	4	1.26
13826223--13826313	14	6.4	14	79	2	74	73	9	9	6	1.24
13826213--13826298	28	3.0	28	84	1	109	72	10	11	5	1.28
13826223--13826312	7	12.6	7	78	3	54	74	10	10	5	1.21
13826223--13826312	21	4.2	21	81	2	90	74	10	10	5	1.21
13826300--13826343	18	2.4	19	84	3	54	56	13	15	13	1.67
13827096--13827120	10	2.5	10	100	0	50	32	8	12	48	1.69
13827620--13828011	198	2.0	198	90	1	615	35	20	15	28	1.94
13828418--13828509	47	2.0	47	82	4	114	45	3	7	43	1.48
13828497--13828545	19	2.6	19	81	12	66	14	4	2	79	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13828505--13828545	18	2.3	18	91	4	66	12	4	0	82	0.81
13828581--13828607	14	1.9	14	100	0	54	44	7	0	48	1.31
13828678--13828866	95	2.0	97	83	4	240	41	29	1	28	1.65
13828833--13828915	7	11.9	7	88	0	103	28	49	1	20	1.57
13829015--13829065	21	2.6	19	93	6	84	33	50	0	15	1.44
13829015--13829065	14	3.8	14	89	5	79	33	50	0	15	1.44
13828993--13829060	33	2.1	33	83	5	84	33	47	0	19	1.50
13828993--13829072	21	3.9	21	79	9	76	35	43	0	21	1.53
13829454--13829671	114	1.9	113	80	8	255	30	22	15	32	1.94
13829607--13829746	74	1.9	75	88	4	212	29	22	17	30	1.97
13829481--13829881	188	2.1	188	92	0	658	30	22	15	31	1.95
13829681--13830266	114	5.1	114	73	8	485	30	21	15	33	1.94
13829663--13830261	227	2.6	227	88	4	850	29	21	15	33	1.94
13832665--13832982	96	3.3	95	88	4	451	38	17	1	41	1.61
13833087--13833206	40	3.0	40	81	4	134	23	22	24	30	1.99
13834972--13834996	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
13841639--13841923	61	4.8	58	70	15	206	44	1	3	51	1.24
13841638--13841923	120	2.4	120	94	1	493	44	1	3	51	1.24
13841869--13841903	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13842060--13842157	45	2.2	46	83	7	130	32	27	8	31	1.86
13842136--13842198	16	3.9	16	91	0	99	20	33	4	41	1.73
13843358--13843467	42	2.6	43	78	4	116	28	20	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13845792--13845851	30	1.9	32	83	6	79	1	15	18	65	1.36
13846174--13846207	14	2.2	16	90	10	54	58	5	5	29	1.45
13847946--13847984	20	2.0	20	85	10	53	69	0	7	23	1.14
13851471--13851514	9	5.0	8	82	17	52	27	11	22	38	1.88
13851471--13851522	27	1.9	27	84	7	70	30	9	19	40	1.83
13851473--13851522	18	2.8	18	87	0	73	32	10	16	42	1.81
13855638--13855680	22	2.0	22	90	9	70	27	13	11	46	1.78
13856986--13857041	3	18.7	3	90	0	67	33	7	0	58	1.25
13863879--13863934	24	2.3	24	93	0	94	35	7	25	32	1.83
13863890--13863942	24	2.2	24	83	6	63	33	9	28	28	1.88
13864256--13864491	45	5.3	45	66	18	143	27	23	25	22	2.00
13864234--13864504	89	3.0	89	88	0	416	26	25	24	23	2.00
13866199--13866273	3	25.0	3	91	0	87	30	6	2	60	1.37
13868155--13868189	18	2.0	17	94	5	61	17	8	17	57	1.64
13870779--13870820	22	1.9	22	90	0	66	45	9	7	38	1.64
13874989--13875389	47	8.6	47	68	13	170	42	15	16	25	1.88
13874964--13875404	70	6.3	70	84	5	525	42	15	15	26	1.87
13874978--13875404	140	3.0	140	88	1	624	42	14	15	26	1.86
13874989--13875389	23	17.2	24	70	14	214	42	15	16	25	1.88
13876116--13876238	28	4.4	28	87	0	165	31	26	12	30	1.92
13882736--13882865	24	5.6	23	72	6	91	40	13	20	24	1.89
13882877--13882983	24	4.6	23	70	15	67	41	15	15	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13882601--13883114	70	7.3	70	86	4	662	42	15	16	25	1.87
13883849--13883950	28	3.7	27	88	2	141	30	25	11	32	1.91
13883824--13883951	56	2.3	56	86	2	177	29	25	11	32	1.91
13886670--13886699	10	2.9	10	95	5	51	70	0	0	30	0.88
13890753--13890794	22	1.9	22	85	0	57	35	2	14	47	1.57
13891390--13891440	25	2.0	26	96	3	95	41	11	19	27	1.86
13901922--13901999	21	3.7	21	73	17	72	35	8	17	37	1.82
13901921--13901976	19	2.8	20	86	5	78	35	10	19	33	1.87
13901943--13901983	19	2.3	18	91	8	66	36	9	21	31	1.86
13904520--13904579	18	3.3	18	68	32	56	31	5	28	35	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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