genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51526817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  81  of  172  ( 20605 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23157360--23157508	50	3.0	50	85	3	210	24	14	24	36	1.93
23157677--23157708	16	2.0	16	93	0	55	34	0	18	46	1.49
23158419--23158455	16	2.3	16	95	0	65	45	13	13	27	1.81
23163613--23163867	104	2.5	104	96	0	465	20	21	29	29	1.98
23163781--23163833	27	1.9	28	92	3	90	15	24	32	28	1.95
23167239--23167470	50	4.6	50	83	0	284	25	15	23	35	1.94
23167650--23167681	16	2.0	16	93	0	55	40	0	15	43	1.47
23167796--23167838	20	2.2	20	83	8	52	13	2	16	67	1.33
23170099--23170152	18	3.1	18	86	2	74	40	18	14	25	1.89
23170171--23170205	18	1.9	18	88	0	52	34	17	17	31	1.93
23171110--23171140	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
23171178--23171234	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
23171368--23171394	12	2.2	12	100	0	54	14	0	11	74	1.08
23172265--23172374	44	2.5	44	78	0	112	45	18	14	21	1.85
23173623--23173813	45	4.2	44	87	5	240	35	25	15	24	1.94
23173648--23173858	45	4.7	45	87	2	264	34	23	16	25	1.95
23177654--23177699	15	2.9	16	76	23	60	69	4	0	26	1.07
23177654--23177697	14	2.8	15	81	18	54	70	4	0	25	1.06
23177654--23177698	16	2.8	16	77	12	56	71	4	0	24	1.05
23177937--23177982	18	2.5	19	80	16	60	32	0	4	63	1.14
23182724--23182748	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23185965--23186032	18	3.8	18	80	5	75	35	10	19	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23185974--23186021	17	2.8	17	87	3	60	37	10	14	37	1.81
23192294--23192345	24	2.2	24	82	6	61	32	17	3	46	1.66
23194575--23194624	20	2.2	24	86	13	72	24	10	0	66	1.22
23197282--23197311	15	2.0	15	93	0	51	23	20	23	33	1.97
23197361--23197422	20	3.0	21	77	11	74	38	14	16	30	1.88
23201418--23201521	55	1.9	55	89	0	163	29	17	24	28	1.97
23201418--23201547	55	2.4	55	81	5	154	30	15	23	30	1.95
23201728--23201801	29	2.6	29	81	10	82	16	13	29	40	1.86
23231077--23231272	35	5.6	35	83	2	241	37	29	13	19	1.90
23238070--23238119	4	12.5	4	76	16	50	72	0	26	2	0.96
23238072--23238126	12	4.4	13	76	21	55	70	0	27	1	0.97
23240042--23240066	13	1.9	13	100	0	50	76	0	8	16	1.02
23241707--23241747	2	21.5	2	90	9	68	48	0	0	51	1.00
23243295--23243338	22	2.0	22	83	12	56	22	9	0	68	1.18
23243385--23243444	30	2.0	30	100	0	120	13	10	16	60	1.59
23252098--23252153	27	2.1	27	86	0	76	32	12	14	41	1.83
23257124--23257200	21	3.6	21	80	3	91	36	23	24	15	1.94
23257111--23257242	23	6.0	23	82	7	148	39	24	21	15	1.91
23257111--23257230	46	2.7	43	86	8	163	40	25	20	14	1.90
23257324--23257359	17	2.0	19	89	10	58	27	27	0	44	1.55
23257500--23257537	13	2.8	13	85	14	51	28	10	0	60	1.30
23258675--23258745	5	14.6	5	80	16	87	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23258675--23258759	30	2.9	30	79	8	86	58	1	0	40	1.05
23264997--23265040	21	2.2	20	88	8	63	25	18	34	22	1.96
23267749--23267826	12	6.4	12	70	11	52	69	0	19	11	1.18
23267755--23267831	24	3.2	24	74	5	59	70	0	18	11	1.17
23267801--23267993	100	2.0	92	88	7	278	53	8	20	17	1.69
23272533--23272590	20	2.8	20	82	12	55	56	18	6	17	1.62
23275617--23275672	20	2.7	21	83	5	60	67	3	1	26	1.16
23276223--23276487	85	3.1	86	84	1	336	30	22	18	28	1.97
23276223--23276487	43	6.2	43	83	1	318	30	22	18	28	1.97
23282305--23282713	9	45.1	9	72	13	236	34	0	18	46	1.50
23282305--23282638	52	6.3	52	78	13	346	35	0	18	46	1.49
23282336--23282534	61	3.3	61	95	3	345	34	0	18	46	1.49
23282409--23282627	93	2.3	93	85	7	285	36	0	17	45	1.49
23282404--23282629	47	4.7	46	81	7	245	36	0	18	45	1.49
23282552--23282713	65	2.5	63	91	5	245	32	0	20	46	1.51
23282863--23282910	22	2.3	22	85	7	64	50	0	10	39	1.37
