genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  32  of  172  ( 20605 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7943982--7944320	42	8.0	42	79	7	337	36	23	17	23	1.95
7944027--7944320	84	3.5	84	91	0	480	37	22	16	23	1.94
7944331--7944517	51	3.7	51	78	5	200	31	26	17	24	1.97
7944329--7944513	101	1.8	101	87	3	273	31	26	17	24	1.97
7944323--7944547	101	2.2	101	79	7	251	30	27	16	25	1.97
7955071--7955126	24	2.3	24	96	0	103	53	8	12	25	1.67
7955741--7956448	44	15.8	44	74	8	518	30	18	21	29	1.97
7955704--7956083	183	2.1	183	90	0	598	30	16	22	30	1.96
7955741--7956448	133	5.3	132	77	5	632	30	18	21	29	1.97
7955924--7956448	222	2.4	222	90	1	829	30	19	21	28	1.97
7955740--7956448	89	7.9	89	78	6	583	30	18	21	29	1.97
7957910--7957987	8	9.2	8	72	13	50	29	3	1	65	1.18
7957913--7958010	51	1.9	52	95	2	180	33	4	2	60	1.27
7958077--7958133	3	18.3	3	86	13	80	29	3	0	66	1.08
7967782--7967896	41	2.8	41	93	0	185	24	18	25	32	1.97
7969147--7969236	37	2.5	37	91	7	143	35	28	10	25	1.88
7969449--7969633	41	4.5	41	93	0	318	22	28	21	28	1.99
7969712--7969739	13	2.2	13	100	0	56	53	7	0	39	1.28
7969873--7969918	17	2.6	18	80	13	51	41	17	2	39	1.62
7973150--7973198	22	2.2	23	82	10	57	44	8	6	40	1.59
7973206--7973242	17	2.2	17	90	4	58	51	8	0	40	1.32
7973849--7973883	16	2.2	16	89	0	52	71	5	0	22	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7974791--7974855	24	2.5	25	82	9	69	55	3	4	36	1.36
7977889--7977932	21	2.1	21	100	0	88	18	22	25	34	1.96
7986724--7986792	33	2.1	33	86	5	95	21	14	36	27	1.93
7987799--7987848	18	2.6	19	84	12	59	36	0	6	58	1.23
7987799--7987849	19	2.7	20	82	14	63	35	0	5	58	1.22
7990655--7990688	16	2.1	16	88	0	50	23	0	29	47	1.52
7991493--7991535	20	2.2	20	100	0	86	32	4	37	25	1.77
7992724--7992758	17	2.0	18	94	5	63	42	0	11	45	1.40
7993822--7993864	18	2.4	18	96	0	77	37	27	0	34	1.57
7996918--7997035	59	2.0	59	100	0	236	49	13	11	25	1.76
8005670--8005748	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
8005867--8006196	47	6.9	47	93	1	525	29	30	8	32	1.87
8010461--8010574	27	4.2	27	85	0	147	34	9	15	40	1.80
8011663--8011697	17	2.1	17	89	10	54	51	14	17	17	1.77
8016448--8016498	24	2.1	23	82	17	59	52	0	3	43	1.19
8021534--8021567	18	1.9	17	88	5	50	52	8	0	38	1.33
8023292--8023333	20	2.1	20	90	0	66	35	0	26	38	1.57
8023647--8023697	22	2.3	22	86	6	68	47	3	7	41	1.51
8023723--8023769	21	2.3	20	78	10	51	46	2	4	46	1.34
8030417--8030465	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
8036128--8036169	14	2.8	15	78	10	50	47	19	0	33	1.49
8050034--8050096	28	2.2	29	83	11	76	49	0	3	47	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8052581--8052675	30	3.2	30	70	16	81	45	2	8	44	1.46
8052581--8052710	61	2.2	60	81	6	147	43	3	10	43	1.55
8052961--8053001	21	2.0	21	85	9	57	36	2	0	60	1.10
8053366--8053418	21	2.5	22	73	14	56	33	1	3	60	1.26
8058138--8058289	79	2.0	77	86	10	215	23	9	14	53	1.69
8059975--8060042	34	2.0	34	85	0	91	25	20	19	35	1.96
8065035--8065132	23	4.3	23	76	8	85	31	18	14	35	1.91
8068678--8068708	16	1.9	16	93	0	53	35	25	0	38	1.56
8074352--8074428	27	2.8	28	74	5	86	24	25	16	32	1.96
8074508--8074572	27	2.4	27	81	0	85	18	23	23	35	1.96
8075359--8075403	21	2.1	21	83	4	54	31	20	11	37	1.87
8075710--8075744	17	2.1	17	88	0	52	45	2	14	37	1.59
8083894--8083925	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
8084020--8084261	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
8084020--8084269	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
8087068--8087113	21	2.2	21	88	3	67	19	2	13	65	1.37
