genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  94  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27272020--27272079	28	2.1	28	100	0	120	38	6	10	45	1.64
27277266--27277516	127	2.0	127	83	6	323	46	19	10	23	1.81
27278548--27278638	44	2.1	44	89	0	137	50	15	6	27	1.68
27280501--27280631	44	3.0	44	94	0	217	45	11	12	30	1.77
27281309--27281342	15	2.3	15	100	0	68	38	11	8	41	1.73
27306136--27306184	22	2.2	22	85	7	64	42	6	4	46	1.47
27307158--27307223	30	2.2	29	82	10	80	31	1	42	24	1.64
27311524--27312131	304	2.0	304	99	0	1207	27	28	14	29	1.95
27315150--27315260	25	4.4	25	73	4	98	33	19	27	18	1.96
27327750--27327806	29	2.0	29	85	0	78	31	28	14	26	1.94
27331194--27331303	25	4.4	25	70	6	89	35	20	26	18	1.95
27341264--27341433	68	2.5	68	81	1	180	34	17	22	25	1.95
27344045--27344078	14	2.4	14	86	13	52	29	5	5	58	1.45
27345944--27345975	3	10.7	3	93	0	55	0	28	0	71	0.86
27346989--27347013	13	1.9	13	100	0	50	24	8	28	40	1.83
27347277--27347341	24	2.6	25	82	2	78	40	3	4	52	1.38
27351801--27351845	19	2.2	21	77	18	51	51	2	4	42	1.34
27360577--27360602	12	2.2	12	100	0	52	57	7	0	34	1.27
27367153--27367202	20	2.5	20	100	0	100	48	0	12	40	1.40
27367585--27367632	23	2.1	23	85	11	64	33	4	4	58	1.36
27367905--27367978	3	24.7	3	100	0	148	66	0	33	0	0.92
27370900--27370967	32	2.1	33	83	10	86	58	1	7	32	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27371054--27371141	24	3.7	24	75	14	92	51	4	7	36	1.52
27371172--27371207	15	2.3	15	90	4	54	66	5	0	27	1.13
27371179--27371224	18	2.8	16	87	9	58	63	0	4	32	1.14
27371179--27371208	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
27372670--27376175	89	39.6	89	89	1	5077	26	23	19	30	1.98
27374098--27374253	75	2.1	75	88	0	231	29	25	19	25	1.99
27382419--27382455	19	1.9	19	88	0	56	59	2	2	35	1.26
27382423--27382514	25	3.7	26	76	11	95	52	4	7	35	1.50
27382545--27382580	15	2.3	15	90	4	54	66	5	0	27	1.13
27382552--27382597	18	2.8	16	87	9	58	63	0	4	32	1.14
27382552--27382581	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
27389923--27389989	34	1.9	35	90	3	109	32	8	10	47	1.69
27393381--27393429	25	2.0	23	84	7	62	46	0	0	53	1.00
27393878--27393903	10	2.6	10	100	0	52	57	23	0	19	1.40
27393894--27394394	243	2.1	243	95	0	903	39	24	8	27	1.85
27394857--27394893	16	2.3	16	100	0	74	35	18	5	40	1.74
27397250--27397275	11	2.4	11	100	0	52	30	0	0	69	0.89
27397543--27397592	24	2.1	24	96	0	91	32	8	8	52	1.60
27399055--27399120	3	21.0	3	76	14	62	68	1	3	27	1.13
27399054--27399120	17	4.0	18	76	18	65	68	1	2	26	1.12
27399055--27399120	20	3.3	19	81	8	78	68	1	3	27	1.13
27399055--27399120	22	3.1	21	76	23	68	68	1	3	27	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27399072--27399119	14	3.6	13	83	10	53	68	2	4	25	1.18
27399683--27399715	15	2.3	14	94	5	57	78	0	3	18	0.87
27400747--27402054	132	9.9	132	91	0	2076	28	23	17	30	1.97
27406206--27406251	19	2.4	19	85	7	58	47	8	19	23	1.77
27407514--27407554	21	2.0	21	100	0	82	60	0	0	39	0.96
27407498--27407569	24	3.2	24	75	20	66	59	0	2	37	1.12
27410566--27410606	13	3.2	13	82	6	57	9	26	0	63	1.25
27413772--27413854	39	2.2	37	83	14	98	48	3	3	44	1.37
27419608--27419813	91	2.3	91	87	2	281	31	25	14	29	1.94
27424631--27424669	19	2.1	19	90	0	60	41	7	0	51	1.31
27428202--27428244	21	2.0	21	82	8	52	39	16	6	37	1.75
27430190--27430216	10	2.7	10	100	0	54	51	11	11	25	1.70
27434977--27435028	27	1.9	27	92	0	86	44	17	9	28	1.80
27439477--27439523	22	2.1	22	92	0	76	8	27	23	40	1.83
27443899--27443938	20	2.0	20	95	0	71	7	25	22	45	1.78
27443904--27443975	20	3.5	20	76	1	63	15	30	18	36	1.91
27445930--27446043	27	4.2	27	79	4	122	34	21	28	16	1.95
