genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  88  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25081436--25081506	37	1.9	37	97	0	133	40	22	0	36	1.54
25083980--25084033	23	2.5	22	82	8	65	11	7	9	72	1.29
25088455--25088504	21	2.4	21	82	0	64	24	24	36	16	1.94
25091679--25091946	125	2.1	126	85	4	364	29	19	15	35	1.93
25092005--25092120	30	3.7	29	76	16	108	44	18	0	37	1.50
25092000--25092119	33	3.8	33	77	12	119	45	17	0	36	1.49
25092094--25092184	47	2.0	44	81	14	105	49	26	0	24	1.50
25120781--25120819	20	2.0	20	100	0	78	43	10	5	41	1.61
25123360--25123389	14	2.1	14	93	0	51	46	13	0	40	1.43
25127611--25127680	26	2.7	26	80	10	88	77	2	5	14	1.07
25134343--25134391	19	2.5	19	83	9	55	77	8	6	8	1.12
25134615--25134644	14	2.1	14	93	0	51	46	13	0	40	1.43
25144245--25144343	34	2.9	34	83	7	112	26	18	11	44	1.83
25146095--25146210	35	3.3	35	85	0	160	29	19	18	32	1.96
25149013--25149043	12	2.6	12	94	0	53	6	12	35	45	1.68
25175959--25176572	45	13.7	45	85	3	783	31	22	15	29	1.95
25183462--25183496	14	2.5	14	100	0	70	57	0	0	42	0.99
25189200--25189445	43	5.8	43	72	10	173	33	24	16	25	1.96
25189162--25189486	85	3.8	85	85	0	391	33	24	16	25	1.96
25189201--25189485	43	6.8	40	72	9	165	33	24	16	24	1.96
25191060--25191227	88	1.9	88	98	0	327	26	27	9	36	1.87
25191220--25191280	30	2.0	30	100	0	122	24	22	6	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25192852--25192878	12	2.2	12	100	0	54	0	7	40	51	1.30
25195724--25195751	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
25197377--25197416	19	2.1	19	100	0	80	45	15	20	20	1.86
25203062--25203179	50	2.3	50	84	5	139	33	17	13	35	1.89
25207091--25207116	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
25210506--25210535	15	2.0	15	93	0	51	23	13	6	56	1.60
25211247--25211309	29	2.2	29	88	0	90	26	20	23	28	1.99
25219206--25219324	58	2.1	58	85	3	159	31	21	11	35	1.89
25226084--25226161	28	2.8	28	86	1	95	28	23	15	33	1.95
25232000--25232055	24	2.2	26	87	6	80	35	8	3	51	1.51
25236418--25236486	27	2.7	25	73	8	66	18	26	20	34	1.96
25241018--25241085	22	3.0	22	89	4	100	69	1	0	29	0.98
25251421--25251566	73	2.0	74	91	1	240	50	15	13	21	1.77
25252383--25252411	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
25254336--25254379	22	1.9	24	81	9	56	45	0	4	50	1.22
25254491--25254535	19	2.4	19	81	3	56	26	2	4	66	1.22
25258411--25258461	25	2.0	25	100	0	102	33	19	3	43	1.70
25259942--25260014	36	2.0	36	89	5	112	24	19	17	38	1.93
25262483--25262572	48	1.9	46	86	8	128	55	2	4	37	1.32
25263130--25263159	11	2.6	11	94	5	51	36	3	0	60	1.14
25269518--25269571	18	3.1	17	81	7	63	44	0	20	35	1.52
25269534--25269567	17	1.9	18	88	5	52	47	0	20	32	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25269663--25269786	38	3.2	36	74	12	97	24	18	25	32	1.97
25278359--25278439	34	2.4	34	93	0	135	28	22	23	25	1.99
25283383--25283451	25	2.8	25	84	4	77	23	21	26	28	1.99
25285225--25285318	46	2.0	46	100	0	188	37	13	17	31	1.89
25285538--25285663	47	2.7	45	76	13	128	53	3	4	38	1.38
25285566--25285615	14	3.5	14	78	5	55	56	4	2	38	1.30
25288507--25288534	13	2.2	13	100	0	56	35	35	7	21	1.81
25293119--25293344	124	1.8	124	93	0	389	28	15	23	32	1.95
25293866--25293972	19	5.7	19	75	21	109	49	2	8	39	1.48
25293849--25293983	37	3.6	37	98	0	261	51	2	6	39	1.44
25293988--25294171	29	6.6	28	84	8	225	22	1	31	44	1.60
25293995--25294171	58	3.2	58	88	4	267	23	1	30	44	1.61
25294112--25294168	23	2.5	23	94	0	96	24	0	28	47	1.52
25295367--25295392	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
25296573--25296617	22	2.0	22	95	0	81	42	0	31	26	1.56
25296531--25296697	73	2.3	73	93	1	282	44	0	28	26	1.59
