genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19714740--19714915	39	4.5	39	87	1	228	28	5	22	43	1.75
19714921--19714956	17	2.1	17	100	0	72	27	11	19	41	1.85
19727068--19727567	114	4.4	112	73	9	278	30	20	22	26	1.98
19731109--19731133	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
19732070--19732161	9	10.2	9	86	0	130	48	17	1	32	1.54
19733764--19733806	21	2.0	21	86	0	59	30	13	46	9	1.75
19739543--19740204	50	13.2	49	72	3	412	23	18	22	34	1.96
19739545--19740240	100	7.0	100	86	1	869	23	18	22	34	1.96
19747932--19748083	54	3.0	49	85	12	207	32	3	28	35	1.74
19747972--19748083	54	2.1	54	100	0	224	32	3	31	33	1.75
19748161--19748211	26	2.0	25	84	3	66	43	0	3	52	1.19
19748174--19748309	57	2.4	57	82	1	155	49	3	2	44	1.32
19752933--19752985	23	2.3	23	83	0	70	56	11	15	16	1.67
19753306--19753371	32	2.1	32	100	0	132	33	27	18	21	1.96
19772375--19772455	39	2.1	37	84	4	99	7	9	4	77	1.10
19772381--19772456	26	2.8	26	80	7	82	7	9	6	76	1.16
19772380--19772466	39	2.2	39	82	10	97	9	8	5	77	1.14
19774488--19774539	20	2.5	20	80	19	63	32	11	26	28	1.91
19780763--19780905	51	2.8	50	86	4	189	22	18	28	30	1.97
19781161--19781192	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
19790644--19790678	16	2.1	17	89	5	54	11	51	0	37	1.38
19793015--19794670	830	2.0	830	100	0	3312	41	17	7	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19794718--19794816	41	2.4	41	88	3	146	33	19	18	29	1.95
19794718--19794828	41	2.7	41	88	0	132	34	18	18	27	1.95
19796164--19796297	66	2.0	66	97	0	250	30	21	11	36	1.89
19805326--19805375	21	2.4	20	87	9	73	36	4	24	36	1.74
19805604--19805645	15	2.8	15	78	7	50	61	0	2	35	1.09
19806141--19806219	23	3.5	23	93	3	126	64	5	3	26	1.31
19807768--19807834	29	2.3	29	79	5	73	41	14	19	23	1.89
19808967--19809018	22	2.4	22	87	6	70	30	0	3	65	1.10
19809356--19809412	27	2.1	27	81	12	64	66	5	1	26	1.22
19815902--19816016	56	2.2	53	84	9	146	26	20	30	23	1.98
19816088--19816125	18	2.1	18	100	0	76	39	21	18	21	1.93
19822253--19822313	24	2.5	24	83	2	68	24	18	36	21	1.95
19825906--19825980	10	7.4	9	77	16	60	20	1	2	76	0.99
19825906--19825977	30	2.4	31	77	13	87	19	1	2	76	0.99
19826992--19827065	25	3.1	25	77	19	79	74	0	4	21	0.98
19827007--19827067	24	2.6	24	84	7	81	75	0	3	21	0.94
19826999--19827067	12	5.6	13	77	17	67	73	0	2	23	0.96
19831691--19831716	9	2.9	9	100	0	52	69	11	0	19	1.18
19832317--19832692	156	2.4	155	82	3	432	34	17	19	28	1.95
19832707--19832768	14	4.4	14	77	4	54	22	0	25	51	1.48
19832807--19832873	14	4.8	14	75	14	57	23	0	31	44	1.54
19832819--19832879	21	2.9	21	77	0	59	24	0	29	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19832811--19832884	28	2.6	28	77	8	71	25	0	28	45	1.53
19833014--19833116	7	14.4	7	74	8	82	18	2	34	43	1.65
19833046--19833105	22	2.8	20	80	7	57	21	3	28	46	1.67
19832988--19833112	29	4.4	28	74	13	87	20	3	31	44	1.67
19833672--19833717	21	2.1	22	84	11	60	47	4	0	47	1.21
19836241--19836426	28	5.9	29	70	23	126	34	2	10	52	1.51
19836200--19836419	66	3.3	66	94	0	361	34	2	11	51	1.51
19836266--19836391	38	3.6	36	75	22	142	33	1	12	52	1.49
19836634--19836841	9	23.0	9	74	11	149	45	19	0	34	1.57
19839746--19839776	15	2.1	14	94	5	53	35	9	0	54	1.33
19852588--19852631	21	2.1	21	100	0	88	34	9	25	31	1.87
19854359--19854713	182	2.0	180	90	1	557	31	18	18	32	1.95
19855026--19855213	6	31.5	6	98	0	324	30	0	2	67	1.05
19866921--19866947	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
19874555--19874971	47	8.6	47	86	7	573	28	29	8	32	1.87
19874723--19874842	59	2.0	59	98	0	231	29	31	10	29	1.89
19874669--19874971	106	3.0	101	86	9	431	29	28	9	33	1.88