27450924--27450993	32	2.2	32	94	0	122	18	27	28	25	1.98
27463389--27463440	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
27463656--27463697	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
27463665--27463706	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
27463796--27463843	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27463775--27463826	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
27463752--27463835	43	1.9	43	83	7	107	54	2	1	41	1.21
27463868--27464206	132	2.6	132	95	1	603	43	13	13	28	1.82
27466268--27466301	12	2.7	13	95	4	61	61	8	29	0	1.26
27466293--27466334	5	8.4	5	97	0	75	78	2	19	0	0.86
27466263--27466334	25	2.8	26	80	10	78	70	5	23	0	1.08
27466356--27466392	19	1.9	19	94	0	65	45	10	43	0	1.39
27467562--27467607	18	2.6	17	75	24	51	73	0	0	26	0.83
27468479--27468561	43	1.9	43	85	0	112	30	27	18	24	1.98
27482305--27482362	29	2.0	29	100	0	116	31	20	13	34	1.92
27501028--27501297	50	5.4	50	67	9	167	30	23	21	24	1.99
27501010--27501292	100	2.8	100	87	2	390	30	23	21	24	1.99
27503573--27503612	21	1.9	21	84	0	53	30	2	10	57	1.45
27505420--27505499	28	3.0	27	79	15	85	50	3	1	45	1.28
27507174--27507258	18	4.6	19	81	12	63	60	2	3	34	1.27
27507187--27507259	3	24.7	3	83	8	87	61	1	2	34	1.19
27508743--27509469	44	16.8	44	74	8	501	23	23	22	30	1.99
27508743--27509335	87	6.8	86	73	5	381	23	23	22	30	1.99
27508743--27509335	261	2.3	262	91	2	946	23	23	22	30	1.99
27509087--27509469	175	2.2	175	91	1	617	23	24	21	30	1.99
27508784--27509335	131	4.2	131	94	0	917	24	23	22	30	1.99
27508743--27509469	131	5.6	131	87	4	577	23	23	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27508869--27509463	87	6.8	87	75	5	513	23	24	22	29	1.99
27509521--27510119	44	13.7	44	73	5	333	27	23	19	29	1.99
27509497--27510073	174	3.3	171	76	7	389	27	23	20	28	1.99
27509521--27510070	87	6.3	88	71	13	219	27	24	19	29	1.99
27509522--27510204	219	3.1	219	95	1	1176	27	23	19	28	1.99
27510332--27510381	25	2.0	25	88	0	73	26	20	18	36	1.95
27510243--27510481	125	1.9	126	83	0	309	25	19	20	33	1.97
27510281--27510431	75	2.0	75	79	7	164	26	19	20	33	1.96
27510438--27510586	49	3.0	49	73	9	158	23	21	20	34	1.97
27510373--27510711	99	3.4	99	86	4	434	25	20	22	32	1.98
27510469--27510711	50	4.9	49	71	8	188	25	19	21	33	1.97
27510523--27510684	48	3.3	48	73	8	166	23	19	20	35	1.96
27510919--27511462	87	6.3	87	91	1	869	23	23	22	29	1.99
27510919--27511462	173	3.1	173	93	1	910	23	23	22	29	1.99
27512696--27512734	13	3.0	13	88	0	60	15	15	0	69	1.20
27518299--27518352	3	18.0	3	84	0	63	57	0	5	37	1.22
27520288--27520326	20	1.9	20	85	15	53	51	2	0	46	1.14
27530704--27530743	18	2.1	20	90	9	66	52	15	10	22	1.71
27535326--27535402	26	2.9	26	75	21	79	38	23	18	19	1.93
27541083--27541148	26	2.5	27	78	7	73	34	25	21	18	1.96
27542884--27542962	29	2.7	29	78	0	86	50	31	2	15	1.57
27543554--27543612	25	2.4	25	97	0	109	28	23	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27543520--27543649	67	1.9	67	89	3	199	25	23	22	29	1.99
27543581--27543745	42	4.0	41	83	2	213	24	20	20	34	1.96
27543582--27543745	84	2.0	84	87	2	240	24	20	20	34	1.97
27544065--27544114	21	2.4	21	89	0	73	8	50	14	28	1.70
27549650--27549909	9	29.8	9	70	16	174	33	1	20	45	1.60
27549639--27549743	25	4.2	25	78	7	113	34	1	18	45	1.60
27549654--27549909	34	7.4	34	72	17	138	32	1	19	45	1.60
27549650--27549909	16	14.9	18	70	17	174	33	1	20	45	1.60
27549690--27549854	87	1.9	87	81	5	199	30	1	21	46	1.61
27549718--27549871	62	2.4	63	81	10	170	30	1	21	46	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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