23282776--23283218	121	3.7	121	92	1	744	46	2	9	40	1.49
23282960--23283030	23	3.3	20	82	7	70	46	4	8	40	1.54
23283202--23283249	21	2.3	21	89	3	71	50	0	8	41	1.33
23283197--23283249	20	2.6	20	84	3	70	47	0	9	43	1.36
23283234--23283263	14	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
23283105--23283311	97	2.1	98	92	0	344	47	0	10	42	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23283325--23283366	20	2.0	22	86	9	61	47	0	9	42	1.36
23282984--23283393	218	1.9	218	92	1	687	46	1	9	42	1.43
23285760--23285904	21	6.8	21	78	8	96	47	30	2	20	1.61
23285780--23285905	21	5.9	21	80	5	101	48	30	0	20	1.55
23285760--23285984	14	15.6	14	70	8	94	46	29	1	22	1.62
23285760--23285905	7	20.4	7	76	4	85	47	30	2	19	1.61
23286295--23286418	7	17.6	7	75	8	72	49	27	0	22	1.56
23286294--23286418	14	8.9	14	75	6	92	48	27	0	23	1.56
23286275--23286355	36	2.2	36	84	4	110	48	25	1	24	1.59
23286324--23286418	21	4.5	21	82	0	118	49	27	1	22	1.56
23285616--23286657	522	2.0	516	90	2	1649	47	20	4	27	1.68
23287549--23287600	15	3.5	15	84	5	70	51	0	17	30	1.45
23288008--23288040	14	2.4	14	90	5	50	18	0	30	51	1.46
23298085--23298137	15	3.5	15	84	0	52	58	0	9	32	1.30
23299178--23299209	16	2.0	16	100	0	64	25	25	0	50	1.50
23299844--23299873	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
23302964--23302997	17	2.1	16	88	5	50	8	8	20	61	1.52
23302964--23302997	16	2.1	17	88	5	52	8	8	20	61	1.52
23303432--23303478	25	1.9	25	82	4	60	34	8	6	51	1.58
23305207--23305237	16	1.9	16	93	0	53	29	6	12	51	1.65
23305456--23305487	15	2.1	15	94	0	55	53	6	3	37	1.42
23307215--23307240	11	2.4	11	100	0	52	61	7	0	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23309451--23309504	27	2.0	27	96	0	99	25	9	40	24	1.85
23315400--23315466	27	2.5	27	76	9	66	28	31	20	19	1.97
23327411--23329151	521	3.4	516	88	3	2491	34	24	13	27	1.93
23330506--23330531	4	6.5	4	100	0	52	76	23	0	0	0.78
23337089--23337123	18	1.9	18	94	0	61	71	8	8	11	1.31
23337845--23337925	42	1.9	42	89	0	126	19	34	27	18	1.95
23339023--23339185	71	2.3	71	83	2	202	32	20	23	22	1.98
23344348--23344705	179	2.0	179	98	0	698	50	8	9	32	1.64
23346013--23346062	26	2.0	24	84	11	64	32	6	4	58	1.41
23346013--23346063	27	1.9	26	84	4	66	33	5	3	56	1.42
23346074--23346134	30	2.1	28	87	6	86	27	0	3	68	1.05
23352408--23352585	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
23352409--23352564	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
23352405--23352585	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
23360595--23360772	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
23360596--23360751	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
23360592--23360772	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
23363449--23363862	173	2.4	174	83	2	535	28	28	22	20	1.99
23363449--23363850	88	4.6	88	85	2	533	28	28	23	19	1.98
23363850--23364352	44	11.7	44	79	7	532	28	18	25	28	1.98
23363939--23364011	38	1.9	38	82	0	92	30	21	26	21	1.99
23363849--23364355	126	3.9	130	83	6	554	28	18	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23363850--23364305	170	2.7	170	87	0	644	28	17	24	28	1.98
23364654--23364752	44	2.2	44	83	0	126	26	22	22	29	1.99
23364798--23364945	45	3.3	45	78	0	127	33	19	22	23	1.97
23364837--23364945	44	2.4	45	76	1	121	33	21	21	23	1.97
23366619--23366679	30	2.1	28	84	6	77	26	0	3	70	1.02
23366669--23366728	30	2.0	30	83	6	77	31	3	6	58	1.40
23368575--23368634	29	2.0	32	83	9	81	18	26	6	48	1.72
23374885--23375111	43	5.3	43	85	4	280	29	32	18	19	1.96
23375301--23375332	13	2.5	13	100	0	64	34	0	12	53	1.39
23377151--23377245	27	3.5	28	72	13	76	27	2	3	67	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172