25296640--25296695	22	2.5	22	91	2	85	42	0	28	28	1.56
25297148--25297220	30	2.4	30	82	6	85	45	4	12	38	1.61
25297165--25297226	30	2.1	30	87	6	90	37	6	16	40	1.74
25302512--25302564	19	2.7	20	85	5	72	62	7	0	30	1.23
25302513--25302575	19	3.3	19	82	10	58	58	6	1	33	1.33
25305498--25305530	7	4.7	7	96	0	57	15	0	72	12	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25309973--25310095	43	2.8	45	77	13	143	32	24	19	23	1.97
25312113--25312841	363	2.0	362	92	1	1212	18	22	18	40	1.92
25314086--25314168	40	2.1	40	86	4	114	19	27	16	36	1.93
25314881--25314977	42	2.3	42	83	3	115	22	16	32	27	1.96
25347602--25347637	18	2.0	18	94	0	63	52	11	5	30	1.59
25349704--25349823	54	2.2	54	85	2	161	23	17	24	35	1.96
25356085--25356109	12	2.1	12	100	0	50	60	0	24	16	1.36
25360067--25360129	27	2.3	27	86	0	90	20	23	14	41	1.89
25360524--25360633	34	3.2	34	70	5	96	37	25	11	25	1.90
25360521--25360674	68	2.3	68	87	0	218	38	24	11	25	1.89
25360544--25360651	34	3.2	34	68	19	80	36	26	10	26	1.89
25360662--25360745	17	4.9	17	74	0	78	44	20	10	25	1.83
25362906--25362953	19	2.5	19	100	0	96	18	29	14	37	1.91
25364934--25364974	20	2.0	20	85	0	55	26	24	12	36	1.91
25366429--25366481	24	2.3	23	83	9	63	71	3	11	13	1.26
25366425--25366484	23	2.7	23	85	14	81	68	3	15	13	1.34
25367150--25367244	40	2.4	40	85	0	118	41	20	15	23	1.90
25367331--25367482	41	3.7	41	80	1	171	21	18	26	32	1.97
25371511--25371541	16	1.9	16	100	0	62	35	12	12	38	1.82
25377367--25377704	50	6.7	50	82	5	306	23	30	20	26	1.98
25377366--25377704	150	2.2	151	81	4	378	23	30	20	26	1.98
25380123--25380173	23	2.2	23	85	0	66	29	7	19	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25380489--25380551	6	10.7	6	77	16	60	79	0	15	4	0.90
25385049--25385127	25	3.2	24	78	8	79	35	22	25	16	1.95
25385061--25385198	24	5.7	24	71	7	82	34	21	26	18	1.96
25397761--25397881	57	2.1	57	100	0	242	24	16	38	19	1.92
25400912--25400970	16	3.7	16	88	4	84	40	1	1	55	1.20
25400904--25400984	32	2.7	30	80	12	85	44	2	1	51	1.22
25405548--25405586	16	2.4	17	95	4	71	23	0	10	66	1.22
25405606--25405642	18	2.1	18	100	0	74	45	5	10	37	1.62
25412274--25412326	23	2.3	23	90	0	88	18	20	28	32	1.97
25415242--25415317	35	2.2	35	83	4	91	25	19	22	32	1.97
25436675--25436707	17	1.9	17	88	11	50	12	9	27	51	1.69
25438174--25438227	26	2.1	26	82	0	63	31	3	5	59	1.38
25441775--25441851	38	2.0	38	97	0	145	42	12	22	22	1.87
25459864--25459956	43	2.2	43	82	3	107	58	10	8	22	1.59
25468048--25468083	8	4.5	8	92	0	63	61	13	2	22	1.46
25470599--25470652	27	2.0	28	82	7	67	33	11	31	24	1.90
25471967--25472073	28	3.8	28	82	0	133	33	22	20	23	1.97
25473202--25473240	19	2.1	19	100	0	78	35	38	15	10	1.81
25475269--25475501	118	2.0	118	92	0	385	35	16	8	40	1.78
25500073--25500197	39	3.2	39	82	0	151	16	28	16	37	1.91
25507020--25507087	31	2.4	28	79	13	75	39	11	11	36	1.79
25507708--25507979	150	1.8	151	84	3	379	34	13	8	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25508033--25508355	169	1.9	167	86	3	461	32	13	8	44	1.76
25510642--25510666	11	2.3	11	100	0	50	36	16	8	40	1.77
25510947--25510994	15	3.3	14	80	8	60	37	0	10	52	1.36
25519586--25519616	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
25520225--25520253	9	3.2	9	100	0	58	31	0	0	68	0.89
25523090--25523128	19	2.0	19	90	5	60	30	0	5	64	1.15
25524918--25524953	15	2.4	15	85	0	54	52	2	13	30	1.55
25532453--25532506	16	3.4	16	75	10	56	40	5	24	29	1.77
25535793--25535828	17	2.1	17	94	0	63	55	2	5	36	1.38
25536063--25536092	15	1.9	16	93	6	53	80	0	13	6	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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