8087597--8087645	24	2.1	24	88	3	73	40	48	2	8	1.44
8089061--8089098	18	2.0	20	90	10	62	36	5	0	57	1.21
8099911--8099949	20	2.0	20	94	0	69	48	10	15	25	1.76
8099971--8100024	26	2.1	26	100	0	108	37	11	24	27	1.89
8102053--8102096	22	2.0	22	100	0	88	45	9	18	27	1.79
8103849--8103886	15	2.7	14	84	11	51	36	0	2	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8114210--8114352	38	3.6	37	68	22	101	38	28	19	13	1.89
8114255--8114329	22	3.4	22	85	7	98	41	29	17	12	1.85
8123228--8123300	22	3.6	22	66	27	70	38	28	21	10	1.88
8123207--8123316	38	2.9	38	83	5	150	36	29	20	13	1.91
8123289--8123329	16	2.6	16	96	0	73	36	31	21	9	1.86
8127973--8128025	18	2.9	18	88	0	79	39	24	20	15	1.91
8139871--8139915	18	2.5	18	78	7	56	42	17	2	37	1.62
8143879--8143961	44	1.9	43	97	2	157	37	2	21	38	1.67
8145029--8145084	21	2.7	21	91	5	87	30	8	32	28	1.88
8162191--8162289	25	4.0	25	88	5	130	22	29	19	29	1.98
8166906--8166963	26	2.2	26	90	0	89	37	10	15	36	1.82
8170319--8170343	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
8173464--8173521	16	3.6	16	75	9	55	32	3	3	60	1.30
8175666--8175720	26	2.1	26	100	0	110	18	23	3	54	1.59
8175837--8175867	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
8179275--8179311	11	3.4	11	92	0	56	72	13	2	10	1.21
8180915--8180954	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
8180965--8181104	59	2.4	59	97	0	262	38	5	9	47	1.58
8181086--8181113	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
8181208--8181254	23	2.0	23	92	8	78	57	2	0	40	1.11
8181608--8181647	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
8181631--8181670	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8181616--8181683	34	2.0	35	91	2	111	32	8	13	45	1.74
8184434--8184460	10	2.7	10	100	0	54	44	0	40	14	1.46
8188674--8188740	29	2.3	30	81	5	91	40	7	2	49	1.46
8189213--8189356	73	2.0	73	94	0	252	27	19	18	34	1.95
8193718--8194350	132	4.8	132	86	1	883	29	20	23	25	1.99
8193718--8194333	264	2.3	264	91	1	977	30	20	24	25	1.99
8193727--8194326	44	13.6	44	63	12	140	29	19	24	26	1.98
8194074--8195398	437	3.0	437	97	0	2488	30	17	24	27	1.97
8194511--8194770	132	2.0	131	89	0	394	29	19	25	25	1.99
8194948--8195221	132	2.1	131	86	1	386	29	18	24	27	1.98
8195315--8195450	51	2.7	51	82	0	164	30	19	23	26	1.98
8195482--8195605	44	2.8	44	78	9	135	28	17	23	30	1.97
8195751--8195956	44	4.6	44	77	3	171	29	21	21	27	1.98
8195748--8195915	45	3.8	45	78	7	166	30	19	22	27	1.98
8195751--8195991	44	5.4	44	74	9	150	29	20	21	28	1.98
8195634--8196395	404	1.9	403	88	1	1159	32	18	21	27	1.97
8196481--8196782	138	2.2	138	84	2	387	30	20	20	28	1.98
8196552--8196820	138	1.9	138	82	1	333	32	21	18	27	1.96
8198346--8198417	27	2.6	28	88	4	110	41	9	0	48	1.36
8198403--8198518	14	8.4	14	64	12	51	41	12	0	45	1.47
8199165--8199887	377	1.9	377	93	0	1241	31	19	13	34	1.91
8200420--8200475	26	2.1	27	83	6	69	60	0	8	30	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8200536--8200591	20	3.1	18	76	21	55	66	1	0	32	1.03
8201249--8201307	30	2.0	30	83	12	77	45	1	0	52	1.10
8210898--8210941	18	2.4	18	88	7	63	38	0	11	50	1.39
8211116--8211153	20	1.9	20	88	0	58	47	2	31	18	1.62
8211129--8211193	11	5.9	11	75	10	62	46	0	32	21	1.52
8211129--8211193	22	3.0	22	78	13	71	46	0	32	21	1.52
8218415--8218439	7	3.6	7	100	0	50	0	32	0	68	0.90
8225102--8225154	20	2.6	19	82	8	52	66	1	1	30	1.13
8225440--8225478	12	3.2	12	92	0	69	51	20	20	7	1.72
8227736--8227823	25	3.5	24	70	18	63	35	22	23	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172