genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22528885--22529076	50	3.8	50	78	7	154	26	20	30	22	1.99
22545639--22545749	37	2.8	39	72	8	109	22	20	27	29	1.99
22546428--22546478	17	3.0	17	88	0	75	37	13	15	33	1.87
22549530--22549603	38	2.0	38	89	2	114	22	9	13	54	1.68
22550166--22551045	44	19.6	44	73	11	388	30	18	22	28	1.97
22550164--22550457	133	2.2	133	82	3	358	30	20	22	27	1.98
22550208--22551045	360	2.3	360	89	1	1286	30	18	22	28	1.97
22550167--22551045	89	9.8	87	73	9	626	30	18	22	28	1.98
22552589--22552718	3	43.0	3	76	10	86	28	3	6	61	1.37
22553854--22553994	45	3.1	45	77	2	149	38	10	22	28	1.88
22554065--22554136	34	2.1	34	86	0	99	43	13	11	31	1.80
22554429--22554543	28	4.0	28	80	6	124	57	5	13	24	1.56
22554429--22554537	56	1.9	57	85	5	150	57	4	11	25	1.53
22556625--22556665	21	2.0	21	85	0	55	46	2	2	48	1.28
22556803--22556877	31	2.4	31	81	2	105	54	14	5	25	1.61
22564054--22564110	11	5.3	10	89	10	78	26	29	0	43	1.55
22564325--22564384	16	3.4	16	69	30	50	36	1	1	60	1.17
22565318--22565346	7	4.1	7	100	0	58	27	0	13	58	1.36
22569696--22570107	126	3.3	126	90	0	635	27	20	18	33	1.96
22578159--22578197	17	2.3	17	86	8	53	30	0	2	66	1.05
22578163--22578208	23	2.0	22	83	8	56	26	0	6	67	1.15
22585975--22586023	3	16.0	3	80	4	53	67	0	6	26	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22587008--22587049	13	3.2	13	86	6	50	14	4	9	71	1.28
22587008--22587049	12	3.2	13	86	6	50	14	4	9	71	1.28
22587590--22588175	44	13.0	44	72	8	361	29	20	17	32	1.95
22587917--22588174	133	1.9	133	85	1	356	29	20	15	34	1.93
22587972--22588180	89	2.4	89	82	4	262	30	19	16	33	1.94
22595240--22595271	7	4.7	7	92	7	57	87	12	0	0	0.54
22595240--22595271	13	2.4	13	94	5	55	87	12	0	0	0.54
22595389--22595425	15	2.5	15	90	0	56	62	0	5	32	1.18
22598226--22598259	9	3.8	9	92	0	50	47	14	11	26	1.79
22598223--22598259	18	2.1	18	94	0	65	48	13	10	27	1.75
22598746--22598956	84	2.5	84	85	6	268	22	19	4	53	1.64
22603717--22603778	28	2.2	28	97	0	115	41	22	9	25	1.84
22612189--22612339	59	2.6	58	81	3	169	28	17	11	42	1.84
22612193--22612358	58	2.9	57	79	5	154	28	15	12	43	1.83
22613406--22613455	13	3.8	13	86	0	73	36	8	20	36	1.82
22615895--22615940	11	4.3	11	88	5	67	13	26	4	56	1.55
22615894--22615944	21	2.5	21	90	3	77	15	27	3	52	1.60
22617609--22617676	11	5.8	11	78	13	57	82	11	1	4	0.88
22617614--22617702	13	7.2	12	76	19	60	78	11	4	5	1.06
22617609--22617683	6	12.5	6	76	18	68	81	12	2	4	0.93
22617693--22617748	13	4.8	12	80	17	55	69	1	3	25	1.14
22617693--22617748	6	9.5	6	81	14	55	69	1	3	25	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22617711--22617754	22	2.0	21	86	4	61	68	4	0	27	1.09
22617900--22617933	17	1.9	18	94	5	61	17	41	23	17	1.90
22618016--22618040	10	2.5	10	100	0	50	24	8	0	68	1.16
22620009--22620081	29	2.5	29	93	0	119	41	9	28	20	1.84
22631431--22631487	25	2.2	27	76	20	68	50	5	0	43	1.24
22646850--22647286	45	9.6	45	76	8	298	30	15	22	31	1.95
22647067--22647359	92	3.2	91	72	12	285	32	16	17	34	1.92
22647024--22647516	181	2.7	181	83	3	616	30	17	20	32	1.95
22647573--22647787	44	4.7	45	74	8	175	30	20	21	27	1.98
22649137--22649217	8	9.6	9	72	18	50	65	1	2	30	1.13
22649143--22649207	7	9.1	7	73	15	53	64	1	3	30	1.18
22649137--22649208	21	3.3	21	76	11	65	65	1	2	30	1.15
22649247--22649309	26	2.5	26	92	2	110	68	0	0	31	0.90
22649258--22649300	16	2.5	17	85	7	61	69	0	0	30	0.88
22649350--22649396	18	2.6	18	77	12	51	55	8	0	36	1.31
22649429--22649492	20	3.0	21	75	11	60	57	3	3	35	1.30
22654299--22654496	50	3.9	48	76	7	135	22	26	21	28	1.99
