genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  172  ( 20605 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21356025--21356071	20	2.3	20	81	3	67	40	2	0	57	1.11
21356028--21356119	10	9.6	10	71	17	54	42	1	1	55	1.14
21356237--21356283	22	2.1	22	84	0	58	68	4	2	25	1.19
21357299--21357365	34	2.0	34	85	5	91	37	0	1	61	1.05
21361862--21362025	29	5.6	29	76	9	109	37	10	26	25	1.89
21361884--21362038	29	5.3	29	76	11	120	34	11	27	27	1.91
21364618--21364670	26	2.0	26	96	0	97	37	28	9	24	1.86
21365814--21365912	49	2.0	49	98	0	189	33	15	18	33	1.92
21365883--21366060	95	1.9	94	85	4	250	35	18	17	27	1.94
21366239--21366309	37	1.9	37	91	5	117	35	23	4	36	1.75
21368880--21368913	17	1.9	18	88	5	52	35	20	2	41	1.68
21376843--21376962	57	2.1	57	98	0	231	26	20	16	36	1.93
21395219--21395415	27	7.3	27	83	1	243	36	19	19	24	1.95
21395479--21395537	24	2.5	24	86	5	84	20	6	25	47	1.74
21395601--21395665	27	2.4	27	83	14	82	20	24	23	32	1.98
21395653--21395705	26	2.0	26	82	7	63	20	18	24	35	1.95
21395709--21395915	32	6.5	31	78	6	191	17	20	23	37	1.94
21395707--21395915	64	3.3	64	78	6	226	17	21	23	37	1.94
21395935--21395999	22	3.0	21	77	4	67	16	21	18	43	1.88
21396161--21396214	28	1.9	28	88	0	81	16	25	25	31	1.97
21399231--21399330	39	2.6	39	80	3	132	28	24	20	28	1.99
21404201--21404326	25	5.4	25	77	13	126	19	24	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21404288--21404352	22	3.0	21	82	8	69	20	21	13	44	1.86
21406632--21406682	23	2.2	23	92	0	84	45	21	5	27	1.75
21412884--21412931	13	3.8	13	81	10	55	8	12	4	75	1.18
21412884--21412931	6	7.4	7	88	6	50	8	12	4	75	1.18
21412910--21413020	57	2.0	56	85	8	154	31	15	6	46	1.70
21417894--21417987	46	2.0	46	93	4	163	35	22	18	24	1.96
21418607--21418653	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
21423985--21424043	17	3.7	15	86	13	82	20	11	5	62	1.47
21424080--21424130	12	4.1	12	85	9	75	19	1	9	68	1.27
21424080--21424130	26	2.0	24	88	7	75	19	1	9	68	1.27
21424445--21424538	46	2.0	46	93	4	163	35	22	18	24	1.96
21425159--21425205	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
21429794--21429839	18	2.4	19	92	7	76	41	0	13	45	1.43
21433544--21433612	25	2.8	25	77	0	66	30	17	26	26	1.97
21435508--21435877	40	9.3	39	81	4	352	35	17	27	20	1.94
21435508--21435879	80	4.7	81	86	2	450	35	16	27	19	1.94
21442523--21442607	43	2.0	42	81	2	98	38	11	28	21	1.88
21442502--21442749	40	6.2	40	79	3	228	35	15	28	20	1.94
21442641--21442745	20	5.2	20	67	4	77	33	18	32	16	1.93
21442502--21442749	80	3.1	80	79	2	255	35	15	28	20	1.94
21454265--21454296	16	2.0	16	100	0	64	37	6	12	43	1.68
21457846--21457931	27	3.2	27	84	0	118	38	13	20	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21479747--21479809	19	3.2	20	77	22	62	41	3	1	53	1.26
21480001--21480029	10	2.9	10	100	0	58	6	10	0	82	0.83
21489667--21489698	17	1.9	16	93	6	55	43	0	3	53	1.16
21489620--21489709	43	2.0	46	85	10	125	42	8	3	45	1.52
21491393--21491453	2	30.5	2	100	0	122	50	0	49	0	1.00
21492987--21493679	114	6.1	114	89	1	1007	25	21	26	26	1.99
21492989--21493679	227	3.0	227	88	1	1010	25	21	26	27	1.99
21493919--21493957	15	2.7	15	88	4	62	17	0	38	43	1.50
21493915--21493962	22	2.2	21	81	3	60	20	0	31	47	1.50
21494338--21494393	21	2.7	20	78	10	58	23	0	41	35	1.55
21494374--21494402	14	2.0	15	93	6	51	20	0	41	37	1.53
21494343--21494412	22	3.2	21	76	6	68	25	1	40	32	1.65
21494694--21494968	148	1.9	148	85	3	383	40	12	13	33	1.83
21498100--21498155	27	2.1	27	96	0	103	46	12	5	35	1.65
21499509--21499702	43	4.6	42	77	10	166	22	17	26	32	1.96
21504485--21504876	196	2.0	195	97	0	748	33	10	11	44	1.75
