genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14930968--14930997	15	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
14931036--14931080	15	2.9	15	81	12	56	48	0	0	51	1.00
14931156--14931202	16	3.0	16	78	12	53	51	0	2	46	1.13
14931207--14931236	15	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
14930802--14931430	239	2.6	240	96	0	1161	50	4	1	43	1.31
14931282--14931335	15	3.4	16	80	19	53	53	0	0	46	1.00
14931301--14931335	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14931327--14931361	15	2.2	17	90	10	56	51	5	0	42	1.25
14932813--14932916	49	2.1	49	94	0	181	50	11	7	30	1.67
14934913--14935140	64	3.6	64	95	3	394	32	1	11	54	1.44
14935038--14935285	83	3.0	83	97	0	469	32	1	11	54	1.44
14934944--14935312	128	2.9	128	82	13	369	32	1	11	53	1.47
14934913--14935242	19	16.1	19	73	18	238	32	1	11	54	1.44
14935057--14935311	45	6.0	45	78	18	303	32	1	12	54	1.47
14935362--14935452	47	1.9	48	88	2	139	48	8	3	39	1.51
14935544--14935579	17	2.1	17	89	0	54	63	11	5	19	1.46
14935838--14935876	10	3.9	10	79	0	51	56	17	10	15	1.66
14935861--14935891	15	2.1	15	93	0	53	58	12	9	19	1.62
14935867--14935945	25	3.1	26	79	13	101	59	13	7	18	1.58
14935845--14935934	35	2.5	36	78	8	87	60	12	7	20	1.56
14937543--14937583	12	3.5	12	75	18	50	58	21	12	7	1.58
14937859--14937898	21	1.9	21	85	10	55	55	0	32	12	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14938568--14938597	11	2.7	11	94	0	51	30	30	0	40	1.57
14939166--14939858	233	3.0	230	91	3	1078	26	16	26	30	1.97
14940209--14940241	7	4.7	7	92	0	57	24	0	18	57	1.40
14943043--14943457	126	3.3	126	92	0	704	27	20	17	33	1.95
14943498--14943797	96	3.1	96	85	3	388	40	18	2	38	1.65
14944887--14944925	17	2.2	17	86	4	51	33	0	5	61	1.18
14945565--14945621	23	2.4	25	80	17	75	43	1	0	54	1.10
14947961--14948021	22	2.8	22	78	14	63	31	3	62	3	1.27
14949735--14949774	21	1.9	21	84	0	53	47	0	0	52	1.00
14950446--14950512	29	2.3	30	82	10	77	50	10	2	35	1.52
14953466--14953556	19	4.9	18	72	23	73	67	4	3	25	1.25
14953512--14953561	18	2.8	17	77	22	57	70	4	0	26	1.05
14953512--14953563	19	2.8	19	77	13	63	69	3	0	26	1.06
14953721--14953760	21	1.9	21	84	0	53	40	2	0	57	1.12
14957847--14957871	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
14959446--14959618	50	3.5	49	79	7	163	21	27	22	28	1.99
14959607--14959637	13	2.3	14	94	5	55	19	25	19	35	1.95
14965299--14965343	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
14965609--14965647	15	2.5	16	83	8	53	28	7	2	61	1.37
14965744--14965789	23	2.0	23	83	8	58	39	2	0	58	1.10
14965881--14965956	36	2.1	36	80	11	84	38	9	1	51	1.42
14966031--14966098	27	2.5	27	75	17	68	36	7	1	54	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14966262--14966291	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
14969646--14969678	14	2.3	15	89	5	50	30	15	30	24	1.95
14969758--14969809	17	2.9	17	81	13	61	80	1	17	0	0.80
14969760--14969812	6	9.0	6	80	12	65	79	1	18	0	0.83
14969772--14969811	13	3.2	13	92	3	64	82	0	17	0	0.67
14969759--14969810	18	2.9	18	88	8	72	80	1	17	0	0.80
14969760--14969812	11	4.5	12	81	11	65	79	1	18	0	0.83
14971154--14971248	50	1.9	50	82	4	120	28	20	24	27	1.99
14971180--14971340	50	3.4	48	70	13	145	28	18	25	27	1.98
14971189--14971357	92	1.8	92	89	2	268	27	20	25	26	1.99
14971367--14971750	168	2.3	168	83	2	468	31	16	23	28	1.96
14971700--14971893	50	4.0	50	71	10	143	27	20	25	27	1.99
14971717--14971884	92	1.8	92	96	0	309	27	20	25	26	1.99
14971397--14972359	478	2.0	482	90	2	1515	29	17	24	28	1.98
14971851--14972255	168	2.4	167	83	4	521	29	18	25	26	1.98
14972187--14972469	50	5.7	50	72	3	246	29	19	23	27	1.98