22660951--22661080	50	2.6	50	76	0	134	20	27	23	27	1.99
22668820--22669810	46	21.5	46	95	1	1691	29	22	15	32	1.95
22678724--22678850	45	2.8	45	85	0	137	40	15	23	20	1.91
22679877--22679920	20	2.3	19	80	7	52	29	13	0	56	1.38
22684625--22684754	45	2.9	45	92	0	215	43	16	15	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22684625--22684792	45	3.8	44	86	7	198	42	16	17	23	1.89
22684715--22684884	45	3.8	46	82	9	183	38	15	21	24	1.92
22684715--22684929	90	2.4	90	79	7	224	39	16	21	22	1.92
22684715--22684913	45	4.4	45	79	11	178	39	15	22	23	1.91
22684907--22685014	45	2.4	45	81	4	119	42	18	21	17	1.89
22687021--22687151	54	2.4	54	81	0	154	25	22	24	27	2.00
22688876--22688915	13	3.2	13	89	3	55	65	17	5	12	1.44
22695542--22695574	4	8.8	4	87	12	52	27	0	0	72	0.85
22695542--22695574	15	2.2	15	89	10	50	27	0	0	72	0.85
22695542--22695580	19	2.0	19	90	5	60	30	0	0	69	0.89
22696734--22696847	25	4.7	24	72	12	99	25	22	19	32	1.97
22697216--22697251	17	2.1	18	90	10	58	30	11	30	27	1.91
22702450--22702479	14	2.1	14	93	0	51	26	3	26	43	1.70
22704543--22704691	38	3.9	38	86	0	190	12	19	30	37	1.88
22704542--22704692	76	2.0	76	86	0	212	12	19	30	37	1.89
22715126--22715194	31	2.2	31	86	0	102	34	15	10	39	1.82
22721107--22721132	7	3.7	7	100	0	52	26	15	0	57	1.38
22723773--22723893	63	1.9	63	91	0	197	42	14	12	30	1.82
22725066--22725107	9	4.7	9	82	8	50	76	7	14	2	1.10
22732853--22732879	6	4.5	6	100	0	54	29	0	18	51	1.46
22738365--22738404	19	2.1	19	100	0	80	30	5	32	32	1.79
22741555--22741637	37	2.2	37	82	2	103	28	15	22	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22741571--22741652	37	2.2	37	84	0	110	28	14	18	39	1.90
22752322--22752386	26	2.4	26	84	7	76	55	32	1	10	1.44
22757010--22757049	19	2.1	19	100	0	80	25	0	37	37	1.56
22773533--22773657	50	2.5	50	77	2	126	28	24	24	21	1.99
22775972--22776010	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
22777635--22777733	50	2.0	50	85	0	135	26	24	30	19	1.98
22777699--22777824	49	2.6	49	74	6	130	30	19	25	25	1.98
22778025--22778063	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
22785191--22785236	20	2.3	20	92	0	74	60	2	21	15	1.45
22786611--22786657	20	2.4	19	82	7	58	23	0	2	74	0.93
22786615--22786683	32	2.2	32	82	10	79	21	2	4	71	1.17
22796471--22796553	42	2.0	42	100	0	166	33	7	22	36	1.82
22806083--22806112	16	1.9	16	93	6	53	40	13	36	10	1.78
22809977--22810012	15	2.3	16	90	4	56	55	0	0	44	0.99
22810547--22810599	22	2.4	22	79	17	56	43	1	3	50	1.30
22811278--22811310	18	1.9	18	88	11	52	51	0	0	48	1.00
22823706--22823787	35	2.5	33	84	6	103	18	20	14	46	1.84
22823728--22823795	32	2.1	33	86	2	93	20	22	13	44	1.86
22825805--22825852	16	3.0	16	93	0	87	37	6	29	27	1.81
22825842--22825933	44	2.1	44	86	8	125	34	4	22	38	1.74
22826046--22826167	55	2.2	55	82	7	140	50	4	0	44	1.26
22827482--22827559	38	2.0	39	92	2	131	47	19	16	16	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22830919--22830970	9	6.2	8	85	10	52	34	3	0	61	1.14
22830919--22830970	26	2.1	25	82	7	61	34	3	0	61	1.14
22831793--22831831	16	2.4	17	91	4	62	28	7	2	61	1.37
22831853--22831905	24	2.2	24	86	3	70	24	3	3	67	1.23
22831853--22831919	25	2.7	24	79	4	62	28	2	2	65	1.22
22831941--22832004	19	3.5	18	77	12	60	28	1	3	67	1.15
22835612--22835646	17	2.1	17	100	0	70	5	11	22	60	1.52
22836220--22836333	44	2.6	44	98	0	219	28	27	14	28	1.96
22836411--22836621	44	4.8	44	70	9	160	27	24	18	30	1.97
22836348--22836677	132	2.5	132	94	0	570	29	23	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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