21513558--21513598	17	2.4	18	80	8	50	14	24	4	56	1.58
21513529--21513582	24	2.2	25	78	15	60	11	22	3	62	1.43
21515853--21515903	13	3.7	13	76	19	50	15	5	3	74	1.16
21515838--21515862	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
21515854--21515907	28	1.9	27	88	7	81	18	7	5	68	1.33
21525001--21525030	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21528123--21528173	24	2.1	24	100	0	102	41	7	11	39	1.71
21533902--21533937	18	2.0	18	88	0	54	5	33	0	61	1.19
21535160--21535226	29	2.3	29	82	12	75	62	5	8	22	1.46
21538078--21538225	29	5.1	29	79	6	122	21	27	14	37	1.92
21538116--21538225	29	3.8	29	83	6	123	20	29	12	37	1.90
21538091--21538247	58	2.7	57	77	8	154	21	27	12	38	1.90
21541209--21541286	28	2.9	28	84	7	99	37	25	11	25	1.90
21541613--21541643	16	1.9	16	93	0	53	9	6	6	77	1.12
21542823--21542995	28	6.2	29	89	4	241	29	23	23	23	1.99
21543382--21543705	27	12.0	27	80	4	307	21	15	19	43	1.88
21543400--21543706	81	3.8	81	82	4	359	21	14	20	43	1.87
21545360--21545398	19	2.1	19	85	0	51	56	7	2	33	1.41
21545965--21546014	12	4.0	13	75	15	52	36	0	40	24	1.55
21547713--21547762	12	4.0	13	75	15	52	36	0	40	24	1.55
21553282--21553629	40	8.7	40	93	0	588	30	20	27	22	1.98
21562203--21562550	40	8.7	40	93	0	588	30	20	27	22	1.98
21569245--21569282	19	2.0	19	100	0	76	42	26	0	31	1.56
21571546--21571616	23	3.1	23	69	18	58	43	0	2	53	1.15
21571755--21571805	25	2.0	26	84	3	68	37	7	11	43	1.71
21573524--21573554	15	2.1	15	100	0	62	51	19	0	29	1.47
21583665--21583709	22	2.0	22	100	0	90	35	17	17	28	1.93
21592130--21592200	35	2.0	35	84	10	92	7	33	9	49	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21592137--21592211	35	2.2	35	81	9	84	6	34	9	49	1.61
21593320--21593371	26	2.0	26	96	0	95	15	25	26	32	1.95
21593471--21593541	32	2.2	33	82	2	81	23	25	23	26	2.00
21599310--21599394	20	4.2	20	73	7	66	35	18	32	12	1.89
21599667--21599723	29	2.0	29	82	6	71	29	24	0	45	1.53
21601302--21601345	22	2.0	22	90	0	70	31	18	13	36	1.90
21602593--21602642	25	2.0	25	92	0	82	62	10	12	16	1.55
21607030--21607146	28	4.2	28	77	5	121	22	23	21	32	1.98
21611652--21611701	15	3.2	15	81	13	57	30	16	10	44	1.80
21612618--21612656	21	1.9	20	84	5	51	30	0	25	43	1.55
21614892--21614928	7	5.3	7	100	0	74	86	0	0	13	0.57
21628160--21628209	17	3.0	17	83	11	68	20	10	0	70	1.16
21628463--21628568	52	2.0	52	96	0	194	40	20	11	27	1.87
21633683--21633782	39	2.6	38	83	1	128	38	4	8	50	1.51
21635607--21635645	9	4.3	9	86	0	51	10	35	2	51	1.50
21635600--21635637	18	2.1	18	90	0	58	13	36	0	50	1.42
21640820--21640915	40	2.4	40	92	0	156	40	19	20	18	1.91
21640820--21640953	40	3.3	40	86	0	133	38	20	20	20	1.93
21641056--21641165	38	3.0	37	75	13	93	37	14	20	28	1.91
21643480--21643510	16	1.9	16	93	0	53	22	54	3	19	1.58
21645300--21645344	16	2.8	16	86	0	63	62	6	0	31	1.21
21662592--21662646	25	2.1	27	83	6	69	47	3	9	40	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21671394--21671418	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
21671879--21672067	100	1.9	99	89	3	290	43	12	5	38	1.66
21685139--21685216	37	2.1	37	87	0	111	25	33	16	24	1.96
21685334--21685652	47	6.7	47	96	1	530	29	31	9	30	1.88
21689083--21689353	39	6.9	39	88	2	355	25	28	21	25	1.99
21689083--21689432	78	4.5	79	84	4	388	25	28	21	25	1.99
21689147--21689432	39	7.2	40	84	5	154	25	27	21	25	1.99
21689740--21689818	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
21689800--21689901	42	2.4	43	96	1	188	25	35	16	22	1.95
21691760--21691837	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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