genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  34  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8445149--8445198	23	2.2	22	89	10	75	60	4	2	34	1.27
8446015--8446045	15	2.1	15	94	5	55	80	9	0	9	0.90
8449185--8449219	18	1.9	18	94	0	61	37	31	17	14	1.89
8451035--8451615	207	2.8	207	80	0	552	32	25	22	19	1.97
8451014--8451618	69	8.8	69	74	5	317	32	24	22	20	1.98
8451014--8451621	138	4.4	138	75	4	472	32	24	22	19	1.97
8452410--8452451	15	2.8	15	85	0	57	45	11	33	9	1.73
8454605--8454649	22	2.0	22	91	0	72	37	6	24	31	1.81
8462448--8462485	18	2.1	18	90	0	58	23	31	7	36	1.84
8462916--8462963	25	1.9	25	100	0	96	45	0	14	39	1.45
8463006--8463431	23	18.7	23	75	16	372	48	24	0	26	1.52
8463056--8463542	45	10.8	45	85	7	573	47	26	0	25	1.52
8463034--8463542	136	3.8	134	85	7	615	47	26	0	25	1.52
8463032--8463585	226	2.5	222	86	5	310	48	26	0	25	1.52
8463002--8463561	23	25.0	22	76	15	365	47	26	0	25	1.52
8463544--8463595	23	2.2	23	86	3	68	50	17	0	32	1.47
8463589--8463832	116	2.1	116	93	1	409	39	8	6	45	1.61
8466841--8467217	125	3.0	125	89	3	562	32	21	15	30	1.94
8468410--8468492	39	2.1	40	88	2	123	32	6	9	51	1.59
8470115--8470193	25	3.2	25	76	7	79	26	27	16	29	1.97
8475173--8475216	23	1.9	23	85	0	61	75	0	22	2	0.92
8475895--8475943	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8483928--8484343	31	13.6	30	83	3	444	31	8	15	44	1.76
8483928--8484343	123	3.4	122	83	3	503	31	8	15	44	1.76
8483928--8484343	92	4.5	92	88	0	564	31	8	15	44	1.76
8491172--8491714	31	17.7	30	85	3	585	30	8	17	43	1.79
8491172--8491714	61	8.9	62	87	1	722	30	8	17	43	1.79
8491172--8491714	92	5.9	92	89	1	784	30	8	17	43	1.79
8495103--8495326	40	5.6	40	83	8	253	25	27	22	25	2.00
8495103--8495327	80	2.8	80	84	6	287	25	27	22	24	2.00
8495105--8495327	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	25	2.00
8496455--8496574	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
8503474--8503542	35	2.0	35	88	0	102	26	10	15	47	1.77
8503478--8503564	35	2.5	35	77	3	86	27	14	13	43	1.84
8503928--8503957	16	1.9	15	93	6	51	46	16	10	26	1.78
8505907--8505939	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
8513302--8513331	8	3.8	8	100	0	60	90	0	10	0	0.47
8515333--8515367	18	1.9	18	88	0	52	45	0	0	54	0.99
8515617--8515718	20	5.3	18	73	16	73	58	1	3	35	1.28
8515619--8515691	10	7.6	9	77	13	74	61	1	5	31	1.27
8515653--8515715	21	3.0	21	84	9	76	57	1	1	39	1.18
8515775--8515816	16	2.5	17	88	7	59	71	0	0	28	0.86
8515802--8515847	25	2.0	22	91	8	65	69	0	4	26	1.07
8515856--8515968	20	5.8	21	72	21	68	64	0	2	31	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8515856--8515946	10	9.5	10	73	13	68	63	1	2	32	1.13
8515856--8515917	30	2.0	30	84	9	81	64	1	0	33	1.03
8517554--8517744	95	2.0	95	98	0	373	48	6	9	35	1.62
8519303--8519419	62	1.9	61	86	5	166	48	5	5	41	1.47
8519430--8519505	37	2.1	36	85	7	100	55	2	2	39	1.28
8522549--8522937	206	1.9	206	94	1	681	36	10	18	34	1.85
8526467--8526523	27	2.1	27	93	0	96	22	21	21	35	1.96
8527235--8527278	22	1.9	24	86	9	65	43	2	11	43	1.53
8528635--8528663	12	2.3	13	94	5	51	44	0	6	48	1.29
8528954--8528995	10	4.3	10	84	6	59	26	0	7	66	1.17
8528947--8528991	19	2.5	19	89	7	67	24	0	4	71	1.05
8539616--8539663	20	2.3	22	86	13	66	27	0	8	64	1.22
8540616--8540671	6	9.2	6	79	16	62	44	1	1	51	1.22
8540620--8540671	18	2.8	18	83	13	70	42	1	1	53	1.23
8553997--8554054	28	2.1	28	96	0	107	31	13	18	36	1.90
8574230--8574262	16	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