19874599--19874971	202	1.9	200	93	1	647	29	28	9	32	1.88
19874629--19874939	155	2.0	153	94	1	541	28	29	9	31	1.88
19880600--19880777	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
19880601--19880756	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
19880597--19880777	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19888773--19888950	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19888774--19888929	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19888770--19888950	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19892698--19892747	27	1.9	25	88	8	73	48	22	4	26	1.68
19893399--19893459	3	20.3	3	75	0	59	59	4	3	32	1.35
19894415--19894464	6	8.0	6	78	8	55	78	2	16	4	1.00
19894414--19894448	18	1.9	18	100	0	70	74	0	17	8	1.06
19897005--19897195	51	3.8	51	78	8	219	30	27	16	25	1.97
19896999--19897182	102	1.8	102	88	3	273	31	27	16	24	1.97
19910375--19910515	40	3.6	39	87	4	176	35	21	30	12	1.90
19910375--19910515	20	7.1	20	76	3	124	35	21	30	12	1.90
19915841--19915924	20	4.2	20	71	6	53	35	23	28	11	1.91
19915916--19916008	40	2.3	39	82	8	116	36	16	27	19	1.93
19915950--19916005	20	2.8	20	72	8	60	35	17	32	14	1.90
19917211--19917252	11	3.9	11	81	3	50	66	9	14	9	1.44
19917211--19917252	22	2.0	22	85	4	59	66	9	14	9	1.44
19919979--19920088	40	2.8	40	77	1	123	39	26	19	15	1.91
19928581--19928612	17	1.9	16	93	6	55	65	9	12	12	1.47
19936704--19936767	21	3.0	21	93	0	110	48	18	17	15	1.81
19948018--19948087	25	2.8	25	82	0	95	20	21	22	35	1.96
19954748--19954833	28	3.0	28	93	1	145	27	24	23	24	2.00
19955113--19955562	27	16.7	27	83	0	335	18	18	19	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19955124--19955562	54	8.1	54	81	8	428	17	19	18	44	1.87
19955125--19955562	81	5.4	79	80	9	447	17	19	18	44	1.87
19961310--19961354	22	2.0	22	87	8	65	51	20	0	28	1.48
19963289--19963622	51	6.6	50	82	3	391	29	26	15	29	1.96
19963279--19963622	102	3.4	101	89	3	489	29	26	15	28	1.96
19968204--19968445	41	5.9	41	80	3	247	33	16	26	23	1.95
19968215--19968445	82	2.8	82	85	2	277	33	16	27	22	1.95
19968204--19968443	123	2.0	123	81	5	288	33	16	26	23	1.95
19972209--19972325	25	4.7	25	82	6	130	25	22	23	28	1.99
19976072--19976413	40	8.6	40	88	3	442	24	20	27	27	1.99
19976072--19976413	119	2.9	119	86	4	449	24	20	27	27	1.99
19983461--19983748	40	7.2	40	91	2	420	24	19	28	27	1.99
19985601--19985674	20	3.7	19	75	13	78	28	21	24	25	1.99
19985601--19985678	10	8.0	9	68	20	50	29	21	23	25	1.99
19989910--19989955	20	2.3	21	81	11	60	26	26	17	30	1.97
19989918--19989964	20	2.3	20	88	0	76	21	21	17	40	1.91
19991194--19991226	16	2.1	16	94	5	59	15	24	3	57	1.52
19997607--19997665	19	3.1	19	72	0	55	40	23	15	20	1.90
19999105--19999214	49	2.2	49	98	0	211	30	30	10	30	1.90
20007233--20007271	20	2.0	20	85	10	53	38	17	10	33	1.84
20008027--20008078	23	2.2	25	83	13	74	32	46	5	15	1.70
20010829--20010870	20	2.0	20	82	13	50	54	19	2	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20013678--20013721	21	2.1	21	83	8	54	65	2	6	25	1.28
20021055--20021094	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
20022151--20022204	14	3.9	14	95	4	101	22	12	0	64	1.27
20022151--20022204	27	2.0	27	96	3	99	22	12	0	64	1.27
20022244--20022292	13	3.8	13	78	10	55	16	4	10	69	1.32
20029550--20029616	13	5.2	13	76	18	68	1	16	1	80	0.86
20029542--20029609	32	2.1	33	86	8	95	1	19	1	77	0.92
20029553--20029607	19	2.9	20	86	7	80	1	14	1	81	0.85
20029547--20029616	7	9.3	7	73	16	52	1	17	1	80	0.87
20050109--20050136	14	2.0	14	100	0	56	50	0	7	42	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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