14972245--14972504	50	5.2	50	70	2	209	29	19	22	28	1.98
14972192--14972509	100	3.2	100	90	0	501	30	20	22	27	1.98
14972192--14972556	100	3.7	100	84	5	450	30	20	21	27	1.98
14973349--14973390	19	2.3	18	88	8	59	40	7	19	33	1.78
14973372--14973416	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
14973811--14973856	23	2.0	23	83	8	58	39	2	0	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14974075--14974114	6	6.7	6	88	0	53	35	0	12	52	1.39
14974098--14974189	27	3.2	28	71	18	82	34	4	1	59	1.24
14975676--14975726	26	2.0	26	92	0	84	29	7	27	35	1.85
14975674--14975726	13	4.1	13	77	0	61	28	7	28	35	1.84
14981751--14981798	7	6.9	7	84	15	64	68	0	16	14	1.21
14983074--14984415	177	7.5	177	79	7	1191	31	13	23	31	1.93
14983165--14984131	221	4.4	221	85	3	1204	31	13	23	31	1.93
14983075--14984415	44	30.0	44	77	8	1127	31	13	23	31	1.93
14984214--14984240	14	1.9	14	100	0	54	44	14	22	18	1.86
14984091--14984373	147	1.9	147	94	0	494	31	13	24	31	1.93
14984240--14984415	89	2.0	89	88	4	266	31	14	23	30	1.94
14985329--14985357	13	2.1	14	93	6	51	6	13	0	79	0.93
14989978--14990029	18	2.9	18	88	0	77	36	9	11	42	1.74
14992358--14992387	14	2.1	14	100	0	60	43	6	0	50	1.28
14992608--14992673	13	5.1	13	76	7	71	34	21	7	36	1.82
14996893--14996996	48	2.2	48	92	0	172	42	14	20	23	1.88
15012951--15013024	30	2.5	30	100	0	148	21	12	37	28	1.89
15014839--15014871	15	2.2	15	89	10	50	60	0	18	21	1.36
15018289--15018384	22	4.4	22	77	3	70	34	15	29	20	1.94
15019607--15019662	25	2.2	25	90	0	85	33	25	19	21	1.97
15021712--15021902	50	3.7	52	79	6	201	26	19	28	25	1.99
15022152--15022190	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15028613--15028744	50	2.6	50	81	0	156	25	24	30	19	1.98
15029007--15029045	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
15033021--15033067	23	2.0	24	83	4	60	48	2	0	48	1.13
15036110--15036261	75	2.0	75	97	0	286	32	23	11	32	1.91
15038388--15038509	23	5.3	23	85	3	156	33	25	18	22	1.96
15038727--15038765	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
15041222--15041327	50	2.1	51	82	3	126	37	1	12	48	1.52
15041868--15041931	10	6.1	10	78	10	56	26	6	0	67	1.14
15056144--15056316	45	4.2	39	77	17	136	19	20	21	38	1.94
15056171--15056322	45	3.4	45	87	1	216	19	20	21	39	1.93
15056300--15056341	6	6.8	6	83	5	57	19	16	16	47	1.83
15063570--15063717	45	3.3	45	81	9	149	20	16	20	42	1.89
15072019--15072088	4	17.5	4	81	0	68	21	32	2	42	1.67
15072019--15072069	8	6.4	8	88	0	75	23	35	0	41	1.55
15072019--15072079	16	3.8	16	86	0	86	22	34	1	40	1.64
15079759--15079787	9	3.3	9	90	9	51	89	0	10	0	0.48
15080810--15081154	42	8.2	42	87	0	483	22	19	23	34	1.96
15080810--15081154	126	2.7	126	91	0	555	22	19	23	34	1.96
15081610--15081664	3	18.3	3	100	0	110	34	32	0	32	1.58
15082034--15082444	150	2.7	152	85	5	557	41	4	10	43	1.59
15082180--15082280	53	1.9	54	82	11	129	41	2	10	44	1.55
15082389--15082432	20	2.2	20	88	4	63	43	0	9	47	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15083054--15083114	10	5.7	10	72	12	50	19	6	3	70	1.24
15090763--15090809	23	2.0	23	84	12	60	61	2	0	36	1.08
15096221--15096268	17	2.8	17	70	0	51	45	29	16	8	1.76
15101623--15101684	30	2.1	30	82	17	76	29	16	8	46	1.75
15101843--15101939	25	3.9	24	76	9	79	29	19	25	24	1.98
15101843--15101960	49	2.4	50	79	1	139	31	18	26	23	1.98
15103868--15103902	18	1.9	18	88	0	52	8	34	5	51	1.56
15111920--15112444	262	2.0	262	100	0	1050	32	13	20	33	1.92
15112705--15112751	18	2.6	18	96	0	85	27	6	17	48	1.71
15120441--15120500	29	2.1	28	87	3	84	46	21	20	11	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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