8574318--8574434	40	2.9	40	84	0	162	35	19	21	23	1.96
8574485--8574838	41	8.6	41	87	4	523	17	20	33	28	1.96
8574492--8574838	83	4.2	82	89	2	534	17	20	33	28	1.96
8575158--8575287	7	18.4	7	71	7	75	20	0	33	46	1.56
8575236--8575339	34	3.0	34	83	6	120	21	0	39	39	1.53
8575158--8575316	7	22.7	7	68	14	51	22	0	32	44	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8575480--8575521	16	2.5	17	92	7	68	54	0	0	45	0.99
8581028--8581269	43	5.6	43	85	5	231	20	14	30	34	1.93
8581081--8581269	43	4.3	43	89	2	243	20	16	30	32	1.94
8581028--8581269	130	1.9	129	81	4	290	20	14	30	34	1.93
8587315--8587361	24	2.0	24	100	0	94	40	0	8	51	1.33
8590355--8590558	40	5.1	40	84	2	232	31	16	22	29	1.96
8590355--8590558	80	2.6	80	85	3	259	31	16	22	29	1.96
8590605--8590665	30	2.0	30	100	0	122	27	13	22	36	1.92
8590648--8590762	40	2.9	41	88	3	180	31	17	22	28	1.97
8590443--8590821	205	1.8	205	93	0	659	28	16	21	32	1.95
8595418--8595474	28	2.0	28	100	0	114	28	7	24	40	1.81
8595775--8595807	15	2.2	15	100	0	66	27	12	6	54	1.60
8602254--8602478	50	4.5	50	83	0	261	25	20	30	23	1.98
8604727--8604802	37	2.1	37	82	9	93	42	1	2	53	1.23
8604750--8604832	32	2.6	31	82	3	94	43	2	2	51	1.27
8607370--8607399	15	2.0	15	93	0	51	70	0	10	20	1.16
8608270--8608327	20	3.0	20	78	14	61	63	0	22	13	1.29
8608391--8608422	15	2.1	16	94	5	57	78	0	15	6	0.95
8610253--8610375	50	2.4	50	82	5	158	33	15	14	36	1.88
8610253--8610382	52	2.6	49	78	9	145	33	14	14	37	1.87
8611459--8611488	15	1.9	16	93	6	53	43	16	13	26	1.85
8613288--8613321	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8615810--8615852	21	1.9	24	86	13	65	55	9	0	34	1.32
8616391--8616424	5	6.8	5	100	0	68	58	0	0	41	0.98
8616586--8616656	10	7.2	10	81	10	58	56	0	4	39	1.19
8617060--8617100	20	2.1	20	86	13	59	31	0	0	68	0.90
8617068--8617125	20	2.8	20	80	10	62	31	1	0	67	1.01
8617225--8617287	10	6.7	10	71	14	53	39	0	0	60	0.97
8617226--8617283	26	2.2	26	84	9	73	39	0	0	60	0.97
8618401--8618554	25	6.1	25	67	15	84	33	25	15	25	1.95
8618400--8618495	50	1.9	50	89	0	147	32	27	15	25	1.96
8618395--8618503	50	2.2	50	81	0	137	33	27	15	23	1.95
8618450--8618655	76	2.7	76	84	0	268	34	23	15	26	1.95
8622933--8623022	45	2.0	45	91	0	144	25	18	23	32	1.97
8628050--8628121	23	3.1	23	76	11	76	41	22	19	16	1.90
8628060--8628129	23	3.0	22	71	8	59	41	22	17	18	1.90
8630055--8630266	75	2.8	75	78	2	237	34	25	13	26	1.93
8638434--8638512	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
8638633--8638743	47	2.4	47	82	0	132	26	30	9	33	1.89
8643646--8643711	31	2.1	31	86	5	89	42	10	12	34	1.77
8650897--8650938	22	1.9	22	95	0	75	33	9	16	40	1.81
8660335--8660359	12	2.1	12	100	0	50	32	32	0	36	1.58
8663686--8663756	30	2.4	30	78	2	81	49	9	9	30	1.69
8673771--8673826	21	2.6	22	88	5	80	8	14	8	67	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8674462--8674519	27	2.2	27	84	3	73	46	3	12	37	1.58
8684999--8685030	14	2.1	16	88	11	50	53	12	25	9	1.68
8702533--8702570	17	2.2	17	86	9	51	39	0	2	57	1.12
8703263--8703297	18	2.0	18	88	5	54	48	0	0	51	1.00
8710339--8710403	32	2.0	32	100	0	130	26	36	6	30	1.81
8730531--8730572	5	8.4	5	84	10	59	19	0	0	80	0.70
8730531--8730575	15	3.0	15	87	6	65	22	0	0	77	0.76
8733949--8734016	35	1.9	35	84	3	91	42	20	7	29	1.79
8735997--8736026	16	1.9	16	93	6	53	30	26	13	30	1.94
8747673--8747716	11	4.2	11	85	11	65	18	6	